seq1 = pF1KA1106.tfa, 3396 bp
seq2 = pF1KA1106/gi568815596r_1691870.tfa (gi568815596r:1691870_2079777), 387908 bp

>pF1KA1106 3396
>gi568815596r:1691870_2079777 (Chr2)

(complement)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-89  (100224-100257)   100% ->
90-152  (100551-100613)   100% ->
153-327  (136444-136617)   98% ->
328-349  (136775-136796)   100% ->
350-1321  (156515-157486)   99% ->
1322-1456  (162439-162573)   100% ->
1457-1547  (167668-167758)   100% ->
1548-1655  (169431-169538)   100% ->
1656-1870  (176484-176698)   100% ->
1871-2121  (187491-187741)   100% ->
2122-2358  (190301-190537)   100% ->
2359-2480  (192169-192290)   100% ->
2481-2549  (193171-193239)   100% ->
2550-2612  (228075-228137)   100% ->
2613-2696  (238935-239018)   100% ->
2697-2918  (240408-240629)   99% ->
2919-3010  (270611-270702)   100% ->
3011-3114  (277979-278082)   100% ->
3115-3258  (287314-287457)   100% ->
3259-3396  (287771-287908)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGTGGACACCGAGGAGAAGCGGCATCGCACGCGGTCCAAAGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGTGGACACCGAGGAGAAGCGGCATCGCACGCGGTCCAAAGGGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCGAG         TTCCCGTGGAACCAGCCATACAAGAGCTGTTCAG  
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100051 TCGAGGTA...CAGTTCCCGTGGAACCAGCCATACAAGAGCTGTTCAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     90        CTGTCCCACCCCTGGCTGTGACGGCAGTGGTCATGTCAGTGGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100260 T...CAGCTGTCCCACCCCTGGCTGTGACGGCAGTGGTCATGTCAGTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAATATGCAAGACACAGAAG         TGTATATGGTTGTCCCTTGGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100594 AAATATGCAAGACACAGAAGGTA...TAGTGTATATGGTTGTCCCTTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 GAAAAAAAGAAAAACACAAGATAAACAGCCCCAGGAACCTGCTCCTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136465 GAAAAAAAGAAAAACACAAGATAAACAGCCCCAGGAACCTGCTCCTAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GAAAGCCATTTGCCGTGAAAGCAGACAGCTCCTCAGTGGATGAGTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136515 GAAAGCCATTTGCCGTGAAAGCAGACAGCTCCTCAGTGGATGAGTGTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GACAGTGATGGGACTGAAGACATGGATGAGAAGGAGGAGGATGAGGGGGA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 136565 GACAGTGATGGGACTGAGGACATGGATGAGAAGGAGGAGGATGAGGGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAG         GAGGAAGAGGAAGAAGAAAACG         AAGACC
        |||->>>...>>>||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 136615 GGA GTA...GAGGAGGAAGAGGAAGAAGAAAACGGTA...CAGAAGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 ATCAAATGAATTGTCACAATACTCGAATAATGCAAGACACAGAAAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156521 ATCAAATGAATTGTCACAATACTCGAATAATGCAAGACACAGAAAAGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GATAACAATAATGACGAATATGACAATTACGATGAACTGGTGGCCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156571 GATAACAATAATGACGAATATGACAATTACGATGAACTGGTGGCCAAGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATTGTTAAACCTCGGCAAAATCGCTGAGGATGCAGCCTACCGGGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156621 ATTGTTAAACCTCGGCAAAATCGCTGAGGATGCAGCCTACCGGGCCAGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTGAGTCAGAAATGAACAGCAATACCTCCAATAGTCTGGAAGACGATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156671 CTGAGTCAGAAATGAACAGCAATACCTCCAATAGTCTGGAAGACGATAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GACAAAAACGAAAACCTGGGTCGGAAAAGTGAGTTGAGTTTAGACTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156721 GACAAAAACGAAAACCTGGGTCGGAAAAGTGAGTTGAGTTTAGACTTAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAGTGATGTTGTTAGAGAAACAGTGGACTCCCTTAAACTATTAGCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156771 CAGTGATGTTGTTAGAGAAACAGTGGACTCCCTTAAACTATTAGCCCAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GACACGGTGTTGTGCTCTCAGAAAACATGAATGACAGAAATTATGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156821 GACACGGTGTTGTGCTCTCAGAAAACATGAATGACAGAAATTATGCAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGCATGTCGCAGCAAGACAGTAGAAATATGAATTACGTCATGTTGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156871 AGCATGTCGCAGCAAGACAGTAGAAATATGAATTACGTCATGTTGGGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCCCATGAACAACGGACTCATGGAAAAGATGGTGGAGGAGAGCGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156921 GCCCATGAACAACGGACTCATGGAAAAGATGGTGGAGGAGAGCGATGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGGTGTGTCTGAGCAGTCTGGAGTGTTTGAGGAATCAGTGCTTCGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156971 AGGTGTGTCTGAGCAGTCTGGAGTGTTTGAGGAATCAGTGCTTCGACCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCCAGGAAGCTCAGTGAGACCAACCCGCAGGAGAGGAATCCGCAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157021 GCCAGGAAGCTCAGTGAGACCAACCCGCAGGAGAGGAATCCGCAGCAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CATGAACATCCGTCAGCATGTCCGGCCAGAAGAGGACTTCCCAGGAAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 157071 CATGAACATCCGTCAGCATGTCCGGCCAGAAGAGGACTTCCCCGGAAGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CGCCGGACAGAAACTACTCGGACATGCTGAACCTCATGCGGCTGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157121 CGCCGGACAGAAACTACTCGGACATGCTGAACCTCATGCGGCTGGAGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CAGTTGAGCCCCCGGTCGAGAGTGTTTGCCAGCTGTGCGAAGGAGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157171 CAGTTGAGCCCCCGGTCGAGAGTGTTTGCCAGCTGTGCGAAGGAGGATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GTGTCATGAGCGGGACGACGATACCACCTCTGTGAACTCGGACAGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157221 GTGTCATGAGCGGGACGACGATACCACCTCTGTGAACTCGGACAGGTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AAGAGGTGTTCGACATGACCAAGGGGAACCTGACCCTGCTGGAGAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157271 AAGAGGTGTTCGACATGACCAAGGGGAACCTGACCCTGCTGGAGAAAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 ATCGCTTTGGAAACGGAAAGAGCAAAGGCCATGAGGGAGAAGATGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157321 ATCGCTTTGGAAACGGAAAGAGCAAAGGCCATGAGGGAGAAGATGGCCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GGAAGCTGGGAGGAGGGACAATATGAGGTCATATGAGGACCAGTCTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157371 GGAAGCTGGGAGGAGGGACAATATGAGGTCATATGAGGACCAGTCTCCGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GACAACTTCCCGGGGAGGACAGAAAGCCTAAATCCAGTGACAGCCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157421 GACAACTTCCCGGGGAGGACAGAAAGCCTAAATCCAGTGACAGCCATGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 AAAAAGCCATACTATG         ATCCCTCAAGAACAGAAAAGAAAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 157471 AAAAAGCCATACTATGGTA...TAGATCCCTCAAGAACAGAAAAGAAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GAGCAAGTGTCCAACCCCCGGGTGTGATGGAACCGGCCACGTAACTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162464 GAGCAAGTGTCCAACCCCCGGGTGTGATGGAACCGGCCACGTAACTGGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TGTACCCACATCACCGCAGCCTGTCCGGATGCCCGCACAAAGATAGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162514 TGTACCCACATCACCGCAGCCTGTCCGGATGCCCGCACAAAGATAGGGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 CCTCCAGAAA         TCCTTGCCATGCATGAAAGTGTCCTCAAGTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 162564 CCTCCAGAAAGTA...AAGTCCTTGCCATGCATGAAAGTGTCCTCAAGTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CCCCACTCCGGGCTGCACGGGGCGCGGGCATGTCAACAGCAACAGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167699 CCCCACTCCGGGCTGCACGGGGCGCGGGCATGTCAACAGCAACAGGAACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CCCACCGAAG         CCTCTCCGGATGCCCGATCGCTGCAGCAGAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 167749 CCCACCGAAGGTA...CAGCCTCTCCGGATGCCCGATCGCTGCAGCAGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 AAACTGGCCAAGGCACAGGAAAAGCACCAGAGCTGCGACGTGTCCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169462 AAACTGGCCAAGGCACAGGAAAAGCACCAGAGCTGCGACGTGTCCAAGTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CAGCCAGGCCTCGGACCGCGTGCTCAG         GCCAATGTGCTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 169512 CAGCCAGGCCTCGGACCGCGTGCTCAGGTA...CAGGCCAATGTGCTTTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TGAAGCAGCTGGAGATTCCTCAGTATGGCTACAGAAACAATGTCCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176498 TGAAGCAGCTGGAGATTCCTCAGTATGGCTACAGAAACAATGTCCCCACA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 ACTACGCCGCGTTCCAACCTGGCCAAGGAGCTCGAGAAATATTCCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176548 ACTACGCCGCGTTCCAACCTGGCCAAGGAGCTCGAGAAATATTCCAAGAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CTCGTTTGAATACAACAGTTACGACAACCATACTTATGGCAAGCGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176598 CTCGTTTGAATACAACAGTTACGACAACCATACTTATGGCAAGCGAGCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 TAGCTCCCAAGGTGCAAACCAGGGATATATCCCCCAAAGGATATGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176648 TAGCTCCCAAGGTGCAAACCAGGGATATATCCCCCAAAGGATATGATGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 G         CGAAGCGGTACTGCAAGGACCCCAGCCCCAGCAGCAGCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176698 GGTA...CAGCGAAGCGGTACTGCAAGGACCCCAGCCCCAGCAGCAGCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 CACCAGCAGCTACGCGCCCAGCAGCAGCAGCAACCTGAGCTGCGGCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187531 CACCAGCAGCTACGCGCCCAGCAGCAGCAGCAACCTGAGCTGCGGCGGGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 GCAGCAGCGCCAGCAGCACGTGCAGCAAGAGCAGCTTCGACTACACGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187581 GCAGCAGCGCCAGCAGCACGTGCAGCAAGAGCAGCTTCGACTACACGCAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 GACATGGAGGCGGCCCACATGGCGGCCACCGCCATCCTCAACCTGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187631 GACATGGAGGCGGCCCACATGGCGGCCACCGCCATCCTCAACCTGTCCAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 GCGCTGCCGCGAGATGCCGCAGAACCTGAGCACCAAGCCGCAGGACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187681 GCGCTGCCGCGAGATGCCGCAGAACCTGAGCACCAAGCCGCAGGACCTGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 GCGCCACGCGG         AACCCTGACATGGAGGTGGATGAGAACGGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 187731 GCGCCACGCGGGTA...CAGAACCCTGACATGGAGGTGGATGAGAACGGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 ACCCTGGACCTCAGCATGAACAAGCAGAGGCCGCGGGACAGCTGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190331 ACCCTGGACCTCAGCATGAACAAGCAGAGGCCGCGGGACAGCTGCTGCCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 CATCCTGACCCCTCTGGAGCCCATGTCCCCCCAGCAGCAGGCAGTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190381 CATCCTGACCCCTCTGGAGCCCATGTCCCCCCAGCAGCAGGCAGTGATGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 ACAACCGGTGTTTCCAGCTGGGCGAGGGCGACTGCTGGGACTTGCCCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190431 ACAACCGGTGTTTCCAGCTGGGCGAGGGCGACTGCTGGGACTTGCCCGTA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302 GACTACACCAAAATGAAACCCCGGAGGATAGACGAGGACGAGTCCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190481 GACTACACCAAAATGAAACCCCGGAGGATAGACGAGGACGAGTCCAAAGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2352 CATTACT         CCAGAAGACTTGGACCCATTCCAGGAGGCTCTAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190531 CATTACTGTA...CAGCCAGAAGACTTGGACCCATTCCAGGAGGCTCTAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 AAGAAAGACGGTATCCCGGGGAGGTGACCATCCCAAGTCCCAAACCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192203 AAGAAAGACGGTATCCCGGGGAGGTGACCATCCCAAGTCCCAAACCCAAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 TACCCTCAGTGCAAGGAGAGCAAAAAGGACTTAATAAC         TCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 192253 TACCCTCAGTGCAAGGAGAGCAAAAAGGACTTAATAACGTA...CAGTCT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2484 GTCTGGCTGCCCCCTGGCGGACAAAAGCATTCGAAGTATGCTGGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193174 GTCTGGCTGCCCCCTGGCGGACAAAAGCATTCGAAGTATGCTGGCCACCA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2534 GCTCCCAAGAACTCAA         GTGCCCCACGCCTGGCTGTGATGGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 193224 GCTCCCAAGAACTCAAGTA...TAGGTGCCCCACGCCTGGCTGTGATGGT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2575 TCTGGACATATCACCGGCAATTATGCTTCTCATCGGAG         CCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 228100 TCTGGACATATCACCGGCAATTATGCTTCTCATCGGAGGTA...TAGCCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2616 TTCAGGTTGCCCAAGAGCAAAGAAAAGTGGTATCAGGATAGCACAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238938 TTCAGGTTGCCCAAGAGCAAAGAAAAGTGGTATCAGGATAGCACAGAGCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2666 AAGAAGATAAAGAAGATCAAGAACCCATCAG         GTGTCCGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 238988 AAGAAGATAAAGAAGATCAAGAACCCATCAGGTA...CAGGTGTCCGGTC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2707 CCCGGGTGCGACGGCCAGGGCCACATCACTGGGAAGTACGCGTCCCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240418 CCCGGGTGCGACGGCCAGGGCCACATCACTGGGAAGTACGCGTCCCATCG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2757 CAGCGCCTCCGGGTGCCCCTTGGCGGCCAAGAGGCAGAAAGACGGGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240468 CAGCGCCTCCGGGTGCCCCTTGGCGGCCAAGAGGCAGAAAGACGGGTACC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2807 TGAATGGCTCCCAGTTCTCCTGGAAGTCGGTCAAGACGGAAGGCATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240518 TGAATGGCTCCCAGTTCTCCTGGAAGTCGGTCAAGACGGAAGGCATGTCC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2857 TGCCCCACGCCAGGGTGCGACGGCTCAGGCCACGTCAGCGGCAGCTTCCT
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240568 TGCCCCACGCCAGGATGCGACGGCTCAGGCCACGTCAGCGGCAGCTTCCT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2907 CACACACCGCAG         CTTGTCAGGATGCCCGAGAGCCACGTCAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 240618 CACACACCGCAGGTG...CAGCTTGTCAGGATGCCCGAGAGCCACGTCAG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2948 CGATGAAGAAGGCAAAGCTTTCTGGAGAGCAGATGCTGACCATCAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270640 CGATGAAGAAGGCAAAGCTTTCTGGAGAGCAGATGCTGACCATCAAACAG

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2998 CGGGCCAGCAACG         GTATAGAAAATGATGAAGAAATCAAACA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 270690 CGGGCCAGCAACGGTG...CAGGTATAGAAAATGATGAAGAAATCAAACA

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3039 GTTAGATGAAGAAATCAAGGAGCTAAATGAATCCAATTCCCAGATGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278007 GTTAGATGAAGAAATCAAGGAGCTAAATGAATCCAATTCCCAGATGGAAG

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3089 CCGATATGATTAAACTCAGAACTCAG         ATTACCACGATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 278057 CCGATATGATTAAACTCAGAACTCAGGTA...CAGATTACCACGATGGAG

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3130 AGCAACCTGAAGACCATCGAAGAGGAGAACAAAGTGATTGAGCAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287329 AGCAACCTGAAGACCATCGAAGAGGAGAACAAAGTGATTGAGCAGCAGAA

   3350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3180 CGAGTCTCTCCTCCACGAGCTGGCGAACCTGAGCCAGTCTCTGATCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287379 CGAGTCTCTCCTCCACGAGCTGGCGAACCTGAGCCAGTCTCTGATCCACA

   3400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3230 GCCTGGCTAACATCCAGCTGCCGCACATG         GATCCAATCAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 287429 GCCTGGCTAACATCCAGCTGCCGCACATGGTA...TAGGATCCAATCAAT

   3450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3271 GAACAAAATTTTGATGCTTACGTGACTACTTTGACGGAAATGTATACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287783 GAACAAAATTTTGATGCTTACGTGACTACTTTGACGGAAATGTATACAAA

   3500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3321 TCAAGATCGTTATCAGAGTCCAGAAAATAAAGCCCTACTGGAAAATATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287833 TCAAGATCGTTATCAGAGTCCAGAAAATAAAGCCCTACTGGAAAATATAA

   3550     .    :    .    :    .
   3371 AGCAGGCTGTGAGAGGAATTCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||
 287883 AGCAGGCTGTGAGAGGAATTCAGGTC