seq1 = pF1KA1031.tfa, 2931 bp
seq2 = pF1KA1031/gi568815576f_41220661.tfa (gi568815576f:41220661_41457426), 236766 bp

>pF1KA1031 2931
>gi568815576f:41220661_41457426 (Chr22)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-87  (104904-104937)   100% ->
88-285  (105061-105258)   100% ->
286-444  (106546-106704)   100% ->
445-525  (109363-109443)   98% ->
526-582  (111511-111567)   100% ->
583-625  (117653-117695)   100% ->
626-816  (118341-118531)   100% ->
817-1138  (119156-119477)   100% ->
1139-1197  (120428-120486)   100% ->
1198-1297  (121869-121968)   100% ->
1298-1459  (122755-122916)   100% ->
1460-1665  (125343-125548)   100% ->
1666-1766  (127407-127507)   100% ->
1767-1948  (128460-128641)   100% ->
1949-2034  (130901-130986)   100% ->
2035-2168  (134809-134942)   100% ->
2169-2274  (135097-135202)   100% ->
2275-2383  (135294-135402)   100% ->
2384-2517  (135683-135816)   100% ->
2518-2681  (135985-136148)   100% ->
2682-2931  (136517-136766)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGGCAGAAACGGAAGGCGGACATCGAGAAAGGGCTGCAGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGGCAGAAACGGAAGGCGGACATCGAGAAAGGGCTGCAGTTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCA         GTCGACACTACCCCTAAAGCAAGAAGAATATGAG    
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 TCAGTA...TAGGTCGACACTACCCCTAAAGCAAGAAGAATATGAGGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     88      GCCTTTCTGCTCAAGCTGGTGCAGAATCTGTTTGCTGAGGGCAAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104942 ..CAGGCCTTTCTGCTCAAGCTGGTGCAGAATCTGTTTGCTGAGGGCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GATCTGTTCCGGGAGAAGGACTATAAGCAGGCTCTGGTGCAGTACATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105106 GATCTGTTCCGGGAGAAGGACTATAAGCAGGCTCTGGTGCAGTACATGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGGGCTGAACGTGGCCGACTACGCTGCCTCTGACCAGGTGGCCCTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105156 AGGGCTGAACGTGGCCGACTACGCTGCCTCTGACCAGGTGGCCCTGCCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGGAGCTGCTGTGCAAGCTGCATGTCAATAGGGCCGCCTGCTACTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105206 GGGAGCTGCTGTGCAAGCTGCATGTCAATAGGGCCGCCTGCTACTTCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATG         GGCCTGTATGAGAAGGCGCTGGAGGACAGCGAGAAGGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105256 ATGGTG...CAGGGCCTGTATGAGAAGGCGCTGGAGGACAGCGAGAAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCTGGGCCTGGACAGTGAGAGTATCCGGGCGTTGTTCCGCAAGGCACGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106584 GCTGGGCCTGGACAGTGAGAGTATCCGGGCGTTGTTCCGCAAGGCACGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCTCAATGAACTGGGACGCCACAAGGAGGCCTACGAGTGCAGCAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106634 CTCTCAATGAACTGGGACGCCACAAGGAGGCCTACGAGTGCAGCAGCCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTTCCCTCGCCCTGCCCCAC         GATGAAAGCGTGACTCAGCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106684 TGTTCCCTCGCCCTGCCCCACGTG...CAGGATGAAAGCGTGACTCAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGGTCAAGAGCTGGCCCAGAAACTGGGGCTGCGAGTTCGCAAGGCGTATA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109383 TGGTCAGGAGCTGGCCCAGAAACTGGGGCTGCGAGTTCGCAAGGCGTATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAGGCCCCAG         GAATTGGAAACCTTTTCTCTGCTCAGTAAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109433 AGAGGCCCCAGGTA...CAGGAATTGGAAACCTTTTCTCTGCTCAGTAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGCACTGCGGCTGGCGTGGCAGATCAG         GGAACTTCTAATGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 111541 GGCACTGCGGCTGGCGTGGCAGATCAGGTA...CAGGGAACTTCTAATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ATTGGGGTCCATAGATGACATCGAAACAG         ACTGCTACGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 117667 ATTGGGGTCCATAGATGACATCGAAACAGGTA...CAGACTGCTACGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ACCCTCGAGGCTCCCCAGCCCTTCTCCCCTCCACGCCCACGATGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118353 ACCCTCGAGGCTCCCCAGCCCTTCTCCCCTCCACGCCCACGATGCCCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTCCCTCACGTTCTGGACCTGCTGGCCCCCCTGGACAGCAGCAGGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118403 TTCCCTCACGTTCTGGACCTGCTGGCCCCCCTGGACAGCAGCAGGACCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCCCAGCACCGACAGCCTGGATGACTTCTCAGACGGGGATGTCTTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118453 CCCCAGCACCGACAGCCTGGATGACTTCTCAGACGGGGATGTCTTTGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGAGCTGGACACCCTCCTGGACTCGCTG         TCTCTGGTCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 118503 CAGAGCTGGACACCCTCCTGGACTCGCTGGTG...TAGTCTCTGGTCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GGTGGCCTGTCTGGCAGCGGCGTGCCTAGTGAGTTGCCCCAGCTGATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119168 GGTGGCCTGTCTGGCAGCGGCGTGCCTAGTGAGTTGCCCCAGCTGATACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CGTGTTCCCCGGCGGGACCCCACTGCTACCACCTGTGGTGGGTGGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119218 CGTGTTCCCCGGCGGGACCCCACTGCTACCACCTGTGGTGGGTGGCTCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCCCTGTCTCCAGCCCACTGCCCCCCGCCTCCTTCGGCTTGGTCATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119268 TCCCTGTCTCCAGCCCACTGCCCCCCGCCTCCTTCGGCTTGGTCATGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCCTCCAAGAAGCTGGCCGCCTCTGTGCTGGATGCCCTCGATCCCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119318 CCCTCCAAGAAGCTGGCCGCCTCTGTGCTGGATGCCCTCGATCCCCCGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCCCACGCTGGACCCCCTGGACCTGCTGCCGTACTCGGAGACCCGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119368 CCCCACGCTGGACCCCCTGGACCTGCTGCCGTACTCGGAGACCCGGCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATGCACTCGACAGCTTTGGGTCGACACGAGGCTCCCTGGACAAACCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119418 ATGCACTCGACAGCTTTGGGTCGACACGAGGCTCCCTGGACAAACCTGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCCTTCATGG         AGGAGACCAACTCACAGGACCACCGTCCCCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 119468 TCCTTCATGGGTA...CAGAGGAGACCAACTCACAGGACCACCGTCCCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TAGCGGTGCTCAGAAACCAGCCCCCTCG         CCAGAGCCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 120459 TAGCGGTGCTCAGAAACCAGCCCCCTCGGTG...CAGCCAGAGCCCTGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGCCCAACACTGCCTTGCTCATCAAGAACCCCTTGGCTGCCACCCACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121882 TGCCCAACACTGCCTTGCTCATCAAGAACCCCTTGGCTGCCACCCACGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTCAAGCAGGCCTGCCAGCTCTGCTACCCCAAGACAG         GCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 121932 TTCAAGCAGGCCTGCCAGCTCTGCTACCCCAAGACAGGTA...TAGGCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CCGGGCTGGCGACTACACCTACCGTGAGGGCCTTGAGCACAAGTGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122759 CCGGGCTGGCGACTACACCTACCGTGAGGGCCTTGAGCACAAGTGCAAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GGGACATCCTGCTCGGCCGGCTCCGGAGCTCGGAGGACCAGACCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122809 GGGACATCCTGCTCGGCCGGCTCCGGAGCTCGGAGGACCAGACCTGGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CGGATCCGGCCCCGGCCCACTAAGACCAGCTTCGTGGGCTCCTACTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122859 CGGATCCGGCCCCGGCCCACTAAGACCAGCTTCGTGGGCTCCTACTACCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GTGCAAAG         ACATGATTAACAAGCAGGACTGTAAGTACGGGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 122909 GTGCAAAGGTG...CAGACATGATTAACAAGCAGGACTGTAAGTACGGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ATAACTGCACCTTCGCCTACCATCAGGAGGAGATCGACGTGTGGACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125376 ATAACTGCACCTTCGCCTACCATCAGGAGGAGATCGACGTGTGGACCGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GAGCGGAAGGGCACCCTCAACCGCGACCTGCTCTTCGACCCGCTGGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125426 GAGCGGAAGGGCACCCTCAACCGCGACCTGCTCTTCGACCCGCTGGGGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TGTTAAGCGCGGCAGCCTCACCATCGCCAAGCTCCTGAAGGAGCACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125476 TGTTAAGCGCGGCAGCCTCACCATCGCCAAGCTCCTGAAGGAGCACCAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GCATCTTCACCTTCCTCTGCGAG         ATCTGCTTTGACAGTAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 125526 GCATCTTCACCTTCCTCTGCGAGGTA...CAGATCTGCTTTGACAGTAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CCCCGGATCATCAGCAAAGGCACCAAGGACTCTCCGTCTGTCTGCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127425 CCCCGGATCATCAGCAAAGGCACCAAGGACTCTCCGTCTGTCTGCTCCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CCTGGCTGCCAAGCACAGCTTCTACAACAACAA         GTGCCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 127475 CCTGGCTGCCAAGCACAGCTTCTACAACAACAAGTG...CAGGTGCCTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TGCACATCGTCCGCTCCACCTCCCTCAAGTACTCCAAGATCCGCCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128468 TGCACATCGTCCGCTCCACCTCCCTCAAGTACTCCAAGATCCGCCAGTTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 CAGGAGCACTTCCAGTTCGACGTGTGCCGCCATGAGGTGCGCTACGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128518 CAGGAGCACTTCCAGTTCGACGTGTGCCGCCATGAGGTGCGCTACGGCTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CCTGCGGGAGGACAGCTGCCACTTCGCCCACAGCTTCATCGAGCTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128568 CCTGCGGGAGGACAGCTGCCACTTCGCCCACAGCTTCATCGAGCTCAAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TCTGGCTGCTGCAGCAGTACTCAG         GCATGACCCACGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 128618 TCTGGCTGCTGCAGCAGTACTCAGGTG...CAGGCATGACCCACGAAGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 ATCGTTCAGGAGTCTAAGAAGTACTGGCAGCAGATGGAGGCGCATGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130918 ATCGTTCAGGAGTCTAAGAAGTACTGGCAGCAGATGGAGGCGCATGCGGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 GAAGGCCAGCAGCAGCATG         GGTGCTCCGAGGACACATGGGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 130968 GAAGGCCAGCAGCAGCATGGTA...CAGGGTGCTCCGAGGACACATGGGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 CCAGCACCTTTGACCTGCAGATGAAGTTTGTATGTGGCCAGTGCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134831 CCAGCACCTTTGACCTGCAGATGAAGTTTGTATGTGGCCAGTGCTGGAGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 AACGGGCAGGTGGTGGAGCCTGACAAGGACCTCAAGTACTGTAGTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134881 AACGGGCAGGTGGTGGAGCCTGACAAGGACCTCAAGTACTGTAGTGCCAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 GGCCCGGCACTG         CTGGACCAAGGAGCGGCGGGTCCTTCTGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 134931 GGCCCGGCACTGGTG...CAGCTGGACCAAGGAGCGGCGGGTCCTTCTGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 TGATGTCCAAGGCCAAGAGGAAATGGGTGTCAGTGAGGCCACTGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135126 TGATGTCCAAGGCCAAGAGGAAATGGGTGTCAGTGAGGCCACTGCCATCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 ATTCGTAACTTCCCACAGCAATACGAT         CTCTGCATCCATGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 135176 ATTCGTAACTTCCCACAGCAATACGATGTG...CAGCTCTGCATCCATGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 ACAGAACGGCCGCAAGTGCCAATATGTGGGGAACTGCTCCTTCGCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135308 ACAGAACGGCCGCAAGTGCCAATATGTGGGGAACTGCTCCTTCGCACACA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 GCCCGGAGGAGAGGGACATGTGGACCTTCATGAAGGAGAACAAGA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 135358 GCCCGGAGGAGAGGGACATGTGGACCTTCATGAAGGAGAACAAGAGTG..

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384     TCCTGGACATGCAGCAGACCTATGACATGTGGCTGAAAAAACACAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135408 .CAGTCCTGGACATGCAGCAGACCTATGACATGTGGCTGAAAAAACACAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 CCCAGGAAAGCCTGGAGAAGGGACCCCCATCAGTTCTCGGGAAGGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135729 CCCAGGAAAGCCTGGAGAAGGGACCCCCATCAGTTCTCGGGAAGGGGAGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 AGCAGATCCAGATGCCCACGGACTACGCGGACATCATG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 135779 AGCAGATCCAGATGCCCACGGACTACGCGGACATCATGGTA...CAGATG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 GGCTACCACTGCTGGCTCTGCGGCAAGAACAGCAACAGCAAGAAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135988 GGCTACCACTGCTGGCTCTGCGGCAAGAACAGCAACAGCAAGAAGCAGTG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2571 GCAGCAGCACATCCAGTCCGAGAAGCACAAGGAGAAGGTCTTCACGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136038 GCAGCAGCACATCCAGTCCGAGAAGCACAAGGAGAAGGTCTTCACGTCCG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2621 ACAGTGACGCCAGCGGCTGGGCCTTCCGCTTCCCCATGGGCGAGTTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136088 ACAGTGACGCCAGCGGCTGGGCCTTCCGCTTCCCCATGGGCGAGTTCCGG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2671 CTCTGCGACAG         GCTCCAGAAGGGCAAAGCCTGCCCAGATGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 136138 CTCTGCGACAGGTG...CAGGCTCCAGAAGGGCAAAGCCTGCCCAGATGG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2712 GGACAAGTGCCGCTGCGCCCATGGACAGGAGGAGCTCAACGAGTGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136547 GGACAAGTGCCGCTGCGCCCATGGACAGGAGGAGCTCAACGAGTGGCTGG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2762 ACCGGCGCGAGGTGCTGAAGCAGAAGTTGGCCAAGGCTCGCAAGGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136597 ACCGGCGCGAGGTGCTGAAGCAGAAGTTGGCCAAGGCTCGCAAGGACATG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2812 CTGCTGTGCCCACGGGACGACGACTTTGGCAAATACAACTTCCTGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136647 CTGCTGTGCCCACGGGACGACGACTTTGGCAAATACAACTTCCTGCTGCA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2862 AGAGGACGGGGACCTTGCCGGTGCCACCCCAGAAGCCCCTGCTGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136697 AGAGGACGGGGACCTTGCCGGTGCCACCCCAGAAGCCCCTGCTGCTGCTG

   3100     .    :    .    :
   2912 CCACCGCCACCACTGGGGAG
        ||||||||||||||||||||
 136747 CCACCGCCACCACTGGGGAG