seq1 = pF1KA1065.tfa, 1923 bp
seq2 = pF1KA1065/gi568815581f_19183120.tfa (gi568815581f:19183120_19434251), 251132 bp

>pF1KA1065 1923
>gi568815581f:19183120_19434251 (Chr17)

1-595  (100001-100595)   100% ->
596-766  (102501-102671)   100% ->
767-879  (126766-126878)   100% ->
880-972  (128933-129025)   100% ->
973-1147  (129986-130160)   100% ->
1148-1324  (145592-145768)   99% ->
1325-1411  (146442-146528)   100% ->
1412-1627  (148734-148949)   100% ->
1628-1923  (150837-151132)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGACTTCGTCTATCAGACGGCAGATGAAAAACATCGTGAACAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGACTTCGTCTATCAGACGGCAGATGAAAAACATCGTGAACAATTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCAGAGGCAGAAATCAAAGTCCGGGAAGCCACCTCCAATGACCCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCAGAGGCAGAAATCAAAGTCCGGGAAGCCACCTCCAATGACCCGTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCCGTCCAGTTCTCTGATGACCGAGATTGCCGACCTGACCTACAACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCCGTCCAGTTCTCTGATGACCGAGATTGCCGACCTGACCTACAACGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGCCTTCTCGGAGATCATGAGCATGGTGTGGAAGCGGCTGAATGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGCCTTCTCGGAGATCATGAGCATGGTGTGGAAGCGGCTGAATGACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGCAAGAACTGGCGGCATGTGTACAAGGCGCTGACCCTGCTGGACTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGGCAAGAACTGGCGGCATGTGTACAAGGCGCTGACCCTGCTGGACTACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCATCAAGACAGGCTCCGAACGTGTGGCCCAGCAGTGCCGGGAGAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCATCAAGACAGGCTCCGAACGTGTGGCCCAGCAGTGCCGGGAGAACATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCGCCATCCAGACCCTGAAGGACTTCCAGTACATTGACCGAGATGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCGCCATCCAGACCCTGAAGGACTTCCAGTACATTGACCGAGATGGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGACCAGGGCATCAATGTGCGTGAGAAGTCAAAGCAACTGGTGGCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGACCAGGGCATCAATGTGCGTGAGAAGTCAAAGCAACTGGTGGCTCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCAAGGACGAGGAACGGTTGAAGGCTGAGAGGGCCCAGGCTCTCAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCAAGGACGAGGAACGGTTGAAGGCTGAGAGGGCCCAGGCTCTCAAAACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAAGAGCGCATGGCCCAGGTTGCCACTGGCATGGGCAGCAACCAGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAAGAGCGCATGGCCCAGGTTGCCACTGGCATGGGCAGCAACCAGATCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTTGGGCGAGGCTCCAGCCAGCCCAACCTCTCCACCAGCCACTCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTTGGGCGAGGCTCCAGCCAGCCCAACCTCTCCACCAGCCACTCGGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGGAGTATGGCAAGGCCGGGGGCTCCCCGGCCTCCTACCATGGCT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100551 AGGAGTATGGCAAGGCCGGGGGCTCCCCGGCCTCCTACCATGGCTGTG..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    596     CGCCTGAGGCCTCGCTGTGCCCCCAGCACCGCACAGGGGCCCCGCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 .CAGCGCCTGAGGCCTCGCTGTGCCCCCAGCACCGCACAGGGGCCCCGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGGTCAGAGTGAGGAGCTGCAGCCACTGAGCCAGCGCCACCCCTTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102547 GGGTCAGAGTGAGGAGCTGCAGCCACTGAGCCAGCGCCACCCCTTCCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CGCACCTGGGGCTGGCCTCCCGCCCAAATGGCGACTGGTCCCAGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102597 CGCACCTGGGGCTGGCCTCCCGCCCAAATGGCGACTGGTCCCAGCCCTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CTCACTTGTGACCGCGCAGCCCGAG         CCACCTCCCCGCGAGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102647 CTCACTTGTGACCGCGCAGCCCGAGGTG...CAGCCACCTCCCCGCGAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GTCCTCCGAGCTGGAGCAAGCCCGGCCCCAGACTAGTGGAGAAGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126782 GTCCTCCGAGCTGGAGCAAGCCCGGCCCCAGACTAGTGGAGAAGAGGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TTCAGCTGCAGCTGGCACTTGCCATGAGCAGAGAAGTGGCTGAGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 126832 TTCAGCTGCAGCTGGCACTTGCCATGAGCAGAGAAGTGGCTGAGCAGGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880       GAAGAACGCCTCAGGCGGGGTGATGACCTCAGATTACAGATGGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126882 ...CAGGAAGAACGCCTCAGGCGGGGTGATGACCTCAGATTACAGATGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCTGGAAGAAAGCCGAAGGGACACAGTTAAAATTCCAAAAAAGAAAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 128977 CCTGGAAGAAAGCCGAAGGGACACAGTTAAAATTCCAAAAAAGAAAGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    973         CATGGCTCTCTCCCACAGCAGACTACGCTGTTGGATTTAATG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129027 TA...AAGCATGGCTCTCTCCCACAGCAGACTACGCTGTTGGATTTAATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GATGCTCTCCCCAGCTCGGGCCCCGCGGCCCAGAAAGCAGAGCCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130028 GATGCTCTCCCCAGCTCGGGCCCCGCGGCCCAGAAAGCAGAGCCCTGGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CCCGTCAGCCTCCACTAACCAGACCAACCCCTGGGGCGGGCCAGCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130078 CCCGTCAGCCTCCACTAACCAGACCAACCCCTGGGGCGGGCCAGCGGCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CTGCGAGTACTTCAGACCCCTGGCCATCGTTTG         GTACCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 130128 CTGCGAGTACTTCAGACCCCTGGCCATCGTTTGGTA...CAGGTACCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CCAGCTGCCTCCATTGACCCATGGGGGGTGCCCACTGGAGCCACCGCACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 145600 CCAGCTGCCTCCATTGACCCATGGGGGGTGCCCACTGGAGCCACCGTACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 ATCTGTCCCCAAGAACTCGGACCCCTGGGCAGCTTCACAGCAGCCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145650 ATCTGTCCCCAAGAACTCGGACCCCTGGGCAGCTTCACAGCAGCCTGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CCAGTGCTGGGAAAAGAGCTTCTGACGCGTGGGGCGCAGTCTCCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145700 CCAGTGCTGGGAAAAGAGCTTCTGACGCGTGGGGCGCAGTCTCCACCACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 AAGCCCGTGTCTGTCTCTG         GGTCCTTTGAGCTCTTCAGTAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 145750 AAGCCCGTGTCTGTCTCTGGTG...CAGGGTCCTTTGAGCTCTTCAGTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TCTGAATGGTACAATTAAAGATGACTTTTCTGAATTTGACAACCTTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146464 TCTGAATGGTACAATTAAAGATGACTTTTCTGAATTTGACAACCTTCGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 CTTCAAAAAAAACAG         CCGAATCTGTGACCTCTCTGCCATCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 146514 CTTCAAAAAAAACAGGTA...TAGCCGAATCTGTGACCTCTCTGCCATCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CAAAACAATGGAACTACCAGCCCTGACCCCTTTGAGTCTCAACCCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148760 CAAAACAATGGAACTACCAGCCCTGACCCCTTTGAGTCTCAACCCCTGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 TGTCGCCTCAAGCAAGCCCAGCAGTGCCCGGAAAACACCTGAGTCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148810 TGTCGCCTCAAGCAAGCCCAGCAGTGCCCGGAAAACACCTGAGTCCTTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 TGGGCCCCAACGCGGCCCTGGTGAACCTGGACTCACTGGTGACCAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148860 TGGGCCCCAACGCGGCCCTGGTGAACCTGGACTCACTGGTGACCAGGCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 GCCCCACCAGCCCAGTCCCTCAACCCTTTCCTGGCACCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 148910 GCCCCACCAGCCCAGTCCCTCAACCCTTTCCTGGCACCAGGTA...CAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 TGCTCCCGCCACCTCGGCCCCTGTTAACCCTTTCCAGGTGAACCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150838 TGCTCCCGCCACCTCGGCCCCTGTTAACCCTTTCCAGGTGAACCAGCCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 AGCCGCTGACACTGAACCAGCTTCGGGGGAGCCCAGTCCTGGGGACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150888 AGCCGCTGACACTGAACCAGCTTCGGGGGAGCCCAGTCCTGGGGACCAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 ACATCCTTTGGGCCTGGCCCAGGAGTGGAGTCCATGGCTGTGGCCTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150938 ACATCCTTTGGGCCTGGCCCAGGAGTGGAGTCCATGGCTGTGGCCTCGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 GACCTCCGCGGCCCCACAGCCAGCTCTGGGGGCCACTGGTTCCTCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150988 GACCTCCGCGGCCCCACAGCCAGCTCTGGGGGCCACTGGTTCCTCTCTGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 CACCACTGGGCCCTGCAATGATGAACATGGTGGGCAGTGTGGGTATACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151038 CACCACTGGGCCCTGCAATGATGAACATGGTGGGCAGTGTGGGTATACCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1879 CCATCAGCAGCCCAGGCCACTGGCACAACCAACCCTTTCCTTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151088 CCATCAGCAGCCCAGGCCACTGGCACAACCAACCCTTTCCTTCTC