seq1 = pF1KA1128.tfa, 3141 bp
seq2 = pF1KA1128/gi568815588f_84271053.tfa (gi568815588f:84271053_84614264), 343212 bp

>pF1KA1128 3141
>gi568815588f:84271053_84614264 (Chr10)

1-1417  (100001-101417)   100% ->
1418-1614  (102567-102763)   100% ->
1615-1705  (146719-146809)   100% ->
1706-1868  (154679-154841)   100% ->
1869-2064  (167460-167655)   100% ->
2065-2148  (192881-192964)   100% ->
2149-2235  (199320-199406)   100% ->
2236-2325  (206523-206612)   100% ->
2326-3141  (242397-243212)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGAAAAAACACAAATCAAGACATTTTTGGGTTCCAAGTTGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGAAAAAACACAAATCAAGACATTTTTGGGTTCCAAGTTGCCAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTATGGAACAAAATCTGTAAGAAGTACATTGCAGCCAATGCCAAATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTATGGAACAAAATCTGTAAGAAGTACATTGCAGCCAATGCCAAATGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACCTGTTAATTTATTAGGAACTTCCAAGAATAGTAATGTCAAAAGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACCTGTTAATTTATTAGGAACTTCCAAGAATAGTAATGTCAAAAGTTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCAAAAATAATGGCTCTGATTGTCCATCATCTCATTCATTTAATTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCAAAAATAATGGCTCTGATTGTCCATCATCTCATTCATTTAATTGGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAAGCAAATAAATATCAGCTTTGTGCACAAGGTGTCGAAGAGCCTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAAGCAAATAAATATCAGCTTTGTGCACAAGGTGTCGAAGAGCCTAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATACTCAAAATTCACATGATAAAATAATTGATCCTGAAAAACGTGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATACTCAAAATTCACATGATAAAATAATTGATCCTGAAAAACGTGTTCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACTCAAGGAATGTTTGATAAAAATGGGATAAAGGGAGGTTTGAAAAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACTCAAGGAATGTTTGATAAAAATGGGATAAAGGGAGGTTTGAAAAGTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTCTTTATTCACATCAAAGTTAGCAAAGCCATCCACTATGTTTGTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTCTTTATTCACATCAAAGTTAGCAAAGCCATCCACTATGTTTGTGTCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTACAGAGGAGTTAAACCAAAAGTCTTTTTCTGGACCATCTAATTTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTACAGAGGAGTTAAACCAAAAGTCTTTTTCTGGACCATCTAATTTGGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAATTCACCAAAGGCACATTATTAGGAAGGACTTCATATTCTTCGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAATTCACCAAAGGCACATTATTAGGAAGGACTTCATATTCTTCGATCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TACTCCAAAATCACAGTTGAATGGATTTTATGGAAACCGATCAGCTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TACTCCAAAATCACAGTTGAATGGATTTTATGGAAACCGATCAGCTGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCATGCAAAGGCCTAGAGCGAACTCCTGTGCCACCAGAAGCAGTTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCATGCAAAGGCCTAGAGCGAACTCCTGTGCCACCAGAAGCAGTTCTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAAAGCTTAGCTCAATCCCCAGACAGTAGTAAATCTATTAATTGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAAAGCTTAGCTCAATCCCCAGACAGTAGTAAATCTATTAATTGTGAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AATGGTAAGGTCACAAAGTTTTTCACATTCCATTCAGAATTCATTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AATGGTAAGGTCACAAAGTTTTTCACATTCCATTCAGAATTCATTCCTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CACCTTCATCTATAACCAGATCACATTCCTTTAATAGAGCTGTGGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CACCTTCATCTATAACCAGATCACATTCCTTTAATAGAGCTGTGGATCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACAAAGCCTTATCAGAACCAACAGCTATCCATTAGAGTGCCTCTACGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACAAAGCCTTATCAGAACCAACAGCTATCCATTAGAGTGCCTCTACGGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AAGTATGCTAACAAGAAATTCCCGGCAGCCAGAAGTACTCAATGGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AAGTATGCTAACAAGAAATTCCCGGCAGCCAGAAGTACTCAATGGGAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AACATTTGGGGTATGGATTTAATAGGCCTTATGCTGCTGGTGGAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AACATTTGGGGTATGGATTTAATAGGCCTTATGCTGCTGGTGGAAAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTGGCTTTACCAAATGGCCCAGGTGTAACTTCTACTTTAGGTTATAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTGGCTTTACCAAATGGCCCAGGTGTAACTTCTACTTTAGGTTATAGAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGTTCATCCCTCTCTACTGAAATCTAGCCGATCTCCATTTTCTGGGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGTTCATCCCTCTCTACTGAAATCTAGCCGATCTCCATTTTCTGGGACTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGACAGTTGATGGAAATAAAAATTCACCTGCTGACACATGTGTAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGACAGTTGATGGAAATAAAAATTCACCTGCTGACACATGTGTAGAGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GATGCTACAGTTTTGGCTAAGGACAGAGCTGCTAATAAGGACCAAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GATGCTACAGTTTTGGCTAAGGACAGAGCTGCTAATAAGGACCAAGAACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GATTGAAAATGAAAGTTATAGAACAAAAAACAACCAGACCATGAAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GATTGAAAATGAAAGTTATAGAACAAAAAACAACCAGACCATGAAACATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 ATGCTAAAATGAGATACCTGAGTGATGATGTGGATGACATTTCCTTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 ATGCTAAAATGAGATACCTGAGTGATGATGTGGATGACATTTCCTTGTCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TCTTTGTCATCTTCTGATAAGAATGATTTAAGTGAAGACTTTAGTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TCTTTGTCATCTTCTGATAAGAATGATTTAAGTGAAGACTTTAGTGATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TTTTATAGATATAGAAGACTCCAACAGAACTAGAATAACTCCAGAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TTTTATAGATATAGAAGACTCCAACAGAACTAGAATAACTCCAGAGGAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TGTCTCTCAAAGAAGAGAAACATGAAAATGGGCCACCACAGGATATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TGTCTCTCAAAGAAGAGAAACATGAAAATGGGCCACCACAGGATATGTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GATTCCCCCAAGGAAAATGAAAAAGCCTTCAGTAAAACTGATGAATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GATTCCCCCAAGGAAAATGAAAAAGCCTTCAGTAAAACTGATGAATGGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 AGATATAAGTGTCTCTG         ACAGGAGTGAATGTACAAAACATA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101401 AGATATAAGTGTCTCTGGTA...AAGACAGGAGTGAATGTACAAAACATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 CTTCTGGGAATAATTTGGTTTCACCAGATACAGACTACAGAGCTGGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102591 CTTCTGGGAATAATTTGGTTTCACCAGATACAGACTACAGAGCTGGTTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 TCGTTTGAACTCTCTCCATCTGATAGCTCTGATGGAACATACATGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102641 TCGTTTGAACTCTCTCCATCTGATAGCTCTGATGGAACATACATGTGGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 TGAAGAAGGCTTGGAACCCATTGGAAATGTCCATCCAGTTGGGAGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102691 TGAAGAAGGCTTGGAACCCATTGGAAATGTCCATCCAGTTGGGAGCTATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 AGTCCTCTGAAATGAACAGCATA         GATATTTTGAATAATCTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102741 AGTCCTCTGAAATGAACAGCATAGTA...CAGGATATTTTGAATAATCTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 GAATCATGTGACCTTGAGGATGATGATCTTATGCTTGATGTGGATCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146737 GAATCATGTGACCTTGAGGATGATGATCTTATGCTTGATGTGGATCTGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 TGAGGATGCACCTCTTGAAAATG         TGGAGTGTGACAATATGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 146787 TGAGGATGCACCTCTTGAAAATGGTA...TAGTGGAGTGTGACAATATGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 ACCGCTTTGACCGACCAGACAGAAATGTTCGGCAGCCTCAGGAAGGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154697 ACCGCTTTGACCGACCAGACAGAAATGTTCGGCAGCCTCAGGAAGGTTTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 TGGAAAAGGCCACCCCAGAGGTGGAGTGGACAGGAGCATTACCACCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154747 TGGAAAAGGCCACCCCAGAGGTGGAGTGGACAGGAGCATTACCACCTCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 CCACCCTGACCACTATCATCACCATGGAAAAAGTGACTTGAGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 154797 CCACCCTGACCACTATCATCACCATGGAAAAAGTGACTTGAGCAGGTA..

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1869     AGGCTCTCCCTATAGAGAATCTCCTTTGGGTCATTTTGAAAGCTAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154847 .CAGAGGCTCTCCCTATAGAGAATCTCCTTTGGGTCATTTTGAAAGCTAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 GGAGGGATGCCCTTTTTCCAGGCTCAGAAGATGTTTGTTGATGTACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167506 GGAGGGATGCCCTTTTTCCAGGCTCAGAAGATGTTTGTTGATGTACCAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 AAATACAGTGATACTGGATGAGATGACCCTTCGGCACATGGTTCAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167556 AAATACAGTGATACTGGATGAGATGACCCTTCGGCACATGGTTCAGGATT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015 GCACTGCTGTAAAAACTCAGTTACTCAAACTGAAACGTCTCCTGCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167606 GCACTGCTGTAAAAACTCAGTTACTCAAACTGAAACGTCTCCTGCATCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065          CATGATGGAAGTGGTTCATTGCATGATATTCAACTGTCATT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167656 GTG...CAGCATGATGGAAGTGGTTCATTGCATGATATTCAACTGTCATT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2106 GCCATCCAGTCCAGAACCAGAAGATGGTGATAAAGTATATAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 192922 GCCATCCAGTCCAGAACCAGAAGATGGTGATAAAGTATATAAGGTA...C

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2149   AATGAAGATTTATTAAATGAAATAAAACAACTTAAAGACGAAATAAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199318 AGAATGAAGATTTATTAAATGAAATAAAACAACTTAAAGACGAAATAAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2197 AAAAAAGATGAAAAGATCCAACTATTAGAACTTCAGCTT         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 199368 AAAAAAGATGAAAAGATCCAACTATTAGAACTTCAGCTTGTA...TAGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 AACTCAGCATATCTGCCACCAAAAATGTAAAGAGGAAAAATGCACTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206525 AACTCAGCATATCTGCCACCAAAAATGTAAAGAGGAAAAATGCACTTATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2288 CTGATAAATATACCCAAACACCCTGGAGACGAATTCCT         CCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 206575 CTGATAAATATACCCAAACACCCTGGAGACGAATTCCTGTA...CAGCCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2329 CAAGTACTACAGCCTTCCAGCAGCCTTCCCAGACCCACAGATCACACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242400 CAAGTACTACAGCCTTCCAGCAGCCTTCCCAGACCCACAGATCACACCCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2379 GGGAAAACTAATAAAGCCACAACGTATCGAGGCCCGCAGTGAATGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242450 GGGAAAACTAATAAAGCCACAACGTATCGAGGCCCGCAGTGAATGCTCAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2429 TCCAAGACATGCATCAGGGCGGTGCACATCCGGAAGAAAGCTTTACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242500 TCCAAGACATGCATCAGGGCGGTGCACATCCGGAAGAAAGCTTTACACAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2479 GTCTTGCACCAAGAAAGCAACTATGGTTTGGAAGAGCAGCCTTTTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242550 GTCTTGCACCAAGAAAGCAACTATGGTTTGGAAGAGCAGCCTTTTTCATC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2529 AGGCCCACAATTAACAATGGATGTGGCTAAGAGTACACCTTCTGAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242600 AGGCCCACAATTAACAATGGATGTGGCTAAGAGTACACCTTCTGAAGCAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2579 ACTTAAACATTACTGTAAATGCTCAAGAGCCTTATCATTTGGCAAACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242650 ACTTAAACATTACTGTAAATGCTCAAGAGCCTTATCATTTGGCAAACAAT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2629 CAAATTAGTGACATGCAGTTTATACCCACTTCTCTTCAGACACCTCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242700 CAAATTAGTGACATGCAGTTTATACCCACTTCTCTTCAGACACCTCCCGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2679 GTCAAGTACAGTAGACCAGGCTAAGAGAGTTGGAAGAAATCAGTCTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242750 GTCAAGTACAGTAGACCAGGCTAAGAGAGTTGGAAGAAATCAGTCTCCGC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2729 CAGTGGGTTATATGTCTCAGCCCAAGTCCTTGCAGCTTTTAAAGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242800 CAGTGGGTTATATGTCTCAGCCCAAGTCCTTGCAGCTTTTAAAGCCATCC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2779 ATATTGAGTTCTTTGGTACCGCCTCCAGTTTCTGAATCATCTCCAAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242850 ATATTGAGTTCTTTGGTACCGCCTCCAGTTTCTGAATCATCTCCAAGTAG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2829 GACTCCCACTTGTAAAAAGTCACCAATAATCACAACATGTAATTCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242900 GACTCCCACTTGTAAAAAGTCACCAATAATCACAACATGTAATTCAGCAA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2879 AACTTCAGCCAACATCTAGTCAAACAAATCTTGCAAATAATCAGAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242950 AACTTCAGCCAACATCTAGTCAAACAAATCTTGCAAATAATCAGAATCTG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2929 AAAGCATCTAAGCTCCGCCCCCCCTCAGGCTCTTTCAAACAAAAACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243000 AAAGCATCTAAGCTCCGCCCCCCCTCAGGCTCTTTCAAACAAAAACAAAC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2979 AAACAGCCCCCAACTAGAGCCTCAAAGCTTCCAGGCCAAGACAAGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243050 AAACAGCCCCCAACTAGAGCCTCAAAGCTTCCAGGCCAAGACAAGCATCC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3029 CAAGGCCACTAACACAACGAAAAGAAATCATGCAGAATCCAAATGGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243100 CAAGGCCACTAACACAACGAAAAGAAATCATGCAGAATCCAAATGGCAAT

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3079 TTGCATTCTGGGGATTGTTTGGCCTCTAATCGATATTCTCGTCTTCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243150 TTGCATTCTGGGGATTGTTTGGCCTCTAATCGATATTCTCGTCTTCCTAA

   3200     .    :
   3129 ACCAAAGATACAT
        |||||||||||||
 243200 ACCAAAGATACAT