seq1 = pF1KA1145.tfa, 1338 bp
seq2 = pF1KA1145/gi568815586r_94471438.tfa (gi568815586r:94471438_94682523), 211086 bp

>pF1KA1145 1338
>gi568815586r:94471438_94682523 (Chr12)

(complement)

1-902  (100001-100902)   99% ->
903-1038  (103995-104130)   100% ->
1039-1338  (110787-111086)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATACCTTAAGCCTGCCCCTGAACATACGCCGAGGGGGGTCAGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATACCTTAAGCCTGCCCCTGAACATACGCCGAGGGGGGTCAGACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACCTCAACTTTGATGTCCCGGATGGCATCCTGGACTTCCACAAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACCTCAACTTTGATGTCCCGGATGGCATCCTGGACTTCCACAAGGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACTCACTGCAGACAGCCTGAAGCAAAAAATTCTAAAGGTAACAGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACTCACTGCAGACAGCCTGAAGCAAAAAATTCTAAAGGTAACAGAGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATAAAAATTGAGCAAACATCGCGCGATGGGAATGTTGCGGAGTATCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATAAAAATTGAGCAAACATCGCGCGATGGGAATGTTGCGGAGTATCTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACTAGTGAACAACGCGGACAAGCAGCAGGCGGGACGTATCAAGCAAGTCT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACTAGTGAACAACGCAGACAAGCAGCAGGCGGGACGTATCAAGCAAGTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGAGAAGAAGAATCAGAAATCAGCTCACTCCATCGCCCAGCTGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGAGAAGAAGAATCAGAAATCAGCTCACTCCATCGCCCAGCTGCAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGTTAGAGCAGTATCATCGAAAGCTCAGAGAGATCGAGCAGAATGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGTTAGAGCAGTATCATCGAAAGCTCAGAGAGATCGAGCAGAATGGAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTCTAGGAGCTCAAAGGACATTTCCAAAGACCACCTGAAGGATATACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTCTAGGAGCTCAAAGGACATTTCCAAAGACCACCTGAAGGATATACATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCTCTTTGAAAGATGCCCACGTGAAATCTCGAACTGCCCCCCATTGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCTCTTTGAAAGATGCCCACGTGAAATCTCGAACTGCCCCCCATTGCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGAGCAGCAAATCGGGCATGCCAGGGGTCTCACTTACTCCACCTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGAGCAGCAAATCGGGCATGCCAGGGGTCTCACTTACTCCACCTGTGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGTTTTCAATAAGTCCAGAGAGTTTGCCAACCTGATCCGGAATAAGTTTG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGTTTTCAATAAGTCCAGAGAGTTTGCCAACCTGATCCGGAATAAGTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCAGCGCCGACAACATTGCTCACTTGAAAAATTCCTTAGAGGAGTTTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCAGCGCCGACAACATTGCTCACTTGAAAAATTCCTTAGAGGAGTTTAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCAGAGGCGAGTGCCAGGGCCTACGGGGGCAGCGCTACCATCGTGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCAGAGGCGAGTGCCAGGGCCTACGGGGGCAGCGCTACCATCGTGAACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ACCCAAGTATGGCAGTGATGATGAATGTTCGAGTGGCACGTCAGGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ACCCAAGTATGGCAGTGATGATGAATGTTCGAGTGGCACGTCAGGCTCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCGACAGTAACGGAAACCAGTCGTTTGGGGCTGGTGGAGCCAGCACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCGACAGTAACGGAAACCAGTCGTTTGGGGCTGGTGGAGCCAGCACACTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GACAGCCAGGGCAAGCTCGCCGTGATCCTGGAGGAACTGAGGGAGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GACAGCCAGGGCAAGCTCGCCGTGATCCTGGAGGAACTGAGGGAGATCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGATACCCAAGCTCAGCTGGCTGAGGACATCGAGGCACTGAAGGTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGATACCCAAGCTCAGCTGGCTGAGGACATCGAGGCACTGAAGGTGCAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTAAGAGAGAATATGGTTTTATTTCTCAGACCCTGCAAGAGGAAAGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTAAGAGAGAATATGGTTTTATTTCTCAGACCCTGCAAGAGGAAAGATAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AG         GTATGAGCGACTGGAGGACCAGCTGCATGACCTGACGGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGGTA...AAGGTATGAGCGACTGGAGGACCAGCTGCATGACCTGACGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCTGCATCAGCATGAGACAGCCAACCTGAAGCAGGAGCTGGCCAGCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104034 CCTGCATCAGCATGAGACAGCCAACCTGAAGCAGGAGCTGGCCAGCATTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AGGAGAAGGTGGCCTACCAGGCCTACGAGCGCTCGCGGGACATCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104084 AGGAGAAGGTGGCCTACCAGGCCTACGAGCGCTCGCGGGACATCCAGGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1039       GAAGCCTTGGAATCCTGCCAGACTCGCATTTCTAAGCTGGAGCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104134 ...CAGGAAGCCTTGGAATCCTGCCAGACTCGCATTTCTAAGCTGGAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CCACCAGCAAGAGCAGCAAGCTCTGCAGACAGACACCGTGAATGCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110831 CCACCAGCAAGAGCAGCAAGCTCTGCAGACAGACACCGTGAATGCTAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TTCTCCTGGGGAGGTGCATCAACGTGATCCTGGCCTTCATGACTGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110881 TTCTCCTGGGGAGGTGCATCAACGTGATCCTGGCCTTCATGACTGTCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TTAGTGTGTGTGTCCACCATCGCGAAGTTCGTCTCACCCATGATGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110931 TTAGTGTGTGTGTCCACCATCGCGAAGTTCGTCTCACCCATGATGAAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TCGCTGCCACATTCTTGGCACCTTCTTTGCCGTGACTCTTCTTGCTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110981 TCGCTGCCACATTCTTGGCACCTTCTTTGCCGTGACTCTTCTTGCTATAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 TTTGTAAAAACTGGGACCATATCCTGTGTGCCATAGAAAGGATGATAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111031 TTTGTAAAAACTGGGACCATATCCTGTGTGCCATAGAAAGGATGATAATA

   1350     .
   1333 CCAAGA
        ||||||
 111081 CCAAGA