seq1 = pF1KA1390.tfa, 1407 bp
seq2 = pF1KA1390/gi568815597r_150897290.tfa (gi568815597r:150897290_151102617), 205328 bp

>pF1KA1390 1407
>gi568815597r:150897290_151102617 (Chr1)

(complement)

1-453  (100001-100453)   100% ->
454-511  (100836-100893)   100% ->
512-576  (101304-101368)   100% ->
577-735  (102003-102161)   100% ->
736-838  (102654-102756)   100% ->
839-981  (103107-103249)   100% ->
982-1173  (104345-104536)   99% ->
1174-1329  (104839-104994)   100% ->
1330-1407  (105251-105328)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAATACCATCAGCCTGAGGATCCAGCCCCTGGTAAGGCCGGGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAATACCATCAGCCTGAGGATCCAGCCCCTGGTAAGGCCGGGACTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAGCAGTCATCCCTGAAAACCATGAGGTTCTGGCAGGCCCAGATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAAGCAGTCATCCCTGAAAACCATGAGGTTCTGGCAGGCCCAGATGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCCTCAGGACACAGATGCAAGAGATGCTGATGGGGAGGCTAGAGAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCCTCAGGACACAGATGCAAGAGATGCTGATGGGGAGGCTAGAGAACGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCCAGCAGACCAAGCTTTGCTGCCTAGCCAGTGTGGGGACAACCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGCCAGCAGACCAAGCTTTGCTGCCTAGCCAGTGTGGGGACAACCTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTCCCCTCTGCCTGAAGCTAGCTCAGCTCCACCGGGGCCAACCCTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTCCCCTCTGCCTGAAGCTAGCTCAGCTCCACCGGGGCCAACCCTTGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CACTGCCTGAAGTAGAGACAATAAGGGCATGCTCCATGCCCCAGGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CACTGCCTGAAGTAGAGACAATAAGGGCATGCTCCATGCCCCAGGAGCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCTCAGTCCCCCAGGACCCGACAGCCTGAGCCAGATTTCTACTGTGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCTCAGTCCCCCAGGACCCGACAGCCTGAGCCAGATTTCTACTGTGTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTGGATCCCTTGGAAAGGAGAACAGACACCCATCATCACCCAGAGCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTGGATCCCTTGGAAAGGAGAACAGACACCCATCATCACCCAGAGCACTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACGGCCCTTGCCCTCTCCTTGCCATCATGAACATCCTCTTTCTTCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACGGCCCTTGCCCTCTCCTTGCCATCATGAACATCCTCTTTCTTCAGTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAG         GTGAAGCTCCCCCCGCAGAAGGAAGTGATCACATCGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAGGTA...CAGGTGAAGCTCCCCCCGCAGAAGGAAGTGATCACATCGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGAGCTCATGGCCCATCTTG         GAAACTGCCTCCTGTCCATCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100874 TGAGCTCATGGCCCATCTTGGTG...TAGGAAACTGCCTCCTGTCCATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGCCCCAGGAGAAGTCAGAGGGACTTCAGCTTAATTTTCAGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101325 AGCCCCAGGAGAAGTCAGAGGGACTTCAGCTTAATTTTCAGCAGGTG...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    577    AATGTGGATGATGCAATGACAGTGCTGCCTAAACTGGCCACAGGTCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102000 CAGAATGTGGATGATGCAATGACAGTGCTGCCTAAACTGGCCACAGGTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGATGTCAATGTGCGATTCACAGGCGTCTCTGATTTTGAGTATACACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102050 GGATGTCAATGTGCGATTCACAGGCGTCTCTGATTTTGAGTATACACCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGTGCAGTGTCTTTGACCTGCTAGGCATACCTCTGTACCATGGCTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102100 AGTGCAGTGTCTTTGACCTGCTAGGCATACCTCTGTACCATGGCTGGCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTTGATCCACAG         AGTCCTGAGGCTGTGCGTGCAGTTGGGAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102150 GTTGATCCACAGGTG...CAGAGTCCTGAGGCTGTGCGTGCAGTTGGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ACTGAGTTACAACCAGCTGGTGGAGAGGATCATCACCTGCAAACACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102683 ACTGAGTTACAACCAGCTGGTGGAGAGGATCATCACCTGCAAACACTCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTGACACCAACCTCGTGACAGAAG         GCCTGATTGCAGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102733 GTGACACCAACCTCGTGACAGAAGGTG...CAGGCCTGATTGCAGAGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTCCTGGAGACCACCGCGGCCCAGCTGACCTACCACGGACTGTGTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103124 TTCCTGGAGACCACCGCGGCCCAGCTGACCTACCACGGACTGTGTGAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GACAGCAGCTGCTAAGGAGGGTGAACTTAGCGTCTTTTTCCGAAACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103174 GACAGCAGCTGCTAAGGAGGGTGAACTTAGCGTCTTTTTCCGAAACAACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACTTTAGCACCATGACTAAGCATAAG         AGTCACTTATACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103224 ACTTTAGCACCATGACTAAGCATAAGGTA...TAGAGTCACTTATACCTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGGTCACTGACCAGGGCTTTCTACAGGAGGAGCAAGTCGTATGGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104360 CTGGTCACTGACCAGGGCTTTCTACAGGAGGAGCAAGTCGTATGGGAGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCTGCACAATGTGGATGGAGACAGCTGCTTTTGTGACTCTGACTTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104410 CCTGCACAATGTGGATGGAGACAGCTGCTTTTGTGACTCTGACTTTCACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGAGTCATTCCCTGGGCAAGGGGCCTGGAGCAGAAGGTGGGAGTGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104460 TGAGTCATTCCCTGGGCAAGGGGCCTGGAGCAGAAGGTGGGAGTGGCTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CCAGAAAAGCAGCTGCAGGTAGACCAG         GACTACCTGATTGC
        ||||||| |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104510 CCAGAAACGCAGCTGCAGGTAGACCAGGTG...CAGGACTACCTGATTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TCTGTCCCTGCAGCAGCAACAGCCACGAGGCCCGCTGGGGCTTACCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104853 TCTGTCCCTGCAGCAGCAACAGCCACGAGGCCCGCTGGGGCTTACCGACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGGAGCTGGCCCAGCAGCTTCAGCAAGAGGAGTATCAACAGCAGCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104903 TGGAGCTGGCCCAGCAGCTTCAGCAAGAGGAGTATCAACAGCAGCAGGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GCGCAGCCAGTGCGGATGCGGACGCGGGTCCTGTCACTGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104953 GCGCAGCCAGTGCGGATGCGGACGCGGGTCCTGTCACTGCAGGTG...CA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1330  GGGAGAGGAGCCACATCTGGACGCCCAGCCGGGGAGCGTCGGCAGAGGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105250 GGGGAGAGGAGCCACATCTGGACGCCCAGCCGGGGAGCGTCGGCAGAGGC

   1450     .    :    .    :    .
   1379 CGAAGCACGAGTCAGACTGCATTCTGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 105300 CGAAGCACGAGTCAGACTGCATTCTGCTG