seq1 = pF1KA1381.tfa, 2940 bp
seq2 = pF1KA1381/gi568815581f_73093070.tfa (gi568815581f:73093070_73308448), 215379 bp

>pF1KA1381 2940
>gi568815581f:73093070_73308448 (Chr17)

1-315  (100001-100315)   100% ->
316-560  (103438-103682)   100% ->
561-742  (103831-104012)   100% ->
743-913  (104157-104327)   100% ->
914-1070  (106796-106952)   99% ->
1071-1281  (107497-107707)   99% ->
1282-2073  (108040-108831)   100% ->
2074-2220  (109931-110077)   100% ->
2221-2382  (110563-110724)   100% ->
2383-2510  (112484-112611)   100% ->
2511-2619  (113085-113193)   100% ->
2620-2729  (113639-113748)   100% ->
2730-2805  (114112-114187)   100% ->
2806-2940  (115245-115379)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCGCGGCAACCTCACCCGCGCTGAAGCGGCTGGATCTGCGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACCGCGGCAACCTCACCCGCGCTGAAGCGGCTGGATCTGCGCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCTGCGGCTCTTTTCGAGACGCATGGAGCGGAGGAGATCCGCGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCTGCGGCTCTTTTCGAGACGCATGGAGCGGAGGAGATCCGCGGGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCGCCAGGTTCGGGCCGAGATCGAGCACAAGAAGGAGGAGCTGCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCGCCAGGTTCGGGCCGAGATCGAGCACAAGAAGGAGGAGCTGCGGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGGTGGGCGAACGGTACCGCGACCTGATCGAGGCGGCCGACACCATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGGTGGGCGAACGGTACCGCGACCTGATCGAGGCGGCCGACACCATCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAGATGCGCCGCTGCGCCGTGGGGCTAGTGGACGCCGTGAAGGCCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCAGATGCGCCGCTGCGCCGTGGGGCTAGTGGACGCCGTGAAGGCCACCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCAGTACTGCGCCCGCCTCCGCCAGGCCGGCTCGGCCGCGCCCCGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCAGTACTGCGCCCGCCTCCGCCAGGCCGGCTCGGCCGCGCCCCGGCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCGCGGGCCCAGCAG         CCACAGCAGCCATCCCAGGAGAAGTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCGCGGGCCCAGCAGGTC...CAGCCACAGCAGCCATCCCAGGAGAAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTACAGCATGGCTGCCCAGATCAAGCTACTCTTAGAAATTCCGGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103464 CTACAGCATGGCTGCCCAGATCAAGCTACTCTTAGAAATTCCGGAGAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCTGGAGCTCGATGGAAGCCTCTCAGTGTCTCCACGCCACACAGCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103514 TCTGGAGCTCGATGGAAGCCTCTCAGTGTCTCCACGCCACACAGCTCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGCTCTGCTGCCACCTCCACAGCCTGCTCCAGCTGGATTCTTCTAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103564 CTGCTCTGCTGCCACCTCCACAGCCTGCTCCAGCTGGATTCTTCTAGTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCGATACAGTCCCGTCCTCTCCCGGTTTCCTATACTCATCCGGCAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103614 CCGATACAGTCCCGTCCTCTCCCGGTTTCCTATACTCATCCGGCAGGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CAGCCGCCAGCCACTTCCG         GTCAACTATTCTGCATGAAAGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103664 CAGCCGCCAGCCACTTCCGGTA...TAGGTCAACTATTCTGCATGAAAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAGATGTTGCTCAAATGCCAAGGTGTGTCTGACCAAGCTGTGGCCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103853 AAGATGTTGCTCAAATGCCAAGGTGTGTCTGACCAAGCTGTGGCCGAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCTGTGCTCTATAATGCTCTTAGAAGAGAGTTCTCCTCGCCAAGCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103903 CCTGTGCTCTATAATGCTCTTAGAAGAGAGTTCTCCTCGCCAAGCCCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CAGACTTCCTGCTGGCCAGAAAGGCAACTATTCAGAAACTTCTCAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103953 CAGACTTCCTGCTGGCCAGAAAGGCAACTATTCAGAAACTTCTCAACCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CCACACCATG         GTGCTGGTATCAAGGCTCAGATTTGCTCATT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104003 CCACACCATGGTG...TAGGTGCTGGTATCAAGGCTCAGATTTGCTCATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGTGGAGTTGCTGGCCACCACTCTGAAGCAAGCTCATGCCCTTTTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104188 AGTGGAGTTGCTGGCCACCACTCTGAAGCAAGCTCATGCCCTTTTCTACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CTTTGCCAGAAGGACTGCTGCCAGATCCAGCCCTGCCATGTGGCTTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104238 CTTTGCCAGAAGGACTGCTGCCAGATCCAGCCCTGCCATGTGGCTTGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TTCTCTACTCTGGAGACCATCACAGGCCAGCATCCTGCCG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104288 TTCTCTACTCTGGAGACCATCACAGGCCAGCATCCTGCCGGTG...TAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AAAGGGCACTGGTGTCCTGCAGGAAGAGATGAAACTCTGCAGCTGGTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 106797 AAAGGGCACTGGTGTCCTGCAGGAAGAGATGAAACTCTGCAGCTGGTTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AACACCTGCCAGCATCCATCGTCGAGTTCCAGCCAACACTCCGAACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106847 AACACCTGCCAGCATCCATCGTCGAGTTCCAGCCAACACTCCGAACCCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GCACATCCCATCAGTCAGGAATACCTGAAAGACACGCTGCAGAAATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106897 GCACATCCCATCAGTCAGGAATACCTGAAAGACACGCTGCAGAAATGGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CCACAT         GTGTAATGAAGACATTAAAAATGGGATCACCAACC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106947 CCACATGTA...CAGGTGTAATGAAGACATTAAAAATGGGATCACCAACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGCTCATGTACGTGAAGAGCATGAAGGGTCTCGCGGGAATCCCGGACGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 107532 TGCTCATGTACGTGAAGAGCATGAAGGGTCTCGCGGGAATCCGGGACGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 ATGTGGGAGTTACTTACCAATGAGTCCACCAATCACAGCTGGGATGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107582 ATGTGGGAGTTACTTACCAATGAGTCCACCAATCACAGCTGGGATGTGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 ATGTCGGCGGCTTCTGGAGAAGCCGCTCTTGTTCTGGGAAGATATGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107632 ATGTCGGCGGCTTCTGGAGAAGCCGCTCTTGTTCTGGGAAGATATGATGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 AGCAACTGTTCCTTGACCGATTACAG         ACTCTGACAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107682 AGCAACTGTTCCTTGACCGATTACAGGTG...TAGACTCTGACAAAAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GGCTTTGACTCCATCTCCAGTAGCTCCAAGGAGCTCTTGGTTTCAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108055 GGCTTTGACTCCATCTCCAGTAGCTCCAAGGAGCTCTTGGTTTCAGCTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GCAGGAACTTGAAAGCAGCACCAGCAACTCCCCTTCAAATAAGCACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108105 GCAGGAACTTGAAAGCAGCACCAGCAACTCCCCTTCAAATAAGCACATCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 ACTTTGAGTACAACATGTCGCTCTTCCTCTGGTCTGAGAGTCCTAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108155 ACTTTGAGTACAACATGTCGCTCTTCCTCTGGTCTGAGAGTCCTAATGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 CTGCCTTCCGATGCGGCCTGGGTCAGCGTGGCAAACCGGGGTCAGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108205 CTGCCTTCCGATGCGGCCTGGGTCAGCGTGGCAAACCGGGGTCAGTTTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CAGTAGCGGCCTCTCCATGAAAGCACAAGCCATCAGCCCTTGTGTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108255 CAGTAGCGGCCTCTCCATGAAAGCACAAGCCATCAGCCCTTGTGTACAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 ACTTCTGTTCTGCCCTGGATTCTAAGCTGAAGGTTAAACTAGATGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108305 ACTTCTGTTCTGCCCTGGATTCTAAGCTGAAGGTTAAACTAGATGACCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 CTGGCTTACCTCCCCTCTGATGACTCATCACTGCCCAAGGACGTTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108355 CTGGCTTACCTCCCCTCTGATGACTCATCACTGCCCAAGGACGTTTCTCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 CACACAGGCCAAGAGTTCTGCCTTTGACAGATACGCAGATGCGGGGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108405 CACACAGGCCAAGAGTTCTGCCTTTGACAGATACGCAGATGCGGGGACCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 TGCAGGAGATGCTGCGGACTCAGTCCGTGGCATGCATCAAGCACATCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108455 TGCAGGAGATGCTGCGGACTCAGTCCGTGGCATGCATCAAGCACATCGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 GACTGCATCCGGGCAGAGCTACAGAGCATTGAAGAGGGTGTGCAAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108505 GACTGCATCCGGGCAGAGCTACAGAGCATTGAAGAGGGTGTGCAAGGGCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 ACAGGATGCCCTCAACAGTGCCAAGCTGCACTCAGTTCTTTTCATGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108555 ACAGGATGCCCTCAACAGTGCCAAGCTGCACTCAGTTCTTTTCATGGCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 GACTCTGCCAGTCCCTGGGAGAGCTGTGCCCCCATCTGAAGCAGTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108605 GACTCTGCCAGTCCCTGGGAGAGCTGTGCCCCCATCTGAAGCAGTGCATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 CTGGGAAAATCAGAGAGCTCAGAGAAACCAGCAAGGGAGTTTAGGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108655 CTGGGAAAATCAGAGAGCTCAGAGAAACCAGCAAGGGAGTTTAGGGCTCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 GAGAAAACAGGGAAAGGTGAAAACTCAGGAAATCATTCCTACACAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108705 GAGAAAACAGGGAAAGGTGAAAACTCAGGAAATCATTCCTACACAGGCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 AGTGGCAAGAGGTTAAAGAAGTACTCCTCCAGCAGAGCGTGATGGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108755 AGTGGCAAGAGGTTAAAGAAGTACTCCTCCAGCAGAGCGTGATGGGCTAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047 CAGGTCTGGAGCAGTGCAGTTGTGAAA         GTTTTGATTCATGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 108805 CAGGTCTGGAGCAGTGCAGTTGTGAAAGTG...CAGGTTTTGATTCATGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 ATTCACCCAGTCATTACTTCTAGATGATGCTGGCTCAGTTCTGGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109945 ATTCACCCAGTCATTACTTCTAGATGATGCTGGCTCAGTTCTGGCCACAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138 CCACCAGCTGGGATGAGCTAGAAATTCAGGAGGAGGCAGAGTCTGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109995 CCACCAGCTGGGATGAGCTAGAAATTCAGGAGGAGGCAGAGTCTGGCAGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 AGTGTCACATCCAAGATCCGACTCCCTGCACAG         CCGTCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 110045 AGTGTCACATCCAAGATCCGACTCCCTGCACAGGTG...TAGCCGTCCTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2229 GTATGTACAGTCCTTCCTGTTTAGTTTATGCCAGGAAATTAATCGGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110571 GTATGTACAGTCCTTCCTGTTTAGTTTATGCCAGGAAATTAATCGGGTTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2279 GAGGCCATGCCTTGCCAAAGGTGACATTACAGGAGATGCTGAAAAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110621 GAGGCCATGCCTTGCCAAAGGTGACATTACAGGAGATGCTGAAAAGCTGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2329 ATGGTTCAAGTAGTAGCTGCCTATGAGAAACTCTCCGAAGAAAAACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110671 ATGGTTCAAGTAGTAGCTGCCTATGAGAAACTCTCCGAAGAAAAACAGAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2379 TAAG         AAAGAAGGTGCATTTCCAGTCACCCAGAACCGGGCGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110721 TAAGGTA...CAGAAAGAAGGTGCATTTCCAGTCACCCAGAACCGGGCGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2420 TGCAGCTGCTTTATGATCTGCGTTACCTCAACATTGTTCTGACAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112521 TGCAGCTGCTTTATGATCTGCGTTACCTCAACATTGTTCTGACAGCCAAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2470 GGTGACGAGGTGAAGAGTGGCCGGAGCAAGCCAGACTCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 112571 GGTGACGAGGTGAAGAGTGGCCGGAGCAAGCCAGACTCCAGGTG...CAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2511 AATTGAGAAAGTGACTGACCACCTGGAAGCCCTCATTGATCCATTTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113085 AATTGAGAAAGTGACTGACCACCTGGAAGCCCTCATTGATCCATTTGACC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2561 TGGACGTTTTCACGCCACACCTCAACAGCAACCTTCATCGCCTGGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113135 TGGACGTTTTCACGCCACACCTCAACAGCAACCTTCATCGCCTGGTGCAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2611 CGAACTTCT         GTTCTGTTTGGATTGGTGACTGGTACAGAGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113185 CGAACTTCTGTG...CAGGTTCTGTTTGGATTGGTGACTGGTACAGAGAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2652 TCAGCTCGCCCCCCGGAGCAGTACGTTCAACTCCCAAGAACCCCATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113671 TCAGCTCGCCCCCCGGAGCAGTACGTTCAACTCCCAAGAACCCCATAACA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2702 TCCTGCCACTGGCATCCAGTCAGATCAG         GTTTGGACTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 113721 TCCTGCCACTGGCATCCAGTCAGATCAGGTA...GAGGTTTGGACTTCTC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2743 CCACTGAGCATGACAAGCACTCGAAAGGCTAAATCAACCAGAAACATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114125 CCACTGAGCATGACAAGCACTCGAAAGGCTAAATCAACCAGAAACATCGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2793 AACAAAAGCTCAG         GTTGTCCCCCCGGCACGCTCCACAGCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 114175 AACAAAAGCTCAGGTT...CAGGTTGTCCCCCCGGCACGCTCCACAGCTG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2834 GTGACCCGACAGTTCCTGGCTCCTTGTTCAGACAGCTTGTCAGTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115273 GTGACCCGACAGTTCCTGGCTCCTTGTTCAGACAGCTTGTCAGTGAAGAA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2884 GACAACACGTCTGCACCTTCATTATTCAAACTTGGCTGGCTCTCTAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115323 GACAACACGTCTGCACCTTCATTATTCAAACTTGGCTGGCTCTCTAGTAT

   3050     .
   2934 GACTAAG
        |||||||
 115373 GACTAAG