seq1 = pF1KA1170.tfa, 2274 bp
seq2 = pF1KA1170/gi568815591f_129334473.tfa (gi568815591f:129334473_129583066), 248594 bp

>pF1KA1170 2274
>gi568815591f:129334473_129583066 (Chr7)

1-129  (100001-100129)   100% ->
130-199  (105550-105619)   100% ->
200-274  (109552-109626)   100% ->
275-409  (117141-117275)   100% ->
410-530  (118755-118875)   100% ->
531-599  (119670-119738)   100% ->
600-706  (119949-120055)   100% ->
707-834  (120772-120899)   100% ->
835-1038  (121967-122170)   100% ->
1039-1274  (123743-123978)   100% ->
1275-1340  (124240-124305)   100% ->
1341-1404  (125045-125108)   100% ->
1405-1476  (125829-125900)   100% ->
1477-1551  (128494-128568)   100% ->
1552-1649  (129572-129669)   100% ->
1650-1776  (130140-130266)   100% ->
1777-1877  (132878-132978)   100% ->
1878-1944  (136177-136243)   100% ->
1945-2049  (146313-146417)   100% ->
2050-2274  (148370-148594)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGACCCCGCCGCGCCTGGGACCGGGGGCCCGCCCGCAAATGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGACCCCGCCGCGCCTGGGACCGGGGGCCCGCCCGCAAATGGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCAACGGCGGCGGCAAAGGGAAGCAGGCGGCGCCCAAGGGCCGCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGCAACGGCGGCGGCAAAGGGAAGCAGGCGGCGCCCAAGGGCCGCGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTTCCGAAGCCAGCGGCGGGAGTCAGAG         GGCTCTGTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 CGTTCCGAAGCCAGCGGCGGGAGTCAGAGGTG...CAGGGCTCTGTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGTCCCACTCTGGAGTTTGAGTATGGAGATGCAGATGGGCATGCAGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105562 TGTCCCACTCTGGAGTTTGAGTATGGAGATGCAGATGGGCATGCAGCCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTGTCAG         AATTGTATAGTTACACTGAGAACCTGGAATTCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105612 GTTGTCAGGTA...CAGAATTGTATAGTTACACTGAGAACCTGGAATTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAATAACAGGAGGTGCTTTGAAGAAGATTTCAAGACTCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109585 CCAATAACAGGAGGTGCTTTGAAGAAGATTTCAAGACTCAAGGTA...CA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    275  TGCAGGGCAAGGAATGGCTGGAGTTGGAAGAAGATGCCCAAAAGGCCTA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117140 GTGCAGGGCAAGGAATGGCTGGAGTTGGAAGAAGATGCCCAAAAGGCCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TATAATGGGACTCTTGGACCGGCTAGAGGTGGTCAGTAGGGAACGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117190 TATAATGGGACTCTTGGACCGGCTAGAGGTGGTCAGTAGGGAACGGCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGAAGGTGGCCCGGGCTGTTCTCTACCTGGCCCAAG         GTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 117240 TGAAGGTGGCCCGGGCTGTTCTCTACCTGGCCCAAGGTG...TAGGTACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTTGGGGAATGTGATTCAGAGGTCGATGTGCTACACTGGTCCAGGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118760 TTTGGGGAATGTGATTCAGAGGTCGATGTGCTACACTGGTCCAGGTACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTGCTTCCTGCTGTATCAGATGGGGACCTTCTCCACCTTCCTGGAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118810 CTGCTTCCTGCTGTATCAGATGGGGACCTTCTCCACCTTCCTGGAGCTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCACATGGAAATTGA         CAACAGCCAGGCCTGTAGCAGTGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 118860 TCCACATGGAAATTGAGTG...CAGCAACAGCCAGGCCTGTAGCAGTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTTCGGAAACCAGCTGTCTCCATAGCTGATAGCACAGAGCTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 119695 CTTCGGAAACCAGCTGTCTCCATAGCTGATAGCACAGAGCTCAGGTG...

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600    GGTGCTGCTGAGTGTTATGTACCTAATGGTGGAAAATATTCGCCTGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119946 CAGGGTGCTGCTGAGTGTTATGTACCTAATGGTGGAAAATATTCGCCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGCGAGAGACAGACCCCTGTGGGTGGAGAACAGCCCGGGAGACCTTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119996 AGCGAGAGACAGACCCCTGTGGGTGGAGAACAGCCCGGGAGACCTTCCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACTGAATTAA         GCTTCTCCATGCATAATGAGGAGCCTTTTGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 120046 ACTGAATTAAGTA...TAGGCTTCTCCATGCATAATGAGGAGCCTTTTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCTTTTACTCTTCTCCATGGTTACCAAGTTCTGCAGTGGCCTGGCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120803 CCTTTTACTCTTCTCCATGGTTACCAAGTTCTGCAGTGGCCTGGCTCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACTTCCCCATAAAGAAGGTCCTGCTCCTGCTCTGGAAGGTGGTCATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 120853 ACTTCCCCATAAAGAAGGTCCTGCTCCTGCTCTGGAAGGTGGTCATGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    835       TTTACCCTCGGTGGATTTGAGCATCTGCAGACTCTCAAAGTACA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120903 ...TAGTTTACCCTCGGTGGATTTGAGCATCTGCAGACTCTCAAAGTACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GAAGCGGGCAGAATTGGGCCTGCCTCCACTGGCTGAAGACAGTATCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122011 GAAGCGGGCAGAATTGGGCCTGCCTCCACTGGCTGAAGACAGTATCCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGGTGAAGAGCATGCGTGCTGCCTCCCCGCCCTCTTACACTCTTGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122061 TGGTGAAGAGCATGCGTGCTGCCTCCCCGCCCTCTTACACTCTTGACCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGAGAGTCTCAGCTGGCACCCCCACCCTCCAAGCTGCGAGGCCGCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122111 GGAGAGTCTCAGCTGGCACCCCCACCCTCCAAGCTGCGAGGCCGCCGTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTCTCGAAGG         CAACTCCTCACTAAGCAGGACAGCCTGGACA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 122161 CTCTCGAAGGGTA...CAGCAACTCCTCACTAAGCAGGACAGCCTGGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCTACAATGAAAGGGATCTCTTCAAGACTGAGGAGCCCGCCACAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123774 TCTACAATGAAAGGGATCTCTTCAAGACTGAGGAGCCCGCCACAGAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAAGAGGAGTCTGCTGGTGATGGAGAACGAACCTTGGATGGAGAGCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123824 GAAGAGGAGTCTGCTGGTGATGGAGAACGAACCTTGGATGGAGAGCTAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCTGCTAGAGCAGGACCCTCTGGTGCCACCTCCACCCTCACAGGCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123874 CCTGCTAGAGCAGGACCCTCTGGTGCCACCTCCACCCTCACAGGCACCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCTCTGCTGAGCGGGTGGCTTTTCCCAAGGGCCTGCCCTGGGCCCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123924 TCTCTGCTGAGCGGGTGGCTTTTCCCAAGGGCCTGCCCTGGGCCCCAAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTCAG         ACAGAAGGACATTGAGCACTTCTTGGAGATGAGCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123974 GTCAGGTA...CAGACAGAAGGACATTGAGCACTTCTTGGAGATGAGCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAACAAGTTCATCGGATTCACCCTGGGGCA         GGACACAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 124276 GAACAAGTTCATCGGATTCACCCTGGGGCAGTA...CAGGGACACAGATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CATTGGTTGGATTACCCAGGCCCATCCATGAGAGTGTGAAGACCCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125056 CATTGGTTGGATTACCCAGGCCCATCCATGAGAGTGTGAAGACCCTAAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CAG         CACAAGTATATCTCCATCGCAGATGTGCAGATCAAGAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125106 CAGGTG...CAGCACAAGTATATCTCCATCGCAGATGTGCAGATCAAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGAAGAGGAGCTGGAGAAGTGCCCTATGTCTTTG         GGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 125867 TGAAGAGGAGCTGGAGAAGTGCCCTATGTCTTTGGTG...TAGGGGGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AGGTGGTACCAGAGACGCCATGTGAAATCCTCTACCAGGGAATGCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128501 AGGTGGTACCAGAGACGCCATGTGAAATCCTCTACCAGGGAATGCTGTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AGCCTTCCGCAGTATATG         ATCGCTCTGCTTAAGATTCTGCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 128551 AGCCTTCCGCAGTATATGGTA...CAGATCGCTCTGCTTAAGATTCTGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GGCTGCAGCTCCCACCTCTAAGGCTAAGACAGACTCTATCAATATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129595 GGCTGCAGCTCCCACCTCTAAGGCTAAGACAGACTCTATCAATATCCTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CAGATGTCCTACCTGAGGAGATGCC         CATCACTGTTCTCCAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 129645 CAGATGTCCTACCTGAGGAGATGCCGTG...TAGCATCACTGTTCTCCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 AGCATGAAGCTGGGCATCGATGTGAACAGGCACAAGGAGATTATTGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130156 AGCATGAAGCTGGGCATCGATGTGAACAGGCACAAGGAGATTATTGTAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 GAGTATCTCTACCCTGCTTCTGCTACTCCTCAAACACTTCAAACTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130206 GAGTATCTCTACCCTGCTTCTGCTACTCCTCAAACACTTCAAACTCAACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 ATATCTACCAG         TTTGAATATGTATCGCAACATTTGGTATTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 130256 ATATCTACCAGGTG...CAGTTTGAATATGTATCGCAACATTTGGTATTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GCCAACTGCATCCCCTTGATCCTGAAGTTCTTCAATCAAAATATCTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132908 GCCAACTGCATCCCCTTGATCCTGAAGTTCTTCAATCAAAATATCTTGTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 ATACATCACTGCCAAAAACAG         CATCTCAGTCCTGGATTATC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 132958 ATACATCACTGCCAAAAACAGGTA...CAGCATCTCAGTCCTGGATTATC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 CTTGCTGTACCATCCAGGATTTGCCGGAGCTTACTACTGAAAGTCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 136197 CTTGCTGTACCATCCAGGATTTGCCGGAGCTTACTACTGAAAGTCTGGTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1945       GAAGCTGGAGACAACAGCCAGTTCTGCTGGAGGAACCTCTTTTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136247 ...TAGGAAGCTGGAGACAACAGCCAGTTCTGCTGGAGGAACCTCTTTTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 CTGCATCAACCTCCTGAGGCTGCTCAATAAACTGACCAAATGGAAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146357 CTGCATCAACCTCCTGAGGCTGCTCAATAAACTGACCAAATGGAAACATT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 CCCGGACCATG         ATGCTGGTAGTGTTTAAATCGGCACCAATC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 146407 CCCGGACCATGGTG...CAGATGCTGGTAGTGTTTAAATCGGCACCAATC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 TTAAAGCGGGCCCTCAAGGTCAAACAGGCCATGCTGCAACTTTATGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148400 TTAAAGCGGGCCCTCAAGGTCAAACAGGCCATGCTGCAACTTTATGTCCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 AAAGCTACTAAAGTTACAGACCAAGTACCTGGGGCGCCAATGGAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148450 AAAGCTACTAAAGTTACAGACCAAGTACCTGGGGCGCCAATGGAGGAAAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 GCAACATGAAAACCATGTCAGCCATTTACCAGAAAGTGCGTCACCGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148500 GCAACATGAAAACCATGTCAGCCATTTACCAGAAAGTGCGTCACCGCATG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2230 AACGATGACTGGGCTTACGGGAATGGTGAGTCTTCCCAAAGCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148550 AACGATGACTGGGCTTACGGGAATGGTGAGTCTTCCCAAAGCTCT