seq1 = pF1KA1402.tfa, 2316 bp
seq2 = pF1KA1402/gi568815591f_151134012.tfa (gi568815591f:151134012_151338678), 204667 bp

>pF1KA1402 2316
>gi568815591f:151134012_151338678 (Chr7)

1-263  (100001-100263)   100% ->
264-828  (101037-101601)   100% ->
829-1011  (102397-102579)   100% ->
1012-2316  (103363-104667)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGACTGAGCTCCCTGTTGGCTCTGCTGCGGCCAGCGCTTCCCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGACTGAGCTCCCTGTTGGCTCTGCTGCGGCCAGCGCTTCCCCTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTAGGGCTGTCTCTGGGGTGCAGCCTGAGCCTCCTGCGGGTTTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTAGGGCTGTCTCTGGGGTGCAGCCTGAGCCTCCTGCGGGTTTCCTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCAGGGGGAGGGAGAAGATCCCTGTGTCGAGGCTGTAGGGGAGCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCAGGGGGAGGGAGAAGATCCCTGTGTCGAGGCTGTAGGGGAGCGAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGCCACAGAATCCAGATTCCAGAGCTCGGCTAGACCAAAGTGATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGCCACAGAATCCAGATTCCAGAGCTCGGCTAGACCAAAGTGATGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCAAACCCCGGATTGTCCCCTACTACAGGGACCCCAACAAGCCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCAAACCCCGGATTGTCCCCTACTACAGGGACCCCAACAAGCCCTACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAAGGTGCTCAG         GACTCGGTACATCCAGACAGAGCTGGGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGAAGGTGCTCAGGTG...CAGGACTCGGTACATCCAGACAGAGCTGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCCCGTGAGCGGTTGCTGGTGGCTGTCCTGACCTCCCGAGCTACACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101065 TCCCGTGAGCGGTTGCTGGTGGCTGTCCTGACCTCCCGAGCTACACTGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACTTTGGCCGTGGCTGTGAACCGTACGGTGGCCCATCACTTCCCTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101115 CACTTTGGCCGTGGCTGTGAACCGTACGGTGGCCCATCACTTCCCTCGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TACTCTACTTCACTGGGCAGCGGGGGGCCCGGGCTCCAGCAGGGATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101165 TACTCTACTTCACTGGGCAGCGGGGGGCCCGGGCTCCAGCAGGGATGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTGGTGTCTCATGGGGATGAGCGGCCCGCCTGGCTCATGTCAGAGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101215 GTGGTGTCTCATGGGGATGAGCGGCCCGCCTGGCTCATGTCAGAGACCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCGCCACCTTCACACACACTTTGGGGCCGACTACGACTGGTTCTTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101265 GCGCCACCTTCACACACACTTTGGGGCCGACTACGACTGGTTCTTCATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGCAGGATGACACATATGTGCAGGCCCCCCGCCTGGCAGCCCTTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101315 TGCAGGATGACACATATGTGCAGGCCCCCCGCCTGGCAGCCCTTGCTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CACCTCAGCATCAACCAAGACCTGTACTTAGGCCGGGCAGAGGAGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101365 CACCTCAGCATCAACCAAGACCTGTACTTAGGCCGGGCAGAGGAGTTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGGCGCAGGCGAGCAGGCCCGGTACTGTCATGGGGGCTTTGGCTACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101415 TGGCGCAGGCGAGCAGGCCCGGTACTGTCATGGGGGCTTTGGCTACCTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGTCACGGAGTCTCCTGCTTCGTCTGCGGCCACATCTGGATGGCTGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101465 TGTCACGGAGTCTCCTGCTTCGTCTGCGGCCACATCTGGATGGCTGCCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GGAGACATTCTCAGTGCCCGTCCTGACGAGTGGCTTGGACGCTGCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101515 GGAGACATTCTCAGTGCCCGTCCTGACGAGTGGCTTGGACGCTGCCTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGACTCTCTGGGCGTCGGCTGTGTCTCACAGCACCAG         GGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101565 TGACTCTCTGGGCGTCGGCTGTGTCTCACAGCACCAGGTG...TAGGGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGCAGTATCGCTCATTTGAACTGGCCAAAAATAGGGACCCTGAGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102401 AGCAGTATCGCTCATTTGAACTGGCCAAAAATAGGGACCCTGAGAAGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GGGAGCTCGGCTTTCCTGAGTGCCTTCGCCGTGCACCCTGTCTCCGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102451 GGGAGCTCGGCTTTCCTGAGTGCCTTCGCCGTGCACCCTGTCTCCGAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TACCCTCATGTACCGGCTCCACAAACGCTTCAGCGCTCTGGAGTTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102501 TACCCTCATGTACCGGCTCCACAAACGCTTCAGCGCTCTGGAGTTGGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GGGCTTACAGTGAAATAGAACAACTGCAG         GCTCAGATCCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102551 GGGCTTACAGTGAAATAGAACAACTGCAGGTG...CAGGCTCAGATCCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AACCTGACCGTGCTGACCCCCGAAGGGGAGGCAGGGCTGAGCTGGCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103375 AACCTGACCGTGCTGACCCCCGAAGGGGAGGCAGGGCTGAGCTGGCCCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TGGGCTCCCTGCTCCTTTCACACCACACTCTCGCTTTGAGGTGCTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103425 TGGGCTCCCTGCTCCTTTCACACCACACTCTCGCTTTGAGGTGCTGGGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GGGACTACTTCACAGAGCAGCACACCTTCTCCTGTGCAGATGGGGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103475 GGGACTACTTCACAGAGCAGCACACCTTCTCCTGTGCAGATGGGGCTCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AAGTGCCCACTACAGGGGGCTAGCAGGGCGGACGTGGGTGATGCGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103525 AAGTGCCCACTACAGGGGGCTAGCAGGGCGGACGTGGGTGATGCGTTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GACTGCCCTGGAGCAGCTCAATCGGCGCTATCAGCCCCGCCTGCGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103575 GACTGCCCTGGAGCAGCTCAATCGGCGCTATCAGCCCCGCCTGCGCTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AGAAGCAGCGACTGCTCAACGGCTATCGGCGCTTCGACCCAGCACGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103625 AGAAGCAGCGACTGCTCAACGGCTATCGGCGCTTCGACCCAGCACGGGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 ATGGAGTACACCCTGGACCTGCTGTTGGAATGTGTGACACAGCGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103675 ATGGAGTACACCCTGGACCTGCTGTTGGAATGTGTGACACAGCGTGGGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CCGGCGGGCCCTGGCTCGCAGGGTCAGCCTGCTGCGGCCACTGAGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103725 CCGGCGGGCCCTGGCTCGCAGGGTCAGCCTGCTGCGGCCACTGAGCCGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 TGGAAATCCTACCTATGCCCTATGTCACTGAGGCCACCCGAGTGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103775 TGGAAATCCTACCTATGCCCTATGTCACTGAGGCCACCCGAGTGCAGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GTGCTGCCACTCCTGGTGGCTGAAGCTGCTGCAGCCCCGGCTTTCCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103825 GTGCTGCCACTCCTGGTGGCTGAAGCTGCTGCAGCCCCGGCTTTCCTCGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 GGCCTTTGCAGCCAATGTCCTGGAGCCACGAGAACATGCATTGCTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103875 GGCCTTTGCAGCCAATGTCCTGGAGCCACGAGAACATGCATTGCTCACCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 TGTTGCTGGTCTACGGGCCACGAGAAGGTGGCCGTGGAGCTCCAGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103925 TGTTGCTGGTCTACGGGCCACGAGAAGGTGGCCGTGGAGCTCCAGACCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 TTTCTTGGGGTGAAGGCTGCAGCAGCGGAGTTAGAGCGACGGTACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103975 TTTCTTGGGGTGAAGGCTGCAGCAGCGGAGTTAGAGCGACGGTACCCTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 GACGAGGCTGGCCTGGCTCGCTGTGCGAGCAGAGGCCCCTTCCCAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104025 GACGAGGCTGGCCTGGCTCGCTGTGCGAGCAGAGGCCCCTTCCCAGGTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 GACTCATGGACGTGGTCTCGAAGAAGCACCCTGTGGACACTCTCTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104075 GACTCATGGACGTGGTCTCGAAGAAGCACCCTGTGGACACTCTCTTCTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 CTTACCACCGTGTGGACAAGGCCTGGGCCCGAAGTCCTCAACCGCTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104125 CTTACCACCGTGTGGACAAGGCCTGGGCCCGAAGTCCTCAACCGCTGTCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 CATGAATGCCATCTCTGGCTGGCAGGCCTTCTTTCCAGTCCATTTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104175 CATGAATGCCATCTCTGGCTGGCAGGCCTTCTTTCCAGTCCATTTCCAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 AGTTCAATCCTGCCCTGTCACCACAGAGATCACCCCCAGGGCCCCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104225 AGTTCAATCCTGCCCTGTCACCACAGAGATCACCCCCAGGGCCCCCGGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1924 GCTGGCCCTGACCCCCCCTCCCCTCCTGGTGCTGACCCCTCCCGGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104275 GCTGGCCCTGACCCCCCCTCCCCTCCTGGTGCTGACCCCTCCCGGGGGGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1974 TCCTATAGGGGGGAGATTTGACCGGCAGGCTTCTGCGGAGGGCTGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104325 TCCTATAGGGGGGAGATTTGACCGGCAGGCTTCTGCGGAGGGCTGCTTCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 ACAACGCTGACTACCTGGCGGCCCGAGCCCGGCTGGCAGGTGAACTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104375 ACAACGCTGACTACCTGGCGGCCCGAGCCCGGCTGGCAGGTGAACTGGCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2074 GGCCAGGAAGAGGAGGAAGCCCTGGAGGGGCTGGAGGTGATGGATGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104425 GGCCAGGAAGAGGAGGAAGCCCTGGAGGGGCTGGAGGTGATGGATGTTTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2124 CCTCCGGTTCTCAGGGCTCCACCTCTTTCGGGCCGTAGAGCCAGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104475 CCTCCGGTTCTCAGGGCTCCACCTCTTTCGGGCCGTAGAGCCAGGGCTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2174 TGCAGAAGTTCTCCCTGCGAGACTGCAGCCCACGGCTCAGTGAAGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104525 TGCAGAAGTTCTCCCTGCGAGACTGCAGCCCACGGCTCAGTGAAGAACTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2224 TACCACCGCTGCCGCCTCAGCAACCTGGAGGGGCTAGGGGGCCGTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104575 TACCACCGCTGCCGCCTCAGCAACCTGGAGGGGCTAGGGGGCCGTGCCCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :
   2274 GCTGGCTATGGCTCTCTTTGAGCAGGAGCAGGCCAATAGCACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104625 GCTGGCTATGGCTCTCTTTGAGCAGGAGCAGGCCAATAGCACT