seq1 = pF1KA0984.tfa, 1941 bp
seq2 = pF1KA0984/gi568815586f_64730437.tfa (gi568815586f:64730437_64975785), 245349 bp

>pF1KA0984 1941
>gi568815586f:64730437_64975785 (Chr12)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-252  (101683-101868)   100% ->
253-421  (106054-106222)   100% ->
422-590  (108247-108415)   100% ->
591-696  (112944-113049)   100% ->
697-809  (134232-134344)   100% ->
810-949  (136328-136467)   100% ->
950-1156  (140166-140372)   100% ->
1157-1941  (144565-145349)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCTTCACTTTCAATGAAAGGAGTAATCCTGATGATGACTCCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCTTCACTTTCAATGAAAGGAGTAATCCTGATGATGACTCCATGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATTCAGATAGTCAAG         GACCTTCACCGCACAGGCTGTAGTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 AATTCAGATAGTCAAGGTA...TAGGACCTTCACCGCACAGGCTGTAGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTACTGTGGCCAGGAGGCTGAGCAGGACAGGGTTGTGTTGAAGCGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101708 CTTACTGTGGCCAGGAGGCTGAGCAGGACAGGGTTGTGTTGAAGCGGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGCTGGCCTATGCCCGATGGAACAAAACTGTTGGGTACTGCCAAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101758 CTGCTGGCCTATGCCCGATGGAACAAAACTGTTGGGTACTGCCAAGGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAACATCCTGGCTGCACTAATTCTGGAAGTGATGGAAGGCAATGAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101808 TAACATCCTGGCTGCACTAATTCTGGAAGTGATGGAAGGCAATGAAGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGCCCTGAAA         ATTATGATTTACCTTATTGATAAGGTACTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101858 ATGCCCTGAAAGTG...TAGATTATGATTTACCTTATTGATAAGGTACTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCGAAAGCTATTTCGTCAATAATCTCCGGGCATTGTCTGTGGATATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106084 CCCGAAAGCTATTTCGTCAATAATCTCCGGGCATTGTCTGTGGATATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTCTTCAGAGACCTTTTAAGAATGAAGCTGCCGGAATTATCTCAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106134 TGTCTTCAGAGACCTTTTAAGAATGAAGCTGCCGGAATTATCTCAGCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGATACTCTTCAGAGAACTGCAAACAAAGAAAGTGGAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 106184 TGGATACTCTTCAGAGAACTGCAAACAAAGAAAGTGGAGGTA...CAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGATATGAGCCCCCACTTACAAATGTCTTCACGATGCAGTGGTTTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108249 GGATATGAGCCCCCACTTACAAATGTCTTCACGATGCAGTGGTTTCTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCTCTTTGCCACATGCCTCCCTAATCAGACCGTTTTAAAGATCTGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108299 TCTCTTTGCCACATGCCTCCCTAATCAGACCGTTTTAAAGATCTGGGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAGTCTTCTTTGAAGGTTCAGAAATCATCCTAAGGGTGTCGCTGGCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108349 CAGTCTTCTTTGAAGGTTCAGAAATCATCCTAAGGGTGTCGCTGGCTATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TGGGCAAAATTAGGAGA         GCAGATAGAATGTTGTGAAACAGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 108399 TGGGCAAAATTAGGAGAGTA...TAGGCAGATAGAATGTTGTGAAACAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGATGAATTCTACAGCACCATGGGGCGCCTTACCCAGGAGATGCTAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112968 AGATGAATTCTACAGCACCATGGGGCGCCTTACCCAGGAGATGCTAGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGATCTTCTGCAAAGCCATGAACTCATGCAG         ACTGTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 113018 ATGATCTTCTGCAAAGCCATGAACTCATGCAGGTG...CAGACTGTTTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCCATGGCTCCGTTCCCTTTCCCACAATTGGCAGAGTTGAGGGAAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134241 TCCATGGCTCCGTTCCCTTTCCCACAATTGGCAGAGTTGAGGGAAAAATA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CACCTACAACATTACACCGTTCCCAGCCACAGTTAAACCCACCTCAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134291 CACCTACAACATTACACCGTTCCCAGCCACAGTTAAACCCACCTCAGTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGG         ACGACATAGTAAGGCCAGAGACAGTGATGAAGAGAAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134341 CTGGGTA...AAGACGACATAGTAAGGCCAGAGACAGTGATGAAGAGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACCCAGACGATGAGGATGCTGTCGTTAATGCAGTGGGGTGTCTTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136365 GACCCAGACGATGAGGATGCTGTCGTTAATGCAGTGGGGTGTCTTGGACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTTTAGTGGGTTCCTGGCTCCTGAACTGCAGAAGTACCAAAAACAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136415 TTTTAGTGGGTTCCTGGCTCCTGAACTGCAGAAGTACCAAAAACAAATTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAG         AGCCAAATGAGGAGCAGAGTCTGAGATCTAATAACATT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136465 AAGGTA...CAGAGCCAAATGAGGAGCAGAGTCTGAGATCTAATAACATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCAGAGCTGAGTCCAGGAGCAATCAATTCCTGTCGAAGTGAATACCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140204 GCAGAGCTGAGTCCAGGAGCAATCAATTCCTGTCGAAGTGAATACCATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGCTTTTAACAGTATGATGATGGAACGCATGACCACAGATATCAATGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140254 AGCTTTTAACAGTATGATGATGGAACGCATGACCACAGATATCAATGCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGAAGCGGCAGTACTCTCGAATTAAAAAGAAGCAACAGCAGCAGGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140304 TGAAGCGGCAGTACTCTCGAATTAAAAAGAAGCAACAGCAGCAGGTTCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CAGGTGTACATCAGGGCAG         ACAAAGGGCCAGTGACCAGCAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 140354 CAGGTGTACATCAGGGCAGGTA...CAGACAAAGGGCCAGTGACCAGCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TCTCCCGTCTCAGGTAAACAGTTCTCCAGTTATAAACCACCTTCTTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144587 TCTCCCGTCTCAGGTAAACAGTTCTCCAGTTATAAACCACCTTCTTTTAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GAAAGAAGATGAAAATGACTAACAGAGCTGCCAAGAATGCTGTCATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144637 GAAAGAAGATGAAAATGACTAACAGAGCTGCCAAGAATGCTGTCATCCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ATCCCTGGTCACACAGGAGGGAAAATATCTCCTGTCCCCTACGAAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144687 ATCCCTGGTCACACAGGAGGGAAAATATCTCCTGTCCCCTACGAAGACCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TAAGACGAAGCTCAACTCCCCGTGGCGAACTCACATCCGAGTCCACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144737 TAAGACGAAGCTCAACTCCCCGTGGCGAACTCACATCCGAGTCCACAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AGAACATGCCAAGGACCAAGAGTCATCCGGGCTGTGGGGACACCGTAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144787 AGAACATGCCAAGGACCAAGAGTCATCCGGGCTGTGGGGACACCGTAGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CTGATAGATGAGCAGAACGAGGCCAGCAAGACCAATGGGCTGGGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144837 CTGATAGATGAGCAGAACGAGGCCAGCAAGACCAATGGGCTGGGGGCAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 AGAGGCATTCCCCTCTGGTTGTACAGCGACAGCTGGGAGAGAAGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144887 AGAGGCATTCCCCTCTGGTTGTACAGCGACAGCTGGGAGAGAAGGCAGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GCCCTGAAGGCAGTACCAGGAGGACGATCGAGGGGCAGTCTCCGGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144937 GCCCTGAAGGCAGTACCAGGAGGACGATCGAGGGGCAGTCTCCGGAGCCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GTGTTCGGAGATGCTGATGTGGATGTGTCTGCAGTTCAGGCGAAGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144987 GTGTTCGGAGATGCTGATGTGGATGTGTCTGCAGTTCAGGCGAAGTTGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 AGCCCTGGAACTGAACCAGAGGGATGCTGCAGCTGAAACTGAGCTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145037 AGCCCTGGAACTGAACCAGAGGGATGCTGCAGCTGAAACTGAGCTCAGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 TGCACCCACCCTGCCAGCGGCACTGCCCAGAGCCGCCGAGTGCACCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145087 TGCACCCACCCTGCCAGCGGCACTGCCCAGAGCCGCCGAGTGCACCCGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 GAAAACAAAGCCACCAGCAAAGCTCCCCAAGGCAGCAACTCAAAAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145137 GAAAACAAAGCCACCAGCAAAGCTCCCCAAGGCAGCAACTCAAAAACCCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 CATCTTTAGCCCTTTTCCCAGCGTCAAGCCCCTGCGGAAATCTGCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145187 CATCTTTAGCCCTTTTCCCAGCGTCAAGCCCCTGCGGAAATCTGCTACTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 CCAGGAACTTGGGATTATATGGCCCTACAGAAAGAACCCCAACTGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145237 CCAGGAACTTGGGATTATATGGCCCTACAGAAAGAACCCCAACTGTGCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 TTTCCTCAAATGAGTAGGAGCTTCAGCAAACCCGGCGGTGGAAACAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145287 TTTCCTCAAATGAGTAGGAGCTTCAGCAAACCCGGCGGTGGAAACAGTGG

   2000     .    :
   1929 CACTAAAAAACGA
        |||||||||||||
 145337 CACTAAAAAACGA