seq1 = pF1KA1378.tfa, 1860 bp
seq2 = pF1KA1378/gi568815594r_87063522.tfa (gi568815594r:87063522_87295539), 232018 bp

>pF1KA1378 1860
>gi568815594r:87063522_87295539 (Chr4)

(complement)

1-216  (100001-100216)   100% ->
217-765  (109741-110289)   100% ->
766-952  (112151-112337)   100% ->
953-1096  (116920-117063)   100% ->
1097-1208  (118672-118783)   100% ->
1209-1377  (124925-125093)   100% ->
1378-1537  (125302-125461)   100% ->
1538-1739  (131461-131662)   100% ->
1740-1860  (131898-132018)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCAGATTCTATGAGTAGTAAACAAGCTAGGAATCACATTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCAGATTCTATGAGTAGTAAACAAGCTAGGAATCACATTACAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGAAAAGGCAACAACAGCACCAGCAAATAAAGAACAGATCCTCAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGAAAAGGCAACAACAGCACCAGCAAATAAAGAACAGATCCTCAATTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGATGGTGATGGAGAAGATTCCTTTATTTTTGAAGCAAATGAAGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGATGGTGATGGAGAAGATTCCTTTATTTTTGAAGCAAATGAAGCTTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAGATTTTCATGGTTCTCTTCTTCGATTTTATGAAAATGGAGAACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAAGATTTTCATGGTTCTCTTCTTCGATTTTATGAAAATGGAGAACTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGATGTCACACTCAAG         GTTGGCTCAAAGCTAATCTCTTGTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100201 TGATGTCACACTCAAGGTG...CAGGTTGGCTCAAAGCTAATCTCTTGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAAGCTGGTATTGGCTTGTGTTATTCCCTACTTTAGAGCCATGTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109766 ACAAGCTGGTATTGGCTTGTGTTATTCCCTACTTTAGAGCCATGTTTCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTGAAATGGCTGAAGCCAAGCAAACGCTGATTGAGATTAGAGATTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109816 TCTGAAATGGCTGAAGCCAAGCAAACGCTGATTGAGATTAGAGATTTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGTGATGCAATAGAAGACTTGGTAAAGTTTGTCTATTCTTCACGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109866 TGGTGATGCAATAGAAGACTTGGTAAAGTTTGTCTATTCTTCACGGCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTTTGACTGTTGACAATGTCCAGCCTCTCTTATATGCAGCCTGTATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109916 CTTTGACTGTTGACAATGTCCAGCCTCTCTTATATGCAGCCTGTATTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGGTTGAACTGGTGGCTAGAGCTTGTTGTGAATACATGAAGTTACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109966 CAGGTTGAACTGGTGGCTAGAGCTTGTTGTGAATACATGAAGTTACATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCATCCCTCCAATTGCCTGGCAGTAAGAGCCTTTGCAGAAAGTCACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110016 TCATCCCTCCAATTGCCTGGCAGTAAGAGCCTTTGCAGAAAGTCACAATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GAATAGACTTAATGGACATGGCGGATCAGTATGCCTGTGACCATTTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110066 GAATAGACTTAATGGACATGGCGGATCAGTATGCCTGTGACCATTTTACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAAGTAGTGGAGTGTGAAGACTTTGTAAGTGTATCACCGCAGCACCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110116 GAAGTAGTGGAGTGTGAAGACTTTGTAAGTGTATCACCGCAGCACCTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TAAGCTTTTGTCCTCCAGTGATCTAAATATTGAAAATGAAAAGCAGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110166 TAAGCTTTTGTCCTCCAGTGATCTAAATATTGAAAATGAAAAGCAGGTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATAATGCTGCCATCAAGTGGCTTCTTGCCAATCCTCAGCATCATTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110216 ATAATGCTGCCATCAAGTGGCTTCTTGCCAATCCTCAGCATCATTCCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TGGTTGGATGAAACACTTGCACAG         GTTCGCCTGCCATTGTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 110266 TGGTTGGATGAAACACTTGCACAGGTA...TAGGTTCGCCTGCCATTGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GCCGGTTGATTTTCTTATGGGTGTTGTGGCAAAAGAACAGATTGTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112168 GCCGGTTGATTTTCTTATGGGTGTTGTGGCAAAAGAACAGATTGTCAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AAAATCTAAAATGTAGAGATTTACTGGATGAAGCAAGAAATTACCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112218 AAAATCTAAAATGTAGAGATTTACTGGATGAAGCAAGAAATTACCACCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CACTTGAGTAGCAGAGCAGTACCTGACTTTGAATACTCCATTCGGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112268 CACTTGAGTAGCAGAGCAGTACCTGACTTTGAATACTCCATTCGGACTAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CCCAAGGAAGCATACTGCTG         GTGTGCTGTTTTGTGTAGGTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 112318 CCCAAGGAAGCATACTGCTGGTA...TAGGTGTGCTGTTTTGTGTAGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GTCGAGGTGGATCTGGTGACCCCTTTCGCAGTATTGAATGCTATTCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116941 GTCGAGGTGGATCTGGTGACCCCTTTCGCAGTATTGAATGCTATTCTATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AACAAAAACAGTTGGTTCTTTGGACCAGAAATGAATAGTCGAAGGCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116991 AACAAAAACAGTTGGTTCTTTGGACCAGAAATGAATAGTCGAAGGCGACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TGTGGGTGTAATCTCTGTGGAAG         GTAAAGTGTATGCAGTAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 117041 TGTGGGTGTAATCTCTGTGGAAGGTG...CAGGTAAAGTGTATGCAGTAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GTGGACATGATGGAAATGAACATTTAGGGAGTATGGAGATGTTTGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118690 GTGGACATGATGGAAATGAACATTTAGGGAGTATGGAGATGTTTGATCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CTCACTAATAAATGGATGATGAAGGCATCAATGAACACAAAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 118740 CTCACTAATAAATGGATGATGAAGGCATCAATGAACACAAAGAGGTA...

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1209    GCGAGGAATTGCCTTGGCTTCCTTAGGAGGCCCAATTTATGCAATTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124922 CAGGCGAGGAATTGCCTTGGCTTCCTTAGGAGGCCCAATTTATGCAATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GAGGGTTAGATGACAATACTTGCTTCAATGATGTGGAGAGATATGACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124972 GAGGGTTAGATGACAATACTTGCTTCAATGATGTGGAGAGATATGACATA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GAATCTGATCAGTGGAGTACAGTGGCACCAATGAATACTCCCCGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125022 GAATCTGATCAGTGGAGTACAGTGGCACCAATGAATACTCCCCGTGGAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 AGTTGGCTCTGTTGCTCTAGTA         AACCATGTTTATGCAGTAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 125072 AGTTGGCTCTGTTGCTCTAGTAGTA...TAGAACCATGTTTATGCAGTAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GTGGCAATGATGGAATGGCTTCTTTATCTAGCGTGGAGAGATATGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125321 GTGGCAATGATGGAATGGCTTCTTTATCTAGCGTGGAGAGATATGATCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 CATCTGGATAAGTGGATAGAAGTTAAAGAAATGGGTCAGCGAAGAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125371 CATCTGGATAAGTGGATAGAAGTTAAAGAAATGGGTCAGCGAAGAGCAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CAATGGAGTTAGCAAGCTTCATGGTTGCTTATACGTAGTTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 125421 CAATGGAGTTAGCAAGCTTCATGGTTGCTTATACGTAGTTGGTG...TAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 GTGGTTTTGATGATAATTCTCCTCTGAGTTCAGTTGAGCGGTATGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131461 GTGGTTTTGATGATAATTCTCCTCTGAGTTCAGTTGAGCGGTATGACCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 CGAAGCAACAAGTGGGATTATGTGGCAGCACTTACTACTCCCAGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131511 CGAAGCAACAAGTGGGATTATGTGGCAGCACTTACTACTCCCAGAGGTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 AGTGGGAATCGCAACAGTGATGGGCAAAATCTTTGCAGTTGGTGGTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131561 AGTGGGAATCGCAACAGTGATGGGCAAAATCTTTGCAGTTGGTGGTCATA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 ATGGCAATGCATACTTAAATACAGTAGAAGCGTTTGATCCAGTGCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131611 ATGGCAATGCATACTTAAATACAGTAGAAGCGTTTGATCCAGTGCTGAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 AG         GTGGGAGCTTGTTGGATCTGTGTCTCACTGCAGAGCTGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131661 AGGTA...CAGGTGGGAGCTTGTTGGATCTGTGTCTCACTGCAGAGCTGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 AGCAGGAGTAGCTGTGTGTTCCTGTTTAACTAGCCAAATTCGAGATGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131937 AGCAGGAGTAGCTGTGTGTTCCTGTTTAACTAGCCAAATTCGAGATGTAG

   1900     .    :    .    :    .    :
   1829 GTCATGGATCCAATAATGTGGTTGACTGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 131987 GTCATGGATCCAATAATGTGGTTGACTGTATG