seq1 = pF1KA1150.tfa, 1779 bp
seq2 = pF1KA1150/gi568815597r_153710180.tfa (gi568815597r:153710180_153928347), 218168 bp

>pF1KA1150 1779
>gi568815597r:153710180_153928347 (Chr1)

(complement)

1-335  (100001-100335)   100% ->
336-465  (108613-108742)   100% ->
466-597  (109426-109557)   100% ->
598-729  (110177-110308)   100% ->
730-900  (110806-110976)   100% ->
901-1216  (111760-112075)   100% ->
1217-1419  (114896-115098)   100% ->
1420-1530  (116216-116326)   100% ->
1531-1648  (116500-116617)   100% ->
1649-1779  (118038-118168)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATAGAATGACAGAAGATGCTCTTCGCTTGAATCTGTTGAAGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATAGAATGACAGAAGATGCTCTTCGCTTGAATCTGTTGAAGCGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGGACCCAGCAGATGAGCGAGATGATGTCCTGGCAAAGCGACTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGGACCCAGCAGATGAGCGAGATGATGTCCTGGCAAAGCGACTCAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAGGGGCATGAGGCCATGGAACGTCTGAAAATGTTGGCATTGCTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGAGGGGCATGAGGCCATGGAACGTCTGAAAATGTTGGCATTGCTCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGAAGGATTTGGCAAATCTTGAGGTGCCACATGAGTTACCCACCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGAAGGATTTGGCAAATCTTGAGGTGCCACATGAGTTACCCACCAAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGATGGCAGTGGTGTCAAGGGCTATGAAGAAAAACTTAACGGGAATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGATGGCAGTGGTGTCAAGGGCTATGAAGAAAAACTTAACGGGAATCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCCTCATGGAGACAACAGGACTGCTGGAAGGCCAGGCAAAGAAAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCCTCATGGAGACAACAGGACTGCTGGAAGGCCAGGCAAAGAAAACATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AATGATGAGCCTGTGGATATGAGTGCTAGACGGAG         TGAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100301 AATGATGAGCCTGTGGATATGAGTGCTAGACGGAGGTA...TAGTGAGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGAGCGAGGAAGGCTAACTCCCTCACCAGACATCATTGTTTTGTCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108619 AGAGCGAGGAAGGCTAACTCCCTCACCAGACATCATTGTTTTGTCTGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATGAGGCTTCCAGTCCCCGTTCCAGTTCCAGAATGGAAGAAAGACTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108669 ATGAGGCTTCCAGTCCCCGTTCCAGTTCCAGAATGGAAGAAAGACTCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCAGCCAACTTAGAGATGTTTAAG         GGGAAAGGCATTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108719 GCAGCCAACTTAGAGATGTTTAAGGTA...TAGGGGAAAGGCATTGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCGGCAGCAGCTTATCAAGCAGCTGAGGGATGAGCTACGATTGGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109443 GCGGCAGCAGCTTATCAAGCAGCTGAGGGATGAGCTACGATTGGAAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCCGACTGGTCCTGTTAAAGAAACTGAGACAGAGTCAGCTACAGAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109493 CCCGACTGGTCCTGTTAAAGAAACTGAGACAGAGTCAGCTACAGAAAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AATGTGGTCCAGAAG         ACTCCAGTTGTACAGAATGCAGCATC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109543 AATGTGGTCCAGAAGGTA...CAGACTCCAGTTGTACAGAATGCAGCATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TATTGTTCAGCCATCTCCTGCCCATGTGGGACAGCAGGGCCTATCTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110203 TATTGTTCAGCCATCTCCTGCCCATGTGGGACAGCAGGGCCTATCTAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTCCCTCTCGGCCTGGGGCCCAAGGGGTTGAACCTCAAAATTTGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110253 TTCCCTCTCGGCCTGGGGCCCAAGGGGTTGAACCTCAAAATTTGAGAACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTACAG         GGTCACAGTGTCATCCGTTCAGCTACCAATACCAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110303 TTACAGGTA...CAGGGTCACAGTGTCATCCGTTCAGCTACCAATACCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCTTCCACACATGTTGATGTCTCAACGTGTTATTGCACCAAACCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110841 CCTTCCACACATGTTGATGTCTCAACGTGTTATTGCACCAAACCCAGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGCTACAGGGTCAGCGGGGCCCGCCTAAGCCTGGCCTTGTACGCACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110891 AGCTACAGGGTCAGCGGGGCCCGCCTAAGCCTGGCCTTGTACGCACCACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ACACCCAACATGAATCCCGCCATCAATTATCAACCG         CAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 110941 ACACCCAACATGAATCCCGCCATCAATTATCAACCGGTA...CAGCAGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AAGTTCTTCTGTTCCATGTCAGCGTACAACATCCTCTGCCATCTATATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111765 AAGTTCTTCTGTTCCATGTCAGCGTACAACATCCTCTGCCATCTATATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACCTTGCTTCTCATATCCAGCCAGGGACGGTGAACAGAGTGTCCTCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111815 ACCTTGCTTCTCATATCCAGCCAGGGACGGTGAACAGAGTGTCCTCGCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTTCCTAGCCCCAGCGCCATGACTGATGCTGCCAACTCACAGGCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111865 CTTCCTAGCCCCAGCGCCATGACTGATGCTGCCAACTCACAGGCTGCAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CAAATTGGCTCTTCGCAAACAGCTGGAAAAGACACTCCTGGAGATCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111915 CAAATTGGCTCTTCGCAAACAGCTGGAAAAGACACTCCTGGAGATCCCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CCCCTAAACCTCCTGCTCCCTTACTTCATTTCTTGCCTAGTGCAGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111965 CCCCTAAACCTCCTGCTCCCTTACTTCATTTCTTGCCTAGTGCAGCCAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AGCGAGTTCATCTACATGGTAGGCTTGGAAGAAGTCGTACAGAGTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112015 AGCGAGTTCATCTACATGGTAGGCTTGGAAGAAGTCGTACAGAGTGTCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TGACAGCCAAG         GCAAAAGCTGTGCCTCACTTCTGCGGGTTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 112065 TGACAGCCAAGGTA...TAGGCAAAAGCTGTGCCTCACTTCTGCGGGTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AACCCTTTGTATGTGCCCAGTGCCGCACAGATTTCACCCCTCACTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114926 AACCCTTTGTATGTGCCCAGTGCCGCACAGATTTCACCCCTCACTGGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CAAGAAAAGAATGGTAAGATTCTATGTGAGCAGTGTATGACCTCCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114976 CAAGAAAAGAATGGTAAGATTCTATGTGAGCAGTGTATGACCTCCAACCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GAAAAAGGCTCTAAAAGCTGAACACACCAACCGGCTGAAAAATGCATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115026 GAAAAAGGCTCTAAAAGCTGAACACACCAACCGGCTGAAAAATGCATTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TGAAAGCCCTACAGCAGGAACAG         GAAATTGAACAGCGATTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 115076 TGAAAGCCCTACAGCAGGAACAGGTA...CAGGAAATTGAACAGCGATTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CAGCAGCAGGCAGCCCTCTCCCCCACTACGGCTCCAGCTGTGTCCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116234 CAGCAGCAGGCAGCCCTCTCCCCCACTACGGCTCCAGCTGTGTCCAGTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CAGTAAACAAGAGACCATCATGAGACATCATACGCTTCGGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 116284 CAGTAAACAAGAGACCATCATGAGACATCATACGCTTCGGCAGGTA...C

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1531   GCTCCACAGCCCCAGAGCAGCCTCCAGCGTGGCATACCCACATCTGCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116498 AGGCTCCACAGCCCCAGAGCAGCCTCCAGCGTGGCATACCCACATCTGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CGCTCCATGCTTTCAAACTTTGCACAGGCACCCCAGTTGTCTGTGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116548 CGCTCCATGCTTTCAAACTTTGCACAGGCACCCCAGTTGTCTGTGCCAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 TGGCCTCCTTGGTATGCCAG         GTGTCAACATTGCATACTTGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 116598 TGGCCTCCTTGGTATGCCAGGTA...CAGGTGTCAACATTGCATACTTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 ATACTGGCATCGGAGGACACAAAGGCCCCAGTTTGGCAGACCGACAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118059 ATACTGGCATCGGAGGACACAAAGGCCCCAGTTTGGCAGACCGACAGCGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GAATACCTTTTAGACATGATCCCTCCCCGGTCTATATCGCAGTCCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118109 GAATACCTTTTAGACATGATCCCTCCCCGGTCTATATCGCAGTCCATCAG

   1850     .    :
   1770 TGGACAGAAA
        ||||||||||
 118159 TGGACAGAAA