seq1 = pF1KA1254.tfa, 2271 bp
seq2 = pF1KA1254/gi568815583r_55259502.tfa (gi568815583r:55259502_55489424), 229923 bp

>pF1KA1254 2271
>gi568815583r:55259502_55489424 (Chr15)

(complement)

1-60  (100001-100060)   100% ->
61-175  (103711-103825)   100% ->
176-252  (111049-111125)   100% ->
253-454  (112275-112476)   100% ->
455-706  (117381-117632)   99% ->
707-828  (124116-124237)   100% ->
829-2271  (128481-129923)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGAAAATTCCAGTGACAGTGATTCATCTTGTGGTTGGACTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGAAAATTCCAGTGACAGTGATTCATCTTGTGGTTGGACTGTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTCATGAG         GGGTCAGATATAGAAATGTTGAATTCTGTGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTCATGAGGTA...TAGGGGTCAGATATAGAAATGTTGAATTCTGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCCCACTGACAGCTGTGAGCCCGCCCCAGAATGTTCATCTTTAGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103742 CCCCCACTGACAGCTGTGAGCCCGCCCCAGAATGTTCATCTTTAGAGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGAGCTTCAAGCATTGCAGATAGAGCAAGGAG         AAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103792 GAGGAGCTTCAAGCATTGCAGATAGAGCAAGGAGGTA...CAGAAAGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCAAAATGGCACAGTGCTTATGGAAGAAACTGCTTATCCAGCTTTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111056 CCAAAATGGCACAGTGCTTATGGAAGAAACTGCTTATCCAGCTTTGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAACCAGCTCAACAATTGAG         GCAGAGGAACAAAAGATACCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 111106 AAACCAGCTCAACAATTGAGGTA...CAGGCAGAGGAACAAAAGATACCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAGACAGTATCTATATTGGAACTGCCAGTGATGATTCTGATATTGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112296 GAAGACAGTATCTATATTGGAACTGCCAGTGATGATTCTGATATTGTTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTTGAGCCACCTAAGTTAGAAGAAATTGGAAATCAAGAAGTTGTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112346 CCTTGAGCCACCTAAGTTAGAAGAAATTGGAAATCAAGAAGTTGTCATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGAAGAAGCACAGAGTTCAGAAGACTTTAACATGGGCTCTTCCTCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112396 TTGAAGAAGCACAGAGTTCAGAAGACTTTAACATGGGCTCTTCCTCTAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCCAGTATACTTTCTGTCAGCCAGAAACTG         TATTTTCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 112446 AGCCAGTATACTTTCTGTCAGCCAGAAACTGGTA...TAGTATTTTCATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCAGCCTAGTGATGATGAATCAAGTAGTGATGAAACCAGTAATCAGCCCA
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117391 TCAGCCTAGTGACGATGAATCAAGTAGTGATGAAACCAGTAATCAGCCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTCCTGCCTTTAGACGACGCCGTGCTAGGAAGAAGACCGTTTCTGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117441 GTCCTGCCTTTAGACGACGCCGTGCTAGGAAGAAGACCGTTTCTGCTTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAATCTGAAGACCGGCTAGTTGGTGAACAAGAAACTGAACCTTCTAAGGA
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 117491 GAATCTGAAGACCGGCTAGTTGCTGAACAAGAAACTGAACCTTCTAAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTTGAGTAAACGTCAGTTCAGTAGTGGTCTCAATAAGTGTGTTATACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117541 GTTGAGTAAACGTCAGTTCAGTAGTGGTCTCAATAAGTGTGTTATACTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTTTGGTGATTGCAATCAGCATGGGATTTGGCCATTTCTATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 117591 CTTTGGTGATTGCAATCAGCATGGGATTTGGCCATTTCTATGGTA...TA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    707  GCACAATTCAGATTCAGAAGCGTCAACAGTTAGTCAGAAAGATACATGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124115 GGCACAATTCAGATTCAGAAGCGTCAACAGTTAGTCAGAAAGATACATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGATGAATTGAATGATATGAAGGATTATCTTTCCCAGTGTCAACAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124165 AGATGAATTGAATGATATGAAGGATTATCTTTCCCAGTGTCAACAGGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGAATCTTTTATAGATTATAAG         TCATTGAAAGAAAATCTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 124215 AAGAATCTTTTATAGATTATAAGGTA...TAGTCATTGAAAGAAAATCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCAAGGTGTTGGACACTTACTGAAGCAGAGAAGATGTCCTTTGAAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128499 GCAAGGTGTTGGACACTTACTGAAGCAGAGAAGATGTCCTTTGAAACTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GAAAACGAACCTTGCTACAGAAAATCAGTATTTAAGAGTATCCCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 128549 GAAAACGAACCTTGCTACAGAAAATCAGTATTTAAGAGTATCCTTGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGGAAGAAAAAGCCTTATCCTCATTACAGGAAGAGTTAAACAAACTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128599 AGGAAGAAAAAGCCTTATCCTCATTACAGGAAGAGTTAAACAAACTAAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAACAGATTAGAATATTGGAAGATAAAGGGACAAGTACTGAATTAGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128649 GAACAGATTAGAATATTGGAAGATAAAGGGACAAGTACTGAATTAGTTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGAAAATCAGAAACTTAAGCAGCATTTGGAAGAGGAAAAGCAGAAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128699 AGAAAATCAGAAACTTAAGCAGCATTTGGAAGAGGAAAAGCAGAAAAAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACAGCTTTCTTAGTCAAAGGGAGACTCTGTTGACAGAAGCAAAGATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128749 ACAGCTTTCTTAGTCAAAGGGAGACTCTGTTGACAGAAGCAAAGATGCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AAGAGAGAACTGGAGAGAGAACGACTAGTAACTACGGCTTTAAGGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128799 AAGAGAGAACTGGAGAGAGAACGACTAGTAACTACGGCTTTAAGGGGGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 ACTCCAGCAGTTAAGTGGTAGTCAGTTACATGGCAAGTCAGATTCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128849 ACTCCAGCAGTTAAGTGGTAGTCAGTTACATGGCAAGTCAGATTCTCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ATGTATATACTGAAAAAAAGGAAATAGCAATCTTACGGGAAAGACTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128899 ATGTATATACTGAAAAAAAGGAAATAGCAATCTTACGGGAAAGACTCACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GAGCTGGAACGGAAGCTAACCTTCGAACAGCAGCGTTCTGATTTGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128949 GAGCTGGAACGGAAGCTAACCTTCGAACAGCAGCGTTCTGATTTGTGGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 AAGATTGTATGTTGAGGCAAAAGATCAAAATGGAAAACAAGGAACAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128999 AAGATTGTATGTTGAGGCAAAAGATCAAAATGGAAAACAAGGAACAGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GAAAAAAGAAAGGGGGCAGAGGAAGCCACAGGGCTAAAAATAAGTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129049 GAAAAAAGAAAGGGGGCAGAGGAAGCCACAGGGCTAAAAATAAGTCAAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GAAACATTTTTGGGTTCAGTTAAGGAAACATTTGATGCCATGAAGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129099 GAAACATTTTTGGGTTCAGTTAAGGAAACATTTGATGCCATGAAGAATTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TACCAAGGAGTTTGTAAGGCATCATAAAGAGAAAATTAAGCAGGCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129149 TACCAAGGAGTTTGTAAGGCATCATAAAGAGAAAATTAAGCAGGCTAAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 AAGCTGTGAAGGAAAATCTGAAAAAATTCTCAGATTCAGTTAAATCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129199 AAGCTGTGAAGGAAAATCTGAAAAAATTCTCAGATTCAGTTAAATCCACT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 TTCAGACACTTTAAAGATACCACCAAGAATATCTTTGATGAAAAGGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129249 TTCAGACACTTTAAAGATACCACCAAGAATATCTTTGATGAAAAGGGTAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 TAAAAGATTTGGTGCTACAAAAGAAGCAGCTGAAAAACCAAGAACAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129299 TAAAAGATTTGGTGCTACAAAAGAAGCAGCTGAAAAACCAAGAACAGTTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 TTAGTGACTATTTACATCCACAGTATAAGGCACCTACAGAAAACCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129349 TTAGTGACTATTTACATCCACAGTATAAGGCACCTACAGAAAACCATCAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 AATAGAGGCCCTACTATGCAAAATGATGGAAGGAAAGAAAAGCCAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129399 AATAGAGGCCCTACTATGCAAAATGATGGAAGGAAAGAAAAGCCAGTTCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 CTTTAAAGAATTCAGAAAAAATACAAATTCAAAGAAATGCAGTCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129449 CTTTAAAGAATTCAGAAAAAATACAAATTCAAAGAAATGCAGTCCTGGGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 ATGATTGTAGAGAAAATTCTCATTCTTTCAGAAAGGCTTGTTCTGGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129499 ATGATTGTAGAGAAAATTCTCATTCTTTCAGAAAGGCTTGTTCTGGTGTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 TTTGATTGTGCTCAACAAGAGTCCATGAGCCTTTTTAACACAGTGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129549 TTTGATTGTGCTCAACAAGAGTCCATGAGCCTTTTTAACACAGTGGTGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 TCCTATAAGGATGGATGAATTTAGACAGATAATTCAAAGGTACATGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129599 TCCTATAAGGATGGATGAATTTAGACAGATAATTCAAAGGTACATGTTAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 AAGAACTGGATACTTTTTGTCACTGGAACGAACTTGATCAGTTCATCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129649 AAGAACTGGATACTTTTTGTCACTGGAACGAACTTGATCAGTTCATCAAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047 AAGTTTTTCCTAAACGGTGTCTTTATACATGATCAGAAGCTCTTCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129699 AAGTTTTTCCTAAACGGTGTCTTTATACATGATCAGAAGCTCTTCACTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 CTTTGTTAATGATGTTAAAGATTATCTTAGAAACATGAAGGAATATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129749 CTTTGTTAATGATGTTAAAGATTATCTTAGAAACATGAAGGAATATGAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2147 TAGATAATGATGGAGTATTTGAGAAGTTGGATGAATATATATATAGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129799 TAGATAATGATGGAGTATTTGAGAAGTTGGATGAATATATATATAGACAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2197 TTCTTTGGTCACACTTTTTCCCCTCCATATGGACCCAGGTCGGTTTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129849 TTCTTTGGTCACACTTTTTCCCCTCCATATGGACCCAGGTCGGTTTACAT

   2300     .    :    .    :    .
   2247 AAAACCGTGTCATTACAGTAGTTTG
        |||||||||||||||||||||||||
 129899 AAAACCGTGTCATTACAGTAGTTTG