seq1 = pF1KA1104.tfa, 3111 bp
seq2 = pF1KA1104/gi568815588r_3038036.tfa (gi568815588r:3038036_3272772), 234737 bp

>pF1KA1104 3111
>gi568815588r:3038036_3272772 (Chr10)

(complement)

1-56  (100001-100056)   100% ->
57-159  (102567-102669)   100% ->
160-266  (105731-105837)   100% ->
267-418  (106393-106544)   99% ->
419-533  (107246-107360)   100% ->
534-630  (107439-107535)   100% ->
631-791  (108888-109048)   99% ->
792-918  (112443-112569)   100% ->
919-1007  (112837-112925)   98% ->
1008-1136  (113731-113859)   100% ->
1137-1250  (114620-114733)   99% ->
1251-1347  (115242-115338)   100% ->
1348-1482  (115709-115843)   100% ->
1483-1621  (117044-117182)   100% ->
1622-1738  (121410-121526)   100% ->
1739-1871  (123020-123152)   100% ->
1872-1992  (124482-124602)   100% ->
1993-2069  (124710-124786)   100% ->
2070-2235  (125036-125201)   100% ->
2236-2336  (125523-125623)   99% ->
2337-2457  (127057-127177)   100% ->
2458-2532  (128407-128481)   100% ->
2533-2645  (129272-129384)   100% ->
2646-2771  (131961-132086)   100% ->
2772-2917  (133724-133869)   100% ->
2918-3020  (134436-134538)   100% ->
3021-3111  (134649-134738)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCGCTGCGGCGGGCGGCAGGGCCTGTGTGTGCTGAGGCGGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGCGCTGCGGCGGGCGGCAGGGCCTGTGTGTGCTGAGGCGGCTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCGG         ACATGCACACCACAGAGCGTGGCGATGGAACAGTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCGGGTG...TAGACATGCACACCACAGAGCGTGGCGATGGAACAGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCGGGCTTGTGAGAGGGCTCTGCAGTATAAACTAGGAGACAAGATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102602 ACCGGGCTTGTGAGAGGGCTCTGCAGTATAAACTAGGAGACAAGATCCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGATTCACCGTAAACCAG         GTGACATCTGTTCCCGAGCTGTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102652 GGATTCACCGTAAACCAGGTA...CAGGTGACATCTGTTCCCGAGCTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTGACTGCAGTGAAGCTCACCCATGATGACACAGGAGCCAGGTATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105754 CCTGACTGCAGTGAAGCTCACCCATGATGACACAGGAGCCAGGTATTTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCTGGCCAGAGAAGACACGAATAATCTGTTCAG         CGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105804 ACCTGGCCAGAGAAGACACGAATAATCTGTTCAGGTG...TAGCGTGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTCCGTACCACTCCCATGGACAGTACTGGTGTTCCTCACATTCTTGAGCA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106400 TTCCGTACTACTCCCATGGACAGTACTGGTGTTCCTCACATTCTTGAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TACCGTCCTTTGTGGGTCTCAGAAATATCCGTGCAGAGACCCTTTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106450 TACCGTCCTTTGTGGGTCTCAGAAATATCCGTGCAGAGACCCTTTCTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAATGTTGAACCGGTCCCTCTCCACGTTCATGAACGCCTTCACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 106500 AAATGTTGAACCGGTCCCTCTCCACGTTCATGAACGCCTTCACAGGTA..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    419     CTAGTGATTATACTCTGTATCCATTTTCCACACAAAATCCCAAGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106550 .CAGCTAGTGATTATACTCTGTATCCATTTTCCACACAAAATCCCAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTTCAGAATCTCCTCTCGGTGTATTTGGATGCCACCTTTTTCCCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107292 CTTTCAGAATCTCCTCTCGGTGTATTTGGATGCCACCTTTTTCCCATGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TACGCGAGCTGGATTTCTG         GCAGGAAGGATGGCGGCTGGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107342 TACGCGAGCTGGATTTCTGGTA...CAGGCAGGAAGGATGGCGGCTGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CATGAGAATCCGAGCGACCCCCAGACGCCCTTGGTCTTTAAAGGAGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107461 CATGAGAATCCGAGCGACCCCCAGACGCCCTTGGTCTTTAAAGGAGTCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTTTAATGAGATGAAGGGAGCGTTT         ACAGACAATGAGAGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 107511 CTTTAATGAGATGAAGGGAGCGTTTGTA...AAGACAGACAATGAGAGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TATTCTCCCAGCACCTTCAGAACAGACTTCTTCCCGACCACACGTACTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 108904 TATTCTCCCAGCACCTTCAGAACAGACTTCTTCCTGACCACACGTACTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGGTCTCCGGGGGTGACCCACTGTGCATCCCGGAGCTTACATGGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108954 GTGGTCTCCGGGGGTGACCCACTGTGCATCCCGGAGCTTACATGGGAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTTAAGCAGTTTCATGCCACTCACTATCACCCAAGCAATGCTAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 109004 GCTTAAGCAGTTTCATGCCACTCACTATCACCCAAGCAATGCTAGGTA..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792     GTTCTTCACGTACGGTAATTTTCCATTAGAACAGCATCTGAAACAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109054 .TAGGTTCTTCACGTACGGTAATTTTCCATTAGAACAGCATCTGAAACAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATTCACGAGGAAGCACTGAGCAAATTCCAGAAAATTGAACCAAGCACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112489 ATTCACGAGGAAGCACTGAGCAAATTCCAGAAAATTGAACCAAGCACCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGTGCCAGCTCAGACACCCTGGGACAAGCCT         AGGGAATTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 112539 GGTGCCAGCTCAGACACCCTGGGACAAGCCTGTG...CAGAGGGAATTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGATAACATGTGGCCCGGATTCATTTGCTACAGATCCCTCTAAACAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112847 AGATAACATGTGGCCCGGATTCATTTGCTACAGATCCCTCTAAACAAACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACCGTCAGCGTTAGCTTCCTCTTACCGGA         CATCACCGACAC
        ||| |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 112897 ACCATCAGCGTTAGCTTCCTCTTACCGGAGTA...CAGCATCACCGACAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ATTTGAAGCCTTCACATTAAGTCTTCTGTCTTCACTCTTGACTTCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113743 ATTTGAAGCCTTCACATTAAGTCTTCTGTCTTCACTCTTGACTTCTGGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCAATTCTCCCTTTTACAAAGCCTTGATTGAATCTGGCCTTGGCACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113793 CCAATTCTCCCTTTTACAAAGCCTTGATTGAATCTGGCCTTGGCACAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTTTCTCCTGATGTTGG         ATATAATGGCTACACGAGGGAGGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 113843 TTTTCTCCTGATGTTGGGTG...TAGATATAATGGCTACACGAGGGAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CTACTTTAGTGTCGGCCTCCAAGGGATTGTGGAGAAAGACATTGAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 114644 CTACTTTAGTGTCGGCCTCCAAGGGATTGCGGAGAAAGACATTGAGACCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCAGAAGCCTCATAGACAGAACGATTGATGAAGTAGTTGA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 114694 TCAGAAGCCTCATAGACAGAACGATTGATGAAGTAGTTGAGTG...TAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AAAGGATTTGAAGATGATCGAATTGAGGCTTTACTTCATAAAATTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115243 AAAGGATTTGAAGATGATCGAATTGAGGCTTTACTTCATAAAATTGAAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 ACAGATGAAACATCAGTCTACCAGCTTTGGGCTGATGCTGACATCA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 115293 ACAGATGAAACATCAGTCTACCAGCTTTGGGCTGATGCTGACATCAGTA.

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1348      TACATAGCTTCTTGCTGGAACCATGATGGGGACCCTGTGGAGCTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115343 ..CAGTACATAGCTTCTTGCTGGAACCATGATGGGGACCCTGTGGAGCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TTGAAGTTGGGAAATCAGTTAGCTAAATTCAGACAGTGCCTGCAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115754 TTGAAGTTGGGAAATCAGTTAGCTAAATTCAGACAGTGCCTGCAGGAAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TCCAAAATTTTTGCAAGAAAAAGTAAAACAGTATTTTAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 115804 TCCAAAATTTTTGCAAGAAAAAGTAAAACAGTATTTTAAGGTA...CAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 ATAACCAGCATAAGCTGACTTTATCGATGAGGCCAGATGACAAGTATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117045 ATAACCAGCATAAGCTGACTTTATCGATGAGGCCAGATGACAAGTATCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GAGAAGCAGGCACAGGTGGAAGCCACGAAGCTCAAGCAGAAGGTCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117095 GAGAAGCAGGCACAGGTGGAAGCCACGAAGCTCAAGCAGAAGGTCGAGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TCTGTCCCCCGGAGACAGGCAGCAGATCTACGAGAAAG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 117145 TCTGTCCCCCGGAGACAGGCAGCAGATCTACGAGAAAGGTC...TAGGTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TAGAATTACGGAGTCAACAAAGCAAACCTCAAGATGCCTCTTGTCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121413 TAGAATTACGGAGTCAACAAAGCAAACCTCAAGATGCCTCTTGTCTGCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GCGTTGAAAGTTTCCGATATTGAACCCACCATACCTGTCACAGAGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121463 GCGTTGAAAGTTTCCGATATTGAACCCACCATACCTGTCACAGAGTTGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CGTGGTCCTGACAG         CTGGAGATATCCCTGTTCAGTACTGCG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 121513 CGTGGTCCTGACAGGTC...TAGCTGGAGATATCCCTGTTCAGTACTGCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 CCCAGCCCACCAATGGCATGGTGTATTTCCGGGCCTTCTCCAGCCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123047 CCCAGCCCACCAATGGCATGGTGTATTTCCGGGCCTTCTCCAGCCTGAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 ACACTCCCCGAGGAGCTGAGGCCCTATGTGCCCCTCTTCTGCAGCGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123097 ACACTCCCCGAGGAGCTGAGGCCCTATGTGCCCCTCTTCTGCAGCGTCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CACCAA         GCTGGGCTGCGGCCTTCTTGACTACCGGGAGCAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123147 CACCAAGTA...CAGGCTGGGCTGCGGCCTTCTTGACTACCGGGAGCAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 CTCAGCAGATAGAATTGAAGACCGGAGGGATGAGTGCTTCTCCCCACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124517 CTCAGCAGATAGAATTGAAGACCGGAGGGATGAGTGCTTCTCCCCACGTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 CTCCCCGACGACTCACACATGGACACCTACGAGCAG         GGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 124567 CTCCCCGACGACTCACACATGGACACCTACGAGCAGGTA...CAGGGTGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 GCTTTTCTCCTCTCTCTGCCTGGATCGAAACCTGCCAGACATGATGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124715 GCTTTTCTCCTCTCTCTGCCTGGATCGAAACCTGCCAGACATGATGCAGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 TATGGAGTGAAATATTTAACAA         CCCGTGCTTTGAAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 124765 TATGGAGTGAAATATTTAACAAGTA...TAGCCCGTGCTTTGAAGAAGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 GAGCACTTCAAGGTGCTGGTGAAGATGACCGCCCAGGAGCTCGCCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125055 GAGCACTTCAAGGTGCTGGTGAAGATGACCGCCCAGGAGCTCGCCAATGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 AATTCCTGACTCTGGGCACCTGTACGCATCCATCAGGGCAGGCCGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125105 AATTCCTGACTCTGGGCACCTGTACGCATCCATCAGGGCAGGCCGGACCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 TCACGCCCGCAGGGGACCTGCAGGAGACCTTCAGCGGGATGGATCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 125155 TCACGCCCGCAGGGGACCTGCAGGAGACCTTCAGCGGGATGGATCAGGTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2236       GTGCGGCTGATGAAGAGGATTGCAGAAATGACAGATATCAAACC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125205 ...TAGGTGCGGCTGATGAAGAGGATTGCAGAAATGACAGATATCAAACC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 CATCCTGAGGAAGCTCCCACGTATCAAGAAACACTTGTTAAATGGTGATA
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 125567 CATCCTGAGGAAGCTCCCGCGTATCAAGAAACACTTGTTAAATGGTGATA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 ATATGAG         GTGTTCAGTGAATGCGACTCCTCAGCAGATGCCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125617 ATATGAGGTG...CAGGTGTTCAGTGAATGCGACTCCTCAGCAGATGCCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 CAGACAGAAAAAGCGGTCGAAGACTTCCTTAGAAGCATCGGTCGGAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127091 CAGACAGAAAAAGCGGTCGAAGACTTCCTTAGAAGCATCGGTCGGAGTAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2421 AAAGGAACGGAGGCCTGTGCGCCCACACACGGTCGAG         AAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 127141 AAAGGAACGGAGGCCTGTGCGCCCACACACGGTCGAGGTA...CAGAAAC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2462 CTGTGCCCAGCAGCTCTGGTGGAGATGCCCACGTTCCCCATGGCTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128411 CTGTGCCCAGCAGCTCTGGTGGAGATGCCCACGTTCCCCATGGCTCCCAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2512 GTCATTAGGAAGCTGGTCATG         GAACCCACCTTCAAGCCCTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 128461 GTCATTAGGAAGCTGGTCATGGTA...CAGGAACCCACCTTCAAGCCCTG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2553 GCAGATGAAGACTCACTTCCTGATGCCCTTCCCGGTGAATTACGTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129292 GCAGATGAAGACTCACTTCCTGATGCCCTTCCCGGTGAATTACGTGGGTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2603 AATGCATCCGAACTGTCCCCTACACGGACCCAGATCATGCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 129342 AATGCATCCGAACTGTCCCCTACACGGACCCAGATCATGCCAGGTA...C

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2646   TCTTAAAATCCTTGCACGTTTGATGACTGCCAAATTCTTGCATACAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131959 AGTCTTAAAATCCTTGCACGTTTGATGACTGCCAAATTCTTGCATACAGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2694 AATTCGAGAAAAAGGCGGTGCTTATGGTGGAGGCGCAAAACTCAGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132009 AATTCGAGAAAAAGGCGGTGCTTATGGTGGAGGCGCAAAACTCAGCCACA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2744 ATGGGATTTTCACCCTTTACTCTTACAG         GGACCCAAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 132059 ATGGGATTTTCACCCTTTACTCTTACAGGTG...TAGGGACCCAAATACA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2785 ATAGAGACGCTCCAGTCTTTTGGGAAGGCTGTCGACTGGGCTAAGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133737 ATAGAGACGCTCCAGTCTTTTGGGAAGGCTGTCGACTGGGCTAAGTCTGG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2835 AAAATTCACACAGCAAGACATCGACGAAGCCAAACTTTCTGTCTTCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133787 AAAATTCACACAGCAAGACATCGACGAAGCCAAACTTTCTGTCTTCTCAA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2885 CCGTAGATGCTCCTGTCGCTCCTTCAGACAAAG         GAATGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 133837 CCGTAGATGCTCCTGTCGCTCCTTCAGACAAAGGTA...TAGGAATGGAC

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2926 CACTTCTTGTACGGCCTCTCGGATGAGATGAAGCAGGCCCACAGAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134444 CACTTCTTGTACGGCCTCTCGGATGAGATGAAGCAGGCCCACAGAGAGCA

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2976 GCTCTTTGCTGTCAGCCACGACAAGCTCCTGGCCGTGAGCGATAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 134494 GCTCTTTGCTGTCAGCCACGACAAGCTCCTGGCCGTGAGCGATAGGTG..

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3021     ATACCTCGGCACTGGGAAGAGCACACACGGCCTGGCCATCCTCGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134544 .CAGATACCTCGGCACTGGGAAGAGCACACACGGCCTGGCCATCCTCGGA

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   3067 CCCGAGAACCCGAAAATTGCCAAGGACCCATCCTGGATCATCCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|
 134695 CCCGAGAACCCGAAAATTGCCAAGGACCCATCCTGGATCATCC A