seq1 = pF1KA1189.tfa, 852 bp
seq2 = pF1KA1189/gi568815596r_157221274.tfa (gi568815596r:157221274_157425642), 204369 bp

>pF1KA1189 852
>gi568815596r:157221274_157425642 (Chr2)

(complement)

1-241  (100001-100241)   100% ->
242-334  (100881-100973)   100% ->
335-852  (103852-104369)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAGATGTTCCGGCTACATTTACCCAGGCTGAGTGTAATGGGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAGATGTTCCGGCTACATTTACCCAGGCTGAGTGTAATGGGGATAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCACCTGAAAACGGTCAACAAACAATCACTAAAATCAGTGAGGAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCACCTGAAAACGGTCAACAAACAATCACTAAAATCAGTGAGGAATTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGATGTGGACAGCCCCCTGCCACACTACAGGGTAGAACCCAGTCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGATGTGGACAGCCCCCTGCCACACTACAGGGTAGAACCCAGTCTGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGTGCACTCACCAAAGGAAGTCAGGAGGAAAGAAGAAAATTACAAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGTGCACTCACCAAAGGAAGTCAGGAGGAAAGAAGAAAATTACAAGGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGCTGCTCAACTCATCCATGGAGGACAAAATGCTAAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100201 CATGCTGCTCAACTCATCCATGGAGGACAAAATGCTAAAAGGTA...TAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAAACCCAGAAGAGAAACTCTTTATTGTTCATAAGGCTATCACAGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100881 AAAACCCAGAAGAGAAACTCTTTATTGTTCATAAGGCTATCACAGATCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTCTCCAAGAAACTAGTGCTGATGAAATGACATTCAGAGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100931 TCTCTCCAAGAAACTAGTGCTGATGAAATGACATTCAGAGAAGGTA...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335   GGCATCAGTGGGAGAAGATTCCTCTGAGTGGCAGTAACCAGGAAATAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103850 AGGGCATCAGTGGGAGAAGATTCCTCTGAGTGGCAGTAACCAGGAAATAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAAGACAGAAGGAGAGGATTACTGAGCAGCCTCTCAAAGAGGAAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103900 GAAGACAGAAGGAGAGGATTACTGAGCAGCCTCTCAAAGAGGAAGAAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGGACAGGAAGAACAAAGGTCACCAGGCAGCTGAAATTGAATGGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103950 GAGGACAGGAAGAACAAAGGTCACCAGGCAGCTGAAATTGAATGGCTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATTTCGAAAACCTAGCCAAGCTGACATGTTACATTCTAAACATGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104000 ATTTCGAAAACCTAGCCAAGCTGACATGTTACATTCTAAACATGATGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGCAGAAGGTTTGGGATGAAGAAATTGATGATGATGATGATGATAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104050 AGCAGAAGGTTTGGGATGAAGAAATTGATGATGATGATGATGATAATTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AATAATGATGAAGATGAAGTTCGAGTGATAGAATTTAAGAAAAAACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104100 AATAATGATGAAGATGAAGTTCGAGTGATAGAATTTAAGAAAAAACATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGAGGTTTCTCAATTTAAAGAGGAAGGTGATGCAAGTGAGGACTCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104150 AGAGGTTTCTCAATTTAAAGAGGAAGGTGATGCAAGTGAGGACTCCCCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGAGCAGTGCCAGTTCCCAAGCTGTGACACCTGATGAGCAGCCAACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104200 TGAGCAGTGCCAGTTCCCAAGCTGTGACACCTGATGAGCAGCCAACCTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GGGAAGAAGAGTGATATCTCCAGAAATGCTTATTCCAGATACAATACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104250 GGGAAGAAGAGTGATATCTCCAGAAATGCTTATTCCAGATACAATACAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 ATCCTATCGGAAAATCAGAAAGGGAAATACCAAGCAAAGAATTGATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104300 ATCCTATCGGAAAATCAGAAAGGGAAATACCAAGCAAAGAATTGATGAAT

    850     .    :    .    :
    833 TCGAGTCTATGATGCATTTA
        ||||||||||||||||||||
 104350 TCGAGTCTATGATGCATTTA