seq1 = pF1KA1023.tfa, 1890 bp
seq2 = pF1KA1023/gi568815591f_2471591.tfa (gi568815591f:2471591_2710159), 238569 bp

>pF1KA1023 1890
>gi568815591f:2471591_2710159 (Chr7)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-199  (100602-100736)   100% ->
200-270  (101828-101898)   100% ->
271-384  (106652-106765)   99% ->
385-435  (106886-106936)   98% ->
436-506  (110990-111060)   100% ->
507-579  (112047-112119)   100% ->
580-629  (112646-112695)   100% ->
630-793  (114618-114781)   100% ->
794-849  (116232-116287)   100% ->
850-1049  (118317-118516)   100% ->
1050-1154  (121432-121536)   100% ->
1155-1245  (123296-123386)   100% ->
1246-1413  (126875-127042)   100% ->
1414-1437  (129851-129874)   100% ->
1438-1548  (133291-133401)   100% ->
1549-1670  (134286-134407)   100% ->
1671-1774  (135534-135637)   100% ->
1775-1890  (138454-138569)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCTGGGCGGCCGAGCGTCCCTGACCCCGCAGAAGCTGTGGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTCTGGGCGGCCGAGCGTCCCTGACCCCGCAGAAGCTGTGGCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACCGCAAAGCCAG         GAAGTCTGACCCAGGCCCTGAACTCAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 AACCGCAAAGCCAGGTA...CAGGAAGTCTGACCCAGGCCCTGAACTCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCTCACCTGGGAGCATGCGTGGACTGGCGTCCCCGGCGGCACTCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100629 CCCTCACCTGGGAGCATGCGTGGACTGGCGTCCCCGGCGGCACTCCTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGTCTGACAGACACCTTCAGAGTGAAGAGGCCACATCTCAGGCGCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100679 TGTCTGACAGACACCTTCAGAGTGAAGAGGCCACATCTCAGGCGCTCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCAACG         GTCATGTCCCTGGGACTCCTGTCTACAGAGAAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100729 CAGCAACGGTG...TAGGTCATGTCCCTGGGACTCCTGTCTACAGAGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGAAGATATGTATGACGAGATTATTGAGTTAAAGAAG         TCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101861 AAGAAGATATGTATGACGAGATTATTGAGTTAAAGAAGGTA...CAGTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTGCACGTGCAGAAGAGCGACGTGGACCTGATGAGAACGAAGCTCCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106655 TTGCACGTGCAGAAGAGCGACGTGGACCTGATGAGAACGAAGCTCCGGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTGGAGGAGGAAAACAGCGGGAAGGACCGGCAGATAGAGCAGCTCCTGG
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 106705 CCTGGAGGAGGAAAACAGCAGGAAGGACCGGCAGATAGAGCAGCTCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATCCCAGCCGC         GGCACGGATCTTGTTCGGACTCTGGCAGAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||| ||||||||||||||||||||
 106755 ATCCCAGCCGCGTA...CAGGGCACGGATTTTGTTCGGACTCTGGCAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAAAGGCCCGATGCCAGTTGG         GTCATTAACGGGCTGAAGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106916 AAAAGGCCCGATGCCAGTTGGGTG...CAGGTCATTAACGGGCTGAAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GAGGATCCTGAAGCTGGAACAGCAGTGCAAGGAGAAGGACGGCACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111010 GAGGATCCTGAAGCTGGAACAGCAGTGCAAGGAGAAGGACGGCACCATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 G         CAAACTCCAGACCGATATGAAGACTACCAACCTGGAAGAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111060 GGTG...CAGCAAACTCCAGACCGATATGAAGACTACCAACCTGGAAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATGCGGATCGCCATGGAGACATACTACGAGGAG         GTGCATCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 112087 ATGCGGATCGCCATGGAGACATACTACGAGGAGGTG...CAGGTGCATCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TCTCCAGACCCTCTTGGCAAGTTCTGAAACCACCGGAAAGAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 112654 TCTCCAGACCCTCTTGGCAAGTTCTGAAACCACCGGAAAGAAGTA...CA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    630  GCCCCTGGGGGAGAAGAAGACGGGCGCCAAAAGGCAGAAGAAGATGGGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114617 GGCCCCTGGGGGAGAAGAAGACGGGCGCCAAAAGGCAGAAGAAGATGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AGTGCCCTCCTGAGCTTGTCCCGGAGTGTCCAGGAGCTCACGGAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114667 AGTGCCCTCCTGAGCTTGTCCCGGAGTGTCCAGGAGCTCACGGAAGAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CCAGAGCCTGAAGGAGGACCTGGACCGCGTGCTGAGCACCTCCCCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114717 CCAGAGCCTGAAGGAGGACCTGGACCGCGTGCTGAGCACCTCCCCAACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TCTCCAAGACACAGG         GTTATGTGGAGTGGAGCAAGCCCCGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 114767 TCTCCAAGACACAGGGTA...CAGGTTATGTGGAGTGGAGCAAGCCCCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CTGCTGAGGCGCATTGTGGAGCTGGAGAAG         AAACTAAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 116258 CTGCTGAGGCGCATTGTGGAGCTGGAGAAGGTG...CAGAAACTAAGTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GATGGAGAGCTCAAAATCACACGCCGCAGAGCCAGTCAGATCACACCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118328 GATGGAGAGCTCAAAATCACACGCCGCAGAGCCAGTCAGATCACACCCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CAGCCTGCCTTGCATCCAGCTCTGCGCTGCACAGACAGCCACGAGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118378 CAGCCTGCCTTGCATCCAGCTCTGCGCTGCACAGACAGCCACGAGGGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CGCAACAAGGACCACGAGCGTCTCCGAGGGGCTGTGAGAGACCTGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118428 CGCAACAAGGACCACGAGCGTCTCCGAGGGGCTGTGAGAGACCTGAAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AGAGCGGACCGCGCTGCAGGAGCAGCTGCTGCAGAGAGA         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 118478 AGAGCGGACCGCGCTGCAGGAGCAGCTGCTGCAGAGAGAGTA...CAGTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TGGAGGTGAAGCAGCTCCTGCAGGCGAAGGCCGACCTGGAGAAGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121434 TGGAGGTGAAGCAGCTCCTGCAGGCGAAGGCCGACCTGGAGAAGGAGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GAGTGCGCGAGGGAGGGCGAGGAGGAGAGGAGAGAGCGAGAGGAGGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121484 GAGTGCGCGAGGGAGGGCGAGGAGGAGAGGAGAGAGCGAGAGGAGGTTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GAG         AGAGGAGATTCAGACACTTACCAGCAAGCTCCAAGAAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121534 GAGGTA...TAGAGAGGAGATTCAGACACTTACCAGCAAGCTCCAAGAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TGCAAGAAATGAAGAAAGAAGAGAAAGAGGATTGCCCGGAAGTTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123334 TGCAAGAAATGAAGAAAGAAGAGAAAGAGGATTGCCCGGAAGTTCCTCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AAG         GCCCAAGAGCTCCCAGCTCCCACTCCCAGCAGCAGGCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123384 AAGGTA...CAGGCCCAAGAGCTCCCAGCTCCCACTCCCAGCAGCAGGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 CTGCGAGCAAGACTGGCCGCCGGATTCCAGCGAGGAGGGGCTCCCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126913 CTGCGAGCAAGACTGGCCGCCGGATTCCAGCGAGGAGGGGCTCCCGCGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CCCGCTCCCCCTGCTCTGATGGGAGAAGAGACGCCGCGGCCAGAGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126963 CCCGCTCCCCCTGCTCTGATGGGAGAAGAGACGCCGCGGCCAGAGTCCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CAGGCCCAGTGGAAGGTGTACAAGCACAAG         AAAAAAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 127013 CAGGCCCAGTGGAAGGTGTACAAGCACAAGGTG...CAGAAAAAAAAGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 TGTTCTGGATGAG         GCGGCTGTGGTGCTTCAGGCAGCTTTCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 129862 TGTTCTGGATGAGGTA...CAGGCGGCTGTGGTGCTTCAGGCAGCTTTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 GGGGACATCTCACGCGGACAAAGCTCTTAGCAAGCAAAGCACATGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133319 GGGGACATCTCACGCGGACAAAGCTCTTAGCAAGCAAAGCACATGGCTCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 GAGCCACCCAGCGTGCCAGGCCTCCCAGACCAG         AGCTCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 133369 GAGCCACCCAGCGTGCCAGGCCTCCCAGACCAGGTA...CAGAGCTCTCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 TGTGCCCCGCGTTCCGAGCCCCATCGCCCAGGCCACGGGCAGCCCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134294 TGTGCCCCGCGTTCCGAGCCCCATCGCCCAGGCCACGGGCAGCCCTGTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 AGGAGGAGGCCATCGTCATCATCCAGTCCGCTCTGCGGGCACACCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134344 AGGAGGAGGCCATCGTCATCATCCAGTCCGCTCTGCGGGCACACCTGGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 CGGGCCAGGCACAG         TGCTACCGGTAAAAGAACCACCACCGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 134394 CGGGCCAGGCACAGGTG...CAGTGCTACCGGTAAAAGAACCACCACCGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 AGCTTCTACCAGGAGGAGATCGGCTTCAGCCACACACGGGGACGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135561 AGCTTCTACCAGGAGGAGATCGGCTTCAGCCACACACGGGGACGCCTCCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 CCCCACCCTTCCTCGCAGCTCTTCCTG         ACCCCTCTCCCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 135611 CCCCACCCTTCCTCGCAGCTCTTCCTGGTA...CAGACCCCTCTCCCTCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 GGGCCACAGGCCTTGGCACCTCTACCTGGGGATGACGTCAACTCCGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138468 GGGCCACAGGCCTTGGCACCTCTACCTGGGGATGACGTCAACTCCGATGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 TTCCGACGATATTGTCATTGCACCGTCTCTGCCCACGAAGAACTTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138518 TTCCGACGATATTGTCATTGCACCGTCTCTGCCCACGAAGAACTTTCCAG

   2050 
   1889 TT
        ||
 138568 TT