seq1 = pF1KA1321.tfa, 2085 bp
seq2 = pF1KA1321/gi568815581r_29164542.tfa (gi568815581r:29164542_29393892), 229351 bp

>pF1KA1321 2085
>gi568815581r:29164542_29393892 (Chr17)

(complement)

1-277  (99834-100110)   100% ->
278-2002  (106177-107901)   99% ->
2003-2035  (126363-126395)   100% ->
2036-2085  (129302-129351)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGAAGCCCGGCCAGCCACAGCCTCAGCACCATCACAGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99834 ATGGAGGAGAAGCCCGGCCAGCCACAGCCTCAGCACCATCACAGCCACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCATCCGCACCATCACCCTCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCGCACCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99884 CCATCCGCACCATCACCCTCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCGCACCACCACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCATTATTATTTCTACAACCACAGCCACAACCACCACCACCACCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99934 ACCATTATTATTTCTACAACCACAGCCACAACCACCACCACCACCATCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACCAGCAGCCTCACCAATACCTGCAGCATGGAGCCGAGGGCAGCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99984 CACCAGCAGCCTCACCAATACCTGCAGCATGGAGCCGAGGGCAGCCCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCCAGCCAAAGCCGCTGAAACATGAGCAGAAACACACCCTCCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100034 GGCCCAGCCAAAGCCGCTGAAACATGAGCAGAAACACACCCTCCAGCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCAGGAAACGCCGAAGAAGAAAACAG         GCTATGGTGAACTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100084 ACCAGGAAACGCCGAAGAAGAAAACAGGTC...TAGGCTATGGTGAACTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACGGTAATGCTGGAGAAAGAGAAATATCTTTAAAGAACCTGAGTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106191 AACGGTAATGCTGGAGAAAGAGAAATATCTTTAAAGAACCTGAGTTCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGAAGCCACCAACCCTATTTCCAGGGTCCTCAATGGCAACCAGCAAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106241 TGAAGCCACCAACCCTATTTCCAGGGTCCTCAATGGCAACCAGCAAGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TAGACACTAGCCTGAAGCAGACTGTAAAGGCCAACACCTTTGGGAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106291 TAGACACTAGCCTGAAGCAGACTGTAAAGGCCAACACCTTTGGGAAAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGAATTAAAACCAAGAATTTCATTCAGAAAAACAGTATGGACAAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106341 GGAATTAAAACCAAGAATTTCATTCAGAAAAACAGTATGGACAAAAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGGGAAGTCTTATGAAAATAAATCTGGAGAGAATCAGTCTGTAGATAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106391 TGGGAAGTCTTATGAAAATAAATCTGGAGAGAATCAGTCTGTAGATAAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTGATACTATACCAATTCCAAATGGTGTGGTAACAAATAATTCTGGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106441 CTGATACTATACCAATTCCAAATGGTGTGGTAACAAATAATTCTGGTTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATTACTAATGGTTATATGGGTAAAGGAGCAGATAATGATGGTAGTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106491 ATTACTAATGGTTATATGGGTAAAGGAGCAGATAATGATGGTAGTGGATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGAGAGCGGATATACAACTCCTAAAAAAAGGAAAGCTAGGCGCAATAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106541 TGAGAGCGGATATACAACTCCTAAAAAAAGGAAAGCTAGGCGCAATAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCAAGGGTTGTGAAAACCTTAATATAGTGCAGGACAAAATAATGCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106591 CCAAGGGTTGTGAAAACCTTAATATAGTGCAGGACAAAATAATGCAACAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAGACCAGTGTCCCAACCTTAAAACAGGGACTTGAAACTTTCAAGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106641 GAGACCAGTGTCCCAACCTTAAAACAGGGACTTGAAACTTTCAAGCCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTATAGTGAACAAAAGGGAAATCGAGTAGATGGTTCGAAGCCCATTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106691 CTATAGTGAACAAAAGGGAAATCGAGTAGATGGTTCGAAGCCCATTTGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGTATGAAACTGGGCCTGGAGGAACAAGTCGAGGAAAACCTGCTGTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106741 AGTATGAAACTGGGCCTGGAGGAACAAGTCGAGGAAAACCTGCTGTGGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GATATGCTTCGGAAAAGCTCAGATAGTAAACCTGGTGTGAGCAGCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106791 GATATGCTTCGGAAAAGCTCAGATAGTAAACCTGGTGTGAGCAGCAAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GTTTGATGATCGGCCCAAAGGAAAGCATGCTTCAGCTGTTGCCTCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106841 GTTTGATGATCGGCCCAAAGGAAAGCATGCTTCAGCTGTTGCCTCCAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AGGACTCGTGGACCCTATTTAAACCACCCCCAGTTTTTCCAGTGGACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106891 AGGACTCGTGGACCCTATTTAAACCACCCCCAGTTTTTCCAGTGGACAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AGCAGTGCTAAAATAGTTCCTAAAATAAGTTATGCAAGCAAAGTTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106941 AGCAGTGCTAAAATAGTTCCTAAAATAAGTTATGCAAGCAAAGTTAAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 AAACCTCAACAAAACTATACAGAACTCTTCTGTGTCACCAACTTCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106991 AAACCTCAACAAAACTATACAGAACTCTTCTGTGTCACCAACTTCATCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CATCATCTTCATCATCTACCGGGGAAACTCAGACCCAATCATCAAGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107041 CATCATCTTCATCATCTACCGGGGAAACTCAGACCCAATCATCAAGTCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 TTATCCCAGGTCCCTATGTCAGCGCTGAAATCTGTTACTTCTGCCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107091 TTATCCCAGGTCCCTATGTCAGCGCTGAAATCTGTTACTTCTGCCAACTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TTCTAATGGGCCTGTTTTAGCAGGGACTGATGGAAATGTTTATCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107141 TTCTAATGGGCCTGTTTTAGCAGGGACTGATGGAAATGTTTATCCTCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 GGGGTCAGCCACTGCTAACTACTGCTGCTAATACTCTAACACCTATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 107191 GGGGTCAGCCACTGCTAACTACTGCTGCTAATACTCTAACACCCATCTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 TCTGGGACAGATTCAGTTCTCCAGGACATGAGTCTAACTTCAGCAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107241 TCTGGGACAGATTCAGTTCTCCAGGACATGAGTCTAACTTCAGCAGCTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 TGAACAAATTAAGACTAGCCTTTTTATCTATCCTTCAAATATGCAAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107291 TGAACAAATTAAGACTAGCCTTTTTATCTATCCTTCAAATATGCAAACTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 TGCTGTTGAGCACAGCACAAGTGGATCTGCCCTCTCAGACAGATCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107341 TGCTGTTGAGCACAGCACAAGTGGATCTGCCCTCTCAGACAGATCAGCAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 AACCTGGGGGATATCTTCCAGAATCAGTGGGGTTTATCATTTATAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107391 AACCTGGGGGATATCTTCCAGAATCAGTGGGGTTTATCATTTATAAATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 GCCCAGTGCTGGCCCTGAGACTGTTACTGGGAAGTCATCAGAGCATAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107441 GCCCAGTGCTGGCCCTGAGACTGTTACTGGGAAGTCATCAGAGCATAAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 TGATGGAGGTGACATTTCAAGGAGAATATCCTGCTACTTTGGTTTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107491 TGATGGAGGTGACATTTCAAGGAGAATATCCTGCTACTTTGGTTTCACAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 GGTGCTGAAATAATTCCCTCAGGAACTGAGCATCCTGTGTTTCCCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107541 GGTGCTGAAATAATTCCCTCAGGAACTGAGCATCCTGTGTTTCCCAAGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 TTACGAGCTGGAGAAACGGACTAGTCCTCAAGTTCTGGGTAGCATTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107591 TTACGAGCTGGAGAAACGGACTAGTCCTCAAGTTCTGGGTAGCATTCTAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 AATCTGGGACTACTAGTGAGAGTGGAGCCTTATCCTTGGAACCCAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107641 AATCTGGGACTACTAGTGAGAGTGGAGCCTTATCCTTGGAACCCAGTCAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 ATAGGTGACCTGCAGAAAGCAGACACCAGTAGTCAAGGTGCTTTAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107691 ATAGGTGACCTGCAGAAAGCAGACACCAGTAGTCAAGGTGCTTTAGTGTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 TCTCTCAAAGGACTACGAGATAGAAAGTCAAAATCCTCTGGCCTCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107741 TCTCTCAAAGGACTACGAGATAGAAAGTCAAAATCCTCTGGCCTCTCCTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1892 CGAACACTTTGTTAGGCTCTGCCAAAGAACAGAGATACCAGAGAGGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107791 CGAACACTTTGTTAGGCTCTGCCAAAGAACAGAGATACCAGAGAGGCCTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1942 GAAAGGAATGATAGCTGGGGTTCTTTTGACCTGAGGGCTGCTATTGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107841 GAAAGGAATGATAGCTGGGGTTCTTTTGACCTGAGGGCTGCTATTGTATA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1992 TCACACTAAAG         AAATGGAATCTATTTGGAATTTGCAGAAGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 107891 TCACACTAAAGGTA...CAGAAATGGAATCTATTTGGAATTTGCAGAAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2033 AAG         ATCCCAAAAGGATAATCACTTACAATGAAGCCATGGAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126393 AAGGTA...TAGATCCCAAAAGGATAATCACTTACAATGAAGCCATGGAT

   2100     .    :
   2074 AGTCCAGATCAA
        ||||||||||||
 129340 AGTCCAGATCAA