seq1 = pF1KA1270.tfa, 2955 bp
seq2 = pF1KA1270/gi568815592r_44200550.tfa (gi568815592r:44200550_44413323), 212774 bp

>pF1KA1270 2955
>gi568815592r:44200550_44413323 (Chr6)

(complement)

1-243  (100001-100243)   100% ->
244-435  (101061-101252)   100% ->
436-581  (101789-101934)   100% ->
582-749  (102163-102330)   100% ->
750-894  (102881-103025)   100% ->
895-1040  (105930-106075)   99% ->
1041-1149  (106293-106401)   100% ->
1150-1188  (106792-106830)   100% ->
1189-1300  (106933-107044)   100% ->
1301-1434  (107538-107671)   100% ->
1435-1579  (108126-108270)   100% ->
1580-1752  (108507-108679)   100% ->
1753-1866  (108791-108904)   100% ->
1867-2007  (109003-109143)   100% ->
2008-2145  (109901-110038)   100% ->
2146-2255  (110149-110258)   100% ->
2256-2364  (110414-110522)   100% ->
2365-2487  (110811-110933)   100% ->
2488-2598  (111154-111264)   100% ->
2599-2682  (111860-111943)   98% ->
2683-2793  (112058-112168)   100% ->
2794-2955  (112613-112774)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCGTCAGTGGCAGCTGCAGCCCGGAGGCTGCGGCGGGCCATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCGTCAGTGGCAGCTGCAGCCCGGAGGCTGCGGCGGGCCATTCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGGTCGCCCGCATGGCGGGGCCTCAGCCATCGGCCGCTCTCATCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGGTCGCCCGCATGGCGGGGCCTCAGCCATCGGCCGCTCTCATCGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCCTGCAGCCAAGGCCTCGGCCGTGAGGGCCGCCTTTCTGAACTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCCTGCAGCCAAGGCCTCGGCCGTGAGGGCCGCCTTTCTGAACTTCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGGACCGCCATGGCCACCGGCTGGTGCCCTCCGCTTCCGTGCGGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGGGACCGCCATGGCCACCGGCTGGTGCCCTCCGCTTCCGTGCGGCCCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGCGACCCCAGTTTGCTTTTTGTCAATGCGGGCATGAACCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100201 CGGCGACCCCAGTTTGCTTTTTGTCAATGCGGGCATGAACCAGGTG...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    244   TTCAAGCCAATCTTTCTGGGCACCGTGGATCCACGAAGCGAGATGGCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101059 AGTTCAAGCCAATCTTTCTGGGCACCGTGGATCCACGAAGCGAGATGGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGCTTCCGACGTGTGGCCAACAGCCAGAAATGTGTGAGAGCTGGAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101109 GGCTTCCGACGTGTGGCCAACAGCCAGAAATGTGTGAGAGCTGGAGGACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCATAACGACCTGGAAGATGTGGGTCGAGACCTTTCCCATCATACCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101159 CCATAACGACCTGGAAGATGTGGGTCGAGACCTTTCCCATCATACCTTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTGAAATGCTTGGCAATTGGGCCTTTGGGGGTGAATATTTTAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101209 TTGAAATGCTTGGCAATTGGGCCTTTGGGGGTGAATATTTTAAGGTG...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    436    GAGGAGGCTTGTAACATGGCCTGGGAACTGCTGACTCAGGTCTATGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101786 CAGGAGGAGGCTTGTAACATGGCCTGGGAACTGCTGACTCAGGTCTATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GATCCCTGAGGAAAGGCTCTGGATCTCCTACTTTGATGGTGACCCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101836 GATCCCTGAGGAAAGGCTCTGGATCTCCTACTTTGATGGTGACCCCAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CAGGGCTGGACCCAGACCTGGAGACCAGGGACATCTGGCTGAGCTTAGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101886 CAGGGCTGGACCCAGACCTGGAGACCAGGGACATCTGGCTGAGCTTAGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    582         GGTGCCTGCTAGCCGTGTGCTTTCCTTTGGACCACAAGAGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101936 TA...CAGGGTGCCTGCTAGCCGTGTGCTTTCCTTTGGACCACAAGAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTTCTGGGAGATGGGGGATACTGGCCCTTGTGGGCCCTGTACTGAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102205 CTTCTGGGAGATGGGGGATACTGGCCCTTGTGGGCCCTGTACTGAGATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACTACGACCTTGCTGGTGGGGTGGGAGCCCCCCAGCTGGTAGAGCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102255 ACTACGACCTTGCTGGTGGGGTGGGAGCCCCCCAGCTGGTAGAGCTTTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AACCTGGTCTTCATGCAACACAACAG         AGAGGCAGATGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102305 AACCTGGTCTTCATGCAACACAACAGGTA...CAGAGAGGCAGATGGAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCTGCAGCCCCTGCCCCAGCGGCATGTGGACACAGGAATGGGCCTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102896 CCTGCAGCCCCTGCCCCAGCGGCATGTGGACACAGGAATGGGCCTGGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGCTGGTGGCTGTGCTGCAAGGCAAACACTCCACCTATGACACTGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102946 GGCTGGTGGCTGTGCTGCAAGGCAAACACTCCACCTATGACACTGACCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTTTCCCCGCTGCTCAACGCCATACAGCAG         GGCTGCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102996 TTTTCCCCGCTGCTCAACGCCATACAGCAGGTG...CAGGGCTGCAGGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ACCCCCTTACTTGGGCCGAGTAGGGGTGGCAGACGAGGGGCGCACAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105941 ACCCCCTTACTTGGGCCGAGTAGGGGTGGCAGACGAGGGGCGCACAGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CAGCGTACCGCGTGGTGGCTGACCACATCCGCACACTCAGTGTCTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105991 CAGCGTACCGCGTGGTGGCTGACCACATCCGCACACTCAGTGTCTGCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TCTGATGGCGTCTTCCCTGGGATGTCAGGTCCCCC         GCTGGT
        ||||||||| |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 106041 TCTGATGGCATCTTCCCTGGGATGTCAGGTCCCCCGTG...TAGGCTGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCTTCGTCGGATCCTGCGTCGAGCTGTGCGTTTCTCCATGGAGATCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106299 TCTTCGTCGGATCCTGCGTCGAGCTGTGCGTTTCTCCATGGAGATCTTAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGGCACCACCTGGCTTCCTAGGCAGCCTGGTACCTGTAGTGGTGGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106349 AGGCACCACCTGGCTTCCTAGGCAGCCTGGTACCTGTAGTGGTGGAGACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTG         GGAGATGCTTATCCAGAACTGCAAAGGAACTCAGCCCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106399 CTGGTA...CAGGGAGATGCTTATCCAGAACTGCAAAGGAACTCAGCCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 G         ATCGCCAACCTGGTGTCAGAGGACGAGGCAGCCTTCCTGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106830 GGTA...CAGATCGCCAACCTGGTGTCAGAGGACGAGGCAGCCTTCCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCTCCCTGGAGCGGGGTAGGCGGATCATTGATCGGACTCTGAGGACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106973 CCTCCCTGGAGCGGGGTAGGCGGATCATTGATCGGACTCTGAGGACCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GGGCCTTCAGATATGTTCCCTG         CTGAAGTGGCCTGGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 107023 GGGCCTTCAGATATGTTCCCTGGTA...AAGCTGAAGTGGCCTGGTCCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GTCACTGTGTGGAGACCTGGGACTCCCCTTGGACATGGTAGAGCTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107557 GTCACTGTGTGGAGACCTGGGACTCCCCTTGGACATGGTAGAGCTGATGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGGAGGAGAAAGGGGTCCAGCTAGACTCCGCTGGACTGGAGCGGTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107607 TGGAGGAGAAAGGGGTCCAGCTAGACTCCGCTGGACTGGAGCGGTTGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CAAGAGGAGGCCCAG         CACCGGGCACGGCAGGCTGAGCCAGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 107657 CAAGAGGAGGCCCAGGTA...CAGCACCGGGCACGGCAGGCTGAGCCAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TCAGAAGCAGGGATTGTGGCTTGATGTCCATGCGCTTGGGGAGCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108152 TCAGAAGCAGGGATTGTGGCTTGATGTCCATGCGCTTGGGGAGCTGCAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GCCAAGGAGTGCCCCCAACTGACGACAGCCCCAAGTACAACTACTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108202 GCCAAGGAGTGCCCCCAACTGACGACAGCCCCAAGTACAACTACTCCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CGACCCAGCGGAAGTTATG         AGTTCGGCACCTGTGAGGCCCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108252 CGACCCAGCGGAAGTTATGGTG...CAGAGTTCGGCACCTGTGAGGCCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GGTGTTGCAACTGTATACAGAGGACGGGACAGCAGTGGCCTCCGTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108529 GGTGTTGCAACTGTATACAGAGGACGGGACAGCAGTGGCCTCCGTGGGGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AAGGCCAGCGCTGTGGCCTCCTCTTGGACAGGACCAACTTCTACGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108579 AAGGCCAGCGCTGTGGCCTCCTCTTGGACAGGACCAACTTCTACGCAGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CAGGGGGGCCAGGCTTCAGACCGTGGCTACCTGGTGCGGGCAGGGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108629 CAGGGGGGCCAGGCTTCAGACCGTGGCTACCTGGTGCGGGCAGGGCAAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 G         GACGTGCTGTTCCCAGTAGCCCGGGCCCAGGTCTGTGGAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108679 GGTG...CAGGACGTGCTGTTCCCAGTAGCCCGGGCCCAGGTCTGTGGAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GTTTCATCCTGCATGAGGCAGTAGCCCCTGAGTGCCTGCGGTTAGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108831 GTTTCATCCTGCATGAGGCAGTAGCCCCTGAGTGCCTGCGGTTAGGGGAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 CAGGTGCAGCTGCATGTGGATGAG         GCCTGGCGTCTAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108881 CAGGTGCAGCTGCATGTGGATGAGGTA...CAGGCCTGGCGTCTAGGCTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CATGGCGAAGCATACGGCCACCCACCTGCTGAACTGGGCACTGAGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109020 CATGGCGAAGCATACGGCCACCCACCTGCTGAACTGGGCACTGAGGCAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CCCTGGGCCCTGGCACAGAGCAGCAGGGCTCCCATCTCAATCCTGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109070 CCCTGGGCCCTGGCACAGAGCAGCAGGGCTCCCATCTCAATCCTGAGCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 CTGCGCTTGGATGTGACCACCCAG         ACCCCATTGACCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109120 CTGCGCTTGGATGTGACCACCCAGGTG...CAGACCCCATTGACCCCAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 GCAGCTCCGGGCAGTGGAGAACACTGTGCAGGAGGCCGTGGGGCAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109918 GCAGCTCCGGGCAGTGGAGAACACTGTGCAGGAGGCCGTGGGGCAGGATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 AGGCTGTGTACATGGAGGAGGTGCCCCTGGCGCTCACTGCCCAGGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109968 AGGCTGTGTACATGGAGGAGGTGCCCCTGGCGCTCACTGCCCAGGTCCCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 GGCCTGCGCTCTCTGGATGAG         GTTTACCCAGACCCTGTGCG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 110018 GGCCTGCGCTCTCTGGATGAGGTG...CAGGTTTACCCAGACCCTGTGCG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 GGTGGTATCAGTGGGGGTGCCCGTGGCCCATGCATTGGACCCAGCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110169 GGTGGTATCAGTGGGGGTGCCCGTGGCCCATGCATTGGACCCAGCCTCCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 AAGCCGCACTGCAGACCTCTGTGGAGCTATGCTGTGGGAC         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 110219 AAGCCGCACTGCAGACCTCTGTGGAGCTATGCTGTGGGACGTG...CAGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 CACCTGTTACGTACTGGGGCTGTAGGGGACCTGGTTATCATCGGGGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110415 CACCTGTTACGTACTGGGGCTGTAGGGGACCTGGTTATCATCGGGGACCG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 CCAGCTTTCCAAGGGCACTACCCGCCTGCTGGCCGTCACTGGGGAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110465 CCAGCTTTCCAAGGGCACTACCCGCCTGCTGGCCGTCACTGGGGAGCAGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 CCCAGCAG         GCCCGAGAGCTAGGCCAGAGCCTGGCCCAGGAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 110515 CCCAGCAGGTC...CAGGCCCGAGAGCTAGGCCAGAGCCTGGCCCAGGAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 GTGAAAGCGGCCACTGAGCGGCTGAGTCTGGGGAGCCGGGATGTGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110844 GTGAAAGCGGCCACTGAGCGGCTGAGTCTGGGGAGCCGGGATGTGGCGGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 GGCACTGAGGCTGTCCAAGGACATAGGACGACTCATTGAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 110894 GGCACTGAGGCTGTCCAAGGACATAGGACGACTCATTGAAGTG...TAGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 CTGTGGAAACTGCTGTGATGCCCCAGTGGCAGCGGCGGGAGCTGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111155 CTGTGGAAACTGCTGTGATGCCCCAGTGGCAGCGGCGGGAGCTGCTGGCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 ACAGTGAAGATGCTGCAGCGGCGTGCCAACACTGCCATCCGTAAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111205 ACAGTGAAGATGCTGCAGCGGCGTGCCAACACTGCCATCCGTAAGCTGCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 AATGGGACAG         GCTGCAAAAAAAACTCAGGAGCTGCTGGAGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||| ||||||||||||||||||||||
 111255 AATGGGACAGGTG...TAGGCTGCAAAGAAAACTCAGGAGCTGCTGGAGC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 GGCACTCGAAGGGGCCTCTGATTGTGGACACAGTCTCTGCTGAGTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111891 GGCACTCGAAGGGGCCTCTGATTGTGGACACAGTCTCTGCTGAGTCTCTC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2680 TCA         GTGCTGGTGAAGGTGGTACGGCAGCTGTGTGAGCAGGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111941 TCAGTG...CAGGTGCTGGTGAAGGTGGTACGGCAGCTGTGTGAGCAGGC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2721 CCCCAGCACGTCTGTGCTCCTACTCAGCCCCCAGCCCATGGGGAAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112096 CCCCAGCACGTCTGTGCTCCTACTCAGCCCCCAGCCCATGGGGAAGGTGC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2771 TGTGTGCCTGTCAGGTGGCCCAG         GGTGCCATGCCCACCTTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 112146 TGTGTGCCTGTCAGGTGGCCCAGGTG...TAGGGTGCCATGCCCACCTTC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2812 ACAGCAGAGGCCTGGGCACTGGCAGTGTGCAGCCACATGGGGGGCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112631 ACAGCAGAGGCCTGGGCACTGGCAGTGTGCAGCCACATGGGGGGCAAGGC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2862 GTGGGGCTCGCGAGTGGTGGCCCAAGGCACCGGAAGCACTACTGACCTGG
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112681 GTGGGGCTCACGAGTGGTGGCCCAAGGCACCGGAAGCACTACTGACCTGG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :
   2912 AAGCTGCCCTCAGTATAGCCCAAACCTATGCCCTCAGCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112731 AAGCTGCCCTCAGTATAGCCCAAACCTATGCCCTCAGCCAGCTC