seq1 = pF1KA1159.tfa, 756 bp
seq2 = pF1KA1159/gi568815581f_49476220.tfa (gi568815581f:49476220_49679297), 203078 bp

>pF1KA1159 756
>gi568815581f:49476220_49679297 (Chr17)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-756  (102377-103078)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAACTGACTCGCTGCTGCTTCGTGTTCCTGGTGCAGGGTAGCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAACTGACTCGCTGCTGCTTCGTGTTCCTGGTGCAGGGTAGCCTCTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTG         GTCATCTGTGGCCAGGATGATGGTCCTCCCGGCTCAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGGTG...TAGGTCATCTGTGGCCAGGATGATGGTCCTCCCGGCTCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGACCCTGAGCGTGATGACCACGAGGGCCAGCCCCGGCCCCGGGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102414 AGGACCCTGAGCGTGATGACCACGAGGGCCAGCCCCGGCCCCGGGTGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGAAGCGGGGCCACATCTCACCTAAGTCCCGCCCCATGGCCAATTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102464 CGGAAGCGGGGCCACATCTCACCTAAGTCCCGCCCCATGGCCAATTCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTCCTAGGGCTGCTGGCCCCGCCTGGGGAGGCTTGGGGCATTCTTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102514 TCTCCTAGGGCTGCTGGCCCCGCCTGGGGAGGCTTGGGGCATTCTTGGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCCCCCCAACCGCCCGAACCACAGCCCCCCACCCTCAGCCAAGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102564 AGCCCCCCAACCGCCCGAACCACAGCCCCCCACCCTCAGCCAAGGTGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAATCTTTGGCTGGGGCGACTTCTACTCCAACATCAAGACGGTGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102614 AAAATCTTTGGCTGGGGCGACTTCTACTCCAACATCAAGACGGTGGCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAACCTGCTCGTCACAGGGAAGATTGTGGACCATGGCAATGGGACCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102664 GAACCTGCTCGTCACAGGGAAGATTGTGGACCATGGCAATGGGACCTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCGTCCACTTCCAACACAATGCCACAGGCCAGGGAAACATCTCCATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102714 GCGTCCACTTCCAACACAATGCCACAGGCCAGGGAAACATCTCCATCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTCGTGCCCCCCAGTAAAGCTGTAGAGTTCCACCAGGAACAGCAGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102764 CTCGTGCCCCCCAGTAAAGCTGTAGAGTTCCACCAGGAACAGCAGATCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATCGAAGCCAAGGCCTCCAAAATCTTCAACTGCCGGATGGAGTGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102814 CATCGAAGCCAAGGCCTCCAAAATCTTCAACTGCCGGATGGAGTGGGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGGTAGAACGGGGCCGCCGGACCTCGCTTTGCACCCACGACCCAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102864 AGGTAGAACGGGGCCGCCGGACCTCGCTTTGCACCCACGACCCAGCCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATCTGCTCCCGAGACCACGCTCAGAGCTCAGCCACCTGGAGCTGCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102914 ATCTGCTCCCGAGACCACGCTCAGAGCTCAGCCACCTGGAGCTGCTCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCCCTTCAAAGTCGTCTGTGTCTACATCGCCTTCTACAGCACGGACTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102964 GCCCTTCAAAGTCGTCTGTGTCTACATCGCCTTCTACAGCACGGACTATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GGCTGGTCCAGAAGGTGTGCCCAGATTACAACTACCATAGTGATACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103014 GGCTGGTCCAGAAGGTGTGCCCAGATTACAACTACCATAGTGATACCCCC

    750     .    :    .
    742 TACTACCCATCTGGG
        |||||||||||||||
 103064 TACTACCCATCTGGG