seq1 = pF1KA1401.tfa, 2412 bp
seq2 = pF1KA1401/gi568815581r_2224199.tfa (gi568815581r:2224199_2436427), 212229 bp

>pF1KA1401 2412
>gi568815581r:2224199_2436427 (Chr17)

(complement)

1-97  (100001-100097)   100% ->
98-201  (100288-100391)   100% ->
202-421  (100698-100917)   100% ->
422-556  (101034-101168)   100% ->
557-981  (101532-101956)   100% ->
982-1141  (102712-102871)   100% ->
1142-1305  (103304-103467)   100% ->
1306-1496  (104069-104259)   100% ->
1497-1659  (105319-105481)   100% ->
1660-1770  (105803-105913)   100% ->
1771-1903  (106953-107085)   100% ->
1904-2020  (111008-111124)   100% ->
2021-2161  (111599-111739)   100% ->
2162-2236  (111850-111924)   97% ->
2237-2412  (112054-112229)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCCACCGCCCCGGCCCGCTCAAGCAGCAGAATAAAGCTCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCCACCGCCCCGGCCCGCTCAAGCAGCAGAATAAAGCTCATAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGCGGACGGCATCGGGGTCGGGGATCTGCACAGCGGGACGGCAAGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100051 AGGCGGACGGCATCGGGGTCGGGGATCTGCACAGCGGGACGGCAAGGGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       GCCGTCTGGCACTGAAAACCCTAAGCAAGAAGGTGAGAAAAGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ...CAGGCCGTCTGGCACTGAAAACCCTAAGCAAGAAGGTGAGAAAAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCAGCAGAGTCGACCAGAGGCATCGCGCCAGCCAGCTCCGAAAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100332 CTCAGCAGAGTCGACCAGAGGCATCGCGCCAGCCAGCTCCGAAAGCAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAGGAGGCG         GTTCTGGCAGAGAAGAGACAGCTGGGTGGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100382 GAAGGAGGCGGTG...CAGGTTCTGGCAGAGAAGAGACAGCTGGGTGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGATGGCCCTCCTCATCAGGTACTGGTGGTGCCCCTGCACAGCAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100729 AGGATGGCCCTCCTCATCAGGTACTGGTGGTGCCCCTGCACAGCAGAATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCCCTGCCAGAGGCCATGCAGCTGCTTCAAGATAGGGACACTGGAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100779 TCCCTGCCAGAGGCCATGCAGCTGCTTCAAGATAGGGACACTGGAACAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACACTTGAATGAATTGGGAAACACCCAGAACTTTATGCTGCTGTGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100829 ACACTTGAATGAATTGGGAAACACCCAGAACTTTATGCTGCTGTGCCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCTTGAAACATCGGTGGTTTTTCACCTCAGCAAGGCCAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100879 GCTTGAAACATCGGTGGTTTTTCACCTCAGCAAGGCCAGGTT...CAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATCTGCACGTTGTGTTAGACATGGCTAAAGTAGCTGATACCATCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101036 GATCTGCACGTTGTGTTAGACATGGCTAAAGTAGCTGATACCATCCTGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTCCTTGATCCACTAGAAGGCTGGGACAGCACCGGTGATTACTGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101086 CCTCCTTGATCCACTAGAAGGCTGGGACAGCACCGGTGATTACTGTCTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCTGCCTCTTTGCTCAGGGCCTTCCGACCTATA         CACTAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101136 CCTGCCTCTTTGCTCAGGGCCTTCCGACCTATAGTA...CAGCACTAGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTCCAGGGGATTTCTGGCCTCCCACTGAAGAAACAAATAGATACCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101540 GTCCAGGGGATTTCTGGCCTCCCACTGAAGAAACAAATAGATACCAGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAAGCTAAGTAAAGCAGTGGAGAAGCGCTTTCCGCATGACAAACTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101590 GAAGCTAAGTAAAGCAGTGGAGAAGCGCTTTCCGCATGACAAACTCCTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGTTAGACACTCAACAGGAGGCAGGGATGCTGCTTAGGCAGTTGGCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101640 TGTTAGACACTCAACAGGAGGCAGGGATGCTGCTTAGGCAGTTGGCTAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGAAGCAACAGCATCTTGCTTTTCGAGATCGGCGGGCCTACCTATTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101690 CAGAAGCAACAGCATCTTGCTTTTCGAGATCGGCGGGCCTACCTATTTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCATGCTGTTGATTTTGTTCCTAGTGAAGAGAATAACTTGGTGGGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101740 CCATGCTGTTGATTTTGTTCCTAGTGAAGAGAATAACTTGGTGGGCACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGAAAATTTCAGGCTATGTTCGAGGGCAGACTCTGAATGTCAATAGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101790 TGAAAATTTCAGGCTATGTTCGAGGGCAGACTCTGAATGTCAATAGGTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTGCATATCGTTGGATATGGTGATTTCCAGATGAAACAGATAGATGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101840 CTGCATATCGTTGGATATGGTGATTTCCAGATGAAACAGATAGATGCCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CGGAGACCCTTTCCCTTTAAATCCTAGAGGAATTAAACCCCAAAAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101890 CGGAGACCCTTTCCCTTTAAATCCTAGAGGAATTAAACCCCAAAAGGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CAGACATGGCAATGGAG         ATTTGTGCTACGGATGCTGTAGAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101940 CAGACATGGCAATGGAGGTA...CAGATTTGTGCTACGGATGCTGTAGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GATATGGAAGAAGGTCTTAAAGTCCTAATGAAGGCAGACCCTGGTAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102736 GATATGGAAGAAGGTCTTAAAGTCCTAATGAAGGCAGACCCTGGTAGACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GGAATCCTTGCAAGCAGAGGTTATCCCAGATCCAATGGAGGGAGAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102786 GGAATCCTTGCAAGCAGAGGTTATCCCAGATCCAATGGAGGGAGAGCAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CCTGGCCCACTGAGGAGGAGCTGAGCGAGGCAAAGG         ATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102836 CCTGGCCCACTGAGGAGGAGCTGAGCGAGGCAAAGGGTC...CAGATTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TTGAAGGAAAGTTCTAAGGTGGTAAAGAAGGTCCCCAAAGGAACATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103309 TTGAAGGAAAGTTCTAAGGTGGTAAAGAAGGTCCCCAAAGGAACATCCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TTACCAAGCTGAATGGATTTTGGATGGTGGCAGCCAAAGTGGTGGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103359 TTACCAAGCTGAATGGATTTTGGATGGTGGCAGCCAAAGTGGTGGGGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GAGATGAATATGAATATGATGATATGGAACATGAGGATTTTATGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103409 GAGATGAATATGAATATGATGATATGGAACATGAGGATTTTATGGAGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GAATCTCAG         GATGAGAGTAGTGAAGAAGAGGAAGAATATGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103459 GAATCTCAGGTA...CAGGATGAGAGTAGTGAAGAAGAGGAAGAATATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 AACTATGACTATTGGGGAGTCTGTGCATGATGATCTGTATGATAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104101 AACTATGACTATTGGGGAGTCTGTGCATGATGATCTGTATGATAAGAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TAGATGAAGAAGCTGAGGCAAAAATGTTGGAGAAATATAAACAAGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104151 TAGATGAAGAAGCTGAGGCAAAAATGTTGGAGAAATATAAACAAGAAAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CTGGAAGAGATGTTTCCAGATGAAGTGGACACGCCCCGTGATGTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104201 CTGGAAGAGATGTTTCCAGATGAAGTGGACACGCCCCGTGATGTGGCTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 TCGAATTCG         ATTTCAGAAATACAGAGGCCTTAAGAGCTTCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104251 TCGAATTCGGTT...TAGATTTCAGAAATACAGAGGCCTTAAGAGCTTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GGACATCTCCATGGGATCCTAAGGAAAACCTTCCTCAAGATTATGCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105351 GGACATCTCCATGGGATCCTAAGGAAAACCTTCCTCAAGATTATGCTCGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 ATATTTCAGTTTCAGAACTTTACTAACACTAGGAAAAGCATCTTTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105401 ATATTTCAGTTTCAGAACTTTACTAACACTAGGAAAAGCATCTTTAAAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GGTTGAAGAAAAAGAGGTTGAAGGAGCTGAG         GTTGGCTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105451 GGTTGAAGAAAAAGAGGTTGAAGGAGCTGAGGTA...CAGGTTGGCTGGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 ATGTCACACTTCATGTCTCTGAAGTCCCCGTCTCAGTGGTCGAGTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105813 ATGTCACACTTCATGTCTCTGAAGTCCCCGTCTCAGTGGTCGAGTGCTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 AGGCAAGGAACACCCTTGATTGCATTTTCTTTACTACCTCATGAACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105863 AGGCAAGGAACACCCTTGATTGCATTTTCTTTACTACCTCATGAACAGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 G         ATGTCAGTATTGAATATGGTGGTGAGGCGTGACCCTGGCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105913 GGTA...CAGATGTCAGTATTGAATATGGTGGTGAGGCGTGACCCTGGCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 ACACTGAACCTGTGAAAGCCAAGGAAGAGCTCATATTTCACTGTGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106993 ACACTGAACCTGTGAAAGCCAAGGAAGAGCTCATATTTCACTGTGGATTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 AGGCGCTTCCGAGCCTCACCTTTATTCTCTCAGCACACTGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107043 AGGCGCTTCCGAGCCTCACCTTTATTCTCTCAGCACACTGCAGGTT...C

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1904   CGGACAAACATAAATTGCAGAGATTCCTGACTGCTGACATGGCCCTGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111006 AGCGGACAAACATAAATTGCAGAGATTCCTGACTGCTGACATGGCCCTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 TGGCGACAGTCTATGCGCCAATCACTTTTCCTCCTGCATCTGTGCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111056 TGGCGACAGTCTATGCGCCAATCACTTTTCCTCCTGCATCTGTGCTGCTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 TTCAAGCAAAAAAGCAATG         GAATGCACAGCCTCATTGCTAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 111106 TTCAAGCAAAAAAGCAATGGTA...TAGGAATGCACAGCCTCATTGCTAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 AGGCCATCTTATGTCAGTAGATCCAGACAGAATGGTCATCAAGAGAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111621 AGGCCATCTTATGTCAGTAGATCCAGACAGAATGGTCATCAAGAGAGTTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 TTCTGAGTGGTCATCCTTTCAAAATTTTTACTAAGATGGCAGTAGTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111671 TTCTGAGTGGTCATCCTTTCAAAATTTTTACTAAGATGGCAGTAGTACGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 TACATGTTCTTCAACAGAG         AGGATGTGCTGTGGTTCAAACC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||| |||||
 111721 TACATGTTCTTCAACAGAGGTG...AAGAGGATGTGCTGTGGTTTAAACC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 AGTGGAACTGAGAACGAAGTGGGGCTGGAGAGGACATATCAAGGAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 111872 AGTGGAACTGAGAACGAAGTGGGGCCGGAGAGGACATATCAAGGAACCTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 TAG         GTACCCATGGCCACATGAAATGCAGCTTTGATGGGAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111922 TAGGTA...TAGGTACCCATGGCCACATGAAATGCAGCTTTGATGGGAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 CTAAAATCTCAAGACACAGTACTGATGAACCTGTATAAACGAGTCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112092 CTAAAATCTCAAGACACAGTACTGATGAACCTGTATAAACGAGTCTTCCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 CAAATGGACTTATGATCCATATGTACCAGAACCAGTACCCTGGCTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112142 CAAATGGACTTATGATCCATATGTACCAGAACCAGTACCCTGGCTGAAAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .
   2375 GTGAGATTTCTTCAACAGTGCCTCAAGGGGGCATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112192 GTGAGATTTCTTCAACAGTGCCTCAAGGGGGCATGGAG