seq1 = pF1KA1376.tfa, 1242 bp
seq2 = pF1KA1376/gi568815593r_91271403.tfa (gi568815593r:91271403_91483092), 211690 bp

>pF1KA1376 1242
>gi568815593r:91271403_91483092 (Chr5)

(complement)

1-280  (100001-100280)   100% ->
281-362  (104318-104399)   100% ->
363-510  (106325-106472)   100% ->
511-613  (107480-107582)   100% ->
614-870  (107915-108171)   100% ->
871-1033  (108817-108979)   100% ->
1034-1188  (109255-109409)   100% ->
1189-1242  (111637-111690)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCTGGGAAAGGTGAAGAGTTTGACAATAAGCTTTGACTGTCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCTGGGAAAGGTGAAGAGTTTGACAATAAGCTTTGACTGTCTTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACAGCAATGTCCCTGTGTATTCTAGTGGGGATACCGTCTCAGGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGACAGCAATGTCCCTGTGTATTCTAGTGGGGATACCGTCTCAGGAAGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAAATTTAGAAGTTACTGGGGAAATCAGAGTAAAATCTCTTAAAATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAAATTTAGAAGTTACTGGGGAAATCAGAGTAAAATCTCTTAAAATTCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAAGAGGACATGCGAAAGTACGCTGGACTGAATCTAGAAACGCCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCAAGAGGACATGCGAAAGTACGCTGGACTGAATCTAGAAACGCCGGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAATACTGCCTATACACAGAATTACACTGAAGAAGTAGAGTATTTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAATACTGCCTATACACAGAATTACACTGAAGAAGTAGAGTATTTCAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATAAAGACATCTTAATTGGGCACGAAAGAG         ATGATGATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100251 ATAAAGACATCTTAATTGGGCACGAAAGAGGTA...TAGATGATGATAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCCGAAGAAGGCTTCCACACTATTCATTCAGGAAGGCATGAATATGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104329 TCCGAAGAAGGCTTCCACACTATTCATTCAGGAAGGCATGAATATGCATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAGCTTCGAGCTTCCACAGAC         ACCACTCGCTACCTCATTCG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 104379 CAGCTTCGAGCTTCCACAGACGTA...CAGACCACTCGCTACCTCATTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGGCCGACATGGCAGTGTGCGCTATTGGGTGAAAGCCGAATTGCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106345 AAGGCCGACATGGCAGTGTGCGCTATTGGGTGAAAGCCGAATTGCACAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCTTGGCTACTACCAGTAAAATTAAAGAAGGAATTTACAGTCTTTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106395 CCTTGGCTACTACCAGTAAAATTAAAGAAGGAATTTACAGTCTTTGAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TATAGATATCAACACTCCTTCATTACTG         TCACCCCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106445 TATAGATATCAACACTCCTTCATTACTGGTA...CAGTCACCCCAAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCACAAAAGAAAAGACACTCTGTTGCTGGTTCTGTACCTCAGGCCCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107493 GCACAAAAGAAAAGACACTCTGTTGCTGGTTCTGTACCTCAGGCCCAATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCCTTAAGTGCCAAAATTGAAAGGAAGGGCTATACCCCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107543 TCCTTAAGTGCCAAAATTGAAAGGAAGGGCTATACCCCAGGTA...TAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGAATCAATTCAGATATTTGCTGAGATTGAGAACTGCTCTTCCCGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107916 TGAATCAATTCAGATATTTGCTGAGATTGAGAACTGCTCTTCCCGAATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGTGCCAAAGGCAGCCATTTACCAAACACAGGCCTTCTATGCCAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107966 TGGTGCCAAAGGCAGCCATTTACCAAACACAGGCCTTCTATGCCAAAGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAAATGAAGGAAGTAAAACAGCTTGTGGCTAACTTGCGTGGGGAATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108016 AAAATGAAGGAAGTAAAACAGCTTGTGGCTAACTTGCGTGGGGAATCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ATCATCTGGAAAGACAGAGACGTGGAATGGCAAGTTGCTGAAAATTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108066 ATCATCTGGAAAGACAGAGACGTGGAATGGCAAGTTGCTGAAAATTCCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CAGTTTCTCCCTCTATCCTCGACTGTAGTATAATCCGCGTGGAATATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108116 CAGTTTCTCCCTCTATCCTCGACTGTAGTATAATCCGCGTGGAATATTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTAATG         GTATATGTGGATATTCCTGGAGCTATGGATTTATT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108166 CTAATGGTA...TAGGTATATGTGGATATTCCTGGAGCTATGGATTTATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TCTTAATTTGCCACTTGTCATCGGTACCATTCCTCTACATCCATTTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108852 TCTTAATTTGCCACTTGTCATCGGTACCATTCCTCTACATCCATTTGGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCAGAACCTCAAGTGTAAGCAGTCAGTGTAGCATGAATATGAACTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108902 GCAGAACCTCAAGTGTAAGCAGTCAGTGTAGCATGAATATGAACTGGCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AGTTTATCACTTCCTGAAAGACCTGAAG         CACCACCCAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 108952 AGTTTATCACTTCCTGAAAGACCTGAAGGTA...CAGCACCACCCAGCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGCAGAAGTGGTAACAGAGGAACAAAGGCGGAACAATCTTGCACCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109268 TGCAGAAGTGGTAACAGAGGAACAAAGGCGGAACAATCTTGCACCAGTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GTGCTTGTGATGACTTTGAGAGAGCCCTTCAAGGACCACTGTTTGCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109318 GTGCTTGTGATGACTTTGAGAGAGCCCTTCAAGGACCACTGTTTGCATAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ATCCAGGAGTTTCGATTCTTGCCTCCACCTCTTTATTCAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109368 ATCCAGGAGTTTCGATTCTTGCCTCCACCTCTTTATTCAGAGGTA...TA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1189  ATTGATCCAAATCCTGATCAGTCAGCAGATGATAGACCATCCTGCCCCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111636 GATTGATCCAAATCCTGATCAGTCAGCAGATGATAGACCATCCTGCCCCT

   1300     .
   1238 CTCGT
        |||||
 111686 CTCGT