seq1 = pF1KA1299.tfa, 2013 bp
seq2 = pF1KA1299/gi568815582f_28766166.tfa (gi568815582f:28766166_28973269), 207104 bp

>pF1KA1299 2013
>gi568815582f:28766166_28973269 (Chr16)

1-939  (99930-100868)   100% ->
940-1041  (101166-101267)   100% ->
1042-1133  (102841-102932)   100% ->
1134-1309  (103043-103218)   100% ->
1310-1513  (105615-105818)   100% ->
1514-1725  (106025-106236)   100% ->
1726-1897  (106369-106540)   100% ->
1898-1997  (107005-107104)   100% ->
1998-2013  (107282-107297)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGGTGCCCCTTCCCCAGAGGACGGGGCCTCCCCCTCGTCTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99930 ATGAATGGTGCCCCTTCCCCAGAGGACGGGGCCTCCCCCTCGTCTCCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCCCCCACCCCCGCCCCCTAGTTGGCGGGAGTTCTGTGAGTCCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99980 GCTGCCCCCACCCCCGCCCCCTAGTTGGCGGGAGTTCTGTGAGTCCCACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCGGGCTGCGGCTCTGGACTTTGCCCGCCGTTTTCGCCTCTACCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100030 CCCGGGCTGCGGCTCTGGACTTTGCCCGCCGTTTTCGCCTCTACCTGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCCACCCCCAATATGCGGGGCCCGGGGCCGAGGCTGCCTTCTCCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100080 TCCCACCCCCAATATGCGGGGCCCGGGGCCGAGGCTGCCTTCTCCCGCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTTGCTGAGCTCTTCCTGCAGCACTTTGAAGCCGAGGTGGCCCGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100130 TTTTGCTGAGCTCTTCCTGCAGCACTTTGAAGCCGAGGTGGCCCGGGCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGGCTCCCTGTCGCCACCCATCCTGGCTCCCCTGAGCCCTGGTGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100180 CTGGCTCCCTGTCGCCACCCATCCTGGCTCCCCTGAGCCCTGGTGCGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATTTCGCCACATGACCTGTCCCTTGAGAGCTGCAGGGTGGGTGGGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100230 ATTTCGCCACATGACCTGTCCCTTGAGAGCTGCAGGGTGGGTGGGCCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCTGTGCTGGGCCCTTCTCGATCATCTGAGGACCTGGCCGGCCCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100280 GGCTGTGCTGGGCCCTTCTCGATCATCTGAGGACCTGGCCGGCCCCCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTTCCTCAGTCTCTTCCTCCTCTACAACCTCCTCCAAGCCGAAGCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100330 CTTCCTCAGTCTCTTCCTCCTCTACAACCTCCTCCAAGCCGAAGCTCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAGCGCTTTTCCCTGCGTTCAGTGGGTCGCTCTGTCCGAGGCTCAGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100380 AAGCGCTTTTCCCTGCGTTCAGTGGGTCGCTCTGTCCGAGGCTCAGTCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGGCATCCTGCAGTGGCGGGGGACCGTTGACCCTCCCTCCTCCGCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100430 TGGCATCCTGCAGTGGCGGGGGACCGTTGACCCTCCCTCCTCCGCTGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCCTGGAGACCTCGTCAGGCCCCCCAGTCTTAGGTGGAAACAGCAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100480 CCCTGGAGACCTCGTCAGGCCCCCCAGTCTTAGGTGGAAACAGCAACTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AACTCCTCTGGCGGGGCTGGGACCGTTGGTAGGGGACTGGTCAGTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100530 AACTCCTCTGGCGGGGCTGGGACCGTTGGTAGGGGACTGGTCAGTGATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AACGTCCCCTGGGGAAAGATGGACTCACCGTTTTGAGAGGCTGAGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100580 AACGTCCCCTGGGGAAAGATGGACTCACCGTTTTGAGAGGCTGAGACTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTCGGGGAGGGGGCGCCTTGAAGGATGGAGCAGGGATGGTGCAGAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100630 GTCGGGGAGGGGGCGCCTTGAAGGATGGAGCAGGGATGGTGCAGAGGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GAGCTGCTGAGTTTCATGGGGGCTGAGGAGGCAGCCCCTGACCCAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100680 GAGCTGCTGAGTTTCATGGGGGCTGAGGAGGCAGCCCCTGACCCAGCCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGTGGGCCGGGGAGGAGGGGTGGCTGGGCCTCCTTCAGGGGGAGGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100730 AGTGGGCCGGGGAGGAGGGGTGGCTGGGCCTCCTTCAGGGGGAGGAGGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGCCTCAGTGGCAGAAGTGTCGCCTGCTGCTTCGAAGTGAAGGAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100780 AGCCTCAGTGGCAGAAGTGTCGCCTGCTGCTTCGAAGTGAAGGAGAAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGAGGAGGAAGTCGCCTGGAGTTCTTTGTACCACCCAAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100830 GGAGGAGGAAGTCGCCTGGAGTTCTTTGTACCACCCAAGGTG...TAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTCTCGGCCCCGACTCAGCATCCCCTGCTCTTCTATCACAGACGTCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101168 CTCTCGGCCCCGACTCAGCATCCCCTGCTCTTCTATCACAGACGTCCGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CAACCACAGCCCTGGAGATGCCTGACCGGGAGAACACGTTTGTGGTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101218 CAACCACAGCCCTGGAGATGCCTGACCGGGAGAACACGTTTGTGGTTAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042          GTGGAAGGTCCATCCGAGTATATCATGGAGACAGTGGATGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101268 GTA...TAGGTGGAAGGTCCATCCGAGTATATCATGGAGACAGTGGATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CCAGCATGTGAAGGCCTGGGTGTCTGACATCCAAGAATGCCTGAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102882 CCAGCATGTGAAGGCCTGGGTGTCTGACATCCAAGAATGCCTGAGCCCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 G         ACCCTGCCCTGCTACCAGTCCCCGCCCCATGACCCTCCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102932 GGTG...CAGACCCTGCCCTGCTACCAGTCCCCGCCCCATGACCCTCCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CTGGCCCCTGGGACCTCATTCCTTACAAGGGAGAACACAGACAGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103083 CTGGCCCCTGGGACCTCATTCCTTACAAGGGAGAACACAGACAGCCTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GCTGTCCTGCCTGAATCACTCGGAGAGTCTACCCAGCCAGGACCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103133 GCTGTCCTGCCTGAATCACTCGGAGAGTCTACCCAGCCAGGACCTGCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TTGGACCCAGCGAGAGCAATGACCGCCTGTCGCAGG         GGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103183 TTGGACCCAGCGAGAGCAATGACCGCCTGTCGCAGGGTA...CAGGGGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TATGGGGGCCTCTCAGACCGCCCCTCGGCATCCATCTCCCCCAGCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105620 TATGGGGGCCTCTCAGACCGCCCCTCGGCATCCATCTCCCCCAGCTCTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CTCCATTGCCGCCTCCCATTTTGACTCGATGGAACTGCTTCCCCCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105670 CTCCATTGCCGCCTCCCATTTTGACTCGATGGAACTGCTTCCCCCAGAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TGCCCCCCCGCATCCCCATTGAAGAGGGACCCCCAACAGGGACAGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105720 TGCCCCCCCGCATCCCCATTGAAGAGGGACCCCCAACAGGGACAGTTCAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CCCCTCTCAGCCCCCTACCCTCCCTTGGACACTCCGGAAACAGCCACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105770 CCCCTCTCAGCCCCCTACCCTCCCTTGGACACTCCGGAAACAGCCACAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1514         GGTCCTTCCTGTTCCAGGGGGAGCCAGAGGGCGGTGAGGGGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105820 TA...AAGGGTCCTTCCTGTTCCAGGGGGAGCCAGAGGGCGGTGAGGGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 ACCAGCCCCTCTCAGGGTATCCTTGGTTCCACGGGATGCTCTCTCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106067 ACCAGCCCCTCTCAGGGTATCCTTGGTTCCACGGGATGCTCTCTCGGCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 AAGGCTGCACAGTTGGTGCTGACTGGCGGCACTGGCTCCCACGGTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106117 AAGGCTGCACAGTTGGTGCTGACTGGCGGCACTGGCTCCCACGGTGTCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CCTGGTGCGCCAGAGTGAGACAAGGCGGGGTGAATACGTCCTCACCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106167 CCTGGTGCGCCAGAGTGAGACAAGGCGGGGTGAATACGTCCTCACCTTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 ACTTCCAGGGCAAGGCCAAG         CACCTGCGTTTGTCGCTGAAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106217 ACTTCCAGGGCAAGGCCAAGGTG...CAGCACCTGCGTTTGTCGCTGAAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 GAGGAGGGTCAGTGCCGGGTCCAGCACCTGTGGTTCCAGTCCATTTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106390 GAGGAGGGTCAGTGCCGGGTCCAGCACCTGTGGTTCCAGTCCATTTTCGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 TATGCTCGAGCACTTCCGGGTGCACCCCATCCCTTTGGAGTCGGGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106440 TATGCTCGAGCACTTCCGGGTGCACCCCATCCCTTTGGAGTCGGGAGGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 CCAGTGATGTTGTCCTTGTCAGCTATGTCCCATCCTCCCAGCGACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106490 CCAGTGATGTTGTCCTTGTCAGCTATGTCCCATCCTCCCAGCGACAGCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 G         GCCGGGAGCAGGCTGGGAGCCATGCGGGGGTGTGCGAGGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106540 GGTG...CAGGCCGGGAGCAGGCTGGGAGCCATGCGGGGGTGTGCGAGGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 AGATGGATGCCACCCCGATGCCTCCTGCACCCTCATGCCCTTCGGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107045 AGATGGATGCCACCCCGATGCCTCCTGCACCCTCATGCCCTTCGGAGCGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .
   1988 GTGACTGTGT         AACCGACCACCTCCCA
        ||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 107095 GTGACTGTGTGTA...CAGAACCGACCACCTCCCA