seq1 = pF1KA1343.tfa, 1485 bp
seq2 = pF1KA1343/gi568815597f_211160116.tfa (gi568815597f:211160116_211413765), 253650 bp

>pF1KA1343 1485
>gi568815597f:211160116_211413765 (Chr1)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-127  (111117-111194)   100% ->
128-180  (114095-114147)   100% ->
181-342  (116142-116303)   100% ->
343-467  (118002-118126)   100% ->
468-546  (119123-119201)   100% ->
547-765  (129063-129281)   100% ->
766-843  (135561-135638)   100% ->
844-901  (143968-144025)   100% ->
902-1143  (152605-152846)   100% ->
1144-1485  (153309-153650)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAGTCGGAGCCGAATACCAAGCTCGGATCCCTGAATTTGATCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGAGAGTCGGAGCCGAATACCAAGCTCGGATCCCTGAATTTGATCCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         GTGCTACAAAGTACACAGATAAAGACAATGGAGGGATGCTTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TA...CAGGTGCTACAAAGTACACAGATAAAGACAATGGAGGGATGCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TATGGTCTCCATATCACAGTATCCCAGATGCCAAAT         TGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 111159 TATGGTCTCCATATCACAGTATCCCAGATGCCAAATGTA...CAGTGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAATACATTGCAATTGCAAAGGAAAAGCATGGCTACAATGTGGAACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 114100 GAATACATTGCAATTGCAAAGGAAAAGCATGGCTACAATGTGGAACAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    181        GCACTTGGCATGTTGTTCTGGCATAAACATAACATTGAGAAGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114150 A...AAGGCACTTGGCATGTTGTTCTGGCATAAACATAACATTGAGAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCCTTGCTGATCTCCCTAATTTCACTCCCTTTCCGGATGAGTGGACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116185 CCCTTGCTGATCTCCCTAATTTCACTCCCTTTCCGGATGAGTGGACAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAGATAAAGTCCTATTTGAACAAGCCTTTAGTTTTCATGGAAAGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116235 GAAGATAAAGTCCTATTTGAACAAGCCTTTAGTTTTCATGGAAAGAGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCACAGGATTCAGCAAATG         CTTCCAGATAAGACAATTGCAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 116285 TCACAGGATTCAGCAAATGGTA...AAGCTTCCAGATAAGACAATTGCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GCCTTGTAAAATATTACTATTCTTGGAAAAAAACTCGCTCTAGGACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118024 GCCTTGTAAAATATTACTATTCTTGGAAAAAAACTCGCTCTAGGACAAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTGATGGATCGCCAGGCTCGTAAACTAGCTAATAGACATAATCAGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118074 TTGATGGATCGCCAGGCTCGTAAACTAGCTAATAGACATAATCAGGGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAG         TGATGATGATGTAGAAGAAACACATCCAATGGATGGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118124 CAGGTA...CAGTGATGATGATGTAGAAGAAACACATCCAATGGATGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATGATAGTGATTATGATCCCAAAAAAGAAGCCAAAAAAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 119161 ATGATAGTGATTATGATCCCAAAAAAGAAGCCAAAAAAGAGGTA...TAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GGTAATACTGAACAACCTGTCCAAACTAGCAAGATTGGACTTGGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129063 GGTAATACTGAACAACCTGTCCAAACTAGCAAGATTGGACTTGGAAGAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGAGTATCAGAGTTTACAACATCGCCATCATTCTCAGCGTTCTAAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129113 AGAGTATCAGAGTTTACAACATCGCCATCATTCTCAGCGTTCTAAGTGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GTCCACCTAAGGGCATGTATTTAACCCAGGAAGATGTGGTAGCAGTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129163 GTCCACCTAAGGGCATGTATTTAACCCAGGAAGATGTGGTAGCAGTTTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGTAGTCCCAATGCAGCCAACACCATCCTGAGGCAACTGGACATGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129213 TGTAGTCCCAATGCAGCCAACACCATCCTGAGGCAACTGGACATGGAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GATCTCTCTAAAACGTCAG         GTTCAGAATGCTAAGCAAGTAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 129263 GATCTCTCTAAAACGTCAGGTA...AAGGTTCAGAATGCTAAGCAAGTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACAGTGCACTTAAACAGAAAATGGAAGGTGGAATTGAAGAATTCAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135583 ACAGTGCACTTAAACAGAAAATGGAAGGTGGAATTGAAGAATTCAAACCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCTGAG         TCAAATCAGAAAATTAATGCCCGTTGGACCACAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135633 CCTGAGGTA...TAGTCAAATCAGAAAATTAATGCCCGTTGGACCACAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGAGCAGCTTCTAGCAGTGCAAG         GTGTCCGCAAATATGGTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 144003 GGAGCAGCTTCTAGCAGTGCAAGGTA...CAGGTGTCCGCAAATATGGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AAGATTTTCAAGCTATTGCAGATGTAATTGGCAACAAGACTGTTGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152623 AAGATTTTCAAGCTATTGCAGATGTAATTGGCAACAAGACTGTTGGCCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GTGAAGAACTTCTTTGTAAACTACAGGCGTCGGTTTAACTTAGAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152673 GTGAAGAACTTCTTTGTAAACTACAGGCGTCGGTTTAACTTAGAGGAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ATTGCAGGAGTGGGAAGCAGAACAAGGAACCCAGGCTTCTAATGGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152723 ATTGCAGGAGTGGGAAGCAGAACAAGGAACCCAGGCTTCTAATGGTGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTTCTACTTTAGGGGAGGAGACAAAAAGTGCTTCTAATGTGCCATCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152773 CTTCTACTTTAGGGGAGGAGACAAAAAGTGCTTCTAATGTGCCATCAGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAGAGCACTGATGAAGAAGAGGAG         GCACAGACCCCACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 152823 AAGAGCACTGATGAAGAAGAGGAGGTG...TAGGCACAGACCCCACAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TCCTCGGACACTGGGTCCATCACCTCCTGCCCCATCATCCACTCCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153326 TCCTCGGACACTGGGTCCATCACCTCCTGCCCCATCATCCACTCCAACAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAACAGCCCCTATTGCCACTCTGAACCAGCCTCCACCACTTCTTCGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153376 CAACAGCCCCTATTGCCACTCTGAACCAGCCTCCACCACTTCTTCGTCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ACACTGCCTGCTGCCCCGGCTCTTCACCGGCAGCCTCCTCCACTCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153426 ACACTGCCTGCTGCCCCGGCTCTTCACCGGCAGCCTCCTCCACTCCAGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GCAGGCTCGGTTCATCCAGCCCCGGCCAACTTTAAATCAGCCTCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153476 GCAGGCTCGGTTCATCCAGCCCCGGCCAACTTTAAATCAGCCTCCACCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CTCTTATTCGCCCTGCTAATTCCATGCCACCCCGTCTAAACCCAAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153526 CTCTTATTCGCCCTGCTAATTCCATGCCACCCCGTCTAAACCCAAGACCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GTGTTGTCCACGGTTGGTGGTCAACAGCCACCATCACTTATTGGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153576 GTGTTGTCCACGGTTGGTGGTCAACAGCCACCATCACTTATTGGAATTCA

   1550     .    :    .    :    .
   1461 GACAGATTCACAGTCCTCACTGCAC
        |||||||||||||||||||||||||
 153626 GACAGATTCACAGTCCTCACTGCAC