seq1 = pF1KA1193.tfa, 1635 bp
seq2 = pF1KA1193/gi568815579r_207119.tfa (gi568815579r:207119_436175), 229057 bp

>pF1KA1193 1635
>gi568815579r:207119_436175 (Chr19)

(complement)

1-100  (99995-100093)   96% ->
101-243  (101634-101776)   100% ->
244-369  (108187-108312)   100% ->
370-493  (108920-109043)   100% ->
494-585  (109578-109669)   100% ->
586-655  (110472-110541)   100% ->
656-807  (122533-122684)   100% ->
808-889  (123904-123985)   100% ->
890-984  (124237-124331)   100% ->
985-1109  (127251-127375)   100% ->
1110-1198  (127511-127599)   100% ->
1199-1616  (128640-129057)   100% ->
1617-1635  (129465-129483)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGGCCTCCTCGCTGGGGAGGCAGAGTCCTCGCGTGGTCTCCTG
         | -|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99995 CTT CGCAGGCCTCCTCGCTGGGGAGGCAGAGTCCTCGCGTGGTCTCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCGAGCACAGCCTGTGCCCAGGGGAGCCGGGCTTGCAGACAACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100044 CCTCGAGCACAGCCTGTGCCCAGGGGAGCCGGGCTTGCAGACAACAGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          TGGTGTCCATGGGCTCTGGAGACCATCAGTTCAACCTCGCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100094 GTA...CAGTGGTGTCCATGGGCTCTGGAGACCATCAGTTCAACCTCGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGATCCTGTCACAGAACTACAGTGTTAGGGGGGAGTGCGAGGAGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101675 GAGATCCTGTCACAGAACTACAGTGTTAGGGGGGAGTGCGAGGAGGCCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGGTGCCCAGACAAGCCCAAGGAGGAGCTGGAGAAGGACTTCATCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101725 GAGGTGCCCAGACAAGCCCAAGGAGGAGCTGGAGAAGGACTTCATCTCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AG         AGCAACGACATGCCCTTTGATGAGCTGCTTGCGCTCTAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101775 AGGTA...CAGAGCAACGACATGCCCTTTGATGAGCTGCTTGCGCTCTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCTACGAGGCGTCAGACCCCATTTCAGACCGGGAGAGTGAGGGTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108226 GGCTACGAGGCGTCAGACCCCATTTCAGACCGGGAGAGTGAGGGTGGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGTGGCCCCGAACCTCCCAGACATGACCCTGGACAAA         GAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108276 CGTGGCCCCGAACCTCCCAGACATGACCCTGGACAAAGTA...AAGGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAATAGCGAAGGATTTGCTTTCAGGGGAAGAAGAGGAAGAGACGCAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108924 AAATAGCGAAGGATTTGCTTTCAGGGGAAGAAGAGGAAGAGACGCAATCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCTGCTGACGACCTCACCCCGTCCGTGACCTCCCACGAGGCCTCCGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108974 TCTGCTGACGACCTCACCCCGTCCGTGACCTCCCACGAGGCCTCCGACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTCCCTAACCGGAGTGGAT         CTCGTTTCCTGGCTGATGAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 109024 CTTCCCTAACCGGAGTGGATGTA...AAGCTCGTTTCCTGGCTGATGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACAGAGAGCCTGGCTCTTCTGCCTCCTCCGACACCGAGGAGGACTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109599 ACAGAGAGCCTGGCTCTTCTGCCTCCTCCGACACCGAGGAGGACTCTCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCTGCCAACAAATGTAAGAAG         GAGATCATGGTGGGACCTCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109649 CCTGCCAACAAATGTAAGAAGGTA...CAGGAGATCATGGTGGGACCTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTTCCAAGCTGACCTCAGCAACCTGCACTTGAACCGGCACTGTGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110492 GTTCCAAGCTGACCTCAGCAACCTGCACTTGAACCGGCACTGTGAGAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656          TCTACGAGAACGAAGACCAGCTGCTCTGGGACCCCAGCGTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110542 GTA...CAGTCTACGAGAACGAAGACCAGCTGCTCTGGGACCCCAGCGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTCCCTGAGAGGGAGGTGGAGGAGTTCCTGTACAGGGCGGTGAAGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122574 CTCCCTGAGAGGGAGGTGGAGGAGTTCCTGTACAGGGCGGTGAAGCGGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTGGCACGAGATGGCCGGGCCTCAGCTCCCAGAGGGAGAAGCCGTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122624 TTGGCACGAGATGGCCGGGCCTCAGCTCCCAGAGGGAGAAGCCGTGAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACAGTGAGCAG         GCGCTGTACGAGTTGGTGAAATGCAACTTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 122674 ACAGTGAGCAGGTG...CAGGCGCTGTACGAGTTGGTGAAATGCAACTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AATGTGGAGGAGGCCCTGCGAAGGCTGCGGTTCAACGTGAAGGTGATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123934 AATGTGGAGGAGGCCCTGCGAAGGCTGCGGTTCAACGTGAAGGTGATCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AG         ATGGGCTCTGTGCTTGGAGTGAAGAGGAGTGCAGGAACT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123984 AGGTG...CAGATGGGCTCTGTGCTTGGAGTGAAGAGGAGTGCAGGAACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTGAGCACGGCTTCCGTGTGCATGGAAAGAACTTTCACCTGATCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124276 TTGAGCACGGCTTCCGTGTGCATGGAAAGAACTTTCACCTGATCCAGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AACAAG         GTGCGCACACGGTCAGTGGGCGAGTGTGTCGAGTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124326 AACAAGGTG...CAGGTGCGCACACGGTCAGTGGGCGAGTGTGTCGAGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTACTACCTGTGGAAGAAGTCGGAGCGCTACGACTACTTCGCCCAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127286 CTACTACCTGTGGAAGAAGTCGGAGCGCTACGACTACTTCGCCCAGCAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CGCGGCTGGGCCGGAGGAAGTACGTCCCGTCCGGAACCAC         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 127336 CGCGGCTGGGCCGGAGGAAGTACGTCCCGTCCGGAACCACGTG...CAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GACGCAGACCAGGACCTGGATGGCAGCGACCCCGATGGCCCCGGCCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127512 GACGCAGACCAGGACCTGGATGGCAGCGACCCCGATGGCCCCGGCCGTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GCGCCCGGAGCAAGACACCCTGACTGGGATGCGCACAG         ATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 127562 GCGCCCGGAGCAAGACACCCTGACTGGGATGCGCACAGGTG...CAGATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CACTGAGCGTGGATGGCACGGCCGGTGGTCTCGATGAGCCCGGAGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128643 CACTGAGCGTGGATGGCACGGCCGGTGGTCTCGATGAGCCCGGAGTGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TCTGATGGACTCCCGTCCTCGGAGCCAGGGCCGTGTTCCTTCCAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128693 TCTGATGGACTCCCGTCCTCGGAGCCAGGGCCGTGTTCCTTCCAGCAGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGATGAGTCCCCCGCTGTACCCCTGTCCCATCGGCCCCCAGCCCTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128743 GGATGAGTCCCCCGCTGTACCCCTGTCCCATCGGCCCCCAGCCCTGGCCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACCCAGCCTCATACCAGCCAGCTGTCACTGCTCCGGAGCCAGACGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128793 ACCCAGCCTCATACCAGCCAGCTGTCACTGCTCCGGAGCCAGACGCCAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CCAAGGCTGGCCGTGGACTTCGCCCTGCCCAAGGAGCTGCCCCTCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128843 CCAAGGCTGGCCGTGGACTTCGCCCTGCCCAAGGAGCTGCCCCTCATCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CAGCCATGTGGACCTCAGCGGGGATCCGGAGGAGACTGTGGCCCCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128893 CAGCCATGTGGACCTCAGCGGGGATCCGGAGGAGACTGTGGCCCCAGCAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AGGTGGCTTTGTCGGTCACCGAGTTTGGACTCATCGGCATTGGGGACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128943 AGGTGGCTTTGTCGGTCACCGAGTTTGGACTCATCGGCATTGGGGACGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AACCCCTTCCTGGCCGCCCACCCCACGTGCCCGGCCCCCGGGCTACACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128993 AACCCCTTCCTGGCCGCCCACCCCACGTGCCCGGCCCCCGGGCTACACTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GGAGCCCCTGTCACA         CTGTAACGTGATGACCTGC
        |||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 129043 GGAGCCCCTGTCACAGTG...CAGCTGTAACGTGATGACCTGC