seq1 = pF1KA1333.tfa, 2118 bp
seq2 = pF1KA1333/gi568815584f_30486717.tfa (gi568815584f:30486717_30716531), 229815 bp

>pF1KA1333 2118
>gi568815584f:30486717_30716531 (Chr14)

1-37  (94364-94400)   100% ->
38-135  (100002-100099)   100% ->
136-237  (102667-102768)   100% ->
238-362  (105607-105731)   100% ->
363-528  (106758-106923)   100% ->
529-635  (110704-110810)   100% ->
636-752  (111767-111883)   100% ->
753-877  (115054-115178)   100% ->
878-1010  (115283-115415)   100% ->
1011-1318  (118789-119096)   100% ->
1319-1500  (121172-121353)   100% ->
1501-1673  (125491-125663)   100% ->
1674-1864  (128633-128823)   100% ->
1865-2118  (129562-129815)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGAAAGTAAACCTGGTGACTCACAGAACCTTG         CTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
  94364 ATGAATGAAAGTAAACCTGGTGACTCACAGAACCTTGGTA...TAGCTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGTTTTCTGTCGAAAACATGATGACTGTCCTAATAAATACGGAGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100006 TGTTTTCTGTCGAAAACATGATGACTGTCCTAATAAATACGGAGAAAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAACTAAGGAGAAATGGAATCTCACTGTACATTACTACTGTTTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100056 AAACTAAGGAGAAATGGAATCTCACTGTACATTACTACTGTTTGGTG...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    136    TTGATGTCAAGTGGAATTTGGCAGAGAGGCAAAGAAGAAGAAGGAGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102664 TAGTTGATGTCAAGTGGAATTTGGCAGAGAGGCAAAGAAGAAGAAGGAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTATGGTTTTCTAATAGAAGATATCAGGAAGGAAGTGAATAGAGCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102714 TTATGGTTTTCTAATAGAAGATATCAGGAAGGAAGTGAATAGAGCTTCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACTG         AAATGCTGTGTTTGCAAGAAAAATGGTGCTTCAATT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102764 AACTGGTA...TAGAAATGCTGTGTTTGCAAGAAAAATGGTGCTTCAATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGATGTGTTGCACCCCGATGTAAACGAAGTTATCATTTCCCATGTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105643 GGATGTGTTGCACCCCGATGTAAACGAAGTTATCATTTCCCATGTGGACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCAGAGAGAATGTATTTTCCAGTTTACTGGCAATTTTGC         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105693 TCAGAGAGAATGTATTTTCCAGTTTACTGGCAATTTTGCGTG...TAGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CATTTTGTTGGGACCATCGACCTGTTCAAATAATTACATCTAATAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106760 CATTTTGTTGGGACCATCGACCTGTTCAAATAATTACATCTAATAATTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGAGAGTCCTTACCATGCACCATTTGCTTGGAATTTATTGAGCCTATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106810 AGAGAGTCCTTACCATGCACCATTTGCTTGGAATTTATTGAGCCTATTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAGTTATAACATATTACGAAGTCCTTGTTGTAAGAACGCTTGGTTTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106860 AAGTTATAACATATTACGAAGTCCTTGTTGTAAGAACGCTTGGTTTCATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAGACTGTTTACAG         GTTCAAGCAATAAATGCGGGAGTGTTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106910 GAGACTGTTTACAGGTA...TAGGTTCAAGCAATAAATGCGGGAGTGTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTCTTTAGGTGTACAATATGCAATAATAGTGACATCTTTCAGAAAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110731 TTCTTTAGGTGTACAATATGCAATAATAGTGACATCTTTCAGAAAGAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTTGAGAATGGGAATTCATATTCCTGAAAA         AGATGCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 110781 GTTGAGAATGGGAATTCATATTCCTGAAAAGTG...TAGAGATGCTTCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGGAATTAGAGGAAAACGCTTATCAAGAGCTTCTGCAGCACTATGAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111778 GGGAATTAGAGGAAAACGCTTATCAAGAGCTTCTGCAGCACTATGAGCGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGTGATGTTCGAAGATGTCGTTGCAAAGAAGGGCGAGACTATAATGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111828 TGTGATGTTCGAAGATGTCGTTGCAAAGAAGGGCGAGACTATAATGCACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGATAG         CAAATGGGAAATAAAGCGCTGTCAGTGTTGTGGTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111878 TGATAGGTA...CAGCAAATGGGAAATAAAGCGCTGTCAGTGTTGTGGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCAGTGGCACACATTTAGCCTGCTCCTCATTACGGTCATGGGAGCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115089 CCAGTGGCACACATTTAGCCTGCTCCTCATTACGGTCATGGGAGCAAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TGGGAGTGTTTGGAATGTAGGGGTATTATCTACAATTCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 115139 TGGGAGTGTTTGGAATGTAGGGGTATTATCTACAATTCAGGTA...TAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGAGTTCCAAAAAGCCAAAAAACATGTATTACCCAATTCTAATAATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115284 AGAGTTCCAAAAAGCCAAAAAACATGTATTACCCAATTCTAATAATGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GGATTACAGATTGTTTGTTGGAAGAGTCATCACCTAAATTACCCAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115334 GGATTACAGATTGTTTGTTGGAAGAGTCATCACCTAAATTACCCAGACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCACCTGGATCCCAGAGTAAAGATCTACTGAG         GCAAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 115384 TCACCTGGATCCCAGAGTAAAGATCTACTGAGGTA...TAGGCAAGGCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CAAATTTAGAAGAAATGTATCAACACTATTAATAGAGTTAGGATTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118798 CAAATTTAGAAGAAATGTATCAACACTATTAATAGAGTTAGGATTCCAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TTAAAAAAAAAACTAAAAGATTGTATATCAACAAAGCCAATATCTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118848 TTAAAAAAAAAACTAAAAGATTGTATATCAACAAAGCCAATATCTGGAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGTGCCTTAGATGCATTCAGAAATCGAAACTTTAATCCTTCATATGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118898 AGTGCCTTAGATGCATTCAGAAATCGAAACTTTAATCCTTCATATGCAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGAAGTAGCATATGTTATTGAAAATGATAATTTTGGAAGTGAGCATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118948 TGAAGTAGCATATGTTATTGAAAATGATAATTTTGGAAGTGAGCATCCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GATCAAAGCAAGAATTTCTGAGTCTCTTAATGCAACATCTTGAGAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118998 GATCAAAGCAAGAATTTCTGAGTCTCTTAATGCAACATCTTGAGAACTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TCATTGTTTGAAGGGTCCTTGTCAAAGAACTTGTCTCTAAATTCTCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 119048 TCATTGTTTGAAGGGTCCTTGTCAAAGAACTTGTCTCTAAATTCTCAAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1319         CTCTGAAAGAGAATCTTTACTATGAAGCTGGCAAAATGCTTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119098 TA...CAGCTCTGAAAGAGAATCTTTACTATGAAGCTGGCAAAATGCTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CCATTTCTTTAGTTCACGGTGGTCCTTCACCTGGTTTCTTTTCTAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121214 CCATTTCTTTAGTTCACGGTGGTCCTTCACCTGGTTTCTTTTCTAAAACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TTGTTTAACTGCCTTGTTTATGGACCAGAAAATACCCAGCCAATTTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121264 TTGTTTAACTGCCTTGTTTATGGACCAGAAAATACCCAGCCAATTTTAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGATGTTTCAGACTTTGATGTGGCACAGATTATAATCAGG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 121314 TGATGTTTCAGACTTTGATGTGGCACAGATTATAATCAGGGTA...CAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TAAATACTGCAACAACTGTAGCTGACTTAAAGTCAATAATAAATGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125492 TAAATACTGCAACAACTGTAGCTGACTTAAAGTCAATAATAAATGAATGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TATAACTACCTTGAGTTAATTGGATGTCTCAGACTTATAACGACATTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125542 TATAACTACCTTGAGTTAATTGGATGTCTCAGACTTATAACGACATTAAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TGATAAATATATGTTAGTAAAAGACATACTTGGCTACCATGTAATTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125592 TGATAAATATATGTTAGTAAAAGACATACTTGGCTACCATGTAATTCAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 GAGTCCACACACCCTTTGAAAG         TTTTAAGCAGGGTCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 125642 GAGTCCACACACCCTTTGAAAGGTA...AAGTTTTAAGCAGGGTCTGAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 ACCCTTGGTGTTTTGGAGAAAATTCAGGCTTATCCAGAAGCATTTTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128652 ACCCTTGGTGTTTTGGAGAAAATTCAGGCTTATCCAGAAGCATTTTGTAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CATCCTGTGTCATAAACCTGAGAGTCTTTCTGCAAAAATCCTTAGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128702 CATCCTGTGTCATAAACCTGAGAGTCTTTCTGCAAAAATCCTTAGTGAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TTTTTACAGTACACACATTACCTGATGTGAAAGCTTTGGGGTTTTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128752 TTTTTACAGTACACACATTACCTGATGTGAAAGCTTTGGGGTTTTGGAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 AGTTACTTACAGGCTGTTGAAG         ATGGTAAATCTACAACAAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 128802 AGTTACTTACAGGCTGTTGAAGGTA...CAGATGGTAAATCTACAACAAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 AATGGAAGACATTCTTATTTTTGCAACTGGTTGCAGTTCCATTCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129581 AATGGAAGACATTCTTATTTTTGCAACTGGTTGCAGTTCCATTCCTCCAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CTGGATTTAAACCCACTCCTTCAATTGAGTGTCTGCATGTGGATTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129631 CTGGATTTAAACCCACTCCTTCAATTGAGTGTCTGCATGTGGATTTTCCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GTTGGAAACAAGTGTAATAACTGTTTAGCAATTCCCATCACCAATACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129681 GTTGGAAACAAGTGTAATAACTGTTTAGCAATTCCCATCACCAATACATA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 TAAAGAGTTTCAAGAAAATATGGACTTCACCATAAGAAACACTCTAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129731 TAAAGAGTTTCAAGAAAATATGGACTTCACCATAAGAAACACTCTAAGAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .
   2084 TAGAAAAGGAAGAAAGTTCTCATTACATTGGACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129781 TAGAAAAGGAAGAAAGTTCTCATTACATTGGACAT