seq1 = pF1KA1018.tfa, 3051 bp
seq2 = pF1KA1018/gi568815583f_30804664.tfa (gi568815583f:30804664_31037253), 232590 bp

>pF1KA1018 3051
>gi568815583f:30804664_31037253 (Chr15)

1-1234  (100001-101234)   100% ->
1235-1375  (103455-103595)   100% ->
1376-1577  (105951-106152)   99% ->
1578-1811  (109195-109428)   100% ->
1812-1943  (113501-113632)   100% ->
1944-2052  (115882-115990)   100% ->
2053-2172  (117572-117691)   100% ->
2173-2337  (120464-120628)   100% ->
2338-2488  (121126-121276)   100% ->
2489-2592  (123890-123993)   100% ->
2593-2787  (124540-124734)   100% ->
2788-2916  (125880-126008)   100% ->
2917-3051  (132456-132590)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGTCAGAAGGGAAACCTCCTGACAAAAAAAGGCCTCGTAGAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGTCAGAAGGGAAACCTCCTGACAAAAAAAGGCCTCGTAGAAGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCAATCAGCAAGAATAAGAAAAAAGCATCTAATTCTATTATTTCGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCAATCAGCAAGAATAAGAAAAAAGCATCTAATTCTATTATTTCGTGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTAACAATGCACCACCTGCTAAACTTGCCTGCCCCGTTTGCAGTAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTAACAATGCACCACCTGCTAAACTTGCCTGCCCCGTTTGCAGTAAAATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGCCTAGATATGACTTAAACCGGCACCTTGATGAAATGTGTGCTAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGCCTAGATATGACTTAAACCGGCACCTTGATGAAATGTGTGCTAACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGACTTCGTTCAAGTGGATCCAGGGCAGGTTGGCTTAATAAATTCAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGACTTCGTTCAAGTGGATCCAGGGCAGGTTGGCTTAATAAATTCAAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTCTATGGTAGATTTAACCAGTGTTACCTTAGAAGATGTAACACCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTCTATGGTAGATTTAACCAGTGTTACCTTAGAAGATGTAACACCTAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGTCACCACCACCAAAGACAAATTTAACCCCTGGCCAAAGTGATTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGTCACCACCACCAAAGACAAATTTAACCCCTGGCCAAAGTGATTCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AAAAAGGGAAGTAAAGCAGAAGATCAGTCCCTACTTTAAAAGTAATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AAAAAGGGAAGTAAAGCAGAAGATCAGTCCCTACTTTAAAAGTAATGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGTGTGCAAAAATCAAGATGAGCTGAGAAATCGTAGTGTGAAAGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGTGTGCAAAAATCAAGATGAGCTGAGAAATCGTAGTGTGAAAGTCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGTTTGGGAAGCCTAGCATCTAAATTGTCCAGAAAATACGTAAAGGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGTTTGGGAAGCCTAGCATCTAAATTGTCCAGAAAATACGTAAAGGCTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AAAATCAATAGATAAGGATGAAGAATTTGCCGGTTCTAGTCCACAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AAAATCAATAGATAAGGATGAAGAATTTGCCGGTTCTAGTCCACAGAGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCAAATCCACAGTTGTTAAGAGCCTGATTGATAACTCTTCAGAAATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCAAATCCACAGTTGTTAAGAGCCTGATTGATAACTCTTCAGAAATTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GACGAGGATCAAATTTTGGAGAACAGTTCTCAAAAAGAAAACGTGTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GACGAGGATCAAATTTTGGAGAACAGTTCTCAAAAAGAAAACGTGTTTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATGTGATTCTCTAAAGGAAGAGTGCATTCCTGAACATATGGTAAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATGTGATTCTCTAAAGGAAGAGTGCATTCCTGAACATATGGTAAGAGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTAAAATAATGGAAGCCGAAAGCCAAAAGGCTACCCGGGAATGTGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GTAAAATAATGGAAGCCGAAAGCCAAAAGGCTACCCGGGAATGTGAGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCAGCCCTCACCCCTGGATTCTCAGATAATGCGATCATGTTATTCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCAGCCCTCACCCCTGGATTCTCAGATAATGCGATCATGTTATTCTCACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGATTTCACTCTTAGGAATACATTAAAGTCTACTTCAGAAGACAGTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGATTTCACTCTTAGGAATACATTAAAGTCTACTTCAGAAGACAGTCTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TAAAGCAAGAGTGTATCAAAGAAGTGGTTGAAAAACGTGAGGCATGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TAAAGCAAGAGTGTATCAAAGAAGTGGTTGAAAAACGTGAGGCATGTCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TGTGAAGAAGTAAAAATGACTGTTGCTTCAGAAGCTAAAATACAGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TGTGAAGAAGTAAAAATGACTGTTGCTTCAGAAGCTAAAATACAGCTGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AGATTCAGAGGCAAAATCTCATAGTTCTGCAGATGATGCTTCTGCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AGATTCAGAGGCAAAATCTCATAGTTCTGCAGATGATGCTTCTGCATGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GTAACATCCAAGAGGCTCCTCTGCAGGATGACAGTTGCTTAAACAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GTAACATCCAAGAGGCTCCTCTGCAGGATGACAGTTGCTTAAACAATGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ATCCCTCACAGCATTCCTTTGGAGCAGGGGTCAAGCTGCAATGGTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ATCCCTCACAGCATTCCTTTGGAGCAGGGGTCAAGCTGCAATGGTCCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TCAAACAACCGGTCATCCTTACTACCTTCGGAGTTTCCTTGTGGTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TCAAACAACCGGTCATCCTTACTACCTTCGGAGTTTCCTTGTGGTGCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AAACCGTACTTGAGAATGAAGATGATATGTTGCTCTTTGATGAGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AAACCGTACTTGAGAATGAAGATGATATGTTGCTCTTTGATGAGCAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AAGGGAATTGTAACTAAATTTTATCAGTTATCAG         CTACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101201 AAGGGAATTGTAACTAAATTTTATCAGTTATCAGGTA...CAGCTACTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TCAGAAGTTATATGTAAGGCTCTTTCAACGTAAATTAAGCTGGATTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103462 TCAGAAGTTATATGTAAGGCTCTTTCAACGTAAATTAAGCTGGATTAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TGACCAAATTAGAGTATGAAGAGATTGCCTTAGACTTAACACCTGTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103512 TGACCAAATTAGAGTATGAAGAGATTGCCTTAGACTTAACACCTGTGATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 GAAGAATTGACGAATGCAGGCTTTCTACAGACAG         AATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103562 GAAGAATTGACGAATGCAGGCTTTCTACAGACAGGTA...CAGAATCTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 GTTGCAAGAACTCTCTGAAGTGCTTGAACTCCTTTCTGCTCCTGAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105958 GTTGCAAGAACTCTCTGAAGTGCTTGAACTCCTTTCTGCTCCTGAACTAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 AATCCCTAGCCAAGACCTTCCACTTGGCGAATCCCAATGGACAGAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 106008 AATCCCTAGCCAAGACCTTCCACTTGGTGAATCCCAATGGACAGAAACAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 CAGCTGGTGGACGCCTTTCTCAAATTGGCCAAACAGCGTTCAGTCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106058 CAGCTGGTGGACGCCTTTCTCAAATTGGCCAAACAGCGTTCAGTCTGCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 TTGGGGCAAGAATAAGCCTGGAATTGGTGCAGTGATTTTAAAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 106108 TTGGGGCAAGAATAAGCCTGGAATTGGTGCAGTGATTTTAAAAAGGTT..

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1578     AGCCAAAGCCTTGGCTGGACAGTCAGTACGAATCTGTAAAGGCCCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106158 .CAGAGCCAAAGCCTTGGCTGGACAGTCAGTACGAATCTGTAAAGGCCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 AGGGCTGTGTTTTCCCGCATCTTGCTACTGTTTTCGTTGACCGACTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109241 AGGGCTGTGTTTTCCCGCATCTTGCTACTGTTTTCGTTGACCGACTCAAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 GGAAGATGAAGACGCCGCTTGTGGAGGTCAGGGACAGCTTTCAACAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109291 GGAAGATGAAGACGCCGCTTGTGGAGGTCAGGGACAGCTTTCAACAGTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 TGTTGGTCAACCTCGGCCGAATGGAGTTTCCTAGTTACACCATCAATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109341 TGTTGGTCAACCTCGGCCGAATGGAGTTTCCTAGTTACACCATCAATCGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 AAAACCCACATCTTCCAAGACAGAGATGATCTTATCAG         ATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 109391 AAAACCCACATCTTCCAAGACAGAGATGATCTTATCAGGTA...CAGATA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 TGCAGCAGCCACGCACATGCTGAGTGACATTTCTTCCGCAATGGCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113504 TGCAGCAGCCACGCACATGCTGAGTGACATTTCTTCCGCAATGGCCAATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 GGAACTGGGAAGAAGCTAAGGAGCTCGCTCAGTGTGCAAAAAGGGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113554 GGAACTGGGAAGAAGCTAAGGAGCTCGCTCAGTGTGCAAAAAGGGATTGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 AACAGACTGAAAAACCACCCTTCTCTGAG         ATGCCACGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 113604 AACAGACTGAAAAACCACCCTTCTCTGAGGTG...TAGATGCCACGAAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 TTTACCACTCTTCCTGCGGTGTTTCACTGTTGGGTGGATTTATACAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115894 TTTACCACTCTTCCTGCGGTGTTTCACTGTTGGGTGGATTTATACAAGGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 TTTTGTCTCGGTTTGTGGAAATACTGCAGAGACTTCACATGTATGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 115944 TTTTGTCTCGGTTTGTGGAAATACTGCAGAGACTTCACATGTATGAGGTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2053       GAAGCCGTCAGAGAACTTGAAAGCCTTTTGTCTCAGAGAATTTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115994 ...TAGGAAGCCGTCAGAGAACTTGAAAGCCTTTTGTCTCAGAGAATTTA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 TTGTCCTGACAGCAGAGGCCGATGGTGGGATCGACTGGCCCTTAATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117616 TTGTCCTGACAGCAGAGGCCGATGGTGGGATCGACTGGCCCTTAATTTAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2147 ACCAGCACTTGAAGCGCCTGGAACCG         ACTATCAAGTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 117666 ACCAGCACTTGAAGCGCCTGGAACCGGTA...CAGACTATCAAGTGCATC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 ACAGAGGGGCTGGCGGATCCGGAAGTCAGAACGGGACACCGCCTTTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120479 ACAGAGGGGCTGGCGGATCCGGAAGTCAGAACGGGACACCGCCTTTCACT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 GTATCAGCGAGCCGTGCGCCTGCGAGAGTCTCCGAGCTGTAAAAAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120529 GTATCAGCGAGCCGTGCGCCTGCGAGAGTCTCCGAGCTGTAAAAAGTTCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2288 AGCACCTCTTCCAGCAGCTCCCAGAAATGGCTGTGCAAGATGTGAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120579 AGCACCTCTTCCAGCAGCTCCCAGAAATGGCTGTGCAAGATGTGAAACAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2338          GTGACCATCACAGGCAGGCTGTGCCCACAGCGTGGGATGTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120629 GTG...CAGGTGACCATCACAGGCAGGCTGTGCCCACAGCGTGGGATGTG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2379 CAAGTCTGTGTTTGTGATGGAGGCCGGGGAGGCCGCTGACCCCACCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121167 CAAGTCTGTGTTTGTGATGGAGGCCGGGGAGGCCGCTGACCCCACCACGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2429 TCCTGTGCTCTGTGGAGGAGCTGGCACTGGCCCATTACAGACGCAGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121217 TCCTGTGCTCTGTGGAGGAGCTGGCACTGGCCCATTACAGACGCAGCGGT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2479 TTTGACCAGG         GGATTCATGGCGAAGGGTCCACCTTCAGCAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 121267 TTTGACCAGGGTA...TAGGGATTCATGGCGAAGGGTCCACCTTCAGCAC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2520 CCTGTATGGCCTCCTCCTGTGGGACATCATCTTCATGGATGGGATTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123921 CCTGTATGGCCTCCTCCTGTGGGACATCATCTTCATGGATGGGATTCCGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2570 ATGTCTTCAGAAACGCCTGTCAG         GCATTCCCCCTGGACTTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 123971 ATGTCTTCAGAAACGCCTGTCAGGTA...CAGGCATTCCCCCTGGACTTG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2611 TGCACAGACAGCTTCTTCACAAGCAGACGCCCAGCCCTTGAGGCCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124558 TGCACAGACAGCTTCTTCACAAGCAGACGCCCAGCCCTTGAGGCCAGGCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2661 GCAGCTGATTCATGATGCCCCCGAGGAGAGCCTGCGGGCCTGGGTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124608 GCAGCTGATTCATGATGCCCCCGAGGAGAGCCTGCGGGCCTGGGTGGCAG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2711 CCACGTGGCATGAGCAGGAAGGCAGAGTGGCTTCCCTTGTCAGCTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124658 CCACGTGGCATGAGCAGGAAGGCAGAGTGGCTTCCCTTGTCAGCTGGGAT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2761 CGCTTCACGTCTCTTCAGCAAGCTCAG         GATCTTGTCTCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 124708 CGCTTCACGTCTCTTCAGCAAGCTCAGGTA...CAGGATCTTGTCTCCTG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2802 CCTGGGGGGCCCTGTGCTCAGTGGTGTGTGCAGGCACCTGGCTGCTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125894 CCTGGGGGGCCCTGTGCTCAGTGGTGTGTGCAGGCACCTGGCTGCTGACT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2852 TTCGACACTGTCGAGGGGGCCTCCCCGACCTGGTGGTGTGGAACTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125944 TTCGACACTGTCGAGGGGGCCTCCCCGACCTGGTGGTGTGGAACTCCCAG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2902 AGCCGTCACTTTAAG         CTGGTGGAAGTTAAAGGCCCCAATGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 125994 AGCCGTCACTTTAAGGTC...CAGCTGGTGGAAGTTAAAGGCCCCAATGA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2943 TCGTCTTTCACATAAGCAGATGATCTGGCTGGCTGAACTGCAGAAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132482 TCGTCTTTCACATAAGCAGATGATCTGGCTGGCTGAACTGCAGAAGCTGG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2993 GGGCTGAAGTAGAAGTCTGCCATGTGGTTGCAGTTGGAGCTAAGAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132532 GGGCTGAAGTAGAAGTCTGCCATGTGGTTGCAGTTGGAGCTAAGAGCCAA

   3150     .
   3043 AGCCTTAGC
        |||||||||
 132582 AGCCTTAGC