seq1 = pF1KA0985.tfa, 2082 bp
seq2 = pF1KA0985/gi568815586f_112728319.tfa (gi568815586f:112728319_112996777), 268459 bp

>pF1KA0985 2082
>gi568815586f:112728319_112996777 (Chr12)

1-83  (100001-100075)   90% ->
84-230  (119378-119524)   100% ->
231-360  (137096-137225)   100% ->
361-444  (138439-138522)   100% ->
445-610  (140112-140277)   100% ->
611-649  (141441-141479)   100% ->
650-796  (141575-141721)   100% ->
797-883  (146766-146852)   100% ->
884-948  (147361-147427)   95% ->
949-1171  (148326-148548)   100% ->
1172-1251  (150801-150880)   100% ->
1252-1326  (153454-153528)   100% ->
1327-1436  (154975-155084)   100% ->
1437-1563  (159479-159605)   100% ->
1564-1620  (161706-161762)   100% ->
1621-1775  (162531-162685)   100% ->
1776-1857  (166260-166341)   100% ->
1858-1954  (167459-167555)   100% ->
1955-2082  (168332-168459)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGACACCGTGTTCAGCAACAGTTCTAACCGTTGGATGTACCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTGACACCGTGTTCAGCAACAGTTCTAACCGTTGGATGTACCCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACCGGCCCCTTCAATCAAATGATAAAGAACA         GCTCCAGG
        |||||||||||||||||||||-|-|||------>>>...>>>||||||||
 100051 TGACCGGCCCCTTCAATCAAA G TAA      GTT...CAGGCTCCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGGCTGGTCCGTCCACCCCGGTGGTCAGCCTGACAGGCAGAGGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119386 CAGGCTGGTCCGTCCACCCCGGTGGTCAGCCTGACAGGCAGAGGAAGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGAGCTGACTGATGAGGAGAAAGAAATCATCAACAGGGTGATTGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119436 GAAGAGCTGACTGATGAGGAGAAAGAAATCATCAACAGGGTGATTGCTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCTGAGAAAATGGAAGAGATGGAGCAGGAGCGAATCGG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 119486 AGCTGAGAAAATGGAAGAGATGGAGCAGGAGCGAATCGGGTG...CAGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCTGGTGGACCGCCTAGAAAACATGAGGAAGAACGTGGCTGGAGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137098 GCCTGGTGGACCGCCTAGAAAACATGAGGAAGAACGTGGCTGGAGATGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGAACCGCTGCATACTGTGTGGAGAACAGCTGGGGATGCTGGGCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137148 GTGAACCGCTGCATACTGTGTGGAGAACAGCTGGGGATGCTGGGCTCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGTGTAGTATGTGAGGACTGTAAGAAG         AACGTCTGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 137198 CTGTGTAGTATGTGAGGACTGTAAGAAGGTA...CAGAACGTCTGCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGTGCGGAGTGGAGACCAACAACCGCCTGCATTCTGTGTGGCTCTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138452 AGTGCGGAGTGGAGACCAACAACCGCCTGCATTCTGTGTGGCTCTGCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCTGCATTGAGCAGAGGGAG         GTGTGGAAGCGTTCTGGAGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 138502 ATCTGCATTGAGCAGAGGGAGGTG...AAGGTGTGGAAGCGTTCTGGAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTGGTTCTTCAAAGGCTTCCCCAAACAGGTCCTCCCACAGCCTATGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140132 GTGGTTCTTCAAAGGCTTCCCCAAACAGGTCCTCCCACAGCCTATGCCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TAAAGAAGACCAAGCCCCAGCAGCCTGTCAGTGAGCCTGCTGCCCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140182 TAAAGAAGACCAAGCCCCAGCAGCCTGTCAGTGAGCCTGCTGCCCCTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGCCTGCTCCTGAGCCCAAGCACCCTGCCCGGGCTCCAGCTCGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 140232 CAGCCTGCTCCTGAGCCCAAGCACCCTGCCCGGGCTCCAGCTCGAGGTA.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    611      GTGACAGTGAAGATAGGAGGGGCCCGGGTCAGAAGACAG      
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 140282 ..CAGGTGACAGTGAAGATAGGAGGGGCCCGGGTCAGAAGACAGGTG...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    650    GCCCTGACCCAGCCTCTGCTCCCGGGCGAGGAAACTATGGGCCTCCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141572 CAGGCCCTGACCCAGCCTCTGCTCCCGGGCGAGGAAACTATGGGCCTCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGCGCAGGGCCTCCGAGGCACGAATGAGCTCATCTAGCCGAGATTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141622 GTGCGCAGGGCCTCCGAGGCACGAATGAGCTCATCTAGCCGAGATTCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAGCTGGGACCACAGTGGGGGTGCTGGAGACTCCAGCCGGAGCCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141672 GAGCTGGGACCACAGTGGGGGTGCTGGAGACTCCAGCCGGAGCCCAGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797          GTTTGAGACGGGCCAACTCAGTCCAGGCCTCCAGACCTGCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141722 GTG...CAGGTTTGAGACGGGCCAACTCAGTCCAGGCCTCCAGACCTGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCAGGCTCGGTGCAGAGCCCAGCGCCACCTCAGCCTGGGCAGCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 146807 CCAGGCTCGGTGCAGAGCCCAGCGCCACCTCAGCCTGGGCAGCCAGGTA.

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    884      GGACCCCAGGAGGAAGCAGACCGGGTCCTGGGCCAGCAGGACGCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146857 ..CAGGGACCCCAGGAGGAAGCAGACCGGGTCCTGGGCCAGCAGGACGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTCCAGATCAGAAGCCAG  AG         GTGGCTCCGAGCGACCCTG
        ||||||||||||||||||--| >>>...>>>|||||||||||||||||||
 147406 TTCCAGATCAGAAGCCAGGCAAGTA...GAGGTGGCTCCGAGCGACCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    968 GGACCACTGCCCCACCCCGAGAGGAGAGAACAGGGGGAGTCGGGGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148345 GGACCACTGCCCCACCCCGAGAGGAGAGAACAGGGGGAGTCGGGGGCTAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1018 CCAGCAGTTGGAGCCAGAGAGGACCGAATGAGCCACCCCTCCGGACCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148395 CCAGCAGTTGGAGCCAGAGAGGACCGAATGAGCCACCCCTCCGGACCCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1068 TTCCCAAGCATCTGCAGCTGCCCCCCAGCCTGCTGCAGCCCGCCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148445 TTCCCAAGCATCTGCAGCTGCCCCCCAGCCTGCTGCAGCCCGCCAGCCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1118 CACCCCCAGAGGAGGAGGAAGAGGAAGCCAACAGCTACGATTCGGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148495 CACCCCCAGAGGAGGAGGAAGAGGAAGCCAACAGCTACGATTCGGATGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1168 GCAA         CCACCCTGGGTGCCCTGGAATTCAGCCTTCTCTACGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148545 GCAAGTA...CAGCCACCCTGGGTGCCCTGGAATTCAGCCTTCTCTACGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1209 CCAGGACAACAGCTCCCTGCAGTGCACCATCATTAAGGCCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 150838 CCAGGACAACAGCTCCCTGCAGTGCACCATCATTAAGGCCAAGGTG...C

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252   GGCCTGAAGCCCATGGATTCAAACGGCTTGGCTGATCCCTACGTTAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153452 AGGGCCTGAAGCCCATGGATTCAAACGGCTTGGCTGATCCCTACGTTAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1300 CTGCACCTCCTGCCGGGAGCCAGCAAG         TCCAACAAGCTTCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 153502 CTGCACCTCCTGCCGGGAGCCAGCAAGGTA...TAGTCCAACAAGCTTCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1341 TACAAAAACTCTGCGGAATACCCGGAACCCCATCTGGAATGAGACCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154989 TACAAAAACTCTGCGGAATACCCGGAACCCCATCTGGAATGAGACCCTCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1391 TGTATCACGGCATCACCGATGAGGACATGCAAAGGAAGACCCTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 155039 TGTATCACGGCATCACCGATGAGGACATGCAAAGGAAGACCCTCAGGTA.

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1437      GATCTCCGTCTGTGATGAGGACAAATTTGGCCACAATGAATTTAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155089 ..CAGGATCTCCGTCTGTGATGAGGACAAATTTGGCCACAATGAATTTAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1482 TGGTGAGACCAGATTCTCCCTCAAGAAACTGAAGCCCAACCAGAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159524 TGGTGAGACCAGATTCTCCCTCAAGAAACTGAAGCCCAACCAGAGGAAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1532 ATTTCAACATCTGCCTGGAGCGAGTGATTCCT         ATGAAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 159574 ATTTCAACATCTGCCTGGAGCGAGTGATTCCTGTG...AAGATGAAACGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1573 GCTGGGACCACCGGGTCAGCCCGAGGCATGGCCCTTTATGAGGAAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 161715 GCTGGGACCACCGGGTCAGCCCGAGGCATGGCCCTTTATGAGGAAGAGGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1621        CAGGTGGAGCGTGTTGGTGACATCGAGGAGCGTGGCAAGATCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161765 G...CAGCAGGTGGAGCGTGTTGGTGACATCGAGGAGCGTGGCAAGATCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1664 TGGTCTCCCTCATGTACAGCACACAGCAGGGAGGCCTCATTGTGGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162574 TGGTCTCCCTCATGTACAGCACACAGCAGGGAGGCCTCATTGTGGGCATC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1714 ATACGCTGCGTGCACCTGGCTGCCATGGACGCTAATGGCTACTCAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162624 ATACGCTGCGTGCACCTGGCTGCCATGGACGCTAATGGCTACTCAGACCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1764 ATTCGTCAAGCT         CTGGCTGAAACCGGACATGGGAAAGAAGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 162674 ATTCGTCAAGCTGTA...CAGCTGGCTGAAACCGGACATGGGAAAGAAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1805 CCAAACACAAGACTCAAATTAAAAAGAAAACCTTGAATCCCGAATTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166289 CCAAACACAAGACTCAAATTAAAAAGAAAACCTTGAATCCCGAATTCAAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1855 GAG         GAGTTTTTCTATGACATCAAACACAGTGACCTGGCAAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166339 GAGGTA...CAGGAGTTTTTCTATGACATCAAACACAGTGACCTGGCAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1896 GAAGTCACTGGACATTTCAGTCTGGGACTATGACATCGGCAAGTCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167497 GAAGTCACTGGACATTTCAGTCTGGGACTATGACATCGGCAAGTCCAATG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1946 ATTACATCG         GAGGCTGCCAGCTGGGGATCTCTGCCAAGGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 167547 ATTACATCGGTG...CAGGAGGCTGCCAGCTGGGGATCTCTGCCAAGGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1987 GAGCGCTTAAAACACTGGTACGAGTGTCTGAAAAATAAAGACAAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168364 GAGCGCTTAAAACACTGGTACGAGTGTCTGAAAAATAAAGACAAGAAGAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2037 AGAGCGCTGGCACCAGCTACAGAATGAGAACCACGTGTCAAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168414 AGAGCGCTGGCACCAGCTACAGAATGAGAACCACGTGTCAAGTGAT