seq1 = pF1KA1182.tfa, 1740 bp
seq2 = pF1KA1182/gi568815589f_137155510.tfa (gi568815589f:137155510_137372925), 217416 bp

>pF1KA1182 1740
>gi568815589f:137155510_137372925 (Chr9)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-266  (100398-100561)   100% ->
267-366  (100820-100919)   100% ->
367-597  (101315-101545)   100% ->
598-783  (107528-107713)   100% ->
784-896  (108736-108848)   100% ->
897-999  (110368-110470)   100% ->
1000-1095  (110822-110917)   100% ->
1096-1238  (111435-111577)   100% ->
1239-1345  (111731-111837)   100% ->
1346-1487  (116572-116713)   100% ->
1488-1596  (116998-117106)   99% ->
1597-1740  (117273-117416)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCGCGGGGCTGCAGGACCTGGGCGTGGCCAACGGCGAGGACCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCGCGGGGCTGCAGGACCTGGGCGTGGCCAACGGCGAGGACCTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGACCCTGACCAACTGCACGGAGCCGCTCAAGGCCATCGAGCAGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGACCCTGACCAACTGCACGGAGCCGCTCAAGGCCATCGAGCAGTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         ACAGAGAATGGTGTGCTGCTGCCATCTCTTCAGTCAGCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTG...CAGACAGAGAATGGTGTGCTGCTGCCATCTCTTCAGTCAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCCCCTTCTTGGACCTGCACGGGACGCCGCGGCTGGAGTTCCACCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100437 CTCCCCTTCTTGGACCTGCACGGGACGCCGCGGCTGGAGTTCCACCAGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTATTCGATGAGCTGCGGGACAAGCTGCTGGAGCGAGTGTCAGCCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100487 GGTATTCGATGAGCTGCGGGACAAGCTGCTGGAGCGAGTGTCAGCCATCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTTCGGAGGGGAAGGCTGAGGAAAG         GTACAAGAAGCTGGAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100537 CTTCGGAGGGGAAGGCTGAGGAAAGGTG...CAGGTACAAGAAGCTGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACCTTCTGGAGAAGAGCTTTTCTCTGGTGAAGATGCCGTCCCTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100836 GACCTTCTGGAGAAGAGCTTTTCTCTGGTGAAGATGCCGTCCCTGCAGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGTGGTGATGTGCGTCATGAAGCACCTGCCCAAG         GTTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100886 CGTGGTGATGTGCGTCATGAAGCACCTGCCCAAGGTA...TAGGTTCCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAAAAAACTGAAGCTGGTTATGGCTGACAAGGAGCTGTATCGAGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101322 AGAAAAAACTGAAGCTGGTTATGGCTGACAAGGAGCTGTATCGAGCCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCGTGGAGGTGAAGCGGCAGATCTGGCAAGACAACCAGGCCCTCTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101372 GCCGTGGAGGTGAAGCGGCAGATCTGGCAAGACAACCAGGCCCTCTTCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGACGAGGTTTCCCCACTCCTGAAGCAGTACATCCTGGAGAAGGAGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101422 GGACGAGGTTTCCCCACTCCTGAAGCAGTACATCCTGGAGAAGGAGAGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTCTCTTCAGTACAGAGCTCTCTGTCCTGCACAACTTTTTCAGTCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101472 CTCTCTTCAGTACAGAGCTCTCTGTCCTGCACAACTTTTTCAGTCCTTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCCAAGACCAGGCGCCAGGGCGAG         GTGGTGCAGCGGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101522 CCCAAGACCAGGCGCCAGGGCGAGGTG...CAGGTGGTGCAGCGGCTGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCGGATGGTGGGGAAGAACGTGAAGCTGTACGACATGGTGCTGCAGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107545 GCGGATGGTGGGGAAGAACGTGAAGCTGTACGACATGGTGCTGCAGTTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCGCACGCTCTTCCTGCGCACGCGGAATGTGCACTACTGCACGCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107595 TGCGCACGCTCTTCCTGCGCACGCGGAATGTGCACTACTGCACGCTGCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCTGAGCTGCTCATGTCCCTGCACGACCTGGACGTGGGTGAAATCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107645 GCTGAGCTGCTCATGTCCCTGCACGACCTGGACGTGGGTGAAATCTGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CGTGGACCCGTGCCACAAG         TTCACCTGGTGCCTGGACGCCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107695 CGTGGACCCGTGCCACAAGGTA...CAGTTCACCTGGTGCCTGGACGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCATCCGAGAGCGGTTCGTGGACAGCAAGAGGGCGCGGGAGCTGCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108758 GCATCCGAGAGCGGTTCGTGGACAGCAAGAGGGCGCGGGAGCTGCAGGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTTCTCGATGGCGTCAAGAAGGGCCAGGAGCAGGTGCTGGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108808 TTTCTCGATGGCGTCAAGAAGGGCCAGGAGCAGGTGCTGGGGTG...CAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGACCTGTCCATGATCCTGTGTGACCCCTTCGCCATCAACACGCTGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110368 GGACCTGTCCATGATCCTGTGTGACCCCTTCGCCATCAACACGCTGGCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGAGCACAGTCAGGCACCTGCAGGAGCTGGTCGGCCAGGAGACACTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110418 TGAGCACAGTCAGGCACCTGCAGGAGCTGGTCGGCCAGGAGACACTGCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGG         GACAGCCCCGACCTCCTGCTGCTGCTCCGGCTGCTGGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110468 AGGGTG...CAGGACAGCCCCGACCTCCTGCTGCTGCTCCGGCTGCTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCTGGGCCAGGGAGCCTGGGACATGATCGACAGCCAGGTCTTCAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110860 GCTGGGCCAGGGAGCCTGGGACATGATCGACAGCCAGGTCTTCAAGGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCAAGATG         GAGGTAGAGCTCATCACCAGGTTCCTCCCGATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 110910 CCAAGATGGTA...TAGGAGGTAGAGCTCATCACCAGGTTCCTCCCGATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTCATGTCCTTCCTGGTGGATGACTACACTTTCAATGTGGATCAGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111468 CTCATGTCCTTCCTGGTGGATGACTACACTTTCAATGTGGATCAGAAACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TCCGGCTGAGGAGAAAGCCCCAGTCTCATATCCAAACACACTTCCCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111518 TCCGGCTGAGGAGAAAGCCCCAGTCTCATATCCAAACACACTTCCCGAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GCTTCACTAA         GTTTCTGCAGGAGCAGCGCATGGCCTGCGAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 111568 GCTTCACTAAGTA...CAGGTTTCTGCAGGAGCAGCGCATGGCCTGCGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTGGGGCTGTACTACGTCCTGCACATCACCAAGCAGAGGAACAAGAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111762 GTGGGGCTGTACTACGTCCTGCACATCACCAAGCAGAGGAACAAGAACGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCTCCTCCGCCTGCTGCCCGGGCTGG         TGGAGACCTTTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 111812 GCTCCTCCGCCTGCTGCCCGGGCTGGGTA...CAGTGGAGACCTTTGGCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ACTTGGCCTTTGGCGACATCTTCCTCCACCTGCTCACGGGCAACCTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116587 ACTTGGCCTTTGGCGACATCTTCCTCCACCTGCTCACGGGCAACCTTGCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CTGCTGGCCGACGAATTTGCCCTTGAGGACTTCTGCAGCAGCCTCTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116637 CTGCTGGCCGACGAATTTGCCCTTGAGGACTTCTGCAGCAGCCTCTTCGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGGCTTCTTCCTCACCGCCTCTCCAAG         GAAGGAGAACGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 116687 TGGCTTCTTCCTCACCGCCTCTCCAAGGTA...CAGGAAGGAGAACGTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 ACCGGCACGCGCTGCGGCTCCTCATTCACCTGCACCCCAGGGTGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 117012 ACCGGCACGCGCTGCGGCTCCTCATTCACCTGCACCCCAGGGTGGCCCCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TCTAAGCTGGAGGCGTTGCAGAAGGCCCTGGAGCCTACAGGCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 117062 TCTAAGCTGGAGGCGTTGCAGAAGGCCCTGGAGCCTACAGGCCAGGTG..

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597     AGCGGAGAGGCAGTGAAGGAGCTTTACTCCCAGCTCGGCGAGAAGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117112 .CAGAGCGGAGAGGCAGTGAAGGAGCTTTACTCCCAGCTCGGCGAGAAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TGGAACAGCTGGATCACCGGAAGCCCAGCCCGGCACAGGCTGCGGAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117319 TGGAACAGCTGGATCACCGGAAGCCCAGCCCGGCACAGGCTGCGGAGACG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1693 CCGGCCCTGGAGCTGCCCCTCCCCAGCGTGCCCGCCCCTGCCCCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117369 CCGGCCCTGGAGCTGCCCCTCCCCAGCGTGCCCGCCCCTGCCCCGCTC