seq1 = pF1KA1153.tfa, 1200 bp
seq2 = pF1KA1153/gi568815578r_5841863.tfa (gi568815578r:5841863_6050405), 208543 bp

>pF1KA1153 1200
>gi568815578r:5841863_6050405 (Chr20)

(complement)

1-128  (100001-100128)   100% ->
129-256  (103873-104000)   100% ->
257-366  (105492-105601)   100% ->
367-458  (106153-106244)   100% ->
459-542  (106375-106458)   100% ->
543-667  (106723-106847)   100% ->
668-1026  (107620-107978)   100% ->
1027-1200  (108370-108543)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGCTCAGGGGAGCAGCCGGGCCCACAACCACAGCATCCCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGGCTCAGGGGAGCAGCCGGGCCCACAACCACAGCATCCCGGAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCACCGCATCCGCGACGGCGACTTCGTGGTGCTGAAACGTGAAGATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCACCGCATCCGCGACGGCGACTTCGTGGTGCTGAAACGTGAAGATGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTAAAGCAGTACAAGTCCAGCGGAGAAA         AAAAGTAACTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100101 TTAAAGCAGTACAAGTCCAGCGGAGAAAGTA...TAGAAAAGTAACTTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAAAACAGTGGTTCTACCTGGATAACGTCATTGGCCATAGTTATGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103886 GAAAAACAGTGGTTCTACCTGGATAACGTCATTGGCCATAGTTATGGAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCATTTGAAGTGACCAGTGGAGGAAGTCTACAGCCCAAGAAGAAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103936 TGCATTTGAAGTGACCAGTGGAGGAAGTCTACAGCCCAAGAAGAAGAGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGAGCCTACTGCAG         AGACTAAAGAAGCGGGCACTGATAAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103986 AAGAGCCTACTGCAGGTG...TAGAGACTAAAGAAGCGGGCACTGATAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGAAATATAGTTGATGATGGGAAATCTCAGAAACTTACTCAAGATGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105518 CGAAATATAGTTGATGATGGGAAATCTCAGAAACTTACTCAAGATGACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAAGCTTTGAAGGACAAGGGCATTAAAGGAGAG         GAAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105568 AAAAGCTTTGAAGGACAAGGGCATTAAAGGAGAGGTA...TAGGAAATAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTCAGCAGTTAATTGAAAATAGTACAACATTCCGAGACAAGACAGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106160 TTCAGCAGTTAATTGAAAATAGTACAACATTCCGAGACAAGACAGAATTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCCAAGATAAATATATTAAAAAGAAGAAAAAAAA         ATATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 106210 GCCCAAGATAAATATATTAAAAAGAAGAAAAAAAAGTA...CAGATATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGCCATCATTACTGTTGTGAAGCCATCCACCCGTATTCTTTCAATTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106381 AGCCATCATTACTGTTGTGAAGCCATCCACCCGTATTCTTTCAATTATGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATTATGCAAGAGAACCTGGAAAAATTAA         CCACATGAGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106431 ATTATGCAAGAGAACCTGGAAAAATTAAGTA...TAGCCACATGAGATAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATACACTAGCCCAGATGTTGACGTTGGGAAATATCCGTGCTGGCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106736 GATACACTAGCCCAGATGTTGACGTTGGGAAATATCCGTGCTGGCAACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AATGATTGTGATGGAAACGTGTGCAGGCTTGGTGCTGGGTGCAATGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106786 AATGATTGTGATGGAAACGTGTGCAGGCTTGGTGCTGGGTGCAATGATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AACGAATGGGAG         GTTTTGGCTCCATTATTCAGCTATACCCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 106836 AACGAATGGGAGGTA...CAGGTTTTGGCTCCATTATTCAGCTATACCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGAGGAGGACCTGTTCGGGCAGCAACAGCATGTTTTGGATTTCCCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107649 GGAGGAGGACCTGTTCGGGCAGCAACAGCATGTTTTGGATTTCCCAAATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTTTCTCAGTGGTCTTTATGAATTCCCTCTCAACAAAGTGGACAGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107699 TTTTCTCAGTGGTCTTTATGAATTCCCTCTCAACAAAGTGGACAGTCTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TACATGGAACATTTTCTGCCAAGATGTTATCTTCAGAGCCAAAAGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107749 TACATGGAACATTTTCTGCCAAGATGTTATCTTCAGAGCCAAAAGACAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCTTTGGTTGAAGAAAGTAATGGCACACTGGAGGAAAAACAGGCTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107799 GCTTTGGTTGAAGAAAGTAATGGCACACTGGAGGAAAAACAGGCTTCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ACAAGAGAATGAAGACAGCATGGCAGAGGCCCCAGAGAGCAACCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107849 ACAAGAGAATGAAGACAGCATGGCAGAGGCCCCAGAGAGCAACCACCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAGACCAGGAAACAATGGAAACAATTTCTCAAGATCCAGAACATAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107899 AAGACCAGGAAACAATGGAAACAATTTCTCAAGATCCAGAACATAAGGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CCTAAAGAGAGAGGAAGCAAAAAAGATTAT         ATTCAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107949 CCTAAAGAGAGAGGAAGCAAAAAAGATTATGTA...AAGATTCAGGAAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ACAGAGGAGACAAGAAGAGCAGAGGAAAAGACATTTAGAGGCTGCCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108381 ACAGAGGAGACAAGAAGAGCAGAGGAAAAGACATTTAGAGGCTGCCGCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGCTGAGTGAAAGAAACGCAGATGGGTGCGTTGATGGAAGAAGGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108431 TGCTGAGTGAAAGAAACGCAGATGGGTGCGTTGATGGAAGAAGGCAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ACTCCTCAGTGCATGTGGGCTCTGCTTCAGACAGATTGGCATTCTCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108481 ACTCCTCAGTGCATGTGGGCTCTGCTTCAGACAGATTGGCATTCTCTTTC

   1250     .    :
   1188 TCCTTGTCTGCTT
        |||||||||||||
 108531 TCCTTGTCTGCTT