seq1 = pF1KA1141.tfa, 2613 bp
seq2 = pF1KA1141/gi568815579f_49939159.tfa (gi568815579f:49939159_50147056), 207898 bp

>pF1KA1141 2613
>gi568815579f:49939159_50147056 (Chr19)

1-136  (99994-100129)   97% ->
137-226  (102572-102661)   100% ->
227-2613  (105512-107898)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAGGAATTTGTGACCCTCAAGGATGTCGGCATGGACTTCACCTT
         ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99994 GTGTTTCAGGAATTTGTGACCCTCAAGGATGTCGGCATGGACTTCACCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGAGACTGGGAGCAGCTCGGGCTGGAACAGGGGGACACGTTCTGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100044 GGGAGACTGGGAGCAGCTCGGGCTGGAACAGGGGGACACGTTCTGGGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGCGTTGGACAATTGCCAGGACCTCTTCCTGCTGG         ACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100094 CAGCGTTGGACAATTGCCAGGACCTCTTCCTGCTGGGTG...CAGACCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAAGACCCAACCTGACCTCCCACCCAGATGGCAGTGAAGATCTGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102577 CCAAGACCCAACCTGACCTCCCACCCAGATGGCAGTGAAGATCTGGAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTGGCAGGAGGAAGCCCAGAAGCAACAAGCCCTG         ATGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102627 TCTGGCAGGAGGAAGCCCAGAAGCAACAAGCCCTGGTG...CAGATGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGAGACCAAGAACTCTCCTCTGATGGAGGATTTCTTCGAAGAAGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105518 CTGAGACCAAGAACTCTCCTCTGATGGAGGATTTCTTCGAAGAAGGATTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCCCAGGAGATTATAGAGATGTTATCCAAGGATGGCTTCTGGAACTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105568 TCCCAGGAGATTATAGAGATGTTATCCAAGGATGGCTTCTGGAACTCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTTCGGAGAAGCCTGTATAGAGGACACCTGGTTAGATAGTTTGCTAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105618 TTTCGGAGAAGCCTGTATAGAGGACACCTGGTTAGATAGTTTGCTAGGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATCCAGAAAGTCTTCTGAGGTCTGATATTGCCACCAACGGGGAAAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105668 ATCCAGAAAGTCTTCTGAGGTCTGATATTGCCACCAACGGGGAAAGTCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACGGAATGCAAGAGTCATGAATTAAAGAGAGGACTCAGTCCTGTGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105718 ACGGAATGCAAGAGTCATGAATTAAAGAGAGGACTCAGTCCTGTGTCCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CGTTTCCACGGGAGAAGATTCCATGGTGCATAATGTTTCTGAAAAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105768 CGTTTCCACGGGAGAAGATTCCATGGTGCATAATGTTTCTGAAAAGACCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCACACCAGCTAAGTCTAAGGAATATAGGGGTGAGTTTTTCTCCTACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105818 TCACACCAGCTAAGTCTAAGGAATATAGGGGTGAGTTTTTCTCCTACTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GACCACAGCCAGCAGGATTCTGTTCAGGAAGGGGAGAAACCATATCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105868 GACCACAGCCAGCAGGATTCTGTTCAGGAAGGGGAGAAACCATATCAATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TAGTGAATGTGGGAAAAGCTTCAGTGGGAGTTACCGTCTTACCCAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105918 TAGTGAATGTGGGAAAAGCTTCAGTGGGAGTTACCGTCTTACCCAGCACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GGATCACTCATACTAGGGAGAAACCCACTGTCCATCAAGAGTGTGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105968 GGATCACTCATACTAGGGAGAAACCCACTGTCCATCAAGAGTGTGAGCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GGTTTTGACCGGAATGCTTCCCTTTCTGTGTATCCGAAAACTCACACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106018 GGTTTTGACCGGAATGCTTCCCTTTCTGTGTATCCGAAAACTCACACGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTACAAATTCTATGTGTGTAATGAATATGGGACAACTTTTAGTCAGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106068 CTACAAATTCTATGTGTGTAATGAATATGGGACAACTTTTAGTCAGAGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CATACCTGTGGCATCAGAAAACTCACACTGGAGAAAAACCATGTAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106118 CATACCTGTGGCATCAGAAAACTCACACTGGAGAAAAACCATGTAAGAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CAAGATAGTGACCACCCACCCAGTCATGACACACAGCCTGGTGAGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106168 CAAGATAGTGACCACCCACCCAGTCATGACACACAGCCTGGTGAGCATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GAAAACTCACACAGATAGTAAGTCCTACAACTGTAACGAATGCGGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106218 GAAAACTCACACAGATAGTAAGTCCTACAACTGTAACGAATGCGGCAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CTTTTACCCGGATCTTCCACCTTACTCGGCACCAGAAGATCCACACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106268 CTTTTACCCGGATCTTCCACCTTACTCGGCACCAGAAGATCCACACTCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AAACGCTATGAGTGTTCCAAGTGCCAGGCGACCTTCAACTTGAGAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106318 AAACGCTATGAGTGTTCCAAGTGCCAGGCGACCTTCAACTTGAGAAAACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CCTCATCCAACATCAGAAAACTCACGCTGCAAAAACTACCTCTGAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106368 CCTCATCCAACATCAGAAAACTCACGCTGCAAAAACTACCTCTGAGTGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AGGAGTGTGGGAAGATTTTTAGGCACAGTTCGCTGCTCATTGAACACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106418 AGGAGTGTGGGAAGATTTTTAGGCACAGTTCGCTGCTCATTGAACACCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GCTCTTCATGCTGGAGAGGAGCCTTATAAGTGTAACGAACGTGGGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106468 GCTCTTCATGCTGGAGAGGAGCCTTATAAGTGTAACGAACGTGGGAAATC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CTTCAGGCATAACTCTACCCTAAAGATCCATCAGAGGGTTCACAGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106518 CTTCAGGCATAACTCTACCCTAAAGATCCATCAGAGGGTTCACAGTGGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 AGAAGCCTTACAAATGCAGTGAGTGTGGGAAGGCCTTCCACCGGCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106568 AGAAGCCTTACAAATGCAGTGAGTGTGGGAAGGCCTTCCACCGGCACACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CACCTTAATGAACATCGGCGAATTCATACAGGCTACAGACCCCACAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106618 CACCTTAATGAACATCGGCGAATTCATACAGGCTACAGACCCCACAAATG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TCAGGAATGCGTCAGGAGTTTCAGCCGGCCCTCACATCTGATGCGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106668 TCAGGAATGCGTCAGGAGTTTCAGCCGGCCCTCACATCTGATGCGACATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 AGGCCATTCACACCGCAGAAAAGCCCTATAGCTGTGCTGAATGCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106718 AGGCCATTCACACCGCAGAAAAGCCCTATAGCTGTGCTGAATGCAAGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 ACTTTCAGCGATAACAATCGCCTTGTGCAACACCAGAAAATGCACACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106768 ACTTTCAGCGATAACAATCGCCTTGTGCAACACCAGAAAATGCACACTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 CAAAACCCCATATGAATGTCAGGAGTGCGGAGAACGCTTCATTTGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106818 CAAAACCCCATATGAATGTCAGGAGTGCGGAGAACGCTTCATTTGCGGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 CAACCCTGAAGTGCCACGAGAGTGTTCACGCCAGAGAAAAACAAGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106868 CAACCCTGAAGTGCCACGAGAGTGTTCACGCCAGAGAAAAACAAGGATTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 TTTGTGAGTGGGAAGATCTTGGATCAGAACCCAGAACAGAAAGAGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106918 TTTGTGAGTGGGAAGATCTTGGATCAGAACCCAGAACAGAAAGAGAAGTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 CTTTAAGTGTAACAAATGTGAGAAAACCTTTAGCTGCAGCAAATACCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106968 CTTTAAGTGTAACAAATGTGAGAAAACCTTTAGCTGCAGCAAATACCTAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 CTCAGCACGAGAGGATTCACACCAGGGGAATGAAGCCCTTTGAATGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 107018 CTCAGCACGAGAGGATTCACACCAGGGGAGTGAAGCCCTTTGAATGTGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 CAGTGTGGGAAAGCCTTTGGCCAAAGTACTCGGCTCATTCACCATCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107068 CAGTGTGGGAAAGCCTTTGGCCAAAGTACTCGGCTCATTCACCATCAAAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 AATCCACTCTAGAGTGAGGCTGTATAAATGGGGTGAGCAAGGGAAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107118 AATCCACTCTAGAGTGAGGCTGTATAAATGGGGTGAGCAAGGGAAAGCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 TCAGCAGTGCCTCCCTTATCAAACTTCAGTCCTTCCACACAAAGGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107168 TCAGCAGTGCCTCCCTTATCAAACTTCAGTCCTTCCACACAAAGGAGCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 CCTTTTAAATGTAACGAATGCGGAAAGACCTTCAGCCACAGTGCACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107218 CCTTTTAAATGTAACGAATGCGGAAAGACCTTCAGCCACAGTGCACACCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1983 CTCAAAACATCAGTTAATTCACGCTGGAGAGAATCCCTTTAAATGTAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107268 CTCAAAACATCAGTTAATTCACGCTGGAGAGAATCCCTTTAAATGTAGTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2033 AGTGTGACAGAGTCTTCACCCAGAGAAACTACCTTGTTCAGCATGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107318 AGTGTGACAGAGTCTTCACCCAGAGAAACTACCTTGTTCAGCATGAGCGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2083 ACTCATGCCAGAAAGAAGCCGTTGGTGTGTAACGAATGCGGGAAAACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107368 ACTCATGCCAGAAAGAAGCCGTTGGTGTGTAACGAATGCGGGAAAACGTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2133 CCGTCAGAGCTCATGCCTTTCTAAGCATCAGAGAATTCACTCAGGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107418 CCGTCAGAGCTCATGCCTTTCTAAGCATCAGAGAATTCACTCAGGTGAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2183 AGCCCTATGTATGTGATTACTGCGGGAAGGCCTTCGGCCTGAGTGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107468 AGCCCTATGTATGTGATTACTGCGGGAAGGCCTTCGGCCTGAGTGCTGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2233 CTTGTCCGCCACCAGAGAATTCACACTGGAGAAAAGCCTTATGTTTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107518 CTTGTCCGCCACCAGAGAATTCACACTGGAGAAAAGCCTTATGTTTGTCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2283 GGAATGCGGGAAAGCCTTCACCCAGAGCTCATGCCTTTCTATTCACCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107568 GGAATGCGGGAAAGCCTTCACCCAGAGCTCATGCCTTTCTATTCACCGGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2333 GAGTTCACACTGGGGAGAAGCCCTACAGATGTGGTGAATGTGGGAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107618 GAGTTCACACTGGGGAGAAGCCCTACAGATGTGGTGAATGTGGGAAAGCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2383 TTTGCCCAGAAAGCAAATCTAACACAGCACCAGAGAATTCACACAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107668 TTTGCCCAGAAAGCAAATCTAACACAGCACCAGAGAATTCACACAGGGGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2433 GAAGCCTTACTCCTGTAATGTGTGTGGCAAAGCTTTTGTCCTCAGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107718 GAAGCCTTACTCCTGTAATGTGTGTGGCAAAGCTTTTGTCCTCAGTGCCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2483 ATCTCAACCAGCACCTGAGAGTTCACACCCAGGAGACACTTTATCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107768 ATCTCAACCAGCACCTGAGAGTTCACACCCAGGAGACACTTTATCAGTGT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2533 CAACGTTGCCAGAAAGCCTTTCGGTGCCACTCGAGCCTCAGCCGCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107818 CAACGTTGCCAGAAAGCCTTTCGGTGCCACTCGAGCCTCAGCCGCCATCA

   2600     .    :    .    :    .    :
   2583 GCGTGTACACAACAAGCAGCAATACTGCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 107868 GCGTGTACACAACAAGCAGCAATACTGCCTG