seq1 = pF1KA1373.tfa, 1383 bp
seq2 = pF1KA1373/gi568815588f_88805442.tfa (gi568815588f:88805442_89073310), 267869 bp

>pF1KA1373 1383
>gi568815588f:88805442_89073310 (Chr10)

1-30  (96268-96297)   100% ->
31-248  (100002-100219)   100% ->
249-324  (103261-103336)   100% ->
325-420  (105475-105570)   100% ->
421-778  (107660-108017)   100% ->
779-903  (109093-109217)   100% ->
904-1041  (111239-111376)   100% ->
1042-1154  (115842-115954)   100% ->
1155-1254  (116896-116995)   100% ->
1255-1383  (167741-167869)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCAGCCTTTTACTGTGAATTCTCTG         AAAAAGTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  96268 ATGGATCAGCCTTTTACTGTGAATTCTCTGGTA...CAGAAAAAGTTAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGCTATGCCTGACCATACAGATGTTTCCCTAAGCCCAGAAGAGCGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 TGCTATGCCTGACCATACAGATGTTTCCCTAAGCCCAGAAGAGCGAGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGCCCTAAGCAAGCTTGGTTGTAATATCACCATCAGTGAAGACATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100063 GTGCCCTAAGCAAGCTTGGTTGTAATATCACCATCAGTGAAGACATCACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCACGACGTTACTTTAGGTCTGGAGTAGAGATGGAGAGGATGGCGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100113 CCACGACGTTACTTTAGGTCTGGAGTAGAGATGGAGAGGATGGCGTCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTATTTGGAAGAAGGAAATTTGGAAAATGCCTTTGTTCTTTATAATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100163 GTATTTGGAAGAAGGAAATTTGGAAAATGCCTTTGTTCTTTATAATAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTATAAC         CTTATTTGTAGAAAAGCTTCCTAACCATCGAGAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100213 TTATAACGTA...TAGCTTATTTGTAGAAAAGCTTCCTAACCATCGAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TACCAGCAATGTGCAGTACCTGAAAAGCAGGATATTATGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103295 TACCAGCAATGTGCAGTACCTGAAAAGCAGGATATTATGAAGGTA...AA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325  AAACTGAAGGAGATTGCATTCCCAAGGACAGATGAATTGAAAAACGACC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105474 GAAACTGAAGGAGATTGCATTCCCAAGGACAGATGAATTGAAAAACGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTTTAAAGAAATATAACGTAGAATACCAAGAATATTTGCAAAGCAAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 105524 TTTTAAAGAAATATAACGTAGAATACCAAGAATATTTGCAAAGCAAAGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    421       AACAAATATAAAGCTGAAATTCTCAAAAAATTGGAGCATCAGAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105574 ...TAGAACAAATATAAAGCTGAAATTCTCAAAAAATTGGAGCATCAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATTGATAGAGGCAGAAAGGAAGCGGATTGCTCAGATGCGCCAGCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107704 ATTGATAGAGGCAGAAAGGAAGCGGATTGCTCAGATGCGCCAGCAGCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TAGAATCGGAGCAGTTTCTGTTTTTCGAAGATCAACTCAAGAAGCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107754 TAGAATCGGAGCAGTTTCTGTTTTTCGAAGATCAACTCAAGAAGCAAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTAGCCCGAGGTCAAATGCGAAGTCAGCAAACCTCAGGGCTGTCAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107804 TTAGCCCGAGGTCAAATGCGAAGTCAGCAAACCTCAGGGCTGTCAGAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GATTGATGGGAGCGCTTTGTCCTGCTTTTCCACACACCAGAACAATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107854 GATTGATGGGAGCGCTTTGTCCTGCTTTTCCACACACCAGAACAATTCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCTGAATGTATTTGCAGATCAACCTAATAAAAGTGATGCAACCAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107904 TGCTGAATGTATTTGCAGATCAACCTAATAAAAGTGATGCAACCAATTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCTAGCCACTCTCCTCCTGTAAACAGGGCCTTAACGCCAGCTGCTACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107954 GCTAGCCACTCTCCTCCTGTAAACAGGGCCTTAACGCCAGCTGCTACTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AAGTGCTGTTCAGA         ATTTAGTGGTTGAAGGACTGCGATGTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 108004 AAGTGCTGTTCAGAGTA...TAGATTTAGTGGTTGAAGGACTGCGATGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TAGTTTTGCCAGAAGATCTTTGCCACAAATTTCTGCAACTGGCAGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109120 TAGTTTTGCCAGAAGATCTTTGCCACAAATTTCTGCAACTGGCAGAATCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AATACAGTGAGAGGAATAGAAACCTGTGGAATACTCTGTGGAAAACTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 109170 AATACAGTGAGAGGAATAGAAACCTGTGGAATACTCTGTGGAAAACTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    904        ACACATAATGAATTTACTATTACCCATGTAATTGTGCCAAAGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109220 A...TAGACACATAATGAATTTACTATTACCCATGTAATTGTGCCAAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGTCTGCGGGACCAGACTATTGTGACATGGAGAATGTAGAGGAATTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111282 AGTCTGCGGGACCAGACTATTGTGACATGGAGAATGTAGAGGAATTATTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AATGTTCAGGATCAACATGATCTCCTCACTCTAGGATGGATCCAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 111332 AATGTTCAGGATCAACATGATCTCCTCACTCTAGGATGGATCCATGTA..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042     ACACATCCCACTCAAACTGCATTTTTATCCAGCGTTGATCTTCACA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111382 .TAGACACATCCCACTCAAACTGCATTTTTATCCAGCGTTGATCTTCACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTCACTGTTCCTATCAACTCATGTTGCCAGAGGCCATTGCCATTGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115888 CTCACTGTTCCTATCAACTCATGTTGCCAGAGGCCATTGCCATTGTTTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TCACCAAAGCATAAAGA         CACTGGCATCTTCAGGCTCACCAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 115938 TCACCAAAGCATAAAGAGTA...TAGCACTGGCATCTTCAGGCTCACCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGCTGGCATGCTTGAGGTTTCTGCTTGTAAAAAAAAGGGCTTTCATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116920 TGCTGGCATGCTTGAGGTTTCTGCTTGTAAAAAAAAGGGCTTTCATCCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACACCAAGGAGCCCAGGCTGTTCAGT         ATTCAGAAATTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 116970 ACACCAAGGAGCCCAGGCTGTTCAGTGTG...TAGATTCAGAAATTCCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TCTGGGATAATTTCTGGCACTGCTTTGGAGATGGAGCCCCTGAAAATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167756 TCTGGGATAATTTCTGGCACTGCTTTGGAGATGGAGCCCCTGAAAATTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CTATGGACCAAATGGATTCCCACTCTTGGGGATCTCTAGGTCATCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167806 CTATGGACCAAATGGATTCCCACTCTTGGGGATCTCTAGGTCATCATCAC

   1450     .    :
   1370 CATCTGAACAGCTC
        ||||||||||||||
 167856 CATCTGAACAGCTC