seq1 = pF1KA1017.tfa, 3045 bp
seq2 = pF1KA1017/gi568815587r_18179885.tfa (gi568815587r:18179885_18410875), 230991 bp

>pF1KA1017 3045
>gi568815587r:18179885_18410875 (Chr11)

(complement)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-269  (101797-101930)   100% ->
270-482  (104529-104741)   99% ->
483-554  (105383-105454)   100% ->
555-643  (109960-110048)   100% ->
644-822  (111906-112084)   100% ->
823-981  (113159-113317)   99% ->
982-1168  (113892-114078)   100% ->
1169-1292  (114754-114877)   100% ->
1293-1442  (115707-115856)   100% ->
1443-1520  (117900-117977)   100% ->
1521-2098  (118857-119434)   100% ->
2099-2219  (122863-122983)   100% ->
2220-2375  (123186-123341)   100% ->
2376-2495  (124166-124285)   100% ->
2496-2609  (125417-125530)   100% ->
2610-2716  (126975-127081)   100% ->
2717-2987  (128656-128926)   100% ->
2988-3045  (130934-130991)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATGTGTCTTCAGAACACAAAGGCCGAAGAGTCACAGCTCTCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTATGTGTCTTCAGAACACAAAGGCCGAAGAGTCACAGCTCTCTGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGATACAGCTATTCTTAGAGTTTTTGTAGGTGATCATGCTGGGAAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGATACAGCTATTCTTAGAGTTTTTGTAGGTGATCATGCTGGGAAGGTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCTATCAAACTCAATACTTCTAAACAAGCAAAG         GCAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 CTGCTATCAAACTCAATACTTCTAAACAAGCAAAGGTG...TAGGCAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGCTTTTGTGATGTTTCCTGTTCAGACAATCACAACTGTTGACTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101803 GCTGCTTTTGTGATGTTTCCTGTTCAGACAATCACAACTGTTGACTCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTTGTACAGTTAGATTATTTGGATGGAAGGCTACTTATATCTTCACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101853 TGTTGTACAGTTAGATTATTTGGATGGAAGGCTACTTATATCTTCACTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCGATCCTTCTTGTGTGACACTGAGAG         AGAAAAGTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101903 CTCGATCCTTCTTGTGTGACACTGAGAGGTA...TAGAGAAAAGTTTTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAATTGGAAACAAGGAAAGAGATGGAGAATATGGAGCTTGTTTCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104542 AAAATTGGAAACAAGGAAAGAGATGGAGAATATGGAGCTTGTTTCTTTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGAAGATGTTCTGGGGGCCAGCAACCTCTGATATATTGTGCTCGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104592 TGGAAGATGTTCTGGGGGCCAGCAACCTCTGATATATTGTGCTCGCCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCTCTAGGATGTGGGAAGTGAACTTTGATGGAGAAGTTATAAGTACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104642 GCTCTAGGATGTGGGAAGTGAACTTTGATGGAGAAGTTATAAGTACACAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGTTCAAGAAACTCCTCTCGTTGCCACCTCTCCCTGTGATTACTCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 104692 CAGTTCAAGAAACTCCTCTCGTTGCCACCTCTCCCTGTGATTACTCTCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483          ATCAGAACCTCAGTATGATCATACAGCTGGATCCTCCCAGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104742 GTA...TAGATCAGAACCTCAGTATGATCATACAGCTGGATCCTCCCAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTTTGTCTTTCCCCAAACTCTTACATCTTAG         TGAGCATTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105424 CTTTGTCTTTCCCCAAACTCTTACATCTTAGGTA...CAGTGAGCATTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGCTGACTTGGACAGAAAGAGGAATTTATATTTTCATTCCTCAGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109970 GTGCTGACTTGGACAGAAAGAGGAATTTATATTTTCATTCCTCAGAATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCAAGTTCTTCTTTGGAGTGAAGTCAAAG         ATATTCAGGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 110020 TCAAGTTCTTCTTTGGAGTGAAGTCAAAGGTA...TAGATATTCAGGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGCTGTCTGTAGGAATGAATTGTTCTGTTTGCACCTAAATGGGAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111918 TGGCTGTCTGTAGGAATGAATTGTTCTGTTTGCACCTAAATGGGAAAGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCACATCTCTCCCTGATATCTGTGGAGCGCTGTGTGGAACGCCTGCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111968 TCACATCTCTCCCTGATATCTGTGGAGCGCTGTGTGGAACGCCTGCTAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAGAGGCCTATGGAACTTGGCTGCTCGTACATGCTGTCTTTTCCAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112018 AAGAGGCCTATGGAACTTGGCTGCTCGTACATGCTGTCTTTTCCAAAATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGTCATTGCCAGCAGA         GCAAGAAAAACTTTGACTGCAGAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 112068 CTGTCATTGCCAGCAGAGTG...TAGGCAAGAAAAACTTTGACTGCAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAATTGGAGCATTTGAAATCTCAGCTGGACCATGGCACCTACAATGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113183 AAATTGGAGCATTTGAAATCTCAGCTGGACCATGGCACCTACAATGATCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AATTTCTCAAATGGAAGAATTGATCTTAAAATTTGAACCTTTGGATTCAG
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113233 AATTTCTCAACTGGAAGAATTGATCTTAAAATTTGAACCTTTGGATTCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTTGTAGCAGTAGAAGAAGCTCCATTTCATCACAT         GAAAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 113283 CTTGTAGCAGTAGAAGAAGCTCCATTTCATCACATGTA...TAGGAAAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTCAGCATCTTGGACTCTGGTATTTATCGTATCATTAGTAGTAGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113898 TTCAGCATCTTGGACTCTGGTATTTATCGTATCATTAGTAGTAGAAGAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAGTCAGTCAGATGAAGACTCTTGCTCCCTTCACAGCCAAACCCTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113948 CAGTCAGTCAGATGAAGACTCTTGCTCCCTTCACAGCCAAACCCTCTCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AAGATGAGAGATTTAAAGAATTCACCTCACAGCAGGAAGAGGACCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113998 AAGATGAGAGATTTAAAGAATTCACCTCACAGCAGGAAGAGGACCTGCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GATCAGTGTTGTGGCTCACACGGAAATGAAG         ACAATGTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 114048 GATCAGTGTTGTGGCTCACACGGAAATGAAGGTG...TAGACAATGTTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TCATGCTCCAGTGATGTTTGAGACAGATAAGAATGAAACTTTTCTCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114764 TCATGCTCCAGTGATGTTTGAGACAGATAAGAATGAAACTTTTCTCCCGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCGGCATTCCATTACCATTTCGTTCTCCATCTCCTCTTGTGTCTCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114814 TCGGCATTCCATTACCATTTCGTTCTCCATCTCCTCTTGTGTCTCTTCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GCTGTCAAAGAAAG         TGTTTCTAGCTTTGTGCGTAAAACTAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 114864 GCTGTCAAAGAAAGGTA...TAGTGTTTCTAGCTTTGTGCGTAAAACTAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGAGAAGATTGGCACCCTTCACACGAGCCCTGATCTGAAAGTGAGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115734 TGAGAAGATTGGCACCCTTCACACGAGCCCTGATCTGAAAGTGAGACCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGCTCAGGGGTGATGAGCAATCATGTGAAGAGGATGTGAGTTCAGATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115784 AGCTCAGGGGTGATGAGCAATCATGTGAAGAGGATGTGAGTTCAGATACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TGCCCAAAGGAGGAAGACACTGA         GGAGGAAAAAGAGGTAAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 115834 TGCCCAAAGGAGGAAGACACTGAGTA...TAGGGAGGAAAAAGAGGTAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TAGTCCACCTCCAGAAGAAGACAGGTTCCAGGAGCTTAAAGTAGCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117918 TAGTCCACCTCCAGAAGAAGACAGGTTCCAGGAGCTTAAAGTAGCAACAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CAGAAGCAAT         GACCAAGCTACAGGACCCTCTGGTTTTATTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 117968 CAGAAGCAATGTG...TAGGACCAAGCTACAGGACCCTCTGGTTTTATTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GAATCCGAGTCTCTGAGAATGGTTTTACAGGAGTGGCTTTCACATTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118888 GAATCCGAGTCTCTGAGAATGGTTTTACAGGAGTGGCTTTCACATTTAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 AAAAACATTTGCCATGAAGGACTTTTCAGGTGTTTCAGATACTGACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118938 AAAAACATTTGCCATGAAGGACTTTTCAGGTGTTTCAGATACTGACAACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CATCCATGAAATTGAACCAGGATGTGCTATTAGTTAATGAATCAAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118988 CATCCATGAAATTGAACCAGGATGTGCTATTAGTTAATGAATCAAAAAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GGAATATTAGATGAAGATAATGAAAAAGAAAAAAGGGACTCTTTAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119038 GGAATATTAGATGAAGATAATGAAAAAGAAAAAAGGGACTCTTTAGGCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TGAAGAATCTGTTGATAAAACAGCATGTGAATGTGTAAGGAGTCCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119088 TGAAGAATCTGTTGATAAAACAGCATGTGAATGTGTAAGGAGTCCAAGGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 AGTCTTTGGATGACCTGTTTCAAATATGTTCTCCATGCGCCATTGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119138 AGTCTTTGGATGACCTGTTTCAAATATGTTCTCCATGCGCCATTGCAAGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GGTCTTCGGAACGACCTGGCTGAATTGACAACATTATGTTTGGAGTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119188 GGTCTTCGGAACGACCTGGCTGAATTGACAACATTATGTTTGGAGTTGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 TGTATTGAATTCTAAGATCAAAAGCACCAGTGGACATGTGGACCACACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119238 TGTATTGAATTCTAAGATCAAAAGCACCAGTGGACATGTGGACCACACTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 TGCAACAGTACTCTCCTGAAATTCTGGCTTGCCAGTTCCTGAAGAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119288 TGCAACAGTACTCTCCTGAAATTCTGGCTTGCCAGTTCCTGAAGAAGTAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 TTTTTTCTCCTGAACTTGAAAAGAGCGAAGGAGAGTATCAAGCTTAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119338 TTTTTTCTCCTGAACTTGAAAAGAGCGAAGGAGAGTATCAAGCTTAGTTA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 CAGTAATAGCCCTTCTGTTTGGGATACTTTTATTGAAGGATTGAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 119388 CAGTAATAGCCCTTCTGTTTGGGATACTTTTATTGAAGGATTGAAAGGTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2099       AAATGGCAAGTTCCAATCCTGTGTATATGGAGATGGAAAAAGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119438 ...CAGAAATGGCAAGTTCCAATCCTGTGTATATGGAGATGGAAAAAGGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 GATCTACCAACAAGGTTAAAGTTACTAGATGACGAGGTTCCTTTTGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122907 GATCTACCAACAAGGTTAAAGTTACTAGATGACGAGGTTCCTTTTGATAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 TCCGTTGTTGGTTGTTTATGCTACCCG         GTTGTATGAAAAGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 122957 TCCGTTGTTGGTTGTTTATGCTACCCGGTA...CAGGTTGTATGAAAAGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 TTGGGGAGTCTGCTCTTCGATCCTTAATCAAGTTCTTTCCATCCATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123200 TTGGGGAGTCTGCTCTTCGATCCTTAATCAAGTTCTTTCCATCCATTTTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 CCATCGGATATCATACAACTTTGTCATCATCATCCTGCTGAGTTTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123250 CCATCGGATATCATACAACTTTGTCATCATCATCCTGCTGAGTTTTTGGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 CTATTTAGACAGTCTGGTGAAATCAAGGCCTGAAGATCAGCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 123300 CTATTTAGACAGTCTGGTGAAATCAAGGCCTGAAGATCAGCGGTG...TA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2376  GTCATCTTTTCTTGAGTCCCTTCTGCAACCAGAGTCTTTAAGGTTGGAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124165 GGTCATCTTTTCTTGAGTCCCTTCTGCAACCAGAGTCTTTAAGGTTGGAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 TGGCTGCTTTTGGCAGTGTCCCTTGATGCTCCACCAAGCACCAGCACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124215 TGGCTGCTTTTGGCAGTGTCCCTTGATGCTCCACCAAGCACCAGCACAAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2475 GGATGATGAAGGTTATCCCAG         GCCTCATTCACACTTGCTTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 124265 GGATGATGAAGGTTATCCCAGGTA...TAGGCCTCATTCACACTTGCTTT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 CCTGGGGTTACAGTCAGCTGATCCTTCATCTAATTAAACTTCCTGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125437 CCTGGGGTTACAGTCAGCTGATCCTTCATCTAATTAAACTTCCTGCAGAT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2566 TTTATAACCAAAGAGAAAATGACAGACATCTGCAGGTCTTGTGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 125487 TTTATAACCAAAGAGAAAATGACAGACATCTGCAGGTCTTGTGGGTA...

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2610    TTTCTGGCCTGGATATCTAATTCTCTGTTTGGAGCTGGAGAGAAGAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126972 AAGTTTCTGGCCTGGATATCTAATTCTCTGTTTGGAGCTGGAGAGAAGAA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 GAGAGGCCTTCACCAATATTGTGTATCTGAATGATATGAGCCTGATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127022 GAGAGGCCTTCACCAATATTGTGTATCTGAATGATATGAGCCTGATGGAA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2707 GGGGACAATG         GTTGGATCCCAGAGACCGTGGAGGAATGGAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 127072 GGGGACAATGGTA...TAGGTTGGATCCCAGAGACCGTGGAGGAATGGAA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2748 GCTTCTCCTTCATCTCATACAGAGCAAGAGCACGAGGCCAGCCCCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128687 GCTTCTCCTTCATCTCATACAGAGCAAGAGCACGAGGCCAGCCCCCCAGG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2798 AGTCACTAAATGGGAGCCTCAGTGATGGGCCTTCCCCCATCAATGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128737 AGTCACTAAATGGGAGCCTCAGTGATGGGCCTTCCCCCATCAATGTGGAG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2848 AATGTGGCACTTCTGTTAGCTAAGGCCATGGGCCCAGATCGGGCTTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128787 AATGTGGCACTTCTGTTAGCTAAGGCCATGGGCCCAGATCGGGCTTGGTC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2898 ACTGCTACAGGAATGTGGTCTGGCCCTTGAGTTGTCAGAGAAGTTTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128837 ACTGCTACAGGAATGTGGTCTGGCCCTTGAGTTGTCAGAGAAGTTTACCA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2948 GAACCTGCGATATCCTGAGGATTGCTGAGAAAAGGCAGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 128887 GAACCTGCGATATCCTGAGGATTGCTGAGAAAAGGCAGAGGTA...CAGG

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2989 GCCTTGATACAAAGCATGCTTGAAAAATGCGATCGGTTTCTCTGGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130935 GCCTTGATACAAAGCATGCTTGAAAAATGCGATCGGTTTCTCTGGTCCCA

   3200     .
   3039 GCAGGCC
        |||||||
 130985 GCAGGCC