seq1 = pF1KA0994.tfa, 1995 bp
seq2 = pF1KA0994/gi568815597r_16969047.tfa (gi568815597r:16969047_17219371), 250325 bp

>pF1KA0994 1995
>gi568815597r:16969047_17219371 (Chr1)

(complement)

1-92  (100001-100092)   100% ->
93-276  (114311-114494)   100% ->
277-349  (116313-116385)   100% ->
350-411  (123402-123463)   100% ->
412-529  (125688-125805)   100% ->
530-655  (126839-126964)   100% ->
656-834  (132673-132851)   100% ->
835-938  (134670-134773)   100% ->
939-1050  (135535-135646)   99% ->
1051-1158  (136720-136827)   100% ->
1159-1310  (139957-140108)   100% ->
1311-1455  (143549-143693)   99% ->
1456-1549  (144423-144516)   100% ->
1550-1635  (147881-147966)   100% ->
1636-1764  (149156-149284)   100% ->
1765-1995  (150095-150325)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCGCGAGCGGACCGTGCGGCTGCAGTACGGGAGCCGCGTGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCGCGAGCGGACCGTGCGGCTGCAGTACGGGAGCCGCGTGGAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGTACGTGCTGGGCACCTACCTCTGGACCGATGTCTACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 GGTGTACGTGCTGGGCACCTACCTCTGGACCGATGTCTACAGGTG...CA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  CGCGGCCCCAGCCGGGGCCCAAACCTTCAGCCTGAAGCACTCGGAACAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114310 GCGCGGCCCCAGCCGGGGCCCAAACCTTCAGCCTGAAGCACTCGGAACAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGTGGGTGGAGGTGGTGCGTGATGGGGAGGCTGAGGAGGTGGCCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114360 GTGTGGGTGGAGGTGGTGCGTGATGGGGAGGCTGAGGAGGTGGCCACCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGCAAGCAGCGCTGGCTTCTCTCGCCCAGCACCACCCTGCGGGTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114410 TGGCAAGCAGCGCTGGCTTCTCTCGCCCAGCACCACCCTGCGGGTCACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAGCCAGGCGAGCACCGAGGCCAGCAGTGACAAG         GTCACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 114460 TGAGCCAGGCGAGCACCGAGGCCAGCAGTGACAAGGTA...AAGGTCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCAACTACTATGACGAGGAAGGGAGCATTCCCATCGACCAGGCGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116319 GTCAACTACTATGACGAGGAAGGGAGCATTCCCATCGACCAGGCGGGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTCCTCACAGCCATTG         AGATCTCCCTGGATGTGGACGCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 116369 CTTCCTCACAGCCATTGGTG...CAGAGATCTCCCTGGATGTGGACGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCGGGATGGTGTGGTGGAGAAGAACAACCCAAAGAAG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 123426 ACCGGGATGGTGTGGTGGAGAAGAACAACCCAAAGAAGGTA...TAGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCCTGGACCTGGGGCCCCGAGGGCCAGGGGGCCATCCTGCTGGTGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125691 TCCTGGACCTGGGGCCCCGAGGGCCAGGGGGCCATCCTGCTGGTGAACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGACCGAGAGACACCCTGGTTGCCCAAGGAGGACTGCCGTGATGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125741 TGACCGAGAGACACCCTGGTTGCCCAAGGAGGACTGCCGTGATGAGAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTACAGCAAGGAAG         ATCTCAAGGACATGTCCCAGATGATC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 125791 TCTACAGCAAGGAAGGTG...CAGATCTCAAGGACATGTCCCAGATGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGCGGACCAAAGGCCCCGACCGCCTCCCCGCCGGATACGAGATAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126865 CTGCGGACCAAAGGCCCCGACCGCCTCCCCGCCGGATACGAGATAGTTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTACATTTCCATGTCAGACTCAGACAAAGTGGGCGTGTTCTACGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126915 GTACATTTCCATGTCAGACTCAGACAAAGTGGGCGTGTTCTACGTGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656          ACCCGTTCTTCGGCCAACGCTATATCCACATCCTGGGCCGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126965 GTG...CAGACCCGTTCTTCGGCCAACGCTATATCCACATCCTGGGCCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CGGAAGCTCTACCATGTGGTCAAGTACACGGGTGGCTCCGCGGAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132714 CGGAAGCTCTACCATGTGGTCAAGTACACGGGTGGCTCCGCGGAGCTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTTCTTCGTGGAAGGCCTCTGTTTCCCCGACGAGGGCTTCTCAGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132764 GTTCTTCGTGGAAGGCCTCTGTTTCCCCGACGAGGGCTTCTCAGGCCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCTCCATCCATGTCAGCCTGCTGGAGTACATGGCCCAG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 132814 TCTCCATCCATGTCAGCCTGCTGGAGTACATGGCCCAGGTG...CAGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATTCCCCTGACTCCCATCTTCACGGACACCGTGATATTCCGGATTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134673 ATTCCCCTGACTCCCATCTTCACGGACACCGTGATATTCCGGATTGCTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GTGGATCATGACCCCCAACATCCTGCCTCCCGTGTCGGTGTTTGTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134723 GTGGATCATGACCCCCAACATCCTGCCTCCCGTGTCGGTGTTTGTGTGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 G         CATGAAGGATAATTACCTGTTCCTGAAAGAGGTGAAGAAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134773 GGTA...CAGCATGAAGGATAATTACCTGTTCCTGAAAGAGGTGAAGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTTGTGGAGAAAACCAACTGTGAGCTGAAGGTCTGCTTCCAGTACCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135575 CTTGTGGAGAAAACCAACTGTGAGCTGAAGGTCTGCTTCCAGTACCTAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCGAGGCGATCGTTGGATCCAG         GATGAAATTGAGTTTGGCT
        |||||||||||| |||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 135625 CCGAGGCGATCGCTGGATCCAGGTA...CAGGATGAAATTGAGTTTGGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACATCGAGGCCCCCCATAAAGGCTTCCCCGTGGTGCTGGACTCTCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136739 ACATCGAGGCCCCCCATAAAGGCTTCCCCGTGGTGCTGGACTCTCCCCGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GATGGAAACCTAAAGGACTTCCCTGTGAAGGAGCTCCTG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 136789 GATGGAAACCTAAAGGACTTCCCTGTGAAGGAGCTCCTGGTA...TAGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCCAGATTTTGGCTACGTGACCCGGGAGCCCCTCTTTGAGTCTGTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139959 CCCAGATTTTGGCTACGTGACCCGGGAGCCCCTCTTTGAGTCTGTCACCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GCCTTGACTCATTTGGAAACCTGGAGGTCAGTCCCCCAGTGACCGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140009 GCCTTGACTCATTTGGAAACCTGGAGGTCAGTCCCCCAGTGACCGTGAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GGCAAGACATACCCGCTTGGCCGCATCCTCATCGGGAGCAGCTTTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140059 GGCAAGACATACCCGCTTGGCCGCATCCTCATCGGGAGCAGCTTTCCTCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311          GTCTGGTGGTCGGAGGATGACCAAGGTGGTGCGTGACTTCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140109 GTA...CAGGTCTGGTGGTCGGAGGATGACCAAGGTGGTGCGTGACTTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGAAGGCCCAGCAGGTGCAGGCACCCGTGGAGCTCTACTCAGACTGGCTG
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 143590 TGAAGGCCCAGCAGGTGCAGGCGCCCGTGGAGCTCTACTCAGACTGGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACTGTGGGCCACGTGGATGAGTTCATGTCCTTTGTCCCCATCCCCGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143640 ACTGTGGGCCACGTGGATGAGTTCATGTCCTTTGTCCCCATCCCCGGCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AAAG         AAATTCCTGCTACTCATGGCCAGCACCTCGGCCTGCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143690 AAAGGTA...CAGAAATTCCTGCTACTCATGGCCAGCACCTCGGCCTGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ACAAGCTCTTCCGAGAGAAGCAGAAGGACGGCCATGGAGAGGCCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144460 ACAAGCTCTTCCGAGAGAAGCAGAAGGACGGCCATGGAGAGGCCATCATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TTCAAAG         GCTTGGGTGGGATGAGCAGCAAGCGAATCACCAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144510 TTCAAAGGTG...CAGGCTTGGGTGGGATGAGCAGCAAGCGAATCACCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CAACAAGATTCTGTCCAACGAGAGCCTTGTGCAGGAGAACCTGTACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147915 CAACAAGATTCTGTCCAACGAGAGCCTTGTGCAGGAGAACCTGTACTTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AG         CGCTGCCTAGACTGGAACCGTGACATCCTCAAGAAGGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147965 AGGTG...CAGCGCTGCCTAGACTGGAACCGTGACATCCTCAAGAAGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CTGGGACTGACAGAGCAGGACATCATTGACCTGCCCGCTCTGTTCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149195 CTGGGACTGACAGAGCAGGACATCATTGACCTGCCCGCTCTGTTCAAGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GGACGAGGACCACCGTGCCAGAGCCTTCTTCCCAAACATG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 149245 GGACGAGGACCACCGTGCCAGAGCCTTCTTCCCAAACATGGTG...CAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TGAACATGATCGTGCTGGACAAGGACCTGGGCATCCCCAAGCCATTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150096 TGAACATGATCGTGCTGGACAAGGACCTGGGCATCCCCAAGCCATTCGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CCACAGGTTGAGGAGGAATGCTGCCTGGAGATGCACGTGCGTGGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150146 CCACAGGTTGAGGAGGAATGCTGCCTGGAGATGCACGTGCGTGGCCTCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GGAGCCCCTGGGCCTCGAATGCACCTTCATCGACGACATTTCTGCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150196 GGAGCCCCTGGGCCTCGAATGCACCTTCATCGACGACATTTCTGCCTACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 ACAAATTTCTGGGGGAAGTCCACTGTGGCACCAACGTCCGCAGGAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150246 ACAAATTTCTGGGGGAAGTCCACTGTGGCACCAACGTCCGCAGGAAGCCC

   2100     .    :    .    :    .    :
   1966 TTCACCTTCAAGTGGTGGCACATGGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 150296 TTCACCTTCAAGTGGTGGCACATGGTGCCC