seq1 = pF1KA1190.tfa, 2241 bp
seq2 = pF1KA1190/gi568815595f_42558356.tfa (gi568815595f:42558356_42764435), 206080 bp

>pF1KA1190 2241
>gi568815595f:42558356_42764435 (Chr3)

1-1473  (100001-101473)   100% ->
1474-1621  (103130-103277)   100% ->
1622-1737  (104657-104772)   100% ->
1738-1882  (105442-105586)   100% ->
1883-2241  (105882-106240)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCGCCTGAACGAGCAGCGCCTCTTCCAGCCTGACCTCTGCGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCGCCTGAACGAGCAGCGCCTCTTCCAGCCTGACCTCTGCGACGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACTTGGTGCTGGTGCCCCAGCGCAGCGTCTTTCCGGCACACAAGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACTTGGTGCTGGTGCCCCAGCGCAGCGTCTTTCCGGCACACAAGGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTAGCCGCCTACAGCCAGTTCTTCCACTCACTCTTCACCCAGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTAGCCGCCTACAGCCAGTTCTTCCACTCACTCTTCACCCAGAACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCTGCAGCGTGTGGAGCTGTCCCTGGAGGCACTGGCACCTGGTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGCTGCAGCGTGTGGAGCTGTCCCTGGAGGCACTGGCACCTGGTGGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGCAGATCCTCAACTTCATCTATACGTCCAAGCTGCTGGTCAACGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCAGCAGATCCTCAACTTCATCTATACGTCCAAGCTGCTGGTCAACGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAACGTCCACGAGGTGCTCAGCGCCGCCTCATTGCTGCAGATGGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAACGTCCACGAGGTGCTCAGCGCCGCCTCATTGCTGCAGATGGCTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCGCTGCGTCCTGCCAAGAGCTGCTGGACGCCCGCTCTCTAGGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCGCTGCGTCCTGCCAAGAGCTGCTGGACGCCCGCTCTCTAGGCCCACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGGTCCGGGCACTGTGGCCCTGGCCCAGCCGGCTGCCAGCTGCACTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGGTCCGGGCACTGTGGCCCTGGCCCAGCCGGCTGCCAGCTGCACTCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTGCGCCGCCCTACTACTGTGACATCAAGCAGGAGGCCGACACCCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTGCGCCGCCCTACTACTGTGACATCAAGCAGGAGGCCGACACCCCAGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGCCCAAGATCTATGCCCGCGAGGGCCCTGACCCTTACTCGGTGCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGCCCAAGATCTATGCCCGCGAGGGCCCTGACCCTTACTCGGTGCGTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGAGGACGGGGCAGGGACTGCTGGTGGCACAGTGCCTGCCACCATTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGAGGACGGGGCAGGGACTGCTGGTGGCACAGTGCCTGCCACCATTGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAGCCCAGCCCTTCTTTAAGGAGGAGAAGGAGGGTGGTGTCGAGGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAGCCCAGCCCTTCTTTAAGGAGGAGAAGGAGGGTGGTGTCGAGGAGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGTGGGCCCCCAGCCAGCTTGTGCAAGCTGGAGGGTGGAGAAGAGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGTGGGCCCCCAGCCAGCTTGTGCAAGCTGGAGGGTGGAGAAGAGTTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGAAGAGCTTGGGGGTTCTGGCACCTACAGCCGCAGGGAGCAATCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGAAGAGCTTGGGGGTTCTGGCACCTACAGCCGCAGGGAGCAATCCCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCATCGTGGAGGTGAACCTCAACAACCAGACACTGCACGTGTCCACGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCATCGTGGAGGTGAACCTCAACAACCAGACACTGCACGTGTCCACGGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCAGAGGGGAAGCCAGGTGCCGGGCCAAGCCCAGCCACCGTGGTTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCAGAGGGGAAGCCAGGTGCCGGGCCAAGCCCAGCCACCGTGGTTCTGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCGGGAGGACGGGCTGCAGAGACACTCGGACGAGGAGGAGGAGGACGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCGGGAGGACGGGCTGCAGAGACACTCGGACGAGGAGGAGGAGGACGACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGGAGGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAAGGTGGTGGCAGTGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGGAGGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAAGGTGGTGGCAGTGGACGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGGTGGCAGTCAGGGAGAAGAGGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGGTGGCAGTCAGGGAGAAGAGGAAGAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGAGGAGGACGGGCACAGTGAGCAGGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGAGGAGGACGGGCACAGTGAGCAGGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAAGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGGAAGGGCCTAGTGAGCAGGATCAAGAGAGCTCTGAGGAGGAGGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AGGAAGGGCCTAGTGAGCAGGATCAAGAGAGCTCTGAGGAGGAGGAGGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GAGGAGGGGGAGGCTGGGGGCAAGCAGGGGCCACGGGGAAGCCGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GAGGAGGGGGAGGCTGGGGGCAAGCAGGGGCCACGGGGAAGCCGAAGCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CCGGGCAGACCCCCCTCCCCACAGTCACATGGCCACACGGTCCCGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CCGGGCAGACCCCCCTCCCCACAGTCACATGGCCACACGGTCCCGGGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 ACGCCCGGCGCCGGGGTACCCCTGAACCTGAAGAAGCTGGGCGGCGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 ACGCCCGGCGCCGGGGTACCCCTGAACCTGAAGAAGCTGGGCGGCGGGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GGGAAGAGGCCAAAGCCACCCCCTGGAGTGGCCTCTGCATCGGCCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GGGAAGAGGCCAAAGCCACCCCCTGGAGTGGCCTCTGCATCGGCCCGAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GCCGCCAGCCACTGATGGGCTGGGGGCCAAGGTGAAGCTGGAGGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GCCGCCAGCCACTGATGGGCTGGGGGCCAAGGTGAAGCTGGAGGAGAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 AGCACCATCCATGCCAGAAGTGCCCACGAGTTTTCAACAACCGCTGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 AGCACCATCCATGCCAGAAGTGCCCACGAGTTTTCAACAACCGCTGGTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CTGGAGAAACACATGAATGTGACCCACAGCCGCATGCAGATCTGCGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 CTGGAGAAACACATGAATGTGACCCACAGCCGCATGCAGATCTGCGACCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GTGCGGCAAGCGCTTCCTGCTGGAGAGCGAGCTGCTGCTGCACAGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GTGCGGCAAGCGCTTCCTGCTGGAGAGCGAGCTGCTGCTGCACAGGCAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CAGACTGCGAGCGCAACATCCAG         TGTGTGACATGTGGCAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101451 CAGACTGCGAGCGCAACATCCAGGTG...CAGTGTGTGACATGTGGCAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 GCTTTCAAGAAGCTTTGGTCCCTCCATGAGCATAACAAGATTGTGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103148 GCTTTCAAGAAGCTTTGGTCCCTCCATGAGCATAACAAGATTGTGCACGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CTACGCAGAGAAGAAGTTCTCATGCGAGATCTGTGAGAAGAAGTTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103198 CTACGCAGAGAAGAAGTTCTCATGCGAGATCTGTGAGAAGAAGTTCTACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 CCATGGCCCACGTGCGTAAGCACATGGTTG         CCCACACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 103248 CCATGGCCCACGTGCGTAAGCACATGGTTGGTA...TAGCCCACACCAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 GACATGCCCTTCACCTGCGAGACCTGCGGAAAGTCCTTCAAGCGCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104668 GACATGCCCTTCACCTGCGAGACCTGCGGAAAGTCCTTCAAGCGCAGCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 GTCCCTCAAGGTGCACTCACTGCAGCACTCAGGGGAGAAGCCGTTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104718 GTCCCTCAAGGTGCACTCACTGCAGCACTCAGGGGAGAAGCCGTTCAGAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 GTGAG         AACTGCAATGAGCGCTTCCAGTACAAGTACCAGCTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104768 GTGAGGTG...CAGAACTGCAATGAGCGCTTCCAGTACAAGTACCAGCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 CGGTCACACATGAGCATCCACATTGGCCACAAGCAGTTCATGTGCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105478 CGGTCACACATGAGCATCCACATTGGCCACAAGCAGTTCATGTGCCAATG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 GTGCGGCAAGGACTTCAACATGAAGCAGTACTTCGATGAGCACATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105528 GTGCGGCAAGGACTTCAACATGAAGCAGTACTTCGATGAGCACATGAAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 CCCACACAG         GAGAGAAGCCGTACATCTGCGAGATCTGTGGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105578 CCCACACAGGTG...CAGGAGAGAAGCCGTACATCTGCGAGATCTGTGGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 AAGAGCTTCACCAGCCGGCCCAACATGAAGCGGCACCGGCGCACGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105914 AAGAGCTTCACCAGCCGGCCCAACATGAAGCGGCACCGGCGCACGCACAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 GGGCGAGAAGCCGTACCCGTGCGACGTGTGTGGCCAGCGCTTCCGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105964 GGGCGAGAAGCCGTACCCGTGCGACGTGTGTGGCCAGCGCTTCCGCTTCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015 CCAACATGCTCAAGGCCCACAAGGAGAAGTGCTTCCGCGTCAGCCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106014 CCAACATGCTCAAGGCCCACAAGGAGAAGTGCTTCCGCGTCAGCCACACC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 CTGGCCGGCGACGGCGTCCCCGCTGCCCCAGGCCTGCCCCCAACCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106064 CTGGCCGGCGACGGCGTCCCCGCTGCCCCAGGCCTGCCCCCAACCCAGCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 CCAGGCGCACGCACTGCCCCTGCTCCCGGGGCTGCCCCAGACCCTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106114 CCAGGCGCACGCACTGCCCCTGCTCCCGGGGCTGCCCCAGACCCTGCCGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165 CCCCGCCCCACCTGCCGCCCCCGCCTCCGCTCTTCCCCACCACTGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106164 CCCCGCCCCACCTGCCGCCCCCGCCTCCGCTCTTCCCCACCACTGCCAGC

   2250     .    :    .    :    .
   2215 CCCGGCGGGAGGATGAACGCCAACAAC
        |||||||||||||||||||||||||||
 106214 CCCGGCGGGAGGATGAACGCCAACAAC