seq1 = pF1KA1111.tfa, 3180 bp
seq2 = pF1KA1111/gi568815575r_53839161.tfa (gi568815575r:53839161_54142821), 303661 bp

>pF1KA1111 3180
>gi568815575r:53839161_54142821 (ChrX)

(complement)

1-16  (97932-97947)   100% ->
17-206  (100002-100191)   100% ->
207-292  (119979-120064)   100% ->
293-401  (120455-120563)   100% ->
402-562  (125001-125161)   100% ->
563-704  (126086-126227)   100% ->
705-891  (128259-128445)   100% ->
892-1054  (131538-131700)   100% ->
1055-1142  (140140-140227)   100% ->
1143-1249  (140561-140667)   100% ->
1250-1341  (142861-142952)   100% ->
1342-1431  (147040-147129)   100% ->
1432-1734  (148919-149221)   100% ->
1735-1838  (149983-150086)   100% ->
1839-2017  (154878-155056)   100% ->
2018-2103  (155659-155744)   100% ->
2104-2237  (156873-157006)   100% ->
2238-2551  (157595-157908)   100% ->
2552-2647  (179883-179978)   100% ->
2648-2757  (198579-198688)   100% ->
2758-3094  (202306-202642)   100% ->
3095-3180  (203576-203661)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACAGGAGCCGCG         CTATCGTCCAGAGAGGACGCGTGCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  97932 ATGAACAGGAGCCGCGGTG...TAGCTATCGTCCAGAGAGGACGCGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCCGCCTCCCGCCCCTCTTGACACGACGAACCTGGCCGGCCGCAGAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100027 GCCGCCTCCCGCCCCTCTTGACACGACGAACCTGGCCGGCCGCAGAACGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCAGGGCCGAGCGAAGATGGCCTCGGTGCCGGTGTATTGCCTCTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100077 TCCAGGGCCGAGCGAAGATGGCCTCGGTGCCGGTGTATTGCCTCTGCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGCCTTACGATGTGACCCGCTTCATGATCGAGTGTGACATGTGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100127 CTGCCTTACGATGTGACCCGCTTCATGATCGAGTGTGACATGTGCCAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGGTTTCATGGCAG         TTGTGTTGGTGTTGAAGAGGAGAAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100177 CTGGTTTCATGGCAGGTA...CAGTTGTGTTGGTGTTGAAGAGGAGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGCTGACATTGACCTCTACCACTGCCCCAACTGTGAAGTCTTGCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120005 CTGCTGACATTGACCTCTACCACTGCCCCAACTGTGAAGTCTTGCATGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCTCCATTA         TGAAAAAACGCCGTGGATCTTCAAAGGGGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 120055 CCCTCCATTAGTA...TAGTGAAAAAACGCCGTGGATCTTCAAAGGGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGATACACACAAGGGGAAACCAGTGAAGACCGGGAGCCCTACGTTCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120486 TGATACACACAAGGGGAAACCAGTGAAGACCGGGAGCCCTACGTTCGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAGAGCTCCGGAGTAGGACTTTTGACAG         CTCAGATGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 120536 GAGAGCTCCGGAGTAGGACTTTTGACAGGTG...CAGCTCAGATGAAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATTCTGAAGCCCACTGGAAATCAACTGACCGTGGAATTCCTGGAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125014 ATTCTGAAGCCCACTGGAAATCAACTGACCGTGGAATTCCTGGAAGAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAGCTTCAGTGTGCCCATCCTGGTCCTGAAGAAGGATGGGTTGGGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125064 TAGCTTCAGTGTGCCCATCCTGGTCCTGAAGAAGGATGGGTTGGGCATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CGCTGCCCTCGCCATCATTCACTGTGAGGGATGTTGAACACTATGTTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 125114 CGCTGCCCTCGCCATCATTCACTGTGAGGGATGTTGAACACTATGTTGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    563        GTTCTGACAAAGAGATTGATGTGATTGATGTGACCCGCCAGGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125164 A...CAGGTTCTGACAAAGAGATTGATGTGATTGATGTGACCCGCCAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGACTGCAAGATGAAGCTTGGTGATTTTGTGAAATACTATTACAGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126129 TGACTGCAAGATGAAGCTTGGTGATTTTGTGAAATACTATTACAGCGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGAGGGAGAAAGTCCTCAATGTCATTAGTTTGGAATTCTCTGATACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 126179 AGAGGGAGAAAGTCCTCAATGTCATTAGTTTGGAATTCTCTGATACCAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705         ACTTTCTAACCTTGTGGAGACACCGAAGATTGTTCGAAAGCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126229 TA...TAGACTTTCTAACCTTGTGGAGACACCGAAGATTGTTCGAAAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTCATGGGTCGAAAACTTGTGGCCAGAGGAATGTGTCTTTGAGAGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128301 GTCATGGGTCGAAAACTTGTGGCCAGAGGAATGTGTCTTTGAGAGACCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGTACAGAAGTACTGCCTCATGAGTGTGCGAGATAGCTATACAGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128351 ATGTACAGAAGTACTGCCTCATGAGTGTGCGAGATAGCTATACAGACTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CACATTGACTTTGGTGGCACCTCTGTCTGGTACCATGTACTCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 128401 CACATTGACTTTGGTGGCACCTCTGTCTGGTACCATGTACTCAAGGTA..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892     GGTGAAAAGATCTTCTACCTGATCCGCCCAACAAATGCCAATCTGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128451 .CAGGGTGAAAAGATCTTCTACCTGATCCGCCCAACAAATGCCAATCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTCTCTTTGAGTGCTGGAGCAGTTCCTCTAATCAGAATGAGATGTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131584 CTCTCTTTGAGTGCTGGAGCAGTTCCTCTAATCAGAATGAGATGTTCTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGGGACCAGGTGGACAAGTGCTACAAGTGTTCCGTGAAGCAAGGACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131634 GGGGACCAGGTGGACAAGTGCTACAAGTGTTCCGTGAAGCAAGGACAGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ACTTTTCATTCCCACAG         GGTGGATCCATGCTGTGCTGACGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 131684 ACTTTTCATTCCCACAGGTC...CAGGGTGGATCCATGCTGTGCTGACGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTGTGGACTGCCTTGCCTTTGGAGGGAACTTCTTACACAGCCTTAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140164 CTGTGGACTGCCTTGCCTTTGGAGGGAACTTCTTACACAGCCTTAACATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGATGCAGCTCAA         AGCCTATGAGATTGAGAAGCGGCTGAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 140214 GAGATGCAGCTCAAGTG...TAGAGCCTATGAGATTGAGAAGCGGCTGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CACAGCAGACCTCTTCAGATTCCCCAACTTTGAGACCATCTGTTGGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140588 CACAGCAGACCTCTTCAGATTCCCCAACTTTGAGACCATCTGTTGGTATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGGGAAAGCACATCCTGGACATCTTTCGCG         GTTTGCGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 140638 TGGGAAAGCACATCCTGGACATCTTTCGCGGTA...TAGGTTTGCGAGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AACAGGAGACACCCTGCCTCCTACCTGGTCCATGGTGGCAAAGCCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142872 AACAGGAGACACCCTGCCTCCTACCTGGTCCATGGTGGCAAAGCCTTGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTTGGCCTTTAGAGCCTGGACAAGGAAAGAA         GCTCTGCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 142922 CTTGGCCTTTAGAGCCTGGACAAGGAAAGAAGTA...CAGGCTCTGCCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACCATGAGGATGAGATCCCGGAGACAGTGCGAACCGTACAGCTCATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147050 ACCATGAGGATGAGATCCCGGAGACAGTGCGAACCGTACAGCTCATTAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GATCTGGCCAGGGAGATCCGCCTGGTGGAA         GACATCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 147100 GATCTGGCCAGGGAGATCCGCCTGGTGGAAGTA...TAGGACATCTTCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 ACAGAACGTTGGGAAGACGAGCAATATCTTTGGGCTGCAGAGGATCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148930 ACAGAACGTTGGGAAGACGAGCAATATCTTTGGGCTGCAGAGGATCTTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CAGCCGGCTCCATTCCCCTAACCAGGCCAGCCCATTCCACTTCAGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148980 CAGCCGGCTCCATTCCCCTAACCAGGCCAGCCCATTCCACTTCAGTGTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 ATGTCCAGGCTGTCACTGCCCTCCAAAAATGGTTCAAAGAAGAAAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149030 ATGTCCAGGCTGTCACTGCCCTCCAAAAATGGTTCAAAGAAGAAAGGCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GAAGCCCAAGGAACTCTTCAAGAAGGCAGAGCGAAAGGGCAAGGAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149080 GAAGCCCAAGGAACTCTTCAAGAAGGCAGAGCGAAAGGGCAAGGAGAGTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CAGCCTTGGGGCCTGCTGGCCAGTTGAGCTATAATCTCATGGACACATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149130 CAGCCTTGGGGCCTGCTGGCCAGTTGAGCTATAATCTCATGGACACATAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AGTCATCAGGCACTGAAGACAGGCTCTTTCCAGAAAGCAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 149180 AGTCATCAGGCACTGAAGACAGGCTCTTTCCAGAAAGCAAAGGTG...CA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1735  TTCAACATCACTGGTGCCTGCTTGAATGACTCAGATGACGACTCACCAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149982 GTTCAACATCACTGGTGCCTGCTTGAATGACTCAGATGACGACTCACCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 ACTTGGACCTTGATGGAAATGAGAGCCCATTGGCCCTATTGATGTCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150032 ACTTGGACCTTGATGGAAATGAGAGCCCATTGGCCCTATTGATGTCTAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GGCAG         TACGAAAAGGGTGAAGAGTTTATCCAAATCTCGGCG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150082 GGCAGGTG...CAGTACGAAAAGGGTGAAGAGTTTATCCAAATCTCGGCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 AACCAAGATAGCAAAGAAGGTAGACAAGGCTAGGCTGATGGCAGAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154914 AACCAAGATAGCAAAGAAGGTAGACAAGGCTAGGCTGATGGCAGAACAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TGATGGAAGACGAATTTGACTTGGATTCAGATGATGAGCTGCAGATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154964 TGATGGAAGACGAATTTGACTTGGATTCAGATGATGAGCTGCAGATTGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GAGAGATTGGGAAAGGAGAAGGCGACCCTGATAATAAGACCAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 155014 GAGAGATTGGGAAAGGAGAAGGCGACCCTGATAATAAGACCAAGTG...T

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2018   AATTTCCCCGGAAATTGCCCCGTGCGAAGCCTTGCTCTGACCCCAACC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155657 AGAATTTCCCCGGAAATTGCCCCGTGCGAAGCCTTGCTCTGACCCCAACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 GAGTTCGTGAACCAGGAGAAGTTGAGTTTGACATTGAG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 155707 GAGTTCGTGAACCAGGAGAAGTTGAGTTTGACATTGAGGTA...CAGGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GACTATACAACAGATGAGGACATGGTGGAAGGGGTTGAAGGCAAGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156876 GACTATACAACAGATGAGGACATGGTGGAAGGGGTTGAAGGCAAGCTTGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 GAATGGTAGTGGCGCTGGTGGCATTCTTGATCTGCTCAAGGCCAGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156926 GAATGGTAGTGGCGCTGGTGGCATTCTTGATCTGCTCAAGGCCAGCAGGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 AGGTGGGGGGACCTGACTATGCTGCCCTCAC         CGAGGCCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 156976 AGGTGGGGGGACCTGACTATGCTGCCCTCACGTG...CAGCGAGGCCCCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GCTTCTCCCAGCACTCAGGAGGCCATCCAGGGCATGCTGTGCATGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157605 GCTTCTCCCAGCACTCAGGAGGCCATCCAGGGCATGCTGTGCATGGCCAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 CCTGCAGTCCTCATCGTCCTCACCGGCTACCTCTAGCCTGCAGGCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157655 CCTGCAGTCCTCATCGTCCTCACCGGCTACCTCTAGCCTGCAGGCCTGGT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 GGACTGGGGGACAGGATCGAAGCAGTGGGAGCTCCAGCAGTGGGCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157705 GGACTGGGGGACAGGATCGAAGCAGTGGGAGCTCCAGCAGTGGGCTGGGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 ACAGTGTCTAACAGTCCTGCTTCCCAGCGCACCCCAGGGAAGCGGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157755 ACAGTGTCTAACAGTCCTGCTTCCCAGCGCACCCCAGGGAAGCGGCCCAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 CAAGCGGCCAGCATACTGGAGAACCGAGAGCGAGGAGGAGGAGGAGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157805 CAAGCGGCCAGCATACTGGAGAACCGAGAGCGAGGAGGAGGAGGAGAACG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 CCAGTCTGGATGAACAGGACAGCTTGGGAGCGTGCTTCAAGGATGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157855 CCAGTCTGGATGAACAGGACAGCTTGGGAGCGTGCTTCAAGGATGCAGAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 TATA         TCTATCCTTCACTGGAGTCTGATGATGATGACCCTGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157905 TATAGTA...CAGTCTATCCTTCACTGGAGTCTGATGATGATGACCCTGC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 TTTGAAATCTCGACCCAAGAAAAAGAAGAATTCAGATGATGCTCCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179920 TTTGAAATCTCGACCCAAGAAAAAGAAGAATTCAGATGATGCTCCATGGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2639 GTCCTAAAG         CCCGCGTGACCCCAACTCTGCCGAAGCAGGAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 179970 GTCCTAAAGGTA...CAGCCCGCGTGACCCCAACTCTGCCGAAGCAGGAC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2680 CGTCCTGTGCGTGAGGGGACCCGGGTAGCCTCTATTGAGACAGGTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198611 CGTCCTGTGCGTGAGGGGACCCGGGTAGCCTCTATTGAGACAGGTTTGGC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2730 TGCAGCAGCTGCAAAGCTGGCCCAGCAG         GAGCTACAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 198661 TGCAGCAGCTGCAAAGCTGGCCCAGCAGGTA...CAGGAGCTACAGAAGG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2771 CCCAAAAGAAGAAATATATCAAGAAGAAGCCTTTGCTGAAGGAGGTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202319 CCCAAAAGAAGAAATATATCAAGAAGAAGCCTTTGCTGAAGGAGGTAGAA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2821 CAGCCTCGCCCTCAAGACTCCAATCTCAGTCTGACAGTACCAGCCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202369 CAGCCTCGCCCTCAAGACTCCAATCTCAGTCTGACAGTACCAGCCCCCAC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2871 TGTGGCTGCCACACCACAACTTGTCACCTCCTCCTCACCCCTGCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202419 TGTGGCTGCCACACCACAACTTGTCACCTCCTCCTCACCCCTGCCTCCTC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2921 CTGAGCCTAAACAAGAGGCCCTGTCAGGAAGTCTCGCTGACCATGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202469 CTGAGCCTAAACAAGAGGCCCTGTCAGGAAGTCTCGCTGACCATGAGTAC

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2971 ACCGCTCGTCCCAATGCCTTTGGCATGGCCCAGGCAAACCGCAGCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202519 ACCGCTCGTCCCAATGCCTTTGGCATGGCCCAGGCAAACCGCAGCACCAC

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3021 ACCTATGGCCCCCGGTGTCTTCTTGACCCAGCGGCGCCCTTCAGTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202569 ACCTATGGCCCCCGGTGTCTTCTTGACCCAGCGGCGCCCTTCAGTTGGCT

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3071 CCCAGAGCAATCAGGCAGGACAAG         GAAAGCGTCCCAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 202619 CCCAGAGCAATCAGGCAGGACAAGGTA...CAGGAAAGCGTCCCAAAAAG

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3112 GGCCTGGCCACAGCAAAGCAGAGACTCGGCCGTATCCTGAAAATCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203593 GGCCTGGCCACAGCAAAGCAGAGACTCGGCCGTATCCTGAAAATCCACAG

   3350     .    :    .
   3162 AAATGGCAAACTACTTCTG
        |||||||||||||||||||
 203643 AAATGGCAAACTACTTCTG