seq1 = pF1KA1342.tfa, 1275 bp
seq2 = pF1KA1342/gi568815580r_43170344.tfa (gi568815580r:43170344_43374395), 204052 bp

>pF1KA1342 1275
>gi568815580r:43170344_43374395 (Chr18)

(complement)

1-34  (97115-97148)   100% ->
35-849  (100002-100816)   100% ->
850-970  (102564-102684)   100% ->
971-1275  (103748-104052)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCCGATCACCACCAGCCGGGAAGAATTTG         ATGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  97115 ATGGCTCCGATCACCACCAGCCGGGAAGAATTTGGTA...CAGATGAAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCCCACAGTGGTGGGGATCTTCAGTGCATTTGGCCTGGTCTTCACAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 CCCCACAGTGGTGGGGATCTTCAGTGCATTTGGCCTGGTCTTCACAGTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCTCTTTGCATGGATCTGCTGTCAGAGAAAATCATCCAAGTCTAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100059 CTCTCTTTGCATGGATCTGCTGTCAGAGAAAATCATCCAAGTCTAACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTCCTCCATACAAGTTTGTGCATGTGCTTAAGGGAGTTGATATTTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100109 ACTCCTCCATACAAGTTTGTGCATGTGCTTAAGGGAGTTGATATTTACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAAAACCTAAATAGCAAAAAGAAGTTTGGAGCAGATGATAAAAATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100159 TGAAAACCTAAATAGCAAAAAGAAGTTTGGAGCAGATGATAAAAATGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAAAGAATAAGCCAGCTGTGCCAAAGAATTCATTGCATCTGGATCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100209 TAAAGAATAAGCCAGCTGTGCCAAAGAATTCATTGCATCTGGATCTTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGAGAGATCTCAATGGCAATTTTCCCAAAACCAACCTCAAACCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100259 AAGAGAGATCTCAATGGCAATTTTCCCAAAACCAACCTCAAACCTGGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCCTTCTGATCTGGAGAATGCAACCCCGAAGCTCTTTTTAGAAGGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100309 TCCTTCTGATCTGGAGAATGCAACCCCGAAGCTCTTTTTAGAAGGGGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAGAGTCAGTTTCCCCTGAGAGTTTAAAGTCCAGCACTTCCCTTACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100359 AAGAGTCAGTTTCCCCTGAGAGTTTAAAGTCCAGCACTTCCCTTACTTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAAGAGAAACAAGAGAAGCTGGGAACTCTCTTCTTCTCCTTAGAATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100409 GAAGAGAAACAAGAGAAGCTGGGAACTCTCTTCTTCTCCTTAGAATACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTTCGAGAGAAAAGCATTTGTGGTCAATATCAAGGAAGCCCGTGGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100459 CTTCGAGAGAAAAGCATTTGTGGTCAATATCAAGGAAGCCCGTGGCTTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CAGCCATGGATGAGCAGTCGATGACCTCTGACCCATATATCAAAATGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100509 CAGCCATGGATGAGCAGTCGATGACCTCTGACCCATATATCAAAATGACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATCCTCCCAGAGAAGAAGCATAAAGTGAAAACTAGAGTGCTGAGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100559 ATCCTCCCAGAGAAGAAGCATAAAGTGAAAACTAGAGTGCTGAGAAAAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTTGGATCCAGCTTTTGATGAGACCTTTACATTCTATGGGATACCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100609 CTTGGATCCAGCTTTTGATGAGACCTTTACATTCTATGGGATACCCTACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCCAAATCCAAGAATTGGCCTTGCACTTCACAATTTTGAGTTTTGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100659 CCCAAATCCAAGAATTGGCCTTGCACTTCACAATTTTGAGTTTTGACAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TTTTCAAGAGATGATATCATTGGGGAAGTTCTAATTCCTCTCTCGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100709 TTTTCAAGAGATGATATCATTGGGGAAGTTCTAATTCCTCTCTCGGGAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGAATTATCTGAAGGAAAAATGTTAATGAATAGAGAGATCATCAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100759 TGAATTATCTGAAGGAAAAATGTTAATGAATAGAGAGATCATCAAGAGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ATGTTAGG         AAGTCTTCAGGACGGGGTGAGTTACTGATCTCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100809 ATGTTAGGGTA...CAGAAGTCTTCAGGACGGGGTGAGTTACTGATCTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CTCTGCTATCAGTCCACCACAAACACTCTAACTGTGGTTGTCTTAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102597 CTCTGCTATCAGTCCACCACAAACACTCTAACTGTGGTTGTCTTAAAAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TCGACATCTGCCTAAATCTGATGTGTCCGGACTTTCAG         ATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102647 TCGACATCTGCCTAAATCTGATGTGTCCGGACTTTCAGGTA...CAGATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CCTATGTCAAAGTGAACCTGTACCATGCCAAAAAGAGAATCTCCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103751 CCTATGTCAAAGTGAACCTGTACCATGCCAAAAAGAGAATCTCCAAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AAGACTCATGTGAAGAAATGCACCCCCAATGCAGTGTTCAATGAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103801 AAGACTCATGTGAAGAAATGCACCCCCAATGCAGTGTTCAATGAGCTGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TGTCTTTGATATTCCTTGTGAGGGCCTTGAAGATATAAGTGTTGAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103851 TGTCTTTGATATTCCTTGTGAGGGCCTTGAAGATATAAGTGTTGAATTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TGGTTTTGGATTCTGAAAGGGGGTCCCGAAATGAGGTAATCGGGCAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103901 TGGTTTTGGATTCTGAAAGGGGGTCCCGAAATGAGGTAATCGGGCAGTTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GTCTTGGGTGCAGCAGCAGAAGGAACTGGTGGAGAGCACTGGAAAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103951 GTCTTGGGTGCAGCAGCAGAAGGAACTGGTGGAGAGCACTGGAAAGAGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CTGTGACTACCCCAGGAGACAAATTGCCAAGTGGCACGTGCTCTGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104001 CTGTGACTACCCCAGGAGACAAATTGCCAAGTGGCACGTGCTCTGTGATG

   1300 
   1274 GT
        ||
 104051 GT