seq1 = pF1KA1041.tfa, 1866 bp
seq2 = pF1KA1041/gi568815597r_42079713.tfa (gi568815597r:42079713_42411093), 331381 bp

>pF1KA1041 1866
>gi568815597r:42079713_42411093 (Chr1)

(complement)

1-44  (100001-100044)   100% ->
45-369  (132422-132746)   100% ->
370-444  (145905-145979)   100% ->
445-528  (183128-183211)   98% ->
529-630  (205231-205332)   100% ->
631-759  (211864-211992)   100% ->
760-934  (216030-216204)   100% ->
935-1351  (219375-219791)   99% ->
1352-1453  (221690-221791)   100% ->
1454-1645  (222166-222357)   100% ->
1646-1753  (229070-229177)   100% ->
1754-1866  (231269-231381)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTTTGTATGGACAGGCTTGTCCATCTGTAACTTCATTAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100001 ATGGGTTTGTATGGACAGGCTTGTCCATCTGTAACTTCATTAAGGTG...

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     45    GATGACATCTGAACTGGAGAGCAGCCTAACGTCTATGGACTGGTTAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132419 CAGGATGACATCTGAACTGGAGAGCAGCCTAACGTCTATGGACTGGTTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CACAGCTCACCATGAGAGCAGCCATCCAAAAATCTGATGCTACACAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132469 CACAGCTCACCATGAGAGCAGCCATCCAAAAATCTGATGCTACACAAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCACATGGAACAGGAATTTCTAAGAAGAATGCACTCCTTGACCCAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132519 GCACATGGAACAGGAATTTCTAAGAAGAATGCACTCCTTGACCCAAATAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AACTCTGGACCAGGAAGAAGTCCAACAGCACAAAGATGGGAAACCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132569 AACTCTGGACCAGGAAGAAGTCCAACAGCACAAAGATGGGAAACCTCCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAGTTATGCCAGCCTCATTACATTTGCAATTAATAGCTCACCCAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132619 ACAGTTATGCCAGCCTCATTACATTTGCAATTAATAGCTCACCCAAAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAATGACTTTAAGTGAAATTTATCAGTGGATTTGTGATAACTTCCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132669 AAAATGACTTTAAGTGAAATTTATCAGTGGATTTGTGATAACTTCCCATA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTATAGAGAGGCTGGCAGTGGTTGGAAG         AATTCCATACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 132719 TTATAGAGAGGCTGGCAGTGGTTGGAAGGTA...CAGAATTCCATACGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATAATCTGTCATTGAACAAATGTTTCCTTAAAGTGCCTCGATCTAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145918 ATAATCTGTCATTGAACAAATGTTTCCTTAAAGTGCCTCGATCTAAGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACCCTGGAAAG         GGGTCCTACTGGGCAATAGACACCAATCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 145968 GACCCTGGAAAGGTA...TAGGGGTCCTACTGGGCAATAGACACCAATCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAGGAAGATGCGCTGCCTACTCGGCCAAAGAAGAGGGCACGATCTGTAG
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183157 GAAGGAAGATGTGCTGCCTACTCGGCCAAAGAAGAGGGCACGATCTGTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AACGG         GCCTCAACTCCATATAGCATAGATTCAGATTCTTTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183207 AACGGGTA...TAGGCCTCAACTCCATATAGCATAGATTCAGATTCTTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGAATGGAGTGTATTATTTCGGGAAGTGCCTCTCCAACTCTGGCAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205267 GGAATGGAGTGTATTATTTCGGGAAGTGCCTCTCCAACTCTGGCAATCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACTGTGACTAACAAA         GTAACATTGTATAACACTGATCAGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 205317 CACTGTGACTAACAAAGTA...TAGGTAACATTGTATAACACTGATCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGGTAGTGATAGCCCACGCAGTAGCCTTAACAACAGTCTCTCAGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211889 ATGGTAGTGATAGCCCACGCAGTAGCCTTAACAACAGTCTCTCAGACCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGTTTGGCATCTGTTAATTTGAACAGTGTTGGAAGTGTGCATAGTTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211939 AGTTTGGCATCTGTTAATTTGAACAGTGTTGGAAGTGTGCATAGTTATAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACCG         GTGACAAGCCATCCAGAATCAGTCTCTCAATCATTAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211989 ACCGGTA...TAGGTGACAAGCCATCCAGAATCAGTCTCTCAATCATTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTCCTCAGCAGCAACCACAGTACAACCTTCCAGAAAGAGACAAGCAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216067 CTCCTCAGCAGCAACCACAGTACAACCTTCCAGAAAGAGACAAGCAACTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTTTTCTCAGAATATAATTTTGAAGATCTTAGTGCCTCATTTCGGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216117 CTTTTCTCAGAATATAATTTTGAAGATCTTAGTGCCTCATTTCGGAGCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTATAAGTCAGTTTTTGAGCAGTCACTTAGTCAACAAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 216167 TTATAAGTCAGTTTTTGAGCAGTCACTTAGTCAACAAGGTG...TAGGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGATGAACATCCCTTCTGAATCTTCCCAGCAGTCCCACACTTCATGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219378 TGATGAACATCCCTTCTGAATCTTCCCAGCAGTCCCACACTTCATGTACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TATCAGCACTCTCCCAGCAGTACAGTGAGCACTCACCCACACAGCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219428 TATCAGCACTCTCCCAGCAGTACAGTGAGCACTCACCCACACAGCAACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AAGCAGCCTGTCCAACAGTCATGGCAGTGGCCTCAACACCACAGGCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219478 AAGCAGCCTGTCCAACAGTCATGGCAGTGGCCTCAACACCACAGGCAGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATTCGGTTGCACAGGTCTCACTGTCTCACCCCCAGATGCACCCACAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 219528 ATTCGGTTGCACAGGTCTCACTGTCTCACCCCCAGATGCACACACAGCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TCTCCACATCCTCCCCATCGACCGCATGGTTTACCGCAGCATCCGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219578 TCTCCACATCCTCCCCATCGACCGCATGGTTTACCGCAGCATCCGCAGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TTCCCCACACCCAGCACCACACCCACAGCAACACAGCCAGCTCCAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219628 TTCCCCACACCCAGCACCACACCCACAGCAACACAGCCAGCTCCAGTCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CTCACCCCCAGCATCCCTCTCCACATCAACACATACAGCACCATCCGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219678 CTCACCCCCAGCATCCCTCTCCACATCAACACATACAGCACCATCCGAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CATCAGCATCAGACGTTAACACATCAGGCACCCCCACCCCCACAACAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219728 CATCAGCATCAGACGTTAACACATCAGGCACCCCCACCCCCACAACAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 ATCCTGTAATTCTG         GTGTTTCAAATGATTGGTATGCGACAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 219778 ATCCTGTAATTCTGGTA...TAGGTGTTTCAAATGATTGGTATGCGACAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TTGATATGCTAAAAGAAAGCTGTCGAATTGCCAGCAGTGTTAATTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221717 TTGATATGCTAAAAGAAAGCTGTCGAATTGCCAGCAGTGTTAATTGGTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GATGTAGACCTTTCACAGTTTCAAG         GTCTGATGGAGAGTAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 221767 GATGTAGACCTTTCACAGTTTCAAGGTG...TAGGTCTGATGGAGAGTAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GAGACAGGCAGATCTCAAGAACTGGTCTTTAGACCAGGTTCAGTTTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222182 GAGACAGGCAGATCTCAAGAACTGGTCTTTAGACCAGGTTCAGTTTGCCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ATCTTTGTTCTTCTCTTAATCAGTTCTTTACACAAACTGGCCTTATACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222232 ATCTTTGTTCTTCTCTTAATCAGTTCTTTACACAAACTGGCCTTATACAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 TCACAGAGTAATGTTCAACAAAATGTTTGTCATGGTGCCATGCATCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222282 TCACAGAGTAATGTTCAACAAAATGTTTGTCATGGTGCCATGCATCCAAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 AAAACCTTCCCAACACATTGGAACAG         GAAATTTGTACATAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 222332 AAAACCTTCCCAACACATTGGAACAGGTA...TAGGAAATTTGTACATAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 ATTCTAGGCAAAATCTCCCTCCTTCAGTGATGCCACCCCCTGGTTATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229085 ATTCTAGGCAAAATCTCCCTCCTTCAGTGATGCCACCCCCTGGTTATCCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CATATCCCACAGGCACTCAGCACTCCAGGAACAACGATGGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 229135 CATATCCCACAGGCACTCAGCACTCCAGGAACAACGATGGCAGGTA...C

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1754   GCCATCACAGAGCCATGAACCAGCAGCACATGATGCCTTCCCAAGCCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231267 AGGCCATCACAGAGCCATGAACCAGCAGCACATGATGCCTTCCCAAGCCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TCCAGATGCGGCGTTCCCTGCCTCCAGATGACATCCAGGATGACTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231317 TCCAGATGCGGCGTTCCCTGCCTCCAGATGACATCCAGGATGACTTTGAT

   1950     .    :    .
   1852 TGGGATTCAATTGTG
        |||||||||||||||
 231367 TGGGATTCAATTGTG