seq1 = pF1KA1180.tfa, 1056 bp
seq2 = pF1KA1180/gi568815582f_58403797.tfa (gi568815582f:58403797_58611573), 207777 bp

>pF1KA1180 1056
>gi568815582f:58403797_58611573 (Chr16)

1-21  (96453-96473)   100% ->
22-127  (100002-100107)   100% ->
128-248  (100358-100478)   100% ->
249-311  (100563-100625)   100% ->
312-372  (100793-100853)   100% ->
373-459  (102591-102677)   100% ->
460-516  (102762-102818)   100% ->
517-620  (103116-103219)   100% ->
621-677  (104012-104068)   100% ->
678-729  (104152-104203)   100% ->
730-777  (105166-105213)   97% ->
778-813  (105358-105393)   100% ->
814-865  (105505-105556)   100% ->
866-904  (106849-106887)   100% ->
905-1056  (107626-107777)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGAGTGCTGGGATGGG         GAACATGACATCGAGACACC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  96453 ATGCCGGAGTGCTGGGATGGGGTG...CAGGAACATGACATCGAGACACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTACGGCCTTCTGCATGTAGTGATCCGGGGCTCCCCCAAGGGGAACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 CTACGGCCTTCTGCATGTAGTGATCCGGGGCTCCCCCAAGGGGAACCGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGCCATCCTCACCTACCATGATGTGGGCCTCAACC         ACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100072 CAGCCATCCTCACCTACCATGATGTGGGCCTCAACCGTA...CAGACAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTATGCTTCAACACCTTCTTCAACTTCGAGGACATGCAGGAGATCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100363 CTATGCTTCAACACCTTCTTCAACTTCGAGGACATGCAGGAGATCACCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCACTTTGTGGTGTGTCACGTGGATGCCCCTGGACAACAGGTGGGGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100413 GCACTTTGTGGTGTGTCACGTGGATGCCCCTGGACAACAGGTGGGGGCGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGCAGTTTCCTCAGGG         GTACCAGTTCCCCTCCATGGAGCAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100463 CGCAGTTTCCTCAGGGGTA...CAGGTACCAGTTCCCCTCCATGGAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGGCTGCCATGCTCCCCAGCGTGGTGCAGCATTTCGG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100588 CTGGCTGCCATGCTCCCCAGCGTGGTGCAGCATTTCGGGTG...CAGGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CAAGTATGTGATTGGCATCGGAGTGGGCGCCGGAGCCTATGTGCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100796 CAAGTATGTGATTGGCATCGGAGTGGGCGCCGGAGCCTATGTGCTGGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGTTTGCA         CTCATCTTCCCCGACCTGGTGGAGGGGCTGGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100846 AGTTTGCAGTG...CAGCTCATCTTCCCCGACCTGGTGGAGGGGCTGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CTGGTGAACATCGACCCCAATGGCAAAGGCTGGATAGACTGGGCTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102624 CTGGTGAACATCGACCCCAATGGCAAAGGCTGGATAGACTGGGCTGCCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAAG         CTCTCCGGCCTAACTAGCACTTTACCCGACACGGTGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102674 CAAGGTG...CAGCTCTCCGGCCTAACTAGCACTTTACCCGACACGGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TCTCCCACCTCTTCAGCCAG         GAGGAGCTGGTGAACAACACA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102799 TCTCCCACCTCTTCAGCCAGGTA...TAGGAGGAGCTGGTGAACAACACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 GAGTTGGTGCAGAGCTACCGGCAGCAGATTGGGAACGTGGTGAACCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103137 GAGTTGGTGCAGAGCTACCGGCAGCAGATTGGGAACGTGGTGAACCAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CAACCTGCAGCTCTTCTGGAACATGTACAACAG         CCGCAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103187 CAACCTGCAGCTCTTCTGGAACATGTACAACAGGTG...CAGCCGCAGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 ACCTGGACATTAACCGGCCTGGAACGGTGCCCAATGCCAAGACGCTCCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104020 ACCTGGACATTAACCGGCCTGGAACGGTGCCCAATGCCAAGACGCTCCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    678         CTGCCCCGTGATGCTGGTGGTTGGGGATAATGCACCCGCTGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104070 TG...CAGCTGCCCCGTGATGCTGGTGGTTGGGGATAATGCACCCGCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 GGACGGGGTG         GTGGAGTGCAACTCCAAACTGGACCCGACCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104194 GGACGGGGTGGTA...CAGGTGGAGTGCAACTCCAAACTGGACCCGACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 CTACAACCTTCCTGAAG         ATGGCAGACTCTGGAGGGCTGCCC
        |||| ||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105197 CTACGACCTTCCTGAAGGTG...CAGATGGCAGACTCTGGAGGGCTGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802 CAGGTCACACAG         CCAGGGAAGCTGACTGAAGCCTTCAAATA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105382 CAGGTCACACAGGTG...CAGCCAGGGAAGCTGACTGAAGCCTTCAAATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    843 CTTCCTGCAAGGCATGGGCTACA         TTGCGTACTTGAAGGACC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 105534 CTTCCTGCAAGGCATGGGCTACAGTG...TAGTTGCGTACTTGAAGGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    884 GAAGGCTGAGTGGAGGAGCAG         TGCCCTCAGCCAGCATGACC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106867 GAAGGCTGAGTGGAGGAGCAGGTA...CAGTGCCCTCAGCCAGCATGACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    925 CGCCTGGCACGCTCCCGCACTGCATCCCTCACCAGTGCCAGCTCGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107646 CGCCTGGCACGCTCCCGCACTGCATCCCTCACCAGTGCCAGCTCGGTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    975 TGGCAGCCGCCCACAGGCCTGCACCCACTCGGAGAGCAGCGAGGGGCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 107696 TGGCAGCCGCCCACAGGCCTGCACCCACTCAGAGAGCAGCGAGGGGCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :
   1025 GCCAGGTCAACCACACCATGGAGGTGTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 107746 GCCAGGTCAACCACACCATGGAGGTGTCCTGT