seq1 = pF1KA1372.tfa, 2247 bp
seq2 = pF1KA1372/gi568815587f_78099596.tfa (gi568815587f:78099596_78313810), 214215 bp

>pF1KA1372 2247
>gi568815587f:78099596_78313810 (Chr11)

1-129  (100001-100129)   100% ->
130-231  (100538-100639)   100% ->
232-390  (101055-101213)   100% ->
391-584  (106247-106440)   100% ->
585-678  (107935-108028)   100% ->
679-785  (109262-109368)   100% ->
786-2082  (109853-111149)   100% ->
2083-2247  (114051-114215)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTGACTGGGTGTCCTGGCCCCTGGGGAAGAATATTGACAAGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTGACTGGGTGTCCTGGCCCCTGGGGAAGAATATTGACAAGTGGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTGCACTGCTGAAGGGCCTGGCTGCTGTTAAGAAGTTCAGCATCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATTGCACTGCTGAAGGGCCTGGCTGCTGTTAAGAAGTTCAGCATCTTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGAGGTTTCGCTCACCAAAATTGAGAAG         GTTTTCTCTAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 TCGAGGTTTCGCTCACCAAAATTGAGAAGGTT...TAGGTTTTCTCTAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGCTGTACCCCATCGTCCGGGGAGCTGCCTTGTCTGTGCTCAAGTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100550 CTGCTGTACCCCATCGTCCGGGGAGCTGCCTTGTCTGTGCTCAAGTACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTCCTGACCTTCCAGCACTCCCACGAAGCCTTCCACCTG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100600 GCTCCTGACCTTCCAGCACTCCCACGAAGCCTTCCACCTGGTA...CAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCTCCCTCACATCCCCCCCATGGTGGCCTCTCTGGTCAAGGAGGACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101056 TCCTCCCTCACATCCCCCCCATGGTGGCCTCTCTGGTCAAGGAGGACTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACTCGGGGACCAGCTGCCTGGAGCAGCTGGCGGAGCTGGTCCACTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101106 AACTCGGGGACCAGCTGCCTGGAGCAGCTGGCGGAGCTGGTCCACTGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTGTTCCGGTTCCCGGGCTTCCCGGATCTGTATGAGCCTGTCATGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101156 GGTGTTCCGGTTCCCGGGCTTCCCGGATCTGTATGAGCCTGTCATGGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCATCAAG         GACCTCCATGTTCCCAATGAGGACCGCATCAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101206 CCATCAAGGTG...CAGGACCTCCATGTTCCCAATGAGGACCGCATCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGCTGCTGGGGCAGGATGCCTGGACTTCGCAGAAGAGCGAGCTGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106280 CAGCTGCTGGGGCAGGATGCCTGGACTTCGCAGAAGAGCGAGCTGGCGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTCTATCCCCGGCTCATGGCCAAGTCAGACACGGGCAAGATTGGTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106330 TTTCTATCCCCGGCTCATGGCCAAGTCAGACACGGGCAAGATTGGTCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCAACCTGGGCAACACATGCTATGTCAACAGCATCCTTCAGGCCTTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106380 TCAACCTGGGCAACACATGCTATGTCAACAGCATCCTTCAGGCCTTATTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATGGCGTCTGA         CTTCAGACATTGTGTGCTCCGCTTGACTGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 106430 ATGGCGTCTGAGTA...AAGCTTCAGACATTGTGTGCTCCGCTTGACTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAACAACTCACAGCCCCTGATGACCAAGCTGCAGTGGCTCTTTGGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107965 GAACAACTCACAGCCCCTGATGACCAAGCTGCAGTGGCTCTTTGGCTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TAGAACACAGCCAG         CGGCCTGCCATTTCCCCAGAGAACTTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 108015 TAGAACACAGCCAGGTG...TAGCGGCCTGCCATTTCCCCAGAGAACTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTCTCCGCATCCTGGACGCCCTGGTTCAGCCCTGGCACCCAGCAGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109289 CTCTCCGCATCCTGGACGCCCTGGTTCAGCCCTGGCACCCAGCAGGACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTCGGAGTATCTGAAGTACCTGCTGGATCG         GCTGCACGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109339 CTCGGAGTATCTGAAGTACCTGCTGGATCGGTA...CAGGCTGCACGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGAGAAAACGGGCACAAGGATCTGCCAGAAACTCAAGCAGTCCAGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109864 AGGAGAAAACGGGCACAAGGATCTGCCAGAAACTCAAGCAGTCCAGCTCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCCTCTCCGCCCGAGGAGCCCCCGGCCCCAAGTTCAACCTCTGTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109914 CCCTCTCCGCCCGAGGAGCCCCCGGCCCCAAGTTCAACCTCTGTGGAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AATGTTTGGAGGCAAGATAGTGACTCGGATCTGCTGTCTCTGCTGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109964 AATGTTTGGAGGCAAGATAGTGACTCGGATCTGCTGTCTCTGCTGCCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACGTCTCCTCCCGGGAGGAGGCCTTCACGGACCTCTCTCTCGCCTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110014 ACGTCTCCTCCCGGGAGGAGGCCTTCACGGACCTCTCTCTCGCCTTCCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CCTCCTGAGCGCTGTCGCCGCCGCCGCCTGGGCTCTGTGATGCGCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110064 CCTCCTGAGCGCTGTCGCCGCCGCCGCCTGGGCTCTGTGATGCGCCCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGAAGACATCACAGCCCGGGAGTTGCCCCCACCAACCAGTGCACAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110114 AGAAGACATCACAGCCCGGGAGTTGCCCCCACCAACCAGTGCACAGGGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CAGGCAGGGTGGGTCCTCGGAGGCAAAGGAAACACTGCATCACAGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110164 CAGGCAGGGTGGGTCCTCGGAGGCAAAGGAAACACTGCATCACAGAGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ACCCCCCCCACCAGCCTGTACATCGAAGGCCTGGACTCCAAGGAAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110214 ACCCCCCCCACCAGCCTGTACATCGAAGGCCTGGACTCCAAGGAAGCTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TGGGCAGAGCAGTCAGGAGGAAAGGATAGAGAGGGAGGAAGAAGGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110264 TGGGCAGAGCAGTCAGGAGGAAAGGATAGAGAGGGAGGAAGAAGGGAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGGAGAGAACGGAGAAGGAAGAAGTGGGGGAGGAGGAGGAAAGCACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110314 AGGAGAGAACGGAGAAGGAAGAAGTGGGGGAGGAGGAGGAAAGCACCAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GGGGAAGGAGAGAGGGAGAAAGAGGAGGAGGTGGAAGAGGAAGAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110364 GGGGAAGGAGAGAGGGAGAAAGAGGAGGAGGTGGAAGAGGAAGAAGAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GGTGGAGAAGGAGACAGAAAAGGAGGCTGAGCAGGAAAAGGAAGAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110414 GGTGGAGAAGGAGACAGAAAAGGAGGCTGAGCAGGAAAAGGAAGAAGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GCCTGGGAGCGGGGACCCACCCGGATGCTGCCATCCCCTCCGGGGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110464 GCCTGGGAGCGGGGACCCACCCGGATGCTGCCATCCCCTCCGGGGAGCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 ACATGTGGCTCTGAGGGCTCCCGCTCCGTCCTGGACCTGGTTAACTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110514 ACATGTGGCTCTGAGGGCTCCCGCTCCGTCCTGGACCTGGTTAACTACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CCTGTCCCCCGAGAAGCTGACAGCAGAAAACCGCTACTACTGCGAGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110564 CCTGTCCCCCGAGAAGCTGACAGCAGAAAACCGCTACTACTGCGAGTCGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 GTGCCTCCCTGCAGGATGCCGAGAAGGTGGTGGAGCTGAGCCAAGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110614 GTGCCTCCCTGCAGGATGCCGAGAAGGTGGTGGAGCTGAGCCAAGGGCCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 TGCTACCTCATCCTCACACTGCTGCGCTTCTCTTTCGACCTGCGCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110664 TGCTACCTCATCCTCACACTGCTGCGCTTCTCTTTCGACCTGCGCACCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 GCGGCGCCGCAAGATCCTGGATGACGTCTCCATCCCCCTGCTGCTCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110714 GCGGCGCCGCAAGATCCTGGATGACGTCTCCATCCCCCTGCTGCTCCGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 TGCCACTGGCTGGTGGCCGTGGCCAGGCCTATGACCTCTGCAGTGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110764 TGCCACTGGCTGGTGGCCGTGGCCAGGCCTATGACCTCTGCAGTGTGGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 GTGCACTCTGGAGTGTCTTCGGAGAGTGGTCACTACTACTGCTATGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110814 GTGCACTCTGGAGTGTCTTCGGAGAGTGGTCACTACTACTGCTATGCCCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 TGAGGGCGCTGCCCGCCCTGCCGCTTCTCTGGGAACTGCCGATAGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110864 TGAGGGCGCTGCCCGCCCTGCCGCTTCTCTGGGAACTGCCGATAGGCCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 AGCCCGAGAACCAGTGGTACCTGTTCAATGACACTCGGGTGTCCTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110914 AGCCCGAGAACCAGTGGTACCTGTTCAATGACACTCGGGTGTCCTTCTCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 TCCTTCGAATCTGTCAGCAACGTCACCTCCTTCTTCCCTAAGGACACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110964 TCCTTCGAATCTGTCAGCAACGTCACCTCCTTCTTCCCTAAGGACACAGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 CTATGTGCTGTTTTACCGGCAGCGGCCCAGGGAGGGGCCCGAGGCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111014 CTATGTGCTGTTTTACCGGCAGCGGCCCAGGGAGGGGCCCGAGGCTGAGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 TGGGCTCTTCTAGAGTCCGGACAGAGCCCACCCTGCACAAGGACTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111064 TGGGCTCTTCTAGAGTCCGGACAGAGCCCACCCTGCACAAGGACTTGATG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047 GAAGCCATTTCCAAAGACAACATCCTTTACCTACAG         GAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 111114 GAAGCCATTTCCAAAGACAACATCCTTTACCTACAGGTG...CAGGAGCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 GGAGAAGGAGGCCCGGAGCAGGGCGGCCTACATCTCTGCACTCCCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114056 GGAGAAGGAGGCCCGGAGCAGGGCGGCCTACATCTCTGCACTCCCCACAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138 CTCCGCACTGGGGGAGGGGCTTTGATGAAGACAAGGATGAGGATGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114106 CTCCGCACTGGGGGAGGGGCTTTGATGAAGACAAGGATGAGGATGAAGGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 TCTCCAGGGGGCTGCAATCCTGCAGGTGGCAATGGTGGTGACTTCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114156 TCTCCAGGGGGCTGCAATCCTGCAGGTGGCAATGGTGGTGACTTCCACAG

   2300     .    :
   2238 ACTGGTCTTC
        ||||||||||
 114206 ACTGGTCTTC