seq1 = pF1KA1292.tfa, 2106 bp
seq2 = pF1KA1292/gi568815576f_20039476.tfa (gi568815576f:20039476_20245397), 205922 bp

>pF1KA1292 2106
>gi568815576f:20039476_20245397 (Chr22)

1-37  (99804-99840)   100% ->
38-195  (100003-100160)   100% ->
196-368  (100245-100417)   100% ->
369-471  (100640-100742)   100% ->
472-563  (101142-101233)   100% ->
564-705  (101396-101537)   100% ->
706-826  (101742-101862)   100% ->
827-936  (101946-102055)   100% ->
937-1937  (103281-104281)   100% ->
1938-2106  (105754-105922)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACTTTCATGGACCCTGGTGTTTTCCCCCGAG         CGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
  99804 ATGGCCACTTTCATGGACCCTGGTGTTTTCCCCCGAGGTA...TAGCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGAGGATGAGGACAAGGAGGACGACTTCCGGGCTCCGCTGTACAAGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100007 TGAGGATGAGGACAAGGAGGACGACTTCCGGGCTCCGCTGTACAAGAACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGATGTGCGAGGTATCCAGGTCCGCATGAAGTGGTGTGCCACGTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100057 TGGATGTGCGAGGTATCCAGGTCCGCATGAAGTGGTGTGCCACGTGCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCTACCGCCCGCCGCGCTGCTCCCACTGCAGCGTCTGTGACAACTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100107 TTCTACCGCCCGCCGCGCTGCTCCCACTGCAGCGTCTGTGACAACTGTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAG         GACTTTGACCACCACTGCCCCTGGGTCAACAACTGCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100157 AGAGGTG...CAGGACTTTGACCACCACTGCCCCTGGGTCAACAACTGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCGGGCGTCGAAACTATCGCTACTTCTTCCTGTTCCTGCTGTCACTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100282 TCGGGCGTCGAAACTATCGCTACTTCTTCCTGTTCCTGCTGTCACTCAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCACACATGGTGGGCGTCGTGGCCTTCGGCCTGGTCTACGTGCTGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100332 GCACACATGGTGGGCGTCGTGGCCTTCGGCCTGGTCTACGTGCTGAACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGCTGAGGGGCTGGGAGCCGCGCACACCACCATCAC         CATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100382 CGCTGAGGGGCTGGGAGCCGCGCACACCACCATCACGTA...TAGCATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGTCATGTGTGTGGCCGGCCTCTTCTTCATCCCTGTCATTGGCCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100645 CTGTCATGTGTGTGGCCGGCCTCTTCTTCATCCCTGTCATTGGCCTCACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCTTCCATGTGGTGCTGGTCACTCGGGGGCGCACCACCAACGAGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100695 GGCTTCCATGTGGTGCTGGTCACTCGGGGGCGCACCACCAACGAGCAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472        GTGACTGGGAAGTTCCGCGGGGGTGTGAACCCTTTCACCCGAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100745 G...CAGGTGACTGGGAAGTTCCGCGGGGGTGTGAACCCTTTCACCCGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCTGCTGTGGGAATGTGGAGCACGTGCTGTGTAGCCCCCTGGCGCCCCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101185 GCTGCTGTGGGAATGTGGAGCACGTGCTGTGTAGCCCCCTGGCGCCCCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564         GTACGTGGTGGAGCCACCCCGGCTGCCGCTCGCGGTGAGTTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101235 TG...CAGGTACGTGGTGGAGCCACCCCGGCTGCCGCTCGCGGTGAGTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAAGCCGCCTTTCCTTAGGCCTGAACTCCTGGACCGAGCTGCACCGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101438 GAAGCCGCCTTTCCTTAGGCCTGAACTCCTGGACCGAGCTGCACCGCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGTCAAGCTTAGTGACAACGGGCTGAAGGCTGGCCTGGGCCGTAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101488 AGGTCAAGCTTAGTGACAACGGGCTGAAGGCTGGCCTGGGCCGTAGCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706          TCCAAGGGCAGCCTGGACCGGCTGGATGAGAAGCCACTGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101538 GTG...CAGTCCAAGGGCAGCCTGGACCGGCTGGATGAGAAGCCACTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTGGGGCCACCACTGCCCCCCAAGATAGAGGCTGGCACGTTCAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101783 CTTGGGGCCACCACTGCCCCCCAAGATAGAGGCTGGCACGTTCAGCAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACCTGCAGACCCCGCGCCCAGGCAGTGCTG         AGAGTGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101833 ACCTGCAGACCCCGCGCCCAGGCAGTGCTGGTG...CAGAGAGTGCCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCGGTGCAGAGGACCAGCCCCCCGACACCTGCCATGTACAAGTTTAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101957 TCGGTGCAGAGGACCAGCCCCCCGACACCTGCCATGTACAAGTTTAGGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGCTTTCCCCACGGGTCCCAAGGTGCCCTTCTGTGGACCAGGCGAGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102007 GGCTTTCCCCACGGGTCCCAAGGTGCCCTTCTGTGGACCAGGCGAGCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937         GTTCCAGGCCCTGATTCCCTGACCCTGGGGGACGACAGCATC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102057 TA...CAGGTTCCAGGCCCTGATTCCCTGACCCTGGGGGACGACAGCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CGTAGCCTGGACTTTGTGTCCGAGCCGAGCCTGGACCTCCCTGACTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103323 CGTAGCCTGGACTTTGTGTCCGAGCCGAGCCTGGACCTCCCTGACTATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCCAGGGGGCCTGCATGCAGCCTACCCGCCATCCCCACCGCTCAGCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103373 GCCAGGGGGCCTGCATGCAGCCTACCCGCCATCCCCACCGCTCAGCGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTGATGCCTTCTCGGGCGCTTTGCGCTCCCTGAGCCTCAAGGCCTCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103423 CTGATGCCTTCTCGGGCGCTTTGCGCTCCCTGAGCCTCAAGGCCTCGAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CGGCGGGGCGGGGATCATGTGGCCCTGCAGCCCCTGCGCTCTGAGGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103473 CGGCGGGGCGGGGATCATGTGGCCCTGCAGCCCCTGCGCTCTGAGGGGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCCCCCCACGCCCCACCGTAGCATTTTTGCCCCCCATGCACTGCCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103523 GCCCCCCACGCCCCACCGTAGCATTTTTGCCCCCCATGCACTGCCCAACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GCAACGGCAGCCTGTCCTATGACAGCCTGCTCAATCCTGGCTCGCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103573 GCAACGGCAGCCTGTCCTATGACAGCCTGCTCAATCCTGGCTCGCCTGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GGCCACGCCTGCCCTGCCCACCCAGCAGTTGGCGTGGCCGGATACCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103623 GGCCACGCCTGCCCTGCCCACCCAGCAGTTGGCGTGGCCGGATACCACTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 ACCCTACCTGCATCCTGGGGCAACGGGCGACCCGCCACGGCCCCTACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103673 ACCCTACCTGCATCCTGGGGCAACGGGCGACCCGCCACGGCCCCTACCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GCAGCTTCAGCCCCGTGCTGGGCCCCCGCCCCCGGGAGCCCTCGCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103723 GCAGCTTCAGCCCCGTGCTGGGCCCCCGCCCCCGGGAGCCCTCGCCTGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CGCTACGACAACCTGTCCAGGACCATCATGGCATCCATCCAGGAGCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103773 CGCTACGACAACCTGTCCAGGACCATCATGGCATCCATCCAGGAGCGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GGACAGGGAGGAGCGTGAGCGCCTGCTGCGCTCCCAGGCCGACTCACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103823 GGACAGGGAGGAGCGTGAGCGCCTGCTGCGCTCCCAGGCCGACTCACTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TCGGCGACTCAGGCGTCTATGACGCTCCCAGCTCCTACAGCCTGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103873 TCGGCGACTCAGGCGTCTATGACGCTCCCAGCTCCTACAGCCTGCAGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GCCAGTGTGCTGTCCGAGGGCCCCCGAGGTCCCGCGCTGCGCTATGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103923 GCCAGTGTGCTGTCCGAGGGCCCCCGAGGTCCCGCGCTGCGCTATGGCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CAGAGACGACCTTGTGGCTGGGCCCGGCTTCGGTGGCGCCCGCAACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103973 CAGAGACGACCTTGTGGCTGGGCCCGGCTTCGGTGGCGCCCGCAACCCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 CCCTGCAGACGTCACTGTCCTCGCTGTCCAGCTCCGTGAGCCGTGCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104023 CCCTGCAGACGTCACTGTCCTCGCTGTCCAGCTCCGTGAGCCGTGCACCG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 CGGACGTCGTCCTCCTCCCTGCAGGCTGATCAGGCCAGCAGCAACGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104073 CGGACGTCGTCCTCCTCCCTGCAGGCTGATCAGGCCAGCAGCAACGCCCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 GGGGCCCCGGCCCAGCAGTGGCTCACACAGGTCACCTGCACGCCAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104123 GGGGCCCCGGCCCAGCAGTGGCTCACACAGGTCACCTGCACGCCAGGGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 TGCCCTCCCCGCCCGGCACTCCCCACTCACCATCCTACGCGGGCCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104173 TGCCCTCCCCGCCCGGCACTCCCCACTCACCATCCTACGCGGGCCCCAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 GCTGTCGCCTTCATCCACACGGACCTCCCAGAGCCACCGCCCTCGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104223 GCTGTCGCCTTCATCCACACGGACCTCCCAGAGCCACCGCCCTCGCTGAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 CGTGCAGAG         GGACCACCCTCAGCTGAAGACTCCCCCAAGTA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104273 CGTGCAGAGGTG...CAGGGACCACCCTCAGCTGAAGACTCCCCCAAGTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 AGCTTAATGGGCAGTCCCCGGGCCTGGCCCGGCTGGGACCTGCCACCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105786 AGCTTAATGGGCAGTCCCCGGGCCTGGCCCGGCTGGGACCTGCCACCGGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 CCCCCAGGGCCCTCTGCCAGCCCTACACGGCACACGCTGGTTAAGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105836 CCCCCAGGGCCCTCTGCCAGCCCTACACGGCACACGCTGGTTAAGAAGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .
   2070 GTCCGGCGTGGGTGGGACCACCTACGAGATCTCGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105886 GTCCGGCGTGGGTGGGACCACCTACGAGATCTCGGTG