seq1 = pF1KA1385.tfa, 2208 bp
seq2 = pF1KA1385/gi568815584f_66408528.tfa (gi568815584f:66408528_67280934), 872407 bp

>pF1KA1385 2208
>gi568815584f:66408528_67280934 (Chr14)

197-294  (415943-416039)   98% ->
295-389  (471412-471506)   100% ->
390-456  (507476-507542)   100% ->
457-729  (514139-514411)   100% ->
730-864  (556664-556798)   100% ->
865-907  (615106-615148)   100% ->
908-1045  (650122-650259)   100% ->
1046-1138  (680456-680548)   100% ->
1139-1194  (692329-692384)   100% ->
1195-1314  (701613-701732)   100% ->
1315-1373  (703334-703392)   100% ->
1374-1527  (704491-704644)   100% ->
1528-1649  (713729-713850)   100% ->
1650-1737  (734835-734922)   100% ->
1738-1811  (750888-750961)   100% ->
1812-1876  (756635-756699)   100% ->
1877-1980  (760406-760509)   100% ->
1981-2077  (771051-771147)   100% ->
2078-2208  (772277-772407)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    197 TCAAGGAAACCCTGATAGATTGGTGTGATGAAAAGGAACTTAATTTGATA
        |||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 415943 TCA GGAAACCCTGATAGATTGGTGTGATGAAAAGGAACTTAATTTGATA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    247 TTAACAACTGGAGGAACAGGATTTGCACCACGAGATGTCACTCCAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 415992 TTAACAACTGGAGGAACAGGATTTGCACCACGAGATGTCACTCCAGAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    295        GCCACAAAAGAAGTAATAGAACGGGAAGCACCAGGGATGGCCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416042 G...CAGGCCACAAAAGAAGTAATAGAACGGGAAGCACCAGGGATGGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    338 TGGCAATGCTGATGGGATCACTTAATGTTACACCTCTGGGCATGCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 471455 TGGCAATGCTGATGGGATCACTTAATGTTACACCTCTGGGCATGCTCTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    388 AG         GCCTGTATGTGGAATCAGAGGGAAAACGCTCATAATTAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 471505 AGGTA...CAGGCCTGTATGTGGAATCAGAGGGAAAACGCTCATAATTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    429 CCTGCCAGGTAGCAAGAAAGGATCTCAG         GAATGCTTTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 507515 CCTGCCAGGTAGCAAGAAAGGATCTCAGGTA...CAGGAATGCTTTCAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    470 TCATACTGCCAGCTCTACCTCATGCCATTGACCTTTTACGTGATGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 514152 TCATACTGCCAGCTCTACCTCATGCCATTGACCTTTTACGTGATGCCATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    520 GTAAAAGTAAAGGAGGTGCATGATGAACTTGAAGATTTGCCTTCCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 514202 GTAAAAGTAAAGGAGGTGCATGATGAACTTGAAGATTTGCCTTCCCCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    570 TCCCCCTCTTTCCCCTCCTCCTACTACCAGCCCCCATAAACAGACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 514252 TCCCCCTCTTTCCCCTCCTCCTACTACCAGCCCCCATAAACAGACAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620 ACAAAGGAGTTCAATGTGAGGAAGAGGAAGAAGAGAAGAAAGACAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 514302 ACAAAGGAGTTCAATGTGAGGAAGAGGAAGAAGAGAAGAAAGACAGTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 GTTGCTTCAACAGAAGATAGTTCCTCATCACATATAACTGCAGCAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 514352 GTTGCTTCAACAGAAGATAGTTCCTCATCACATATAACTGCAGCAGCCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TGCTGCCAAG         ATTCCAGACTCCATCATTTCTCGTGGTGTTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 514402 TGCTGCCAAGGTA...CAGATTCCAGACTCCATCATTTCTCGTGGTGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 AGGTGCTCCCACGAGACACAGCCTCCCTCAGCACTACTCCTTCAGAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 556695 AGGTGCTCCCACGAGACACAGCCTCCCTCAGCACTACTCCTTCAGAATCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 CCTCGTGCTCAGGCTACATCTCGCCTCTCTACAGCTTCCTGCCCAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 556745 CCTCGTGCTCAGGCTACATCTCGCCTCTCTACAGCTTCCTGCCCAACACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 AAAA         GTCCAGTCCAGGTGCAGCAGCAAGGAGAACATTCTCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 556795 AAAAGTA...CAGGTCCAGTCCAGGTGCAGCAGCAAGGAGAACATTCTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 GAGCCA         GTCACAGTGCTGTCGATATCACCAAGGTGGCTAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 615143 GAGCCAGTA...TAGGTCACAGTGCTGTCGATATCACCAAGGTGGCTAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 AGACATCGCATGTCTCCTTTTCCTCTGACATCTATGGACAAAGCCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 650157 AGACATCGCATGTCTCCTTTTCCTCTGACATCTATGGACAAAGCCTTTAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 CACAGTCCTGGAGATGACTCCGGTGCTTGGGACAGAAATCATCAATTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 650207 CACAGTCCTGGAGATGACTCCGGTGCTTGGGACAGAAATCATCAATTACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 GAG         ATGGAATGGGGCGAGTCCTTGCTCAAGATGTATATGCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 650257 GAGGTA...CAGATGGAATGGGGCGAGTCCTTGCTCAAGATGTATATGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 AAAGACAATTTACCCCCCTTCCCAGCATCAGTAAAAGATGGCTATGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 680494 AAAGACAATTTACCCCCCTTCCCAGCATCAGTAAAAGATGGCTATGCTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 CCGAG         CTGCTGATGGCCCAGGAGATCGTTTCATCATTGGGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 680544 CCGAGGTA...CAGCTGCTGATGGCCCAGGAGATCGTTTCATCATTGGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 AATCCCAAGCTGGTGAACAG         CCAACTCAGACAGTAATGCCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 692365 AATCCCAAGCTGGTGAACAGGTG...CAGCCAACTCAGACAGTAATGCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1216 GGACAAGTCATGCGGGTTACAACAGGTGCTCCAATACCCTGCGGTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 701634 GGACAAGTCATGCGGGTTACAACAGGTGCTCCAATACCCTGCGGTGCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1266 TGCAGTAGTACAAGTGGAAGATACCGAACTTATCAGGGAATCAGATGAT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 701684 TGCAGTAGTACAAGTGGAAGATACCGAACTTATCAGGGAATCAGATGATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315         GGCACTGAAGAACTTGAAGTGCGAATTCTGGTGCAAGCTCGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 701734 TA...TAGGGCACTGAAGAACTTGAAGTGCGAATTCTGGTGCAAGCTCGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1357 CCAGGCCAAGATATCAG         ACCCATCGGCCATGACATTAAAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 703376 CCAGGCCAAGATATCAGGTA...CAGACCCATCGGCCATGACATTAAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1398 AGGGGAATGTGTTTTGGCCAAAGGAACCCACATGGGCCCCTCAGAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 704515 AGGGGAATGTGTTTTGGCCAAAGGAACCCACATGGGCCCCTCAGAGATTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1448 GTCTTCTGGCAACTGTAGGTGTCACAGAGGTTGAAGTTAATAAGTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 704565 GTCTTCTGGCAACTGTAGGTGTCACAGAGGTTGAAGTTAATAAGTTTCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1498 GTGGTTGCAGTCATGTCAACAGGGAATGAG         CTGCTAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 704615 GTGGTTGCAGTCATGTCAACAGGGAATGAGGTA...TAGCTGCTAAATCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1539 TGAAGATGACCTCTTACCAGGGAAGATTCGAGACAGCAATCGTTCAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 713740 TGAAGATGACCTCTTACCAGGGAAGATTCGAGACAGCAATCGTTCAACTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1589 TTCTAGCAACAATTCAGGAACATGGTTACCCCACGATCAACTTGGGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 713790 TTCTAGCAACAATTCAGGAACATGGTTACCCCACGATCAACTTGGGTATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1639 GTAGGAGACAA         CCCAGATGACTTACTCAATGCCTTGAATGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 713840 GTAGGAGACAAGTA...CAGCCCAGATGACTTACTCAATGCCTTGAATGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1680 GGGTATCAGTCGTGCTGATGTCATCATCACATCAGGGGGTGTATCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 734865 GGGTATCAGTCGTGCTGATGTCATCATCACATCAGGGGGTGTATCCATGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1730 GGGAAAAG         GACTATCTCAAGCAGGTGCTGGACATTGATCTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 734915 GGGAAAAGGTA...CAGGACTATCTCAAGCAGGTGCTGGACATTGATCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1771 CATGCTCAGATCCATTTTGGCAGGGTTTTTATGAAACCAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 750921 CATGCTCAGATCCATTTTGGCAGGGTTTTTATGAAACCAGGGTA...TAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1812 CTTGCCAACAACATTTGCAACTTTGGATATTGATGGTGTAAGAAAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 756635 CTTGCCAACAACATTTGCAACTTTGGATATTGATGGTGTAAGAAAAATAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1862 TCTTTGCACTACCTG         GGAATCCTGTATCGGCTGTGGTCACC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 756685 TCTTTGCACTACCTGGTA...CAGGGAATCCTGTATCGGCTGTGGTCACC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1903 TGCAATCTCTTTGTTGTGCCTGCACTGAGGAAAATGCAGGGCATCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 760432 TGCAATCTCTTTGTTGTGCCTGCACTGAGGAAAATGCAGGGCATCTTGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1953 TCCTCGGCCAACCATCATCAAAGCAAGG         TTATCATGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 760482 TCCTCGGCCAACCATCATCAAAGCAAGGGTA...TAGTTATCATGTGATG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1994 TAAAACTTGATCCTCGTCCAGAATACCATCGGTGTATACTAACTTGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 771064 TAAAACTTGATCCTCGTCCAGAATACCATCGGTGTATACTAACTTGGCAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2044 CACCAAGAACCACTACCTTGGGCACAGAGTACAG         GTAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 771114 CACCAAGAACCACTACCTTGGGCACAGAGTACAGGTT...TAGGTAATCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2085 AATGAGCAGCCGTCTGATGAGCATGCGCAGTGCCAATGGATTGTTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 772284 AATGAGCAGCCGTCTGATGAGCATGCGCAGTGCCAATGGATTGTTGATGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2135 TACCTCCAAAGACAGAACAGTACGTGGAGCTCCACAAAGGCGAGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 772334 TACCTCCAAAGACAGAACAGTACGTGGAGCTCCACAAAGGCGAGGTGGTG

   2150     .    :    .    :
   2185 GATGTCATGGTCATTGGACGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||
 772384 GATGTCATGGTCATTGGACGGCTA