seq1 = pF1KA1405.tfa, 3087 bp
seq2 = pF1KA1405/gi568815597r_20564587.tfa (gi568815597r:20564587_20817706), 253120 bp

>pF1KA1405 3087
>gi568815597r:20564587_20817706 (Chr1)

(complement)

1-231  (100001-100231)   100% ->
232-378  (102068-102214)   100% ->
379-480  (104152-104253)   100% ->
481-670  (107879-108068)   100% ->
671-1123  (112808-113260)   100% ->
1124-1233  (119219-119328)   99% ->
1234-1381  (127372-127519)   100% ->
1382-1938  (129763-130319)   100% ->
1939-2019  (131581-131661)   100% ->
2020-2231  (132687-132898)   100% ->
2232-2463  (134823-135054)   100% ->
2464-2722  (145511-145769)   100% ->
2723-2793  (147216-147286)   100% ->
2794-2911  (151376-151493)   98% ->
2912-3087  (152945-153120)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCCGAGGCGGTGAAGGTTGTCGTGCGCTGCCGTCCCATGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCCGAGGCGGTGAAGGTTGTCGTGCGCTGCCGTCCCATGAACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGGAGCGAGAGCTGCGCTGCCAGCCCGTGGTGACTGTGGACTGCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGGGAGCGAGAGCTGCGCTGCCAGCCCGTGGTGACTGTGGACTGCGCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGCCCAGTGCTGCATCCAGAACCCGGGCGCCGCCGACGAGCCGCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGCCCAGTGCTGCATCCAGAACCCGGGCGCCGCCGACGAGCCGCCCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGTTCACCTTCGACGGCGCCTACCACGTGGACCACGTCACCGAGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGTTCACCTTCGACGGCGCCTACCACGTGGACCACGTCACCGAGCAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTACAACGAGATCGCCTATCCGCTGGTGGAG         GGCGTCACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100201 CTACAACGAGATCGCCTATCCGCTGGTGGAGGTG...CAGGGCGTCACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGGCTACAATGGCACCATCTTTGCCTACGGCCAGACAGGCAGCGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102078 AGGGCTACAATGGCACCATCTTTGCCTACGGCCAGACAGGCAGCGGGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCCTTCACCATGCAGGGCCTGCCGGATCCGCCCTCCCAGAGAGGCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102128 TCCTTCACCATGCAGGGCCTGCCGGATCCGCCCTCCCAGAGAGGCATCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCCCAGGGCCTTCGAGCACGTGTTCGAGAGCGTCCAG         TGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102178 CCCCAGGGCCTTCGAGCACGTGTTCGAGAGCGTCCAGGTA...CAGTGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGAGAACACTAAGTTCCTGGTCCGGGCCTCCTACCTGGAGATCTACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104156 CAGAGAACACTAAGTTCCTGGTCCGGGCCTCCTACCTGGAGATCTACAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAAGATGTCCGGGACCTCCTTGGGGCTGACACCAAGCAGAAGCTGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104206 GAAGATGTCCGGGACCTCCTTGGGGCTGACACCAAGCAGAAGCTGGAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    481        CTGAAGGAGCACCCAGAGAAGGGCGTGTACGTGAAGGGGCTGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104256 G...CAGCTGAAGGAGCACCCAGAGAAGGGCGTGTACGTGAAGGGGCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCATGCACACGGTGCACAGCGTGGCCCAGTGTGAGCACATCATGGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107922 CCATGCACACGGTGCACAGCGTGGCCCAGTGTGAGCACATCATGGAGACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGCTGGAAGAACCGTTCGGTCGGCTACACGCTGATGAACAAGGATTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107972 GGCTGGAAGAACCGTTCGGTCGGCTACACGCTGATGAACAAGGATTCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACGCTCGCACTCCATCTTCACCATCAGCATCGAGATGTCTGCCGTGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 108022 ACGCTCGCACTCCATCTTCACCATCAGCATCGAGATGTCTGCCGTGGGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    671       ATGAGCGGGGCAAGGACCACCTCCGGGCGGGCAAGCTGAACCTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108072 ...CAGATGAGCGGGGCAAGGACCACCTCCGGGCGGGCAAGCTGAACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGGACCTGGCGGGCAGCGAGCGGCAGTCCAAGACCGGGGCCACGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112852 GTGGACCTGGCGGGCAGCGAGCGGCAGTCCAAGACCGGGGCCACGGGCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCGGCTCAAGGAGGCCACCAAGATCAACCTGTCGCTCTCGGCACTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112902 GCGGCTCAAGGAGGCCACCAAGATCAACCTGTCGCTCTCGGCACTGGGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ATGTCATCTCGGCGCTGGTGGACGGGCGCTGTAAGCACGTCCCCTACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112952 ATGTCATCTCGGCGCTGGTGGACGGGCGCTGTAAGCACGTCCCCTACCGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GACTCGAAGCTGACGCGGCTGCTGCAGGACTCACTGGGCGGCAACACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113002 GACTCGAAGCTGACGCGGCTGCTGCAGGACTCACTGGGCGGCAACACCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GACGCTCATGGTGGCCTGCCTGTCGCCTGCGGACAACAACTACGATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113052 GACGCTCATGGTGGCCTGCCTGTCGCCTGCGGACAACAACTACGATGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CACTCAGCACGCTGCGCTACGCCAACCGGGCCAAGAACATCAGGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113102 CACTCAGCACGCTGCGCTACGCCAACCGGGCCAAGAACATCAGGAACAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CCGCGCATCAATGAGGACCCCAAGGATGCGCTGCTTCGCGAGTACCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113152 CCGCGCATCAATGAGGACCCCAAGGATGCGCTGCTTCGCGAGTACCAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GGAGATCAAGAAGCTCAAGGCCATCCTGACACAGCAGATGAGCCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113202 GGAGATCAAGAAGCTCAAGGCCATCCTGACACAGCAGATGAGCCCCAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GCCTGTCAG         CCCTGCTGTCCAGGCAGGTGCCCCCAGACCCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113252 GCCTGTCAGGTG...CAGCCCTGCTGTCCAGGCAGGTGCCCCCAGACCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GTGCAGGTGGAGGAGAAGCTGTTGCCCCAACCTGTGATCCAGCATGACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 119251 GTGCAGGTGGAGGAGAAGCTGTTGCCCCAACCTGTGATCCAGCATGACGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GGAGGCCGAGAAGCAGCTGATCCGGGAG         GAGTATGAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 119301 GGAGGCCGAGAAGCAGCTGATCCGGGAGGTG...CAGGAGTATGAAGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GCCTGGCCCGGCTGAAAGCCGACTATAAGGCCGAGCAGGAGTCTCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127385 GCCTGGCCCGGCTGAAAGCCGACTATAAGGCCGAGCAGGAGTCTCGGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 AGGCTGGAGGAAGACATCACTGCCATGCGCAACTCATATGACGTCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127435 AGGCTGGAGGAAGACATCACTGCCATGCGCAACTCATATGACGTCAGGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GTCCACGCTGGAGGAGAACCTGCGGAAGGAGACAG         AGGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 127485 GTCCACGCTGGAGGAGAACCTGCGGAAGGAGACAGGTG...CAGAGGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TCCTGCAGGTGGGAGTCCTCTACAAGGCTGAGGTCATGTCCAGGGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129769 TCCTGCAGGTGGGAGTCCTCTACAAGGCTGAGGTCATGTCCAGGGCTGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TTTGCCAGCAGCGCTGAGTACCCGCCTGCTTTTCAGTATGAGACAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129819 TTTGCCAGCAGCGCTGAGTACCCGCCTGCTTTTCAGTATGAGACAGTGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GAAACCCAAGGTCTTCTCCACGACTGACACTCTGCCCAGTGACGATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129869 GAAACCCAAGGTCTTCTCCACGACTGACACTCTGCCCAGTGACGATGTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CCAAGACTCAGGTTTCCTCCAGGTTTGCGGAGCTGCCCAAGGTGGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129919 CCAAGACTCAGGTTTCCTCCAGGTTTGCGGAGCTGCCCAAGGTGGAACCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 TCCAAATCTGAGATTTCTCTGGGCTCCAGTGAGTCATCCTCGCTCGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129969 TCCAAATCTGAGATTTCTCTGGGCTCCAGTGAGTCATCCTCGCTCGAAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 AACCTCTGTGTCCGAGGCTTTCCCTGGGCCTGAGGAGCCCTCCAACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130019 AACCTCTGTGTCCGAGGCTTTCCCTGGGCCTGAGGAGCCCTCCAACGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 AGGTCTCCATGCCCACTGAGGAGTCCAGGAGCAGATACTTCCTGGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130069 AGGTCTCCATGCCCACTGAGGAGTCCAGGAGCAGATACTTCCTGGATGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 TGCCTCGGGCAGGAGGCCGCTGGGCACCTGCTGGGGGAACAGAACTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130119 TGCCTCGGGCAGGAGGCCGCTGGGCACCTGCTGGGGGAACAGAACTACCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 CCCGCAAGAGGAGCCGCAGGAGGTGCCCCTGCAGGGGTTACTAGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130169 CCCGCAAGAGGAGCCGCAGGAGGTGCCCCTGCAGGGGTTACTAGGCCTGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 AGGACCCGTTTGCCGAGGTGGAAGCCAAGCTGGCCAGACTCTCCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130219 AGGACCCGTTTGCCGAGGTGGAAGCCAAGCTGGCCAGACTCTCCTCCACC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 GTGGCCAGGACAGATGCACCCCAGGCAGACGTCCCCAAGGTCCCTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130269 GTGGCCAGGACAGATGCACCCCAGGCAGACGTCCCCAAGGTCCCTGTGCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 G         GTCCCTGCGCCGACAGACCTGCTGGAGCCCAGTGATGCCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130319 GGTA...CAGGTCCCTGCGCCGACAGACCTGCTGGAGCCCAGTGATGCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 GGCCCGAAGCCGAGGCGGCTGATGACTTCCCGCCCAGGCCT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 131621 GGCCCGAAGCCGAGGCGGCTGATGACTTCCCGCCCAGGCCTGTG...CAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 GAGGTAGATCTGGCCTCGGAAGTGGCCTTAGAGGTGGTGCGGACAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132687 GAGGTAGATCTGGCCTCGGAAGTGGCCTTAGAGGTGGTGCGGACAGCAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 GCCTGGCGTGTGGTTGGAGGCTCAGGCCCCGGTGGCCCTGGTGGCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132737 GCCTGGCGTGTGGTTGGAGGCTCAGGCCCCGGTGGCCCTGGTGGCTCAGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 CTGAGCCCCTGCCGGCCACAGCTGGTGTGAAGAGGGAGAGCGTGGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132787 CTGAGCCCCTGCCGGCCACAGCTGGTGTGAAGAGGGAGAGCGTGGGCATG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2170 GAGGTGGCAGTGCTGACTGATGACCCGCTGCCCGTTGTGGACCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132837 GAGGTGGCAGTGCTGACTGATGACCCGCTGCCCGTTGTGGACCAGCAGCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 GGTGCTGGCCCG         TCTGCAGCTGTTGGAGCAGCAGGTTGTGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 132887 GGTGCTGGCCCGGTA...CAGTCTGCAGCTGTTGGAGCAGCAGGTTGTGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2261 GTGGAGAGCAGGCCAAGAACAAGGACCTGAAGGAGAAGCACAAGCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134852 GTGGAGAGCAGGCCAAGAACAAGGACCTGAAGGAGAAGCACAAGCGGCGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2311 AAGCGCTACGCAGACGAGCGCAGGAAGCAGCTGGTGGCTGCCCTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134902 AAGCGCTACGCAGACGAGCGCAGGAAGCAGCTGGTGGCTGCCCTGCAGAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2361 CTCGGATGAGGACAGCGGGGACTGGGTGCTGCTTAACGTCTACGACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134952 CTCGGATGAGGACAGCGGGGACTGGGTGCTGCTTAACGTCTACGACTCCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2411 TCCAGGAGGAAGTGCGGGCCAAGAGCAAGCTGCTGGAGAAGATGCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135002 TCCAGGAGGAAGTGCGGGCCAAGAGCAAGCTGCTGGAGAAGATGCAGAGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2461 AAG         CTTCGGGCAGCAGAGGTGGAGATCAAAGATCTGCAGTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135052 AAGGTG...CAGCTTCGGGCAGCAGAGGTGGAGATCAAAGATCTGCAGTC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2502 CGAGTTTCAGCTGGAGAAGATCGATTACTTGGCCACCATCCGCCGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145549 CGAGTTTCAGCTGGAGAAGATCGATTACTTGGCCACCATCCGCCGGCAGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2552 AGCGTGACTCCATGCTCTTGCAGCAGCTCCTGGAGCAGGTGCAGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145599 AGCGTGACTCCATGCTCTTGCAGCAGCTCCTGGAGCAGGTGCAGCCCCTG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2602 ATTCGCAGGGACTGTAACTACAGCAACCTGGAGAAGATTCTGCGTGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145649 ATTCGCAGGGACTGTAACTACAGCAACCTGGAGAAGATTCTGCGTGAGTC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2652 CTGCTGGGACGAAGATAACGGCTTCTGGAAGATCCCACATCCCGTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145699 CTGCTGGGACGAAGATAACGGCTTCTGGAAGATCCCACATCCCGTCATCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2702 CAAAAACCAGCCTCCCAGTAG         CAGTTTCAACTGGGCCACAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 145749 CAAAAACCAGCCTCCCAGTAGGTC...TAGCAGTTTCAACTGGGCCACAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2743 AACAAACCAGCCCGCAAAACCTCTGCAGCAGACAATGGCGAGCCGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147236 AACAAACCAGCCCGCAAAACCTCTGCAGCAGACAATGGCGAGCCGAACAT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2793 G         GAGGAGGACCGCTACAGGCTCATGCTCAGTCGGAGCAACA
        |>>>...>>>||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147286 GGTG...CAGGAGGACGACCGCTACAGGCTCATGCTCAGTCGGAGCAACA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2834 GTGAAAACATTGCCAGCAACTACTTCCGATCTAAGTGGGCCAGCCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 151416 GTGAAAACATTGCCAGCAACTACTTCCGATCTAAGCGGGCCAGCCAGATC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2884 CTCAGCACAGACGCCAGGAAGAGCCTCA         CACATCACAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 151466 CTCAGCACAGACGCCAGGAAGAGCCTCAGTG...CAGCACATCACAACTC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2925 GCCACCAGGCCTCAGCTGCCCACTCAGCAACAACTCTGCCATCCCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152958 GCCACCAGGCCTCAGCTGCCCACTCAGCAACAACTCTGCCATCCCACCCA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2975 CCCAGGCCCCTGAAATGCCCCAGCCCCGGCCCTTCCGCCTCGAGTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153008 CCCAGGCCCCTGAAATGCCCCAGCCCCGGCCCTTCCGCCTCGAGTCCCTC

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3025 GACATCCCTTTCACCAAGGCCAAGCGTAAGAAAAGCAAAAGCAACTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153058 GACATCCCTTTCACCAAGGCCAAGCGTAAGAAAAGCAAAAGCAACTTTGG

   3200     .    :
   3075 CAGTGAGCCTCTG
        |||||||||||||
 153108 CAGTGAGCCTCTG