seq1 = pF1KA1332.tfa, 2151 bp
seq2 = pF1KA1332/gi568815597r_16150673.tfa (gi568815597r:16150673_16415418), 264746 bp

>pF1KA1332 2151
>gi568815597r:16150673_16415418 (Chr1)

(complement)

1-250  (100001-100250)   99% ->
251-367  (109500-109616)   100% ->
368-502  (120502-120636)   100% ->
503-656  (158660-158813)   100% ->
657-767  (159598-159708)   100% ->
768-864  (161688-161784)   100% ->
865-921  (162267-162323)   100% ->
922-1038  (163015-163131)   100% ->
1039-2151  (163634-164746)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGCTCCTCAGACAGTGAAGATGACAGTTTCATGGCTGTGGACCA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAGCTCCTCGGACAGTGAAGATGACAGTTTCATGGCTGTGGACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAGAAACTGTGCTGGAAGGGACAATGGATCAAGATGAGGAGCCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAGAAACTGTGCTGGAAGGGACAATGGATCAAGATGAGGAGCCCCACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGTATTGGAGGCTGAGGAGACTAGACATAATAGGTCCATGTCGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGTATTGGAGGCTGAGGAGACTAGACATAATAGGTCCATGTCGGAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCAGAAGAGGTTTTGGAGTATATCCTGTCCTTTCTCTCACCGTATCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCAGAAGAGGTTTTGGAGTATATCCTGTCCTTTCTCTCACCGTATCAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACACAAAACTGCGGCCCTTGTCTGCAAACAGTGGTATCGACTTATCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACACAAAACTGCGGCCCTTGTCTGCAAACAGTGGTATCGACTTATCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251          GTGTAGCCCATCAGTGTTATCATGGTTTCATGAAGGCTGTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTA...TAGGTGTAGCCCATCAGTGTTATCATGGTTTCATGAAGGCTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGGAAGGAAACATTCAGTGGGAGAGCCGTACCTATCCTTATCCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109541 CAGGAAGGAAACATTCAGTGGGAGAGCCGTACCTATCCTTATCCTGGAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCCAATCACTCAGCGCTTCTCGCACA         GTGCATGCTATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 109591 CCCAATCACTCAGCGCTTCTCGCACAGTA...TAGGTGCATGCTATTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGCTAATCAGTCTATGTATGTGTTTGGAGGCTGTACCCAGAGCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120517 ATGCTAATCAGTCTATGTATGTGTTTGGAGGCTGTACCCAGAGCAGCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AATGCTGCTTTCAATGACCTCTGGAGACTTGACCTAAACAGCAAAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120567 AATGCTGCTTTCAATGACCTCTGGAGACTTGACCTAAACAGCAAAGAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GATCCGACCTTTGGCTTCAG         GGTCCTATCCTTCCCCCAAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 120617 GATCCGACCTTTGGCTTCAGGTA...TAGGGTCCTATCCTTCCCCCAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGGAGCAACTCTGGTCGTGTACAAGGACTTGCTAGTGCTGTTTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158681 CTGGAGCAACTCTGGTCGTGTACAAGGACTTGCTAGTGCTGTTTGGTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TGGACGCGGCCAAGCCCTTATCCCCTACACCAGCCAGAGAGATTCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158731 TGGACGCGGCCAAGCCCTTATCCCCTACACCAGCCAGAGAGATTCTTTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGAAATACACACTTACTCACCCTCTAAAAATTG         GTGGAACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 158781 TGAAATACACACTTACTCACCCTCTAAAAATTGGTA...TAGGTGGAACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCATTGTGACAACCCATGGGCCACCTCCCATGGCTGGCCACTCCTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159606 GCATTGTGACAACCCATGGGCCACCTCCCATGGCTGGCCACTCCTCCTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGATAGATGATAAAATGATTGTCTTTGGTGGCTCTTTAGGATCCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159656 GTGATAGATGATAAAATGATTGTCTTTGGTGGCTCTTTAGGATCCCGGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AAT         GAGCAATGATGTCTGGGTCCTTGACCTTGAGCAGTGGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159706 AATGTA...CAGGAGCAATGATGTCTGGGTCCTTGACCTTGAGCAGTGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CGTGGTCCAAGCCGAACATCTCTGGCCCCAGTCCTCATCCTCGAGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161726 CGTGGTCCAAGCCGAACATCTCTGGCCCCAGTCCTCATCCTCGAGGTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CAATCTCAG         ATTGTCATAGATGATGCAACTATCTTAATCCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 161776 CAATCTCAGGTG...CAGATTGTCATAGATGATGCAACTATCTTAATCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGGAGGGTGTGGCGGTCCCAATGCT         CTATTCAAGGATGCTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 162299 CGGAGGGTGTGGCGGTCCCAATGCTGTG...CAGCTATTCAAGGATGCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GGTTGTTGCACATGCATTCTGGTCCTTGGGCCTGGCAGCCACTCAAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163031 GGTTGTTGCACATGCATTCTGGTCCTTGGGCCTGGCAGCCACTCAAGGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAAAATGAAGAGCATGGGGCCCCAGAACTGTGGTGCCATCCAGCTTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163081 GAAAATGAAGAGCATGGGGCCCCAGAACTGTGGTGCCATCCAGCTTGCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 G         GTGGGACAGTGTGTGGTGGTCTTCAGCCAGGCTCCTAGTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163131 GGTA...CAGGTGGGACAGTGTGTGGTGGTCTTCAGCCAGGCTCCTAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GGAGAGCCCCACTCAGCCCCAGTTTGAACTCTCGCCCATCACCTATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163674 GGAGAGCCCCACTCAGCCCCAGTTTGAACTCTCGCCCATCACCTATCAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCCACTCCTCCAGCTCTCGTTCCTGAAACCCGAGAGTACCGCTCTCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163724 GCCACTCCTCCAGCTCTCGTTCCTGAAACCCGAGAGTACCGCTCTCAGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TCCAGTAAGAAGCATGGATGAAGCTCCTTGTGTTAACGGCCGCTGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163774 TCCAGTAAGAAGCATGGATGAAGCTCCTTGTGTTAACGGCCGCTGGGGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CACTGAGACCCAGGGCTCAAAGGCAGACTCCTTCAGGTTCCCGGGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163824 CACTGAGACCCAGGGCTCAAAGGCAGACTCCTTCAGGTTCCCGGGAAGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AGCCTTTCCCCAGCCAGAGGAGACGGCTCTCCTATCCTCAATGGTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163874 AGCCTTTCCCCAGCCAGAGGAGACGGCTCTCCTATCCTCAATGGTGGGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TTTGTCTCCAGGAACGGCAGCTGTGGGTGGCTCTTCTTTGGACAGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163924 TTTGTCTCCAGGAACGGCAGCTGTGGGTGGCTCTTCTTTGGACAGTCCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TACAGGCCATATCTCCAAGTACTCCATCTGCTCCTGAAGGATACGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163974 TACAGGCCATATCTCCAAGTACTCCATCTGCTCCTGAAGGATACGACCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AAAATAGGACTTTCTTTGGCCCCCCGACGAGGATCACTACCAGATCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164024 AAAATAGGACTTTCTTTGGCCCCCCGACGAGGATCACTACCAGATCAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 AGATCTGAGATTAGGATCCATAGATCTGAATTGGGATCTGAAACCCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164074 AGATCTGAGATTAGGATCCATAGATCTGAATTGGGATCTGAAACCCGCTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CCAGTAGTAATCCCATGGATGGCATGGACAATAGGACAGTTGGGGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164124 CCAGTAGTAATCCCATGGATGGCATGGACAATAGGACAGTTGGGGGAAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 ATGAGACACCCTCCTGAACAGACAAATGGTGTGCATACCCCACCTCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164174 ATGAGACACCCTCCTGAACAGACAAATGGTGTGCATACCCCACCTCACGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GGCCAGTGCCCTTGCAGGGGCCGTCTCCCCAGGTGCCCTGCGTCGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164224 GGCCAGTGCCCTTGCAGGGGCCGTCTCCCCAGGTGCCCTGCGTCGGAGTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 TGGAAGCCATCAAAGCGATGTCCTCCAAAGGCCCCTCGGCCTCTGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164274 TGGAAGCCATCAAAGCGATGTCCTCCAAAGGCCCCTCGGCCTCTGCAGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 CTAAGTCCTCCTCTTGGGTCTTCTCCAGGCTCTCCTGGGAGCCAGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164324 CTAAGTCCTCCTCTTGGGTCTTCTCCAGGCTCTCCTGGGAGCCAGAGTTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 GAGCAGTGGAGAAACAGTGCCCATCCCTCGCCCAGGGCCTGCCCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164374 GAGCAGTGGAGAAACAGTGCCCATCCCTCGCCCAGGGCCTGCCCAAGGAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 ATGGACATTCCTTACCTCCCATTGCTCGCCGCCTGGGCCACCACCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164424 ATGGACATTCCTTACCTCCCATTGCTCGCCGCCTGGGCCACCACCCTCCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 CAGTCCCTAAATGTTGGCAAACCCCTATACCAGAGTATGAACTGCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164474 CAGTCCCTAAATGTTGGCAAACCCCTATACCAGAGTATGAACTGCAAGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 CATGCAGATGTACGTGCTGGACATTAAAGACACCAAGGAGAAGGGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164524 CATGCAGATGTACGTGCTGGACATTAAAGACACCAAGGAGAAGGGGCGGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 TCAAATGGAAAGTATTTAATAGCAGTTCTGTGGTTGGACCTCCTGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164574 TCAAATGGAAAGTATTTAATAGCAGTTCTGTGGTTGGACCTCCTGAAACC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 AGCCTGCATACCGTGGTACAAGGCAGGGGTGAACTCATCATATTTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164624 AGCCTGCATACCGTGGTACAAGGCAGGGGTGAACTCATCATATTTGGAGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 ACTCATGGACAAGAAACAGAATGTGAAGTACTATCCAAAAACAAACGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164674 ACTCATGGACAAGAAACAGAATGTGAAGTACTATCCAAAAACAAACGCCT

   2200     .    :    .    :
   2129 TGTACTTTGTACGAGCAAAGAGA
        |||||||||||||||||||||||
 164724 TGTACTTTGTACGAGCAAAGAGA