seq1 = pF1KA1101.tfa, 1581 bp
seq2 = pF1KA1101/gi568815595f_38065877.tfa (gi568815595f:38065877_38352888), 287012 bp

>pF1KA1101 1581
>gi568815595f:38065877_38352888 (Chr3)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-183  (117127-117239)   100% ->
184-292  (124855-124963)   100% ->
293-434  (132846-132987)   100% ->
435-490  (150220-150275)   100% ->
491-600  (155702-155811)   100% ->
601-702  (157936-158037)   100% ->
703-836  (158695-158828)   100% ->
837-885  (163811-163859)   100% ->
886-951  (164489-164554)   100% ->
952-1074  (170963-171085)   100% ->
1075-1110  (176867-176902)   100% ->
1111-1257  (180199-180345)   100% ->
1258-1322  (181792-181856)   100% ->
1323-1375  (184090-184142)   100% ->
1376-1444  (185527-185595)   100% ->
1445-1509  (186452-186516)   100% ->
1510-1581  (186941-187012)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGAGGACTCGAGCGCCCTGCCCTGGTCCATCAACAGGGACGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCGAGGACTCGAGCGCCCTGCCCTGGTCCATCAACAGGGACGATTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGCTGCAGGAGGTGATCG         GGAGTGGAGCAACTGCTGTAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 CGAGCTGCAGGAGGTGATCGGTG...TAGGGAGTGGAGCAACTGCTGTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCAAGCAGCTTATTGTGCCCCTAAAAAGGAGAAAGTGGCAATCAAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117148 TCCAAGCAGCTTATTGTGCCCCTAAAAAGGAGAAAGTGGCAATCAAACGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATAAACCTTGAGAAATGTCAAACTAGCATGGATGAACTCCTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 117198 ATAAACCTTGAGAAATGTCAAACTAGCATGGATGAACTCCTGGTA...TA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  AAAGAAATTCAAGCCATGAGTCAATGCCATCATCCTAATATTGTATCTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124854 GAAAGAAATTCAAGCCATGAGTCAATGCCATCATCCTAATATTGTATCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTACACATCTTTTGTGGTAAAAGATGAGCTGTGGCTTGTCATGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124904 ACTACACATCTTTTGTGGTAAAAGATGAGCTGTGGCTTGTCATGAAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTAAGTGGAG         GTTCTGTTCTGGATATTATTAAGCACATTGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 124954 CTAAGTGGAGGTG...CAGGTTCTGTTCTGGATATTATTAAGCACATTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGCAAAAGGGGAACACAAAAGTGGAGTCCTAGATGAATCTACCATTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132877 GGCAAAAGGGGAACACAAAAGTGGAGTCCTAGATGAATCTACCATTGCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGATACTCCGAGAAGTACTGGAAGGGCTGGAATATCTGCATAAAAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132927 CGATACTCCGAGAAGTACTGGAAGGGCTGGAATATCTGCATAAAAATGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGATCCACAG         AGATGTGAAAGCTGGAAACATTCTTCTTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 132977 CAGATCCACAGGTA...AAGAGATGTGAAAGCTGGAAACATTCTTCTTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGAAGATGGCTCAGTACAGATTGCAG         ACTTTGGGGTTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 150250 AGAAGATGGCTCAGTACAGATTGCAGGTA...CAGACTTTGGGGTTAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTTTTTTAGCAACTGGTGGTGATATTACCCGAAATAAAGTGAGAAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155717 CTTTTTTAGCAACTGGTGGTGATATTACCCGAAATAAAGTGAGAAAGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTTGTTGGCACCCCTTGTTGGATGGCACCTGAAGTTATGGAACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 155767 TTTGTTGGCACCCCTTGTTGGATGGCACCTGAAGTTATGGAACAGGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601     GTCCGTGGTTATGATTTCAAAGCTGATATTTGGAGTTTTGGAATTA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155817 .CAGGTCCGTGGTTATGATTTCAAAGCTGATATTTGGAGTTTTGGAATTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGCAATTGAATTGGCTACAGGGGCGGCTCCTTATCATAAATATCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157982 CAGCAATTGAATTGGCTACAGGGGCGGCTCCTTATCATAAATATCCACCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATGAAG         GTTTTAATGCTGACACTGCAGAACGATCCTCCTTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158032 ATGAAGGTG...CAGGTTTTAATGCTGACACTGCAGAACGATCCTCCTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TTTGGAAACTGGTGTTCAAGATAAAGAAATGCTGAAAAAATATGGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158730 TTTGGAAACTGGTGTTCAAGATAAAGAAATGCTGAAAAAATATGGAAAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CATTTAGAAAAATGATTTCATTGTGCCTTCAAAAAGATCCAGAAAAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 158780 CATTTAGAAAAATGATTTCATTGTGCCTTCAAAAAGATCCAGAAAAAAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    837         ACCAACAGCAGCAGAACTATTAAGGCACAAATTTTTCCAGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158830 TA...TAGACCAACAGCAGCAGAACTATTAAGGCACAAATTTTTCCAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGCAAAG         AATAAAGAATTTCTTCAAGAAAAAACATTGCAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163853 AGCAAAGGTA...CAGAATAAAGAATTTCTTCAAGAAAAAACATTGCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GAGCACCAACCATTTCTGAAAGAGCAAAAAAG         GTTCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 164523 GAGCACCAACCATTTCTGAAAGAGCAAAAAAGGTA...CAGGTTCGGAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GTACCAGGTTCCAGTGGGCGTCTTCATAAGACAGAGGATGGAGGCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170972 GTACCAGGTTCCAGTGGGCGTCTTCATAAGACAGAGGATGGAGGCTGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GTGGAGTGATGATGAATTTGATGAAGAAAGTGAGGAAGGGAAAGCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171022 GTGGAGTGATGATGAATTTGATGAAGAAAGTGAGGAAGGGAAAGCAGCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TTTCACAACTCAGG         TCTCCCCGAGTGAAAGAATCAATATCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 171072 TTTCACAACTCAGGGTA...TAGTCTCCCCGAGTGAAAGAATCAATATCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AATTCTGAG         CTCTTTCCAACAACTGATCCTGTGGGTACTTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 176894 AATTCTGAGGTA...CAGCTCTTTCCAACAACTGATCCTGTGGGTACTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GCTCCAAGTTCCAGAACAGATCTCTGCTCATCTACCTCAGCCAGCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180231 GCTCCAAGTTCCAGAACAGATCTCTGCTCATCTACCTCAGCCAGCTGGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AGATTGCTACACAGCCAACTCAAGTCTCTCTCCCACCCACCGCAGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180281 AGATTGCTACACAGCCAACTCAAGTCTCTCTCCCACCCACCGCAGAGCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GCAAAAACAGCTCAG         GCTTTGTCTTCAGGATCAGGTTCACA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 180331 GCAAAAACAGCTCAGGTA...TAGGCTTTGTCTTCAGGATCAGGTTCACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 AGAAACCAAGATCCCAATCAGTCTAGTACTAAGATTAAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 181818 AGAAACCAAGATCCCAATCAGTCTAGTACTAAGATTAAGGTA...TAGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 ATTCCAAAAAAGAACTAAATGATATTCGATTTGAATTTACTCCTGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184092 ATTCCAAAAAAGAACTAAATGATATTCGATTTGAATTTACTCCTGGGAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 G         ATACAGCAGAGGGTGTCTCTCAGGAACTCATTTCTGCTGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184142 GGTG...CAGATACAGCAGAGGGTGTCTCTCAGGAACTCATTTCTGCTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 CCTGGTCGACGGAAGGGATTTAGTAATAG         TGGCAGCTAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 185567 CCTGGTCGACGGAAGGGATTTAGTAATAGGTA...CAGTGGCAGCTAATT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 TGCAGAAAATTGTGGAAGAACCTCAGTCAAATCGATCTGTCACTTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186464 TGCAGAAAATTGTGGAAGAACCTCAGTCAAATCGATCTGTCACTTTCAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 CTG         GCATCTGGTGTCGAAGGCTCAGATATTCCTGATGATGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186514 CTGGTA...TAGGCATCTGGTGTCGAAGGCTCAGATATTCCTGATGATGG

   1700     .    :    .    :    .    :
   1548 TAAACTGATAGGATTTGCCCAGCTCAGCATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186979 TAAACTGATAGGATTTGCCCAGCTCAGCATCAGC