seq1 = pF1KA1016.tfa, 2184 bp
seq2 = pF1KA1016/gi568815585f_46453397.tfa (gi568815585f:46453397_46841845), 388449 bp

>pF1KA1016 2184
>gi568815585f:46453397_46841845 (Chr13)

1-307  (100001-100307)   99% ->
308-452  (196805-196949)   100% ->
453-579  (215634-215760)   100% ->
580-685  (228345-228450)   100% ->
686-822  (232509-232645)   99% ->
823-950  (234456-234583)   100% ->
951-1014  (235737-235800)   100% ->
1015-1120  (239140-239245)   100% ->
1121-1245  (241497-241621)   100% ->
1246-1313  (245940-246007)   100% ->
1314-1400  (247725-247811)   100% ->
1401-1490  (251672-251761)   100% ->
1491-1527  (251872-251908)   100% ->
1528-1581  (258395-258448)   100% ->
1582-1654  (259129-259201)   100% ->
1655-1764  (269825-269934)   100% ->
1765-1902  (275451-275588)   100% ->
1903-1980  (280525-280602)   98% ->
1981-2184  (288246-288449)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACGCCGGGAAGCGAACCCCAACCTTTCGTCCCGGCCCTTTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACGCCGGGAAGCGAACCCCAACCTTTCGTCCCGGCCCTTTCGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCTACTCTGCACCCACTTCATCATCCCCACCACCACCACCACCACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCTACTCTGCACCCACTTCATCATCCCCACCACCACCACCACCACCATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCACCACGGAGGAACCGGCGCCCCCGGCGGGGCGGGTGGTGGCGGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCACCACGGAGGAACCGGCGCCCCCGGCGGGGCGGGTGGTGGCGGCGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCAGCGGGGGCTTCAACCTGCCCTTGAACCGGGGTCTGGAGCGCGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCAGCGGGGGCTTCAACCTGCCCTTGAACCGGGGTCTGGAGCGCGCGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAGGAGGCGGCCAACTCCGGGGGGCTGAACCTGAGCGCCAGGAAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGAGGAGGCGGCCAACTCCGGGGGGCTGAACCTGAGCGCCAGGAAATTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGAATTTCCCCGTACCGCAGCCCCCGGGCATGACCTCTCGGACACGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100251 AGGAATTTCCCCGTACCGCAGCCCCCGGGCACGACCTCTCGGACACGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGGCAG         ACTTATCTAAAAACAGACTGGTTGAAGTTCCAAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGGCAGGTG...TAGACTTATCTAAAAACAGACTGGTTGAAGTTCCAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGAATTGTGCCATTTTGTATCACTGGAAATTCTTAATCTGTATCACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196839 GGAATTGTGCCATTTTGTATCACTGGAAATTCTTAATCTGTATCACAACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GTATCAGAGTCATTCCTGAGGCCATCGTTAATCTGCAGATGCTGACTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196889 GTATCAGAGTCATTCCTGAGGCCATCGTTAATCTGCAGATGCTGACTTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGAACTTGAG         TCGAAATCAGCTGTCCGCCCTGCCTGCCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 196939 CTGAACTTGAGGTA...CAGTCGAAATCAGCTGTCCGCCCTGCCTGCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCTGTGTGGTCTGCCTCTCAAAGTCTTAATCGCAAGTAACAACAAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215664 CCTGTGTGGTCTGCCTCTCAAAGTCTTAATCGCAAGTAACAACAAACTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GATCATTACCAGAAGAGATAGGTCAGCTCAAACAGTTAATGGAGCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 215714 GATCATTACCAGAAGAGATAGGTCAGCTCAAACAGTTAATGGAGCTGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    580       GATGTCAGCTGCAACGAGATCACAGCGTTGCCCCAGCAGATAGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215764 ...CAGGATGTCAGCTGCAACGAGATCACAGCGTTGCCCCAGCAGATAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCAGTTGAAATCTCTACGAGAACTGAATGTCAGAAGAAATTACCTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228389 TCAGTTGAAATCTCTACGAGAACTGAATGTCAGAAGAAATTACCTTAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTTTACCACAAG         AACTAGTAGATCTTCCCTTGGTAAAGTTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||| ||||||||||||||
 228439 TTTTACCACAAGGTA...TAGAACTAGTAGATCTTTCCTTGGTAAAGTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GACTTTTCCTGCAACAAAGTGCTCGTGATTCCAATTTGTTTTAGAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232538 GACTTTTCCTGCAACAAAGTGCTCGTGATTCCAATTTGTTTTAGAGAGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAAGCAGCTGCAAGTGTTACTACTTGAGAATAACCCTCTGCAGTCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232588 GAAGCAGCTGCAAGTGTTACTACTTGAGAATAACCCTCTGCAGTCTCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CAGCACAG         ATTTGCACAAAGGGCAAAGTTCACATATTTAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 232638 CAGCACAGGTG...TAGATTTGCACAAAGGGCAAAGTTCACATATTTAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TATCTGAGCATACAAGCATGCCAGATTAAGACAGCTGACTCCCTTTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234489 TATCTGAGCATACAAGCATGCCAGATTAAGACAGCTGACTCCCTTTATCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCACACCATGGAGAGGCCACATTTACACCAGCACGTGGAAGATGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 234539 CCACACCATGGAGAGGCCACATTTACACCAGCACGTGGAAGATGGGTG..

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951     CAAGAAGGATTCTGATTCGGGAGTTGGAAGTGATAATGGAGATAAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234589 .CAGCAAGAAGGATTCTGATTCGGGAGTTGGAAGTGATAATGGAGATAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CGATTATCTGCCACCGAG         CCTTCTGACGAAGACACTGTTAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 235783 CGATTATCTGCCACCGAGGTA...TAGCCTTCTGACGAAGACACTGTTAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCTCAATGTGCCAATGTCAAACATCATGGAAGAAGAACAGATCATCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239163 CCTCAATGTGCCAATGTCAAACATCATGGAAGAAGAACAGATCATCAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGGACTCGTGCCATCGCCTTAGCCCCGTTAAAG         GGGAATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 239213 AGGACTCGTGCCATCGCCTTAGCCCCGTTAAAGGTC...TAGGGGAATTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CATCAGGAATTTCAACCGGAGCCTTCCCTTTTGGGTGACAGCACCAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241505 CATCAGGAATTTCAACCGGAGCCTTCCCTTTTGGGTGACAGCACCAACTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGGAGAAGAAAGAGACCAGTTTACTGATAGAGCAGATGGTCTCCATTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241555 AGGAGAAGAAAGAGACCAGTTTACTGATAGAGCAGATGGTCTCCATTCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AATTTATGAACTATAAG         GCAAGGGCAGAAGACTGTGAAGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 241605 AATTTATGAACTATAAGGCA...CAGGCAAGGGCAGAAGACTGTGAAGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTGTTACGGATAGAAGAGGATGTGCACTGGCAAACTGAGGGCAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 245964 CTGTTACGGATAGAAGAGGATGTGCACTGGCAAACTGAGGGCATGTG...

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1314    AATAAGTTCATCCAAAGATCAGGACATGGATATAGCAATGATCGAGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247722 CAGAATAAGTTCATCCAAAGATCAGGACATGGATATAGCAATGATCGAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGCTGAGAGAAGCAGTAGATTTGCTGCAAGATCCCAATGG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 247772 AGCTGAGAGAAGCAGTAGATTTGCTGCAAGATCCCAATGGGTG...TAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TTAAGCACAGATATTACAGAGAGAAGTGTTTTAAACCTATATCCTATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251673 TTAAGCACAGATATTACAGAGAGAAGTGTTTTAAACCTATATCCTATGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ATCAGCAGAAGCCTTAGAATTACAAGATTCTGCACTGAA         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 251723 ATCAGCAGAAGCCTTAGAATTACAAGATTCTGCACTGAAGTA...CAGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GTCAAATACAGCTGGAGACATCTCCGGTGTGTGAG         GTGCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 251874 GTCAAATACAGCTGGAGACATCTCCGGTGTGTGAGGTA...AAGGTGCAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AGTGATCTAACATTACAGAGTAACGGGAGCCAGTATTCTCCAAATGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 258401 AGTGATCTAACATTACAGAGTAACGGGAGCCAGTATTCTCCAAATGAGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1582        ATTAGAGAGAACTCCCCTGCAGTCTCTCCTACCACAAACAGCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258451 A...CAGATTAGAGAGAACTCCCCTGCAGTCTCTCCTACCACAAACAGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CAGCTCCATTTGGCCTGAAGCCTCGATCAG         TGTTTCTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 259172 CAGCTCCATTTGGCCTGAAGCCTCGATCAGGTA...TAGTGTTTCTAAGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 CCTCAGAGAAATTTGGAATCTATAGACCCGCAGTTTACAATCCGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269836 CCTCAGAGAAATTTGGAATCTATAGACCCGCAGTTTACAATCCGGAGGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 AATGGAGCAGATGAGAGAAGAGAAAGAGCTGGTGGAACAACTTCGTGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 269886 AATGGAGCAGATGAGAGAAGAGAAAGAGCTGGTGGAACAACTTCGTGAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765         AGCATTGAGATGAGATTGAAGGTCAGTCTACACGAAGACCTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269936 TA...CAGAGCATTGAGATGAGATTGAAGGTCAGTCTACACGAAGACCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GGGGCAGCCCTCATGGATGGTGTCGTCCTCTGCCATCTGGTCAACCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275493 GGGGCAGCCCTCATGGATGGTGTCGTCCTCTGCCATCTGGTCAACCACAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 CCGCCCACGGTCGGTTGCAAGCATCCATGTCCCATCACCAGCGGTT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 275543 CCGCCCACGGTCGGTTGCAAGCATCCATGTCCCATCACCAGCGGTTGTA.

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1903      CCCAAACTTAGCATGGCCAAATGCAGAAGAAATGTGGAAAACTTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275593 ..TAGCCCAAACTTAGCATGGCCAAATGCAGAAGAAATGTGGAAAACTTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 TTGGAAGCGTGCCGAAAATTAGGAGTACCAGAG         GCTGACCT
        |||||||| ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 280570 TTGGAAGCATGCCGAAAATTAGGAGTACCAGAGGTA...TAGGCTGACCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 CTGCTCTCCGTGTGACATCCTGCAGTTGGATTTTCGTCACATTCGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288254 CTGCTCTCCGTGTGACATCCTGCAGTTGGATTTTCGTCACATTCGAAAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 CTGTTGACACTCTGCTGGCACTCGGGGAGAAAGCCCCACCACCAACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288304 CTGTTGACACTCTGCTGGCACTCGGGGAGAAAGCCCCACCACCAACTTCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 GCCCTCCGCTCCAGGGACCTTATAGGCTTCTGTCTTGTCCATATTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288354 GCCCTCCGCTCCAGGGACCTTATAGGCTTCTGTCTTGTCCATATTCTCTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2139 TATAGTGCTGGTCTATATCACTTACCACTGGAATGCTCTGTCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288404 TATAGTGCTGGTCTATATCACTTACCACTGGAATGCTCTGTCCGCA