seq1 = pF1KA1063.tfa, 1575 bp
seq2 = pF1KA1063/gi568815581r_20903034.tfa (gi568815581r:20903034_21142835), 239802 bp

>pF1KA1063 1575
>gi568815581r:20903034_21142835 (Chr17)

(complement)

1-171  (100001-100171)   100% ->
172-304  (114162-114294)   100% ->
305-418  (121610-121723)   99% ->
419-520  (123651-123752)   100% ->
521-690  (124725-124894)   100% ->
691-838  (126937-127084)   100% ->
839-944  (129901-130006)   100% ->
945-1103  (131527-131685)   100% ->
1104-1230  (134840-134966)   100% ->
1231-1322  (135849-135940)   100% ->
1323-1385  (137846-137908)   100% ->
1386-1535  (138485-138634)   100% ->
1536-1575  (139763-139802)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTCCCGGCCAGAGCCCGAGGGCGAGGCCATGGACGCCGAGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGTCCCGGCCAGAGCCCGAGGGCGAGGCCATGGACGCCGAGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTAGCGCCGCCGGGCTGCTCGCACCTGGGCAGCTTCAAGGTGGACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTAGCGCCGCCGGGCTGCTCGCACCTGGGCAGCTTCAAGGTGGACAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGAAGCAGAACCTGCGGGCCATCTACCAGTGCTTCGTGTGGAGCGGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGAAGCAGAACCTGCGGGCCATCTACCAGTGCTTCGTGTGGAGCGGCACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTGAGGCCCGCAAGCGCAAG         GCCAAGTCCTGTATCTGCCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100151 GCTGAGGCCCGCAAGCGCAAGGTG...CAGGCCAAGTCCTGTATCTGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTCTGTGGCGTCCACCTCAACAGGCTGCATTCCTGCCTCTACTGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114182 TGTCTGTGGCGTCCACCTCAACAGGCTGCATTCCTGCCTCTACTGTGTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTTCGGCTGTTTCACAAAGAAGCATATTCACGAGCATGCGAAGGCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114232 TCTTCGGCTGTTTCACAAAGAAGCATATTCACGAGCATGCGAAGGCGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGCACAACCTGG         CCATTGATCTGATGTATGGAGGCATCTA
        |||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||| |||||||||||
 114282 CGGCACAACCTGGGTG...CAGCCATTGATCTGATGTACGGAGGCATCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGTTTTCTGTGCCAGGACTACATCTATGACAAAGACATGGAAATAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121638 CTGTTTTCTGTGCCAGGACTACATCTATGACAAAGACATGGAAATAATCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAAGGAGGAGCAGCGAAAAGCTTGGAAAATGCAAG         GCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 121688 CCAAGGAGGAGCAGCGAAAAGCTTGGAAAATGCAAGGTT...TAGGCGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAGAGAAGTTTTCAACTTGGGAACCAACCAAACGGGAGCTTGAACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123656 GGAGAGAAGTTTTCAACTTGGGAACCAACCAAACGGGAGCTTGAACTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAGCACAACCCGAAAAGGAGAAAGATCACCTCGAACTGCACCATAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 123706 GAAGCACAACCCGAAAAGGAGAAAGATCACCTCGAACTGCACCATAGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    521       GTCTGCGTGGGCTGATCAACCTTGGGAACACATGCTTCATGAAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123756 ...CAGGTCTGCGTGGGCTGATCAACCTTGGGAACACATGCTTCATGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGCATCGTGCAGGCCCTGACCCACACGCCACTTCTGCGGGACTTCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124769 TGCATCGTGCAGGCCCTGACCCACACGCCACTTCTGCGGGACTTCTTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTCTGACAGGCACCGCTGTGAGATGCAGAGCCCCAGCTCCTGTCTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124819 GTCTGACAGGCACCGCTGTGAGATGCAGAGCCCCAGCTCCTGTCTGGTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTGAGATGTCCTCACTGTTTCAGGAG         TTTTACTCTGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 124869 GTGAGATGTCCTCACTGTTTCAGGAGGTG...CAGTTTTACTCTGGACAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGGTCCCCTCACATCCCGTATAAGTTGCTGCACCTGGTGTGGACCCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126952 CGGTCCCCTCACATCCCGTATAAGTTGCTGCACCTGGTGTGGACCCACGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAGGCACCTAGCAGGCTACGAGCAGCAGGACGCCCACGAGTTCCTCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127002 GAGGCACCTAGCAGGCTACGAGCAGCAGGACGCCCACGAGTTCCTCATCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CGGCCCTGGACGTGCTCCACCGACACTGCAAAG         GTGATGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 127052 CGGCCCTGGACGTGCTCCACCGACACTGCAAAGGTG...CAGGTGATGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AATGGGAAGAAGGCCAACAACCCCAACCACTGCAACTGCATCATAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129909 AATGGGAAGAAGGCCAACAACCCCAACCACTGCAACTGCATCATAGACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GATCTTCACAGGCGGGTTGCAGTCAGACGTCACCTGCCAAGTCTGCCA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 129959 GATCTTCACAGGCGGGTTGCAGTCAGACGTCACCTGCCAAGTCTGCCAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    945        TGGAGTCTCCACCACCATCGACCCCTTCTGGGACATCAGCTTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130009 A...CAGTGGAGTCTCCACCACCATCGACCCCTTCTGGGACATCAGCTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GATCTCCCCGGCTCTTCCACCCCATTCTGGCCCCTGAGCCCAGGGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131570 GATCTCCCCGGCTCTTCCACCCCATTCTGGCCCCTGAGCCCAGGGAGCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGGCAACGTGGTAAACGGGGAAAGCCACGTGTCGGGAACCACCACGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131620 GGGCAACGTGGTAAACGGGGAAAGCCACGTGTCGGGAACCACCACGCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CGGACTGCCTGCGACG         ATTCACCAGACCAGAGCACTTGGGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 131670 CGGACTGCCTGCGACGGTG...TAGATTCACCAGACCAGAGCACTTGGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGCAGCGCCAAGATCAAGTGCAGCGGTTGCCATAGCTACCAGGAGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134865 AGCAGCGCCAAGATCAAGTGCAGCGGTTGCCATAGCTACCAGGAGTCCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AAAGCAGCTCACTATGAAGAAACTGCCCATCGTAGCCTGTTTTCATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134915 AAAGCAGCTCACTATGAAGAAACTGCCCATCGTAGCCTGTTTTCATCTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AA         CGATTTGAACACTCAGCCAAGCTGCGGCGGAAGATCACC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134965 AAGTA...CAGCGATTTGAACACTCAGCCAAGCTGCGGCGGAAGATCACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ACGTATGTGTCCTTCCCCCTGGAGCTGGACATGACCCCTTTCATGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135888 ACGTATGTGTCCTTCCCCCTGGAGCTGGACATGACCCCTTTCATGGCCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAG         CAAAGAGAGCAGGATGAATGGACAGTACCAGCAGCCCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135938 CAGGTA...CAGCAAAGAGAGCAGGATGAATGGACAGTACCAGCAGCCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CGGACAGTCTCAACAATGACAACAA         GTATTCCCTGTTTGCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 137884 CGGACAGTCTCAACAATGACAACAAGTA...TAGGTATTCCCTGTTTGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GTTGTTAACCATCAAGGGACCTTGGAGAGTGGCCACTACACCAGCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138501 GTTGTTAACCATCAAGGGACCTTGGAGAGTGGCCACTACACCAGCTTTAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CCGGCAGCACAAAGACCAGTGGTTCAAGTGTGACGATGCCATCATCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138551 CCGGCAGCACAAAGACCAGTGGTTCAAGTGTGACGATGCCATCATCACCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AGGCCAGCATCAAGGACGTCCTGGACAGCGAAGG         GTACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 138601 AGGCCAGCATCAAGGACGTCCTGGACAGCGAAGGGTG...CAGGTACTTG

   1650     .    :    .    :    .    :
   1543 CTGTTCTATCACAAACAGTTCCTGGAATACGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 139770 CTGTTCTATCACAAACAGTTCCTGGAATACGAG