seq1 = pF1KA1261.tfa, 2319 bp
seq2 = pF1KA1261/gi568815589f_79472791.tfa (gi568815589f:79472791_79825141), 352351 bp

>pF1KA1261 2319
>gi568815589f:79472791_79825141 (Chr9)

1-45  (100001-100045)   97% ->
46-143  (100899-100996)   100% ->
144-207  (102083-102146)   100% ->
208-252  (103343-103387)   100% ->
253-315  (139866-139928)   100% ->
316-390  (154584-154658)   100% ->
391-604  (179803-180017)   96% ->
605-729  (231988-232112)   99% ->
730-783  (233099-233152)   100% ->
784-936  (233957-234109)   100% ->
937-1069  (235328-235460)   100% ->
1070-1263  (235803-235996)   100% ->
1264-1340  (236833-236909)   100% ->
1341-1590  (245932-246181)   100% ->
1591-1838  (247256-247503)   100% ->
1839-1986  (248951-249098)   100% ->
1987-2137  (249661-249811)   100% ->
2138-2214  (250169-250245)   100% ->
2215-2319  (252247-252351)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTCGCGACCTGAGCAAGATGTACCCGCAGACCAGACACCCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| >>>..
 100001 ATGATTCGCGACCTGAGCAAGATGTACCCGCAGACCAGACACCCAGTG..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     GCACCGCATCAGCCTGCTCAACCCTTTAAATTTACAATTTCCGAAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .CAGGCACCGCATCAGCCTGCTCAACCCTTTAAATTTACAATTTCCGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTGTGATCGGATTAAGGAAGAGTTTCAGTTTTTACAGGCTCAATACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100945 CCTGTGATCGGATTAAGGAAGAGTTTCAGTTTTTACAGGCTCAATACCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AG         TCTGAAGCTGGAATGTGAGAAACTCGCCAGTGAGAAGAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100995 AGGTA...CAGTCTGAAGCTGGAATGTGAGAAACTCGCCAGTGAGAAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAGATGCAGCGGCATTATGTCATG         TATTATGAAATGTCCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102122 AGAGATGCAGCGGCATTATGTCATGGTA...CAGTATTATGAAATGTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATGGGTTGAATATAGAAATGCACAAGCAG         GCAGAGATTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103359 ATGGGTTGAATATAGAAATGCACAAGCAGGTA...CAGGCAGAGATTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 AAGAGGCTGAATGCTATCTGTGCACAAGTCATTCCTTTCCTGTCCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139878 AAGAGGCTGAATGCTATCTGTGCACAAGTCATTCCTTTCCTGTCCCAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 G         CACCAGCAACAAGTGGTGCAGGCTGTGGAACGGGCCAAGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139928 GGTA...TAGCACCAGCAACAAGTGGTGCAGGCTGTGGAACGGGCCAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 AGGTGACCATGGCAGAACTGAACGCCATCATTGGG         CAACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 154624 AGGTGACCATGGCAGAACTGAACGCCATCATTGGGGTA...CAGCAACAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 CTCCAGGCCCAGCATTTATCACATGGACATGGTCTCCCCGTACCTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179809 CTCCAGGCCCAGCATTTATCACATGGACATGGTCTCCCCGTACCTCTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TCCACACCCTTCAGGGCTCCAGCCCCCTGCCATTCCACCCATCGGTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179859 TCCACACCCTTCAGGGCTCCAGCCCCCTGCCATTCCACCCATCGGTAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GTGCCGGGCTTCTGGCCCTCTCCAGTGCTCTAGGAGGTCAGTCCCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179909 GTGCCGGGCTTCTGGCCCTCTCCAGTGCTCTAGGAGGTCAGTCCCATCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CCAATTAAAGATGAGAAGAAGCACCATGACAATGATCACCAAAGAG ACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-  |
 179959 CCAATTAAAGATGAGAAGAAGCACCATGACAATGATCACCAAAGAGGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    596 G AGACTC CA         TCAAGAGCTCTTCAGTATCCCCATCAGCCA
        |-|-||||-|->>>...>>>|| |||||||||||||||||||||||||||
 180009 GTA ACTCTC TTG...AATTCCAGAGCTCTTCAGTATCCCCATCAGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    635 GTTTCCGAGGTGCTGAGAAGCACAGAAACTCCGCAGACTACTCCTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232018 GTTTCCGAGGTGCTGAGAAGCACAGAAACTCCGCAGACTACTCCTCAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    685 AGCAAAAAGCAGAAAACTGAAGAAAAGGAAATTGCAGCTCGTTAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 232068 AGCAAAAAGCAGAAAACTGAAGAAAAGGAAATTGCAGCTCGTTATGTA..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    730     GACAGCGATGGTGAGAAAAGTGATGACAACTTGGTGGTTGACGTTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232118 .CAGGACAGCGATGGTGAGAAAAGTGATGACAACTTGGTGGTTGACGTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    776 CCAATGAG         GATCCATCTTCCCCTCGAGGGAGCCCAGCACAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 233145 CCAATGAGGTA...TAGGATCCATCTTCCCCTCGAGGGAGCCCAGCACAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    817 TCCCCCAGAGAGAATGGCCTAGACAAGACACGCCTGCTCAAGAAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233990 TCCCCCAGAGAGAATGGCCTAGACAAGACACGCCTGCTCAAGAAAGATGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    867 CCCGATTAGTCCAGCCTCTATTGCATCTTCCAGCAGTACTCCCTCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234040 CCCGATTAGTCCAGCCTCTATTGCATCTTCCAGCAGTACTCCCTCCTCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    917 AATCCAAAGAACTTAGCCTT         AATGAAAAATCTACTACTCCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 234090 AATCCAAAGAACTTAGCCTTGTA...TAGAATGAAAAATCTACTACTCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    958 GTCTCAAAGTCCAATACCCCTACTCCACGAACTGATGCGCCCACCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235349 GTCTCAAAGTCCAATACCCCTACTCCACGAACTGATGCGCCCACCCCAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1008 CAGTAACTCTACTCCCGGATTGAGGCCTGTACCTGGAAAACCACCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235399 CAGTAACTCTACTCCCGGATTGAGGCCTGTACCTGGAAAACCACCAGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1058 TTGACCCTTTGG         CCTCAAGCCTAAGGACCCCAATGGCAGTA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 235449 TTGACCCTTTGGGTT...CAGCCTCAAGCCTAAGGACCCCAATGGCAGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1099 CCTTGTCCATATCCAACTCCATTTGGGATTGTGCCCCATGCTGGAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235832 CCTTGTCCATATCCAACTCCATTTGGGATTGTGCCCCATGCTGGAATGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1149 CGGAGAGCTGACCAGCCCCGGAGCGGCCTACGCTGGGCTCCACAACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235882 CGGAGAGCTGACCAGCCCCGGAGCGGCCTACGCTGGGCTCCACAACATCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1199 CCCCTCAGATGAGCGCAGCTGCTGCCGCCGCCGCTGCTGCTGCTGCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235932 CCCCTCAGATGAGCGCAGCTGCTGCCGCCGCCGCTGCTGCTGCTGCCTAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1249 GGGAGATCACCAGTG         GTGGGATTTGATCCACACCATCACAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 235982 GGGAGATCACCAGTGGTG...TAGGTGGGATTTGATCCACACCATCACAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1290 GCGTGTGCCAGCAATACCTCCAAACCTGACAGGCATTCCAGGAGGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236859 GCGTGTGCCAGCAATACCTCCAAACCTGACAGGCATTCCAGGAGGAAAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1340 C         AGCATACTCCTTCCATGTTAGCGCAGATGGTCAGATGCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236909 CGTG...TAGAGCATACTCCTTCCATGTTAGCGCAGATGGTCAGATGCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1381 CCTGTCCCTTTTCCACCCGACGCCCTCATCGGACCTGGAATCCCCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245972 CCTGTCCCTTTTCCACCCGACGCCCTCATCGGACCTGGAATCCCCCGGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1431 TGCTCGCCAGATCAACACCCTCAACCACGGGGAGGTGGTGTGCGCGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246022 TGCTCGCCAGATCAACACCCTCAACCACGGGGAGGTGGTGTGCGCGGTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1481 CCATCAGCAACCCCACGAGACACGTGTACACGGGTGGGAAGGGCTGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246072 CCATCAGCAACCCCACGAGACACGTGTACACGGGTGGGAAGGGCTGCGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1531 AAGGTCTGGGACATCAGCCACCCAGGCAATAAGAGTCCTGTCTCCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246122 AAGGTCTGGGACATCAGCCACCCAGGCAATAAGAGTCCTGTCTCCCAGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1581 CGACTGTCTG         AACAGGGATAACTACATCCGTTCCTGCAGAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 246172 CGACTGTCTGGTG...CAGAACAGGGATAACTACATCCGTTCCTGCAGAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1622 TGCTCCCTGATGGTCGCACCCTAATTGTTGGAGGGGAAGCCAGTACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247287 TGCTCCCTGATGGTCGCACCCTAATTGTTGGAGGGGAAGCCAGTACTTTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1672 TCCATTTGGGACCTGGCGGCTCCAACCCCACGCATCAAGGCAGAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247337 TCCATTTGGGACCTGGCGGCTCCAACCCCACGCATCAAGGCAGAGCTGAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1722 ATCCTCGGCCCCCGCCTGCTATGCCCTGGCCATCAGCCCCGATTCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247387 ATCCTCGGCCCCCGCCTGCTATGCCCTGGCCATCAGCCCCGATTCCAAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1772 TCTGCTTCTCATGCTGCAGCGACGGCAACATCGCTGTGTGGGATCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247437 TCTGCTTCTCATGCTGCAGCGACGGCAACATCGCTGTGTGGGATCTGCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1822 AACCAGACCTTGGTGAG         GCAATTCCAGGGCCACACAGATGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 247487 AACCAGACCTTGGTGAGGTA...CAGGCAATTCCAGGGCCACACAGATGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1863 AGCCAGCTGTATTGACATTTCTAATGATGGCACCAAGCTCTGGACAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248975 AGCCAGCTGTATTGACATTTCTAATGATGGCACCAAGCTCTGGACAGGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1913 GTTTGGACAACACGGTCAGGTCCTGGGACCTGCGCGAGGGGCGGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249025 GTTTGGACAACACGGTCAGGTCCTGGGACCTGCGCGAGGGGCGGCAGCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1963 CAGCAGCACGACTTCACCTCCCAG         ATCTTTTCTCTGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 249075 CAGCAGCACGACTTCACCTCCCAGGTA...TAGATCTTTTCTCTGGGCTA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2004 CTGCCCAACTGGAGAGTGGCTTGCAGTGGGGATGGAGAACAGCAATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249678 CTGCCCAACTGGAGAGTGGCTTGCAGTGGGGATGGAGAACAGCAATGTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2054 AAGTTTTGCATGTCACCAAGCCAGACAAATACCAACTACATCTTCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249728 AAGTTTTGCATGTCACCAAGCCAGACAAATACCAACTACATCTTCATGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2104 AGCTGTGTGCTGTCGCTCAAGTTTGCCCATTGTG         GCAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 249778 AGCTGTGTGCTGTCGCTCAAGTTTGCCCATTGTGGTA...TAGGCAAATG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2145 GTTTGTAAGCACTGGAAAGGACAACCTTCTGAATGCCTGGAGAACACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250176 GTTTGTAAGCACTGGAAAGGACAACCTTCTGAATGCCTGGAGAACACCTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2195 ATGGGGCCAGTATATTCCAG         TCCAAAGAATCCTCATCGGTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 250226 ATGGGGCCAGTATATTCCAGGTA...TAGTCCAAAGAATCCTCATCGGTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2236 CTTAGCTGTGACATCTCCGTGGACGACAAATACATTGTCACTGGCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252268 CTTAGCTGTGACATCTCCGTGGACGACAAATACATTGTCACTGGCTCTGG

   2450     .    :    .    :    .    :
   2286 GGATAAGAAGGCCACAGTTTATGAAGTTATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252318 GGATAAGAAGGCCACAGTTTATGAAGTTATTTAT