seq1 = pF1KA1070.tfa, 2469 bp
seq2 = pF1KA1070/gi568815595f_173504599.tfa (gi568815595f:173504599_174381255), 876657 bp

>pF1KA1070 2469
>gi568815595f:173504599_174381255 (Chr3)

1-493  (100001-100493)   100% ->
494-646  (303082-303234)   100% ->
647-859  (770717-770929)   100% ->
860-1649  (774263-775052)   100% ->
1650-2469  (775883-776702)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACTGCCCAGATGCACGTGGCCAAATTATGTTTGGAGAGCAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCACTGCCCAGATGCACGTGGCCAAATTATGTTTGGAGAGCAGTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCATGCTTGGTACACCGGGGATTGGGTGCCCCATTGACTCTCTGTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCATGCTTGGTACACCGGGGATTGGGTGCCCCATTGACTCTCTGTATGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGATGTTTGCTTCAGGCTGGCCATGTGCTATCACAAAAATTGGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGATGTTTGCTTCAGGCTGGCCATGTGCTATCACAAAAATTGGATGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGACCCACTGGTGGCTACCAACTTTGGAAAGATAAGAGGGATTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGACCCACTGGTGGCTACCAACTTTGGAAAGATAAGAGGGATTAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAACTCAATAATGAAATTTTGGGGCCTGTTATTCAATTTCTTGGGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAACTCAATAATGAAATTTTGGGGCCTGTTATTCAATTTCTTGGGGTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CATATGCAGCCCCACCAACAGGGGAACGTCGTTTTCAGCCTCCAGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CATATGCAGCCCCACCAACAGGGGAACGTCGTTTTCAGCCTCCAGAACCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCATCTCCCTGGTCAGATATCAGAAATGCCACTCAATTTGCTCCTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCATCTCCCTGGTCAGATATCAGAAATGCCACTCAATTTGCTCCTGTGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCCCCAGAATATCATTGATGGCAGATTGCCAGAAGTCATGCTTCCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCCCCAGAATATCATTGATGGCAGATTGCCAGAAGTCATGCTTCCTGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGTTTACTAATAACTTGGATGTGGTTTCATCATATGTGCAAGACCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGTTTACTAATAACTTGGATGTGGTTTCATCATATGTGCAAGACCAGAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAAGACTGCCTATATTTAAATATATATGTCCCGACTGAGGATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100451 GAAGACTGCCTATATTTAAATATATATGTCCCGACTGAGGATGGTG...C

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    494   ATATTCGGGACAGTGGGGGTCCCAAACCAGTGATGGTGTATATCCATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303080 AGATATTCGGGACAGTGGGGGTCCCAAACCAGTGATGGTGTATATCCATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GTGGCTCATATATGGAAGGTACTGGAAATTTATATGATGGAAGTGTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303130 GTGGCTCATATATGGAAGGTACTGGAAATTTATATGATGGAAGTGTCTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCAAGTTATGGCAATGTGATCGTCATCACAGTCAACTATCGACTTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303180 GCAAGTTATGGCAATGTGATCGTCATCACAGTCAACTATCGACTTGGAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 ACTCG         GTTTCTTGAGTACAGGCGATCAGGCTGCAAAGGGGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303230 ACTCGGTA...CAGGTTTCTTGAGTACAGGCGATCAGGCTGCAAAGGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACTATGGACTCCTTGATCTCATACAAGCTTTAAGATGGACTAGTGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 770753 ACTATGGACTCCTTGATCTCATACAAGCTTTAAGATGGACTAGTGAAAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ATTGGATTCTTTGGTGGTGACCCCTTAAGAATCACTGTTTTTGGATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 770803 ATTGGATTCTTTGGTGGTGACCCCTTAAGAATCACTGTTTTTGGATCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGCTGGGGGTTCATGTGTCAACCTGCTGACTTTATCCCATTATTCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 770853 TGCTGGGGGTTCATGTGTCAACCTGCTGACTTTATCCCATTATTCTGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GTAACCGTTGGAGCAATTCAACCAAAG         GACTTTTTCAACGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 770903 GTAACCGTTGGAGCAATTCAACCAAAGGTA...TAGGACTTTTTCAACGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GCAATAGCTCAAAGTGGAACAGCCCTTTCCAGCTGGGCTGTTAGTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774277 GCAATAGCTCAAAGTGGAACAGCCCTTTCCAGCTGGGCTGTTAGTTTTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 ACCTGCAAAATATGCTAGAATGTTGGCCACAAAAGTTGGTTGCAATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774327 ACCTGCAAAATATGCTAGAATGTTGGCCACAAAAGTTGGTTGCAATGTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CAGATACAGTAGAGTTAGTGGAATGCCTACAGAAGAAGCCTTACAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774377 CAGATACAGTAGAGTTAGTGGAATGCCTACAGAAGAAGCCTTACAAAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CTTGTTGACCAAGATATTCAACCAGCTCGATACCACATAGCCTTTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774427 CTTGTTGACCAAGATATTCAACCAGCTCGATACCACATAGCCTTTGGACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TGTGATTGATGGTGATGTAATACCAGACGACCCCCAGATATTGATGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774477 TGTGATTGATGGTGATGTAATACCAGACGACCCCCAGATATTGATGGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AAGGAGAGTTTCTCAACTATGATATAATGTTAGGAGTGAACCAAGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774527 AAGGAGAGTTTCTCAACTATGATATAATGTTAGGAGTGAACCAAGGGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GGGTTAAAATTTGTTGAAAATATAGTAGATAGCGATGATGGTATATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774577 GGGTTAAAATTTGTTGAAAATATAGTAGATAGCGATGATGGTATATCAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TAGTGATTTTGACTTTGCTGTTTCAAATTTTGTTGATAATTTATATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774627 TAGTGATTTTGACTTTGCTGTTTCAAATTTTGTTGATAATTTATATGGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 ATCCTGAAGGCAAAGATGTTTTGAGAGAAACCATTAAGTTCATGTATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774677 ATCCTGAAGGCAAAGATGTTTTGAGAGAAACCATTAAGTTCATGTATACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GACTGGGCTGACCGTCATAACCCTGAAACCAGAAGAAAGACATTACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774727 GACTGGGCTGACCGTCATAACCCTGAAACCAGAAGAAAGACATTACTGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 TTTGTTTACGGACCATCAGTGGGTGGCACCAGCTGTAGCCACAGCGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774777 TTTGTTTACGGACCATCAGTGGGTGGCACCAGCTGTAGCCACAGCGGATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 TTCACTCAAACTTTGGTTCACCTACGTACTTCTATGCCTTTTACCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774827 TTCACTCAAACTTTGGTTCACCTACGTACTTCTATGCCTTTTACCATCAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 TGCCAAACAGATCAGGTTCCAGCTTGGGCTGATGCAGCCCACGGAGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774877 TGCCAAACAGATCAGGTTCCAGCTTGGGCTGATGCAGCCCACGGAGACGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 GGTTCCCTATGTACTGGGAATCCCCATGATTGGCCCTACAGAGTTATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774927 GGTTCCCTATGTACTGGGAATCCCCATGATTGGCCCTACAGAGTTATTTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 CTTGCAATTTCTCCAAAAATGATGTGATGCTGAGTGCAGTTGTAATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774977 CTTGCAATTTCTCCAAAAATGATGTGATGCTGAGTGCAGTTGTAATGACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 TACTGGACAAATTTTGCTAAAACTGG         TGACCCAAATCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 775027 TACTGGACAAATTTTGCTAAAACTGGGTA...TAGTGACCCAAATCAACC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 AGTCCCTCAAGACACGAAATTCATTCATACCAAACCCAACCGTTTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 775898 AGTCCCTCAAGACACGAAATTCATTCATACCAAACCCAACCGTTTTGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 AAGTAGCATGGACCAGATATTCCCAGAAAGACCAACTTTATCTCCATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 775948 AAGTAGCATGGACCAGATATTCCCAGAAAGACCAACTTTATCTCCATATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 GGATTAAAACCAAGAGTTAAAGAACATTACAGAGCCAATAAGGTGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 775998 GGATTAAAACCAAGAGTTAAAGAACATTACAGAGCCAATAAGGTGAACCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 CTGGTTGGAGTTGGTACCTCATCTGCATAATCTCAATGACATTTCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 776048 CTGGTTGGAGTTGGTACCTCATCTGCATAATCTCAATGACATTTCTCAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 ATACCTCTACAACAACTAAAGTGCCATCAACTGACATCACTTTCAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 776098 ATACCTCTACAACAACTAAAGTGCCATCAACTGACATCACTTTCAGACCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 ACGAGAAAAAATTCTGTACCTGTCACGTCAGCCTTTCCCACTGCCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 776148 ACGAGAAAAAATTCTGTACCTGTCACGTCAGCCTTTCCCACTGCCAAGCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 GGATGATCCCAAACAACAACCAAGTCCATTTTCAGTGGATCAAAGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 776198 GGATGATCCCAAACAACAACCAAGTCCATTTTCAGTGGATCAAAGGGACT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015 ACTCAACAGAGCTGAGTGTCACTATTGCAGTTGGAGCATCACTGCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 776248 ACTCAACAGAGCTGAGTGTCACTATTGCAGTTGGAGCATCACTGCTGTTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 CTGAACATCTTGGCCTTTGCAGCCCTGTACTACAAAAAGGATAAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 776298 CTGAACATCTTGGCCTTTGCAGCCCTGTACTACAAAAAGGATAAGAGGAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 ACATGATGTTCACAGGAGATGCAGCCCTCAGCGCACTACTACCAATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 776348 ACATGATGTTCACAGGAGATGCAGCCCTCAGCGCACTACTACCAATGATC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165 TAACCCATGCACAAGAAGAGGAAATCATGTCCCTCCAAATGAAGCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 776398 TAACCCATGCACAAGAAGAGGAAATCATGTCCCTCCAAATGAAGCACACT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2215 GATTTGGATCATGAATGTGAGTCCATTCATCCACATGAGGTGGTTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 776448 GATTTGGATCATGAATGTGAGTCCATTCATCCACATGAGGTGGTTCTTCG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2265 GACCGCCTGTCCCCCAGATTACACACTAGCTATGAGGAGGTCACCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 776498 GACCGCCTGTCCCCCAGATTACACACTAGCTATGAGGAGGTCACCTGATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2315 ATGTTCCCTTAATGACACCCAACACCATTACAATGATTCCCAACACTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 776548 ATGTTCCCTTAATGACACCCAACACCATTACAATGATTCCCAACACTATA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2365 CCAGGGATTCAGCCCTTACACACATTCAATACATTTACTGGAGGACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 776598 CCAGGGATTCAGCCCTTACACACATTCAATACATTTACTGGAGGACAGAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2415 CAATACTCTGCCCCATCCCCATCCCCACCCCCATTCACATTCAACAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 776648 CAATACTCTGCCCCATCCCCATCCCCACCCCCATTCACATTCAACAACCA

   2500     .
   2465 GGGTA
        |||||
 776698 GGGTA