seq1 = pF1KA1313.tfa, 3303 bp
seq2 = pF1KA1313/gi568815575r_100196280.tfa (gi568815575r:100196280_100508597), 312318 bp

>pF1KA1313 3303
>gi568815575r:100196280_100508597 (ChrX)

(complement)

1-2147  (100001-102147)   100% ->
2148-2475  (105747-106074)   100% ->
2476-2534  (157894-157952)   100% ->
2535-2707  (166523-166695)   100% ->
2708-3303  (211723-212318)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTCGCTCCTGCTGCCGGTGCTGCTGCTGCTGGCCATACTGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTCGCTCCTGCTGCCGGTGCTGCTGCTGCTGGCCATACTGTGGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGCTGCCGCCCTCATTAATCTCAAGTACTCGGTAGAAGAGGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGGCTGCCGCCCTCATTAATCTCAAGTACTCGGTAGAAGAGGAGCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGCCGGGACGGTGATTGCCAACGTGGCCAAAGACGCGCGAGAGGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGCCGGGACGGTGATTGCCAACGTGGCCAAAGACGCGCGAGAGGCGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCGCGCTGGACCCCCGGCAGGCTTCAGCCTTTCGCGTGGTGTCCAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCGCGCTGGACCCCCGGCAGGCTTCAGCCTTTCGCGTGGTGTCCAACTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCTCCACACCTAGTGGACATCAATCCCAGCTCTGGCCTGCTGGTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCTCCACACCTAGTGGACATCAATCCCAGCTCTGGCCTGCTGGTCACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCAGAAGATTGACCGTGATCTGCTGTGCCGCCAGAGCCCCAAGTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCAGAAGATTGACCGTGATCTGCTGTGCCGCCAGAGCCCCAAGTGCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCTCGCTCGAGGTCATGTCCAGCTCAATGGAAATCTGCGTGATAAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCTCGCTCGAGGTCATGTCCAGCTCAATGGAAATCTGCGTGATAAAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGATCAAGGACCTGAACGACAATGCGCCCAGTTTCCCGGCAGCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGAGATCAAGGACCTGAACGACAATGCGCCCAGTTTCCCGGCAGCACAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCGAGCTGGAGATCTCGGAGGCAGCCAGCCCTGGCACGCGCATCCCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCGAGCTGGAGATCTCGGAGGCAGCCAGCCCTGGCACGCGCATCCCGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GACAGCGCTTACGATCCAGACTCAGGAAGCTTTGGCGTGCAGACTTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GACAGCGCTTACGATCCAGACTCAGGAAGCTTTGGCGTGCAGACTTACGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTCACGCCCAACGAGCTGTTCGGCCTGGAGATCAAGACGCGCGGCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTCACGCCCAACGAGCTGTTCGGCCTGGAGATCAAGACGCGCGGCGACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCTCCCGCTTTGCCGAACTCGTGGTGGAAAAGAGCCTGGACCGCGAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCTCCCGCTTTGCCGAACTCGTGGTGGAAAAGAGCCTGGACCGCGAGACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAGTCGCACTACAGCTTCCGAATCACTGCGCTAGACGGTGGCGACCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAGTCGCACTACAGCTTCCGAATCACTGCGCTAGACGGTGGCGACCCGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCGCCTGGGCACCGTTGGCCTTAGTATCAAGGTGACCGACTCCAATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCGCCTGGGCACCGTTGGCCTTAGTATCAAGGTGACCGACTCCAATGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACAACCCGGTGTTTAGCGAGTCCACCTACGCGGTGAGCGTGCCAGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACAACCCGGTGTTTAGCGAGTCCACCTACGCGGTGAGCGTGCCAGAAAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCGCCTCCCAACACACCCGTCATCCGCCTCAACGCCAGCGATCCAGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCGCCTCCCAACACACCCGTCATCCGCCTCAACGCCAGCGATCCAGACGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGGCACCAACGGCCAGGTGGTCTACTCCTTCTATGGCTACGTCAACGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGGCACCAACGGCCAGGTGGTCTACTCCTTCTATGGCTACGTCAACGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCACGCGCGAGCTCTTTCAGATCGACCCGCACAGTGGCCTGGTCACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCACGCGCGAGCTCTTTCAGATCGACCCGCACAGTGGCCTGGTCACTGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ACTGGCGCTTTAGACTACGAAGAGGGGCACGTGTACGAACTGGACGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ACTGGCGCTTTAGACTACGAAGAGGGGCACGTGTACGAACTGGACGTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGCTAAGGACTTGGGGCCCAATTCCATCCCGGCACACTGCAAGGTCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGCTAAGGACTTGGGGCCCAATTCCATCCCGGCACACTGCAAGGTCACCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TCAGCGTGCTGGACACCAATGACAATCCGCCGGTCATCAACCTGCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TCAGCGTGCTGGACACCAATGACAATCCGCCGGTCATCAACCTGCTGTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GTCAACAGTGAGCTTGTGGAGGTCAGCGAGAGCGCCCCCCCGGGCTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GTCAACAGTGAGCTTGTGGAGGTCAGCGAGAGCGCCCCCCCGGGCTACGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GATCGCCTTGGTGCGGGTGTCTGATCGCGACTCAGGCCTCAATGGACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GATCGCCTTGGTGCGGGTGTCTGATCGCGACTCAGGCCTCAATGGACGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TGCAGTGCCGTTTGCTGGGCAATGTGCCCTTTCGACTGCAGGAATATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TGCAGTGCCGTTTGCTGGGCAATGTGCCCTTTCGACTGCAGGAATATGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AGCTTCTCCACTATTCTGGTGGACGGACGGCTGGACCGCGAGCAGCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 AGCTTCTCCACTATTCTGGTGGACGGACGGCTGGACCGCGAGCAGCACGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CCAATACAACCTCACAATTCAGGCACGCGACGGCGGCGTGCCCATGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CCAATACAACCTCACAATTCAGGCACGCGACGGCGGCGTGCCCATGCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 AGAGTGCCAAGTCCTTTACCGTGCTCATCACTGACGAAAATGACAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 AGAGTGCCAAGTCCTTTACCGTGCTCATCACTGACGAAAATGACAACCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CCGCACTTTTCCAAGCCCTACTACCAGGTCATTGTGCAGGAGAACAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 CCGCACTTTTCCAAGCCCTACTACCAGGTCATTGTGCAGGAGAACAACAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GCCTGGCGCCTATCTGCTCTCTGTGTCTGCTCGCGACCCCGACCTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GCCTGGCGCCTATCTGCTCTCTGTGTCTGCTCGCGACCCCGACCTGGGTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 TCAACGGCAGTGTCTCCTACCAGATCGTGCCGTCGCAGGTGCGGGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 TCAACGGCAGTGTCTCCTACCAGATCGTGCCGTCGCAGGTGCGGGACATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 CCTGTCTTCACCTATGTCTCCATCAATCCCAACTCAGGCGACATCTACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 CCTGTCTTCACCTATGTCTCCATCAATCCCAACTCAGGCGACATCTACGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 GCTGCGATCCTTTAACCACGAGCAGACCAAGGCGTTCGAATTCAAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 GCTGCGATCCTTTAACCACGAGCAGACCAAGGCGTTCGAATTCAAGGTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 TGGCCAAGGACGGCGGCCTTCCCTCACTGCAAAGCAACGCTACGGTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 TGGCCAAGGACGGCGGCCTTCCCTCACTGCAAAGCAACGCTACGGTGCGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 GTCATCATCCTCGACGTCAACGACAACACCCCGGTCATCACAGCCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 GTCATCATCCTCGACGTCAACGACAACACCCCGGTCATCACAGCCCCACC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 TCTGATTAACGGCACTGCCGAGGTCTACATACCCCGCAACTCTGGCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 TCTGATTAACGGCACTGCCGAGGTCTACATACCCCGCAACTCTGGCATAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 GCTACCTGGTGACTGTTGTCAAGGCAGAAGACTACGATGAGGGCGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 GCTACCTGGTGACTGTTGTCAAGGCAGAAGACTACGATGAGGGCGAAAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 GGCCGAGTCACCTACGACATGACCGAGGGCGACCGCGGCTTCTTTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 GGCCGAGTCACCTACGACATGACCGAGGGCGACCGCGGCTTCTTTGAAAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 AGACCAGGTCAATGGCGAAGTCAGAACCACCCGCACCTTCGGGGAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 AGACCAGGTCAATGGCGAAGTCAGAACCACCCGCACCTTCGGGGAGAGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 CCAAGTCCTCCTATGAGCTTATCGTGGTGGCTCACGACCACGGCAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 CCAAGTCCTCCTATGAGCTTATCGTGGTGGCTCACGACCACGGCAAGACA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 TCTCTCTCTGCCTCTGCTCTCGTCCTAATCTACTTGTCCCCTGCTCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 TCTCTCTCTGCCTCTGCTCTCGTCCTAATCTACTTGTCCCCTGCTCTCGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 TGCCCAAGAGTCAATGGGCTCTGTGAACTTGTCCTTGATTTTCATTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 TGCCCAAGAGTCAATGGGCTCTGTGAACTTGTCCTTGATTTTCATTATTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 CCCTGGGCTCCATTGCGGGCATCCTCTTTGTAACTATGATCTTCGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 CCCTGGGCTCCATTGCGGGCATCCTCTTTGTAACTATGATCTTCGTGGCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 ATCAAGTGCAAGCGAGACAACAAAGAGATCCGGACCTACAACTGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102101 ATCAAGTGCAAGCGAGACAACAAAGAGATCCGGACCTACAACTGCAGGTA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148       AATTGCTGAGTACTCCTATGGGCATCAAAAGAAATCAAGCAAGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 ...TAGAATTGCTGAGTACTCCTATGGGCATCAAAAGAAATCAAGCAAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2192 AGAAAAAAATCAGTAAGAATGACATCCGCCTGGTACCCCGGGATGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105791 AGAAAAAAATCAGTAAGAATGACATCCGCCTGGTACCCCGGGATGTGGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2242 GAGACAGACAAGATGAACGTTGTCAGTTGCTCTTCCCTGACCTCCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105841 GAGACAGACAAGATGAACGTTGTCAGTTGCTCTTCCCTGACCTCCTCCCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2292 CAACTATTTTGACTACCACCAGCAGACGCTGCCCCTGGGCTGCCGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105891 CAACTATTTTGACTACCACCAGCAGACGCTGCCCCTGGGCTGCCGCCGCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2342 CTGAGAGCACTTTCCTGAATGTGGAGAACCAGAATACCCGCAACACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105941 CTGAGAGCACTTTCCTGAATGTGGAGAACCAGAATACCCGCAACACCAGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2392 GCTAACCACATCTACCATCACTCTTTCAACAGCCAGGGGCCCCAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105991 GCTAACCACATCTACCATCACTCTTTCAACAGCCAGGGGCCCCAGCAGCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2442 TGACCTGATTATCAACGGTGTGCCTCTGCCTGAG         ACTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 106041 TGACCTGATTATCAACGGTGTGCCTCTGCCTGAGGTG...CAGACTGAAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2483 ACTATTCTTTTGACTCCAACTACGTGAATAGCCGAGCCCATTTAATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157901 ACTATTCTTTTGACTCCAACTACGTGAATAGCCGAGCCCATTTAATCAAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2533 AG         CAGCTCCACCTTCAAGGACTTAGAGGGCAACAGCCTGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157951 AGGTA...CAGCAGCTCCACCTTCAAGGACTTAGAGGGCAACAGCCTGAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2574 GGATAGTGGACATGAGGAGAGTGACCAAACTGACAGTGAGCATGATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166562 GGATAGTGGACATGAGGAGAGTGACCAAACTGACAGTGAGCATGATGTCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2624 AGCGGAGCCTGTATTGTGATACTGCTGTCAACGATGTGCTGAACACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166612 AGCGGAGCCTGTATTGTGATACTGCTGTCAACGATGTGCTGAACACCAGT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2674 GTGACCTCCATGGGATCTCAGATGCCTGATCATG         ATCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 166662 GTGACCTCCATGGGATCTCAGATGCCTGATCATGGTA...CAGATCAGAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2715 TGAAGGATTTCATTGCCGGGAAGAATGCCGGATTCTTGGCCACTCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211730 TGAAGGATTTCATTGCCGGGAAGAATGCCGGATTCTTGGCCACTCTGACA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2765 GGTGCTGGATGCCCCGGAACCCCATGCCCATCCGTTCCAAGTCCCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211780 GGTGCTGGATGCCCCGGAACCCCATGCCCATCCGTTCCAAGTCCCCTGAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2815 CATGTGAGGAACATCATCGCGCTGTCTATTGAAGCTACTGCTGCTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211830 CATGTGAGGAACATCATCGCGCTGTCTATTGAAGCTACTGCTGCTGATGT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2865 CGAGGCTTATGACGACTGCGGCCCCACCAAACGGACTTTCGCAACCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211880 CGAGGCTTATGACGACTGCGGCCCCACCAAACGGACTTTCGCAACCTTTG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2915 GGAAAGATGTCAGCGACCACCCGGCTGAGGAGAGGCCTACCCTGAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211930 GGAAAGATGTCAGCGACCACCCGGCTGAGGAGAGGCCTACCCTGAAAGGC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2965 AAGAGGACTGTCGATGTGACCATCTGCAGCCCCAAGGTCAACAGCGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211980 AAGAGGACTGTCGATGTGACCATCTGCAGCCCCAAGGTCAACAGCGTTAT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3015 CCGGGAGGCAGGCAATGGCTGTGAGGCGATTAGCCCTGTCACCTCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212030 CCGGGAGGCAGGCAATGGCTGTGAGGCGATTAGCCCTGTCACCTCCCCCC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3065 TCCACCTCAAGAGCTCTCTGCCCACCAAGCCTTCCGTGTCTTACACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212080 TCCACCTCAAGAGCTCTCTGCCCACCAAGCCTTCCGTGTCTTACACCATT

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3115 GCCCTGGCTCCCCCAGCCCGTGATCTGGAGCAGTATGTCAACAATGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212130 GCCCTGGCTCCCCCAGCCCGTGATCTGGAGCAGTATGTCAACAATGTCAA

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3165 CAATGGCCCTACTCGTCCCTCTGAAGCTGAGCCCCGTGGAGCTGATAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212180 CAATGGCCCTACTCGTCCCTCTGAAGCTGAGCCCCGTGGAGCTGATAGCG

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3215 AGAAAGTCATGCATGAGGTCAGCCCCATTCTGAAGGAAGGTCGCAACAAA
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 212230 AGAAAGTCATGCATGAGGTCAGCCCCATTCTGAAGGAAGGTCGCAACAAA

   3300     .    :    .    :    .    :    .
   3265 GAGTCCCCTGGTGTGAAGCGTCTGAAGGATATCGTTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212280 GAGTCCCCTGGTGTGAAGCGTCTGAAGGATATCGTTCTC