seq1 = pF1KA1331.tfa, 1767 bp
seq2 = pF1KA1331/gi568815595f_185486414.tfa (gi568815595f:185486414_185729841), 243428 bp

>pF1KA1331 1767
>gi568815595f:185486414_185729841 (Chr3)

1-101  (100001-100101)   100% ->
102-157  (103701-103756)   100% ->
158-291  (111999-112132)   100% ->
292-358  (112545-112611)   100% ->
359-449  (114352-114442)   100% ->
450-618  (119917-120085)   100% ->
619-722  (122834-122937)   100% ->
723-817  (125238-125332)   100% ->
818-869  (126194-126245)   100% ->
870-933  (126932-126995)   98% ->
934-1110  (128151-128327)   100% ->
1111-1242  (131067-131198)   100% ->
1243-1446  (132886-133089)   100% ->
1447-1526  (135413-135492)   100% ->
1527-1611  (137585-137669)   100% ->
1612-1707  (139885-139980)   100% ->
1708-1767  (143369-143428)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACAGATGGCTGGTTAGGATTCTCGGCACCATTTTCCGTTTCTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACAGATGGCTGGTTAGGATTCTCGGCACCATTTTCCGTTTCTGCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGTCGGTGCCCCCTGCCCGGGCCCTCCTGAAGAGGCGGCGCTCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGTCGGTGCCCCCTGCCCGGGCCCTCCTGAAGAGGCGGCGCTCAGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 G         CACTCTGTTTTCTACAGTGGACACTGATGAAATACCAGCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTG...CAGCACTCTGTTTTCTACAGTGGACACTGATGAAATACCAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAAGACCAAGATTAG         ATTGCTTTATTCACCAAGTGAAAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103741 AAAAGACCAAGATTAGGTA...TAGATTGCTTTATTCACCAAGTGAAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGTCTCTACAATGCTGCCAGCTTATTTGGATTCCCATTCCAGCTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112024 CAGTCTCTACAATGCTGCCAGCTTATTTGGATTCCCATTCCAGCTGACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAAAGCCCATGGTAACTTCTGCTTGTAATGGAACACGGAATGTGGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112074 CAAAGCCCATGGTAACTTCTGCTTGTAATGGAACACGGAATGTGGCCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCAGGAGAG         GTATTTTCGAACTCTTCATCTTGTGAACTGAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112124 TCAGGAGAGGTC...AAGGTATTTTCGAACTCTTCATCTTGTGAACTGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGGTTCTGGATCCTGGAACAACATGCTGAAACTGG         GTAATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 112577 AGGTTCTGGATCCTGGAACAACATGCTGAAACTGGGTG...TAGGTAATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AATCTCCTAATGGAATAAGTGACTATCCAAAGATCAGAGTGACAGTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114358 AATCTCCTAATGGAATAAGTGACTATCCAAAGATCAGAGTGACAGTTACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CGAGATCAGCCACGCAGAGTCCTGCCTTCCTTTGG         TTTTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 114408 CGAGATCAGCCACGCAGAGTCCTGCCTTCCTTTGGGTA...CAGTTTTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TTTGAACTCAGAAGGCTGTAATAGAAGACCAGGTGGCCGTCGCCATAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119923 TTTGAACTCAGAAGGCTGTAATAGAAGACCAGGTGGCCGTCGCCATAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAGGTAATCCAGAGAGTTCTTTAATGTGGAAACCTCAGGAACAGGCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119973 AAGGTAATCCAGAGAGTTCTTTAATGTGGAAACCTCAGGAACAGGCTGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACAGAGATGATTTCTGAAGAGAGTGGCAAGGGTCTGAGGCGTCCCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120023 ACAGAGATGATTTCTGAAGAGAGTGGCAAGGGTCTGAGGCGTCCCCATTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TACTGTGGAGGAG         GGTGTTCAAAAAGAGGAAAGAGAGAAGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 120073 TACTGTGGAGGAGGTA...TAGGGTGTTCAAAAAGAGGAAAGAGAGAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACCGAAAGTTATTGGAACGACTTAAAGAAAGTGGTCATGGAAACTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122862 ACCGAAAGTTATTGGAACGACTTAAAGAAAGTGGTCATGGAAACTCTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGTCCTGTAACTTCAAATTATCACAG         TTCTCAAAGAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 122912 TGTCCTGTAACTTCAAATTATCACAGGTG...AAGTTCTCAAAGAAGTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GATGGACACATTAAAGACCAAAGGCTGGGGGGAAGAGCAAAATCACGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125253 GATGGACACATTAAAGACCAAAGGCTGGGGGGAAGAGCAAAATCACGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCAAAACAACTCAGTTTGTTCCAAAACAAT         ATAGACTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 125303 TCAAAACAACTCAGTTTGTTCCAAAACAATGTG...CAGATAGACTTGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAAACAAGGGGACCTCTATGTTCATTGAGAAGTGAAAAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 126205 GAAACAAGGGGACCTCTATGTTCATTGAGAAGTGAAAAGAGGTA...TAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GTGTTCAAAGGGGAAAATTACTGATACAGAGAAGATGGTCGGAATCAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 126932 GTGTTCAAAGGGGAAAATTACTGATACAGAGACGATGGTCGGAATCAGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TTGAAAATGAAAGT         AGGAGGGGATACCAACTGGAGCCTGAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 126982 TTGAAAATGAAAGTGTA...CAGAGGAGGGGATACCAACTGGAGCCTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CTATCAGAAGAAGTGTCGGCCCGACTCCGCCTGGGCAGTGGAAGCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128178 CTATCAGAAGAAGTGTCGGCCCGACTCCGCCTGGGCAGTGGAAGCAATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CTTACTCAGGAGGAAAGTGTCAATAATTGAGACAAAGGAAAAGAATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128228 CTTACTCAGGAGGAAAGTGTCAATAATTGAGACAAAGGAAAAGAATTGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CAGGCAAAGAGAGGGACAGAAGAACGGACGATCTCCTTGAACTTACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128278 CAGGCAAAGAGAGGGACAGAAGAACGGACGATCTCCTTGAACTTACAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111          GACATGGAAAAGGAAATCAGTAATGCCCTAGGCCATGGCCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128328 GTA...CAGGACATGGAAAAGGAAATCAGTAATGCCCTAGGCCATGGCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 ACAGGATGAAATCCTAAGTAGTGCTTTCAAATTGCGAATTACTCGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131108 ACAGGATGAAATCCTAAGTAGTGCTTTCAAATTGCGAATTACTCGAGGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ATATTCAGACATTAAAGAACTATCACTGGCTCAATGATGAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 131158 ATATTCAGACATTAAAGAACTATCACTGGCTCAATGATGAAGTA...TAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GTCATTAATTTTTACATGAATCTTCTGGTGGAAAGAAATAAAAAGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132886 GTCATTAATTTTTACATGAATCTTCTGGTGGAAAGAAATAAAAAGCAAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CTATCCAGCACTTCATGTATTCAGTACTTTCTTCTATCCTAAATTAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132936 CTATCCAGCACTTCATGTATTCAGTACTTTCTTCTATCCTAAATTAAAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CTGGGGGTTACCAAGCAGTGAAACGATGGACCAAAGGGGTAAATCTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132986 CTGGGGGTTACCAAGCAGTGAAACGATGGACCAAAGGGGTAAATCTCTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAACAAGAAATTATTCTGGTGCCTATTCATCGGAAGGTACATTGGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133036 GAACAAGAAATTATTCTGGTGCCTATTCATCGGAAGGTACATTGGAGCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GGTG         GTGATTGACCTAAGAAAAAAGTGTCTTAAATATCTGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133086 GGTGGTG...TAGGTGATTGACCTAAGAAAAAAGTGTCTTAAATATCTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 ATTCTATGGGACAAAAGGGCCACAGGATCTGTGAGATTCTCCT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 135450 ATTCTATGGGACAAAAGGGCCACAGGATCTGTGAGATTCTCCTGTA...T

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1527   TCAGTATTTACAGGATGAAAGTAAGACCAAAAGAAATAGTGATCTGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137583 AGTCAGTATTTACAGGATGAAAGTAAGACCAAAAGAAATAGTGATCTGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TCTTTTAGAGTGGACCCATCACAGCATGAAACCACAC         GAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 137633 TCTTTTAGAGTGGACCCATCACAGCATGAAACCACACGTG...TAGGAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 TTCCTCAACAGCTGAATGGGAGTGATTGTGGAATGTTTACTTGTAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139889 TTCCTCAACAGCTGAATGGGAGTGATTGTGGAATGTTTACTTGTAAATAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 GCAGATTATATTTCTAGGGACAAACCTATCACATTTACTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 139939 GCAGATTATATTTCTAGGGACAAACCTATCACATTTACTCAGGTG...CA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1708  CACCAGATGCCTCTCTTCCGGAAGAAGATGGTGTGGGAAATCCTTCATC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143368 GCACCAGATGCCTCTCTTCCGGAAGAAGATGGTGTGGGAAATCCTTCATC

   1900     .    :
   1757 AGCAGTTGCTG
        |||||||||||
 143418 AGCAGTTGCTG